genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.139.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  139  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42045343--42045443	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
42053264--42053364	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
42060953--42061120	40	4.2	40	80	1	167	23	27	23	25	2.00
42060969--42061118	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
42063166--42063322	43	3.6	44	79	9	171	24	17	24	33	1.96
42063608--42063643	17	2.1	17	94	0	63	19	5	16	58	1.58
42065862--42066035	45	3.8	44	78	9	188	21	20	29	28	1.98
42070870--42071045	46	3.8	45	79	10	185	20	19	30	28	1.97
42070866--42071037	93	1.8	93	91	0	281	20	20	31	27	1.97
42078611--42078646	2	18.0	2	88	0	54	50	0	2	47	1.15
42084787--42084846	27	2.3	26	82	2	66	35	18	23	23	1.96
42085199--42085229	8	3.9	8	91	0	53	9	38	25	25	1.86
42085190--42085226	16	2.3	16	95	0	65	8	40	29	21	1.82
42087811--42087896	43	2.0	43	100	0	172	37	6	18	37	1.78
42101932--42101991	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
42114556--42114731	46	3.8	46	80	10	214	21	21	28	28	1.98
42114553--42114724	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
42117415--42117498	29	2.9	29	82	10	100	10	16	15	57	1.65
42117424--42117502	15	5.4	15	80	10	92	10	17	12	59	1.60
42119883--42120058	46	3.8	46	80	10	214	21	21	28	28	1.98
42119880--42120051	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
42129192--42129229	20	1.9	20	88	0	58	18	13	31	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42135498--42135813	47	6.6	49	91	5	477	32	7	30	29	1.86
42137236--42137447	40	5.3	40	94	0	334	24	19	28	27	1.99
42141170--42141580	49	8.6	49	91	3	595	32	8	30	29	1.86
42144672--42144831	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
42151878--42152016	60	2.3	60	85	8	176	30	20	23	25	1.98
42154015--42154058	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
42156624--42156758	60	2.2	60	83	11	177	30	19	24	25	1.98
42164075--42164234	29	5.5	30	88	8	213	33	14	25	26	1.94
42164075--42164234	59	2.8	57	88	4	214	33	14	25	26	1.94
42172040--42172198	29	5.5	29	87	5	205	32	14	25	27	1.95
42179995--42180116	28	4.5	28	81	14	134	34	14	25	25	1.94
42179995--42180116	55	2.3	52	84	12	151	34	14	25	25	1.94
42182609--42182768	29	5.5	30	88	8	213	33	14	25	26	1.94
42182609--42182768	59	2.8	57	88	4	214	33	14	25	26	1.94
42190560--42190719	29	5.5	30	88	8	213	33	14	25	26	1.94
42190560--42190719	59	2.8	57	88	4	214	33	14	25	26	1.94
42193501--42193618	37	3.2	36	95	2	200	22	33	19	23	1.97
42193720--42194029	49	6.4	49	95	1	527	29	31	9	29	1.88
42193720--42194029	97	3.2	98	94	1	527	29	31	9	29	1.88
42193714--42194029	146	2.2	145	92	2	526	29	31	8	29	1.88
42199343--42199422	27	3.0	27	75	0	88	41	18	17	22	1.90
42207059--42207092	15	2.2	16	89	5	52	23	5	14	55	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42211561--42211587	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
42219229--42219396	40	4.2	40	79	6	162	23	26	22	27	2.00
42219245--42219394	80	1.9	80	83	8	198	22	26	23	27	2.00
42232137--42232268	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
42237771--42237815	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
42242271--42242332	27	2.3	27	82	0	70	29	14	16	40	1.88
42245505--42245611	29	3.7	29	83	6	128	26	30	16	26	1.97
42245502--42245611	58	1.9	57	86	1	157	26	31	16	25	1.96
42247583--42247840	40	6.5	40	90	2	369	22	22	27	26	1.99
42253952--42254100	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
42253993--42254100	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
42259049--42259197	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
42259090--42259197	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
42261583--42261696	29	4.0	29	83	6	126	28	28	15	28	1.96
42261574--42261684	58	1.9	58	85	1	152	27	28	16	27	1.97
42263855--42263921	32	2.1	32	88	0	98	35	26	13	23	1.92
42264231--42264292	27	2.3	27	85	0	79	29	12	16	41	1.85
42271191--42271413	121	1.9	120	86	0	320	39	10	19	29	1.86
42280058--42280113	22	2.5	22	88	0	76	19	21	28	30	1.98
42280015--42280151	60	2.3	60	85	2	186	20	17	26	35	1.95
42280080--42280161	38	2.2	38	91	4	130	19	15	29	35	1.93
42281882--42282010	40	3.3	39	74	10	127	24	27	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42281898--42282048	40	3.8	40	76	8	139	22	25	23	27	2.00
42285569--42285608	19	2.1	19	100	0	80	27	10	25	37	1.88
42286915--42286946	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
42287392--42287439	25	1.9	25	87	8	71	43	0	16	39	1.48
42290846--42290906	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
42293825--42293862	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
42299014--42299105	27	3.4	27	87	0	103	27	16	19	36	1.93
42299058--42299558	27	18.6	27	83	6	581	31	10	19	38	1.86
42299060--42299558	108	4.6	109	85	4	640	31	10	19	38	1.86
42300241--42300317	27	2.9	27	88	0	100	27	16	22	33	1.95
42300285--42300784	27	18.6	27	83	6	545	32	11	19	37	1.87
42303955--42304048	27	3.5	27	88	2	118	29	17	17	36	1.92
42304000--42304286	27	10.7	27	81	1	272	32	9	19	39	1.83
42304000--42304286	81	3.6	81	81	2	337	32	9	19	39	1.83
42304593--42304665	28	2.6	28	88	0	101	23	36	17	21	1.94
42308594--42308679	42	2.0	42	100	0	172	31	18	15	34	1.92
42319173--42319273	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
42322054--42322132	31	2.5	31	87	0	122	25	24	18	31	1.98
42323199--42323300	27	3.8	26	71	12	80	24	20	17	37	1.94
42323321--42323626	27	11.3	27	77	8	192	31	8	20	40	1.82
42323317--42323585	80	3.3	81	81	4	301	30	8	19	42	1.80
42323302--42323599	54	5.5	54	78	5	251	30	8	19	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42323379--42323721	27	12.7	27	83	4	235	32	7	20	38	1.81
42326802--42326901	39	2.5	39	81	1	128	26	22	28	24	1.99
42326803--42326941	40	3.5	40	83	2	147	25	23	28	23	2.00
42326802--42326967	79	2.1	79	78	4	174	25	22	27	24	2.00
42328447--42328602	42	3.6	42	72	13	134	27	30	17	24	1.98
42328442--42328651	90	2.3	90	79	0	231	30	29	15	24	1.95
42339441--42339505	26	2.3	29	82	15	75	20	12	1	66	1.32
42345528--42345703	40	4.4	40	89	2	248	24	23	28	23	2.00
42353243--42353458	39	5.5	40	86	4	280	22	22	29	25	1.99
42353243--42353432	79	2.4	79	88	6	278	21	22	30	25	1.99
42355231--42355362	48	2.8	48	88	3	187	34	28	14	22	1.93
42355474--42355531	21	2.7	21	79	12	64	34	20	13	31	1.92
42357222--42357368	44	3.3	45	77	11	140	35	21	14	28	1.93
42357869--42357908	21	1.9	21	84	0	53	47	22	2	27	1.64
42360784--42360839	18	3.1	18	81	0	67	23	23	12	41	1.88
42365612--42365778	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
42371885--42371948	32	2.0	32	100	0	128	28	0	21	50	1.49
42373769--42373829	24	2.5	24	86	5	79	32	29	16	21	1.95
42384546--42384689	38	3.8	38	91	0	207	23	20	22	32	1.98
42385192--42385234	21	1.9	23	86	13	63	34	0	20	44	1.52
42389861--42389940	39	2.1	39	95	0	142	30	17	28	23	1.97
42393696--42393728	17	2.1	17	88	11	52	27	12	15	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42400702--42400746	16	2.9	16	83	3	56	53	22	15	8	1.69
42400964--42401050	29	3.0	29	83	5	97	29	12	29	27	1.93
42405674--42405860	80	2.3	80	79	1	196	23	28	24	23	1.99
42405746--42405853	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
42408121--42408169	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
42408991--42409157	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
42419471--42419619	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
42419512--42419619	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
42421366--42421470	48	2.2	45	79	11	113	23	30	18	27	1.97
42422860--42423015	68	2.2	68	77	13	149	20	28	16	34	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410