genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12343276--12343341	34	1.9	34	84	6	89	56	7	4	31	1.48
12344271--12344327	24	2.3	25	84	3	71	50	7	5	36	1.52
12345401--12345453	3	17.7	3	100	0	106	66	0	0	33	0.92
12345904--12345936	12	2.6	13	85	4	50	6	0	48	45	1.27
12346510--12346557	14	3.5	13	77	8	51	52	14	2	31	1.54
12347459--12347502	20	2.1	21	87	4	63	43	0	0	56	0.99
12351552--12351602	12	4.4	12	73	9	52	13	1	7	76	1.09
12351554--12351602	11	4.4	11	78	14	55	12	2	8	77	1.07
12351555--12351602	22	2.2	22	85	7	62	12	2	8	77	1.08
12351574--12351645	11	6.9	11	72	9	53	19	4	4	72	1.18
12356219--12356266	15	3.2	15	84	0	60	31	4	2	62	1.26
12356701--12356762	30	2.1	30	90	0	97	61	12	1	24	1.41
12364667--12364694	13	2.2	13	100	0	56	14	42	25	17	1.87
12365730--12365883	42	3.7	41	84	3	191	29	20	15	34	1.94
12370809--12370872	33	1.9	33	96	0	119	28	25	25	21	1.99
12374477--12374552	33	2.3	33	78	14	86	25	28	17	28	1.97
12377332--12377378	25	2.0	24	83	8	60	48	2	6	42	1.40
12378619--12378656	20	1.9	20	88	0	58	47	0	5	47	1.24
12379358--12379423	24	2.8	24	81	11	82	37	0	1	60	1.06
12379676--12379734	13	5.0	13	73	23	51	71	0	28	0	0.87
12379676--12379734	23	2.5	24	78	15	70	71	0	28	0	0.87
12379683--12379747	14	4.5	14	79	11	60	73	0	24	1	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12379701--12379731	12	2.7	11	90	9	53	77	0	22	0	0.77
12379710--12379747	19	2.0	19	89	0	58	76	0	21	2	0.91
12379890--12380015	60	2.1	61	89	1	191	34	0	9	55	1.38
12382061--12382209	33	4.5	33	83	0	163	14	47	12	24	1.80
12382061--12382220	66	2.4	66	84	2	187	13	46	13	26	1.80
12383842--12383887	20	2.3	20	100	0	92	26	36	26	10	1.89
12383691--12384014	171	1.9	171	99	0	639	30	21	18	30	1.97
12387692--12387765	34	2.1	35	95	5	141	50	2	14	32	1.58
12388088--12388126	9	4.3	9	81	12	53	71	0	0	28	0.86
12391649--12391685	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
12395942--12395972	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
12399151--12399190	21	2.0	20	85	14	55	22	27	37	12	1.90
12400344--12400467	47	2.6	49	87	5	164	25	27	20	27	1.99
12400344--12400520	50	3.7	47	79	9	167	25	28	19	26	1.99
12400526--12400684	46	3.5	46	78	10	198	27	27	16	28	1.97
12411638--12411767	43	3.0	42	74	8	127	34	24	13	26	1.93
12424169--12424194	12	2.2	12	100	0	52	61	0	23	15	1.33
12426540--12426618	31	2.5	31	91	0	131	27	26	16	29	1.97
12426642--12426733	42	2.2	42	86	0	130	34	21	14	29	1.93
12426866--12426977	26	4.3	26	86	5	156	25	25	22	27	2.00
12426866--12426978	52	2.2	50	92	6	190	24	24	23	27	2.00
12427027--12427093	20	3.3	20	81	4	82	34	17	10	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12427918--12428003	27	3.1	27	73	17	77	34	9	15	40	1.79
12427981--12428131	27	5.6	27	84	4	180	28	7	21	41	1.81
12428006--12428164	54	2.9	54	82	3	178	29	10	20	38	1.87
12427982--12428131	81	1.9	81	87	2	221	28	8	21	42	1.81
12427981--12428164	81	2.3	81	82	5	212	28	9	20	40	1.84
12428006--12428171	27	6.1	27	79	7	140	28	10	22	37	1.88
12428163--12428360	27	7.3	27	82	2	218	40	8	22	28	1.83
12428163--12428360	54	3.7	54	84	0	243	40	8	22	28	1.83
12428163--12428360	81	2.4	81	87	1	263	40	8	22	28	1.83
12431877--12431908	3	11.0	3	93	6	57	31	0	0	68	0.90
12432185--12432239	16	3.2	17	80	15	60	40	0	5	54	1.23
12434693--12434732	18	2.2	18	86	0	53	30	27	37	5	1.78
12435007--12435056	20	2.4	21	96	3	93	32	4	6	58	1.41
12438271--12438328	27	2.1	27	84	6	73	17	22	37	22	1.93
12439026--12439057	3	11.0	3	93	6	57	68	0	0	31	0.90
12439103--12439155	17	3.1	17	97	0	97	54	16	22	5	1.63
12453020--12453052	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
12453177--12453238	30	2.1	30	96	0	115	58	8	3	30	1.43
12453632--12453670	7	5.6	7	100	0	78	30	41	0	28	1.57
12453621--12453677	21	2.7	21	84	10	80	29	38	0	31	1.58
12453621--12453699	14	5.6	14	79	5	70	29	32	1	36	1.66
12462289--12462357	30	2.3	30	100	0	138	21	34	28	14	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12463456--12463500	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
12470028--12470087	19	3.3	18	76	15	61	63	0	1	35	1.05
12470274--12470325	28	1.9	26	88	7	77	23	1	1	73	1.04
12470274--12470330	19	3.1	19	73	14	55	24	3	3	68	1.21
12470274--12470325	9	5.6	9	78	15	52	23	1	1	73	1.04
12470282--12470337	28	2.1	28	83	6	71	26	5	3	64	1.32
12470341--12470385	20	2.2	20	88	4	63	20	6	2	71	1.20
12470402--12470450	18	2.7	19	73	17	50	32	2	2	63	1.17
12475220--12475260	21	2.0	21	85	9	57	21	17	0	60	1.35
12487862--12487902	18	2.2	19	87	12	59	80	7	4	7	1.02
12489920--12489970	23	2.2	24	89	6	79	41	9	17	31	1.82
12497487--12497525	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
12499797--12499844	25	1.9	25	100	0	96	56	0	0	43	0.99
12501936--12501990	20	2.8	20	83	5	67	25	5	1	67	1.22
12507883--12508048	40	4.2	40	78	7	160	26	22	26	24	2.00
12512036--12512070	17	2.1	17	100	0	70	17	28	31	22	1.96
12514222--12514390	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
12519641--12519681	20	2.0	20	100	0	82	29	34	17	19	1.94
12519644--12519687	20	2.2	20	91	0	70	31	29	18	20	1.96
12522716--12522763	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
12522807--12522865	20	3.0	20	97	0	109	35	11	20	32	1.89
12522811--12522865	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12522915--12523056	24	6.0	24	90	4	200	28	21	22	26	1.99
12522915--12523056	47	3.0	47	89	6	198	28	21	22	26	1.99
12523248--12523311	31	2.1	31	91	2	103	37	15	23	23	1.93
12530801--12530848	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
12530890--12530950	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
12531000--12531141	24	6.0	24	90	5	200	28	22	21	26	1.99
12531000--12531122	46	2.6	46	92	3	192	30	21	21	26	1.98
12531000--12531142	70	2.0	72	87	5	211	29	22	21	26	1.99
12531322--12531385	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
12536808--12536925	31	3.5	35	89	9	135	22	23	16	37	1.94
12536831--12536925	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92
12537117--12537259	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
12537117--12537258	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
12537116--12537259	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
12537310--12537369	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
12537310--12537364	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
12537412--12537459	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
12544932--12545049	31	3.5	35	89	9	135	22	23	16	37	1.94
12544955--12545049	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92
12545241--12545383	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
12545241--12545382	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
12545240--12545383	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12545434--12545493	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
12545434--12545488	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
12545536--12545583	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
12549026--12549068	21	2.0	21	86	0	59	37	11	6	44	1.68
12549033--12549076	21	2.1	21	82	0	52	43	11	9	36	1.72
12552497--12552537	22	1.9	22	95	5	75	9	43	29	17	1.80
12559981--12560059	41	1.9	42	85	10	110	20	25	37	16	1.93
12561117--12561201	44	1.9	44	85	4	118	21	21	27	30	1.98
12564215--12564244	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
12564637--12564774	27	5.1	27	82	11	176	18	24	22	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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