genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  56  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14873236--14873324	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
14873236--14873315	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
14873247--14873324	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
14895895--14896057	40	4.1	40	80	3	184	25	22	26	25	2.00
14897790--14897937	77	2.0	75	87	4	217	49	8	12	29	1.71
14897914--14898430	138	3.7	138	83	8	635	39	8	6	45	1.60
14898073--14898371	154	2.0	152	91	1	481	39	8	6	45	1.60
14909407--14909641	101	2.3	101	86	1	328	32	14	22	30	1.94
14910364--14910392	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
14912395--14912585	30	6.5	30	90	5	282	27	25	14	32	1.94
14920382--14920542	30	5.5	30	89	6	231	27	25	13	32	1.94
14920382--14920542	58	2.8	57	88	4	216	27	25	13	32	1.94
14922991--14923034	11	3.8	11	80	11	52	31	0	4	63	1.14
14924853--14925080	101	2.3	99	81	6	298	32	15	23	28	1.95
14925083--14925150	24	2.8	24	88	0	100	48	2	22	26	1.64
14925087--14925158	24	3.0	24	83	4	92	48	2	20	27	1.63
14925864--14925890	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
14936372--14936417	17	2.7	17	77	12	58	43	17	0	39	1.49
14938999--14939206	40	5.2	40	90	1	294	23	21	28	26	1.99
14941803--14941832	12	2.5	12	100	0	60	6	40	26	26	1.81
14946671--14946745	37	2.0	37	89	0	114	37	21	9	32	1.85
14948201--14948247	22	2.1	22	100	0	94	42	23	8	25	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14952657--14952717	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
14963297--14963477	48	3.9	48	74	10	185	25	19	25	29	1.98
14964387--14964426	21	2.0	21	95	5	73	20	25	40	15	1.90
14965632--14965862	48	4.8	48	78	2	185	25	27	19	28	1.99
14965688--14965920	96	2.4	96	82	2	297	26	27	18	27	1.98
14965733--14965909	48	3.7	47	74	8	151	23	28	19	28	1.98
14972890--14973178	47	6.1	47	88	3	353	33	11	28	25	1.91
14973014--14973088	22	3.3	22	65	17	62	32	13	29	25	1.93
14973152--14973288	46	3.0	46	87	0	175	36	8	30	24	1.84
14973476--14973586	37	3.0	37	95	0	195	21	18	31	28	1.97
14974858--14975182	40	8.0	40	88	4	472	23	21	29	26	1.99
14974858--14975182	82	4.0	82	94	0	546	23	21	29	26	1.99
14975346--14975396	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
14979033--14979324	47	6.1	47	89	3	386	33	11	29	25	1.91
14979295--14979431	46	3.0	46	89	0	202	35	8	31	25	1.85
14979609--14979690	37	2.2	37	84	0	101	23	17	31	28	1.96
14981209--14981275	24	2.8	24	73	8	64	28	32	2	35	1.72
14983452--14983498	24	2.0	24	100	0	94	34	21	10	34	1.88
14988330--14988599	144	1.9	146	84	4	368	25	26	17	29	1.98
14988361--14988643	48	5.9	47	76	6	228	25	27	17	29	1.98
14988335--14988643	144	2.1	143	82	7	356	24	27	17	29	1.98
14995108--14995225	43	2.7	43	96	0	209	32	26	12	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15000753--15000916	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
15000753--15000950	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
15012670--15012724	24	2.3	24	83	0	74	49	21	1	27	1.60
15016619--15016884	46	6.0	45	85	8	339	21	23	15	39	1.92
15016797--15016872	38	2.0	38	100	0	152	21	26	18	34	1.96
15019011--15019062	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
15021903--15022168	46	6.0	45	85	8	339	21	23	15	39	1.92
15022081--15022156	38	2.0	38	100	0	152	21	26	18	34	1.96
15026144--15026310	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
15026160--15026310	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
15034143--15034309	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
15034159--15034309	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
15036808--15037161	49	7.3	49	89	1	545	28	29	8	33	1.86
15046735--15046902	43	3.9	41	81	8	167	32	25	16	25	1.96
15046746--15046902	86	1.8	85	85	6	219	32	25	17	24	1.97
15047275--15047303	8	3.6	8	100	0	58	24	20	0	55	1.44
15058486--15058560	27	2.8	27	71	4	62	40	20	17	22	1.92
15058988--15059120	27	4.9	27	86	6	189	33	11	17	38	1.85
15058988--15059140	54	2.8	54	88	3	218	32	11	17	37	1.86
15058988--15059140	81	1.9	81	81	8	186	32	11	17	37	1.86
15058989--15059140	27	5.7	26	82	3	142	32	11	17	37	1.87
15071236--15071366	40	3.3	40	78	2	147	22	27	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15071236--15071402	40	4.2	40	74	8	135	22	26	23	27	2.00
15079249--15079416	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
15082961--15083079	59	2.0	59	91	0	193	36	22	10	29	1.88
15088764--15088823	26	2.3	27	88	5	95	45	3	13	38	1.60
15088777--15088830	26	2.1	26	100	0	108	46	3	11	38	1.57
15090866--15090912	22	2.1	22	88	0	67	44	21	21	12	1.85
15090878--15090920	22	2.0	22	86	9	61	39	25	20	13	1.90
15091115--15091179	22	3.0	22	80	8	78	30	23	26	20	1.98
15091657--15092019	27	13.4	27	75	6	241	30	9	18	41	1.82
15093505--15093590	38	2.3	38	85	0	109	36	11	20	31	1.89
15095930--15096048	29	4.2	29	81	2	134	30	27	12	29	1.93
15100055--15100089	18	2.1	18	89	10	56	22	20	11	45	1.82
15100582--15100613	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
15100824--15101195	50	7.6	50	75	8	298	29	25	17	27	1.98
15100879--15101048	93	1.8	93	89	0	268	28	25	18	27	1.98
15100835--15101200	143	2.5	145	91	3	574	30	25	17	26	1.97
15104241--15104354	56	2.0	56	100	0	228	29	8	26	35	1.87
15105955--15106174	27	8.1	27	83	7	259	16	25	23	35	1.95
15105955--15106174	54	4.1	54	92	1	343	16	25	23	35	1.95
15105955--15106174	81	2.7	80	86	8	302	16	25	23	35	1.95
15114599--15114799	27	7.4	27	82	0	240	16	24	23	35	1.95
15114599--15114818	54	4.1	54	92	1	343	16	24	22	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15114599--15114818	81	2.7	80	85	5	282	16	24	22	36	1.94
15116114--15116145	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
15119241--15119272	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
15121093--15121166	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
15121034--15121166	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
15128975--15129048	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
15128916--15129048	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
15130589--15130779	50	3.8	50	75	2	168	29	23	20	26	1.99
15131116--15131162	19	2.3	20	82	17	62	46	14	0	38	1.45
15131941--15132042	40	2.5	40	85	0	123	23	25	28	22	1.99
15138321--15138367	19	2.3	20	82	17	62	46	14	0	38	1.45
15139069--15139252	40	4.6	39	74	6	129	27	23	26	22	2.00
15146478--15146732	55	4.8	54	77	9	242	22	24	16	35	1.95
15155917--15156103	40	4.7	40	82	2	196	26	24	25	24	2.00
15155919--15156124	80	2.6	80	82	3	236	25	23	25	24	2.00
15155917--15156124	40	5.2	40	81	3	188	25	23	25	25	2.00
15157724--15157919	55	3.6	53	78	6	189	21	25	16	35	1.95
15174381--15174440	29	2.1	29	90	0	93	28	23	0	48	1.51
15181671--15181841	39	4.3	39	88	3	229	25	28	21	24	1.99
15181671--15181894	40	5.7	40	83	6	235	25	28	21	24	1.99
15184880--15185072	28	7.0	27	73	10	124	21	20	4	53	1.63
15184915--15185069	83	1.9	83	82	8	199	21	18	5	53	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15184880--15185065	55	3.4	55	73	10	164	21	20	4	52	1.65
15186225--15186494	42	6.4	42	87	3	319	31	27	15	25	1.96
15186225--15186494	43	6.3	43	87	3	316	31	27	15	25	1.96
15186225--15186494	85	3.2	84	83	5	328	31	27	15	25	1.96
15190433--15190680	115	2.2	115	80	5	261	37	22	12	27	1.90
15201545--15201809	115	2.3	114	83	6	320	30	20	16	32	1.95
15201781--15201912	40	3.3	40	76	6	131	26	18	20	34	1.96
15213723--15213761	16	2.4	17	82	8	53	17	33	12	35	1.88
15216550--15216583	11	3.0	11	91	8	59	91	8	0	0	0.43
15216550--15216583	12	2.9	12	95	4	61	91	8	0	0	0.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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