genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  45  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11505430--11505464	11	3.1	12	88	12	56	77	0	22	0	0.78
11506696--11507236	131	4.1	131	92	1	870	28	18	25	27	1.98
11508690--11508736	19	2.5	19	86	3	60	34	10	2	53	1.48
11512189--11512251	30	2.1	30	90	0	99	25	4	14	55	1.58
11512378--11512410	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
11513055--11513213	63	2.5	63	87	2	230	25	26	21	26	1.99
11537152--11537306	64	2.4	64	82	6	179	23	31	16	28	1.96
11541330--11541362	16	2.0	17	88	5	50	30	3	9	57	1.45
11558790--11558852	6	10.5	6	80	0	63	15	9	0	74	1.06
11564557--11564610	27	2.0	27	85	0	72	40	5	14	38	1.70
11564844--11565032	49	3.8	49	82	2	225	24	15	27	31	1.96
11567815--11567856	2	21.0	2	95	0	75	47	0	2	50	1.14
11568320--11568350	12	2.6	12	94	0	53	22	41	29	6	1.78
11571983--11572048	33	2.0	33	87	0	96	53	4	3	39	1.37
11576008--11576040	17	1.9	17	88	11	50	33	0	12	54	1.37
11576773--11576811	17	2.4	16	86	4	51	5	28	5	61	1.39
11578711--11578774	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
11578966--11579107	24	6.0	24	89	5	191	26	21	21	29	1.99
11578965--11579107	70	2.0	72	86	5	202	26	21	21	30	1.99
11579156--11579216	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
11580543--11580963	27	15.6	27	84	5	494	41	9	22	27	1.83
11580544--11580963	81	5.2	81	84	5	555	41	9	22	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11583796--11583859	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
11584051--11584193	24	6.0	24	90	4	200	26	21	22	29	1.99
11584051--11584188	47	2.9	48	90	5	199	27	22	23	26	1.99
11584050--11584193	71	2.0	72	87	4	211	26	21	22	29	1.99
11584242--11584302	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
11584345--11584392	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
11585627--11586047	27	15.6	27	85	4	501	41	8	22	27	1.83
11585628--11586047	81	5.2	81	85	4	562	41	8	22	27	1.83
11589414--11589529	27	4.3	26	88	5	151	37	23	23	16	1.94
11589414--11589529	54	2.1	54	88	3	171	37	23	23	16	1.94
11589631--11589705	26	2.8	27	87	4	98	30	10	22	36	1.88
11591145--11591228	26	3.2	26	96	0	150	35	23	5	34	1.80
11594369--11594488	51	2.4	51	88	0	177	28	21	11	38	1.89
11595644--11595676	16	2.1	16	100	0	66	0	24	0	75	0.80
11595707--11595740	11	3.1	11	86	0	50	2	11	0	85	0.71
11595707--11595750	23	2.0	22	81	4	52	4	15	0	79	0.89
11596551--11596618	25	2.7	26	84	6	79	33	14	27	23	1.94
11596610--11596700	24	3.8	24	78	7	94	31	21	28	17	1.96
11602089--11602227	43	3.2	42	71	19	108	23	16	24	35	1.94
11602787--11602839	23	2.3	23	70	6	54	26	5	24	43	1.76
11603419--11603518	42	2.4	42	86	1	130	25	30	25	20	1.99
11606563--11606681	59	2.0	59	100	0	238	49	5	10	35	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11617171--11617246	38	2.0	38	100	0	152	26	21	18	34	1.96
11623111--11623202	47	2.0	47	100	0	184	20	28	23	27	1.99
11627798--11627892	31	3.1	31	96	0	172	23	21	15	40	1.91
11628083--11628271	24	8.0	23	87	5	256	28	22	21	28	1.99
11628105--11628272	70	2.4	70	93	2	284	28	21	22	27	1.99
11628329--11628385	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
11628317--11628387	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
11628322--11628376	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
11629711--11630109	27	14.9	27	85	5	463	39	8	23	28	1.83
11630115--11630204	27	3.3	27	82	3	101	32	10	17	40	1.83
11632837--11632954	31	3.5	35	87	9	126	22	22	16	38	1.93
11632860--11632954	31	3.1	31	96	0	172	23	21	15	40	1.91
11633167--11633333	23	7.1	23	92	2	253	29	21	20	28	1.98
11633146--11633333	47	4.0	47	88	6	265	28	22	21	27	1.99
11633145--11633334	24	8.0	23	88	5	256	28	22	21	28	1.99
11633380--11633450	20	3.5	20	90	0	115	32	19	11	36	1.87
11633485--11633534	25	2.0	26	84	4	66	26	20	24	30	1.98
11634775--11635175	27	14.9	27	85	5	463	39	8	23	28	1.83
11635181--11635270	27	3.3	27	82	3	101	32	10	17	40	1.83
11640625--11640654	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
11640993--11641022	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
11642657--11642693	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11643214--11643264	26	2.0	27	84	7	70	33	0	1	64	1.05
11643599--11643638	21	1.9	21	90	10	64	72	0	27	0	0.85
11643616--11643660	14	3.2	14	84	9	56	80	0	20	0	0.72
11643595--11643652	24	2.6	23	82	17	70	75	0	24	0	0.80
11643627--11643659	7	4.9	7	85	7	50	84	0	15	0	0.61
11643825--11643932	33	3.4	32	70	24	95	37	0	11	50	1.38
11643823--11643941	60	2.0	60	91	3	195	35	0	12	52	1.40
11650011--11650078	27	2.5	27	88	4	93	22	29	22	26	1.99
11650011--11650088	27	2.9	27	84	0	66	25	26	24	23	2.00
11651378--11651424	17	2.8	17	77	3	51	63	2	2	31	1.18
11655443--11655653	84	2.5	84	85	0	269	22	40	16	20	1.91
11668146--11668185	19	2.0	20	85	4	55	47	0	2	50	1.14
11680443--11680515	36	2.0	36	91	0	119	31	12	27	28	1.93
11690150--11690230	40	2.0	40	95	0	144	29	16	6	48	1.70
11693939--11693966	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
11696985--11697028	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
11697053--11697083	15	2.0	16	93	6	55	61	0	0	38	0.96
11706171--11706224	25	2.3	26	75	18	64	55	7	3	33	1.45
11706188--11706235	24	2.0	25	83	4	62	56	10	2	31	1.45
11707140--11707171	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
11708721--11708782	21	3.0	21	83	4	74	12	24	17	45	1.84
11713472--11713608	38	3.5	39	86	4	170	24	29	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11721540--11721669	40	3.3	40	87	5	176	24	29	22	23	1.99
11729583--11729712	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
11734451--11734486	18	2.1	18	89	5	56	33	5	13	47	1.67
11737343--11737823	239	2.0	240	96	0	892	30	7	18	43	1.78
11743810--11743838	15	1.9	15	100	0	58	31	13	27	27	1.94
11749708--11749762	27	2.0	27	100	0	110	43	3	7	45	1.49
11752517--11752577	16	3.9	16	80	19	67	65	0	34	0	0.93
11752512--11752574	22	3.0	21	82	15	69	65	0	34	0	0.93
11753056--11753116	17	4.0	15	76	6	52	70	1	4	22	1.15
11753088--11753126	17	2.4	16	95	4	69	74	5	7	12	1.20
11753159--11754369	298	4.1	295	87	5	1597	56	6	8	28	1.53
11753159--11754369	444	2.7	443	88	5	1665	56	6	8	28	1.53
11753310--11754369	147	7.1	150	85	5	1280	56	6	7	28	1.53
11756242--11756382	72	2.0	72	85	2	194	21	24	19	34	1.97
11756921--11756959	17	2.3	17	86	8	53	43	10	12	33	1.77
11761747--11761787	17	2.5	17	92	4	66	0	21	0	78	0.76
11761747--11761791	16	2.8	16	87	9	65	0	24	0	75	0.80
11761747--11761799	16	3.1	17	86	8	63	1	24	0	73	0.93
11761773--11761830	25	2.4	25	85	2	73	3	32	0	63	1.11
11767178--11767210	16	2.1	16	94	0	57	36	30	0	33	1.58
11768820--11769015	91	2.2	91	87	1	286	26	14	25	33	1.95
11768911--11769411	132	3.8	132	92	0	808	24	15	25	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11769655--11769702	21	2.3	21	77	0	51	29	2	22	45	1.64
11769745--11769793	22	2.2	21	82	10	62	18	0	28	53	1.45
11769756--11769799	22	2.0	22	90	0	70	13	0	36	50	1.42
11769721--11769798	37	2.1	37	83	4	95	12	0	33	53	1.39
11770414--11770539	47	2.7	47	94	0	225	35	17	15	31	1.91
11773201--11773243	6	6.8	6	91	2	59	32	0	0	67	0.91
11773390--11773774	36	10.5	35	76	10	308	25	22	15	37	1.93
11773390--11773774	73	5.3	74	79	6	385	25	22	15	37	1.93
11773391--11773774	147	2.6	144	81	5	416	25	22	15	36	1.93
11774311--11774360	14	3.5	14	81	5	64	48	10	0	42	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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