genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  79  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22780017--22780181	43	3.9	43	78	7	167	25	17	25	31	1.97
22780017--22780181	86	1.9	85	81	8	201	25	17	25	31	1.97
22783106--22783152	25	2.0	23	87	8	67	65	6	0	27	1.16
22783124--22783181	21	2.8	21	80	10	66	70	8	0	20	1.13
22789132--22789170	18	2.2	18	90	0	60	38	0	5	56	1.22
22789255--22789287	13	2.5	13	90	9	50	78	0	21	0	0.75
22790004--22790063	18	3.3	19	68	27	58	35	0	15	50	1.44
22791508--22791692	40	4.6	40	84	3	246	23	27	24	24	2.00
22796663--22796810	40	3.7	40	79	8	113	28	23	25	22	1.99
22796634--22796810	80	2.2	81	82	8	202	26	23	26	23	2.00
22798793--22798923	40	3.3	40	78	2	147	25	24	27	22	2.00
22803512--22803662	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
22803548--22803678	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
22811507--22811657	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
22811543--22811673	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
22818822--22819006	40	4.6	40	81	6	221	24	27	23	25	2.00
22823352--22823568	92	2.4	92	87	0	317	20	22	11	46	1.82
22823359--22823561	46	4.4	46	88	3	284	20	22	10	46	1.81
22823533--22823658	45	2.8	45	87	0	180	19	23	19	37	1.94
22832116--22832171	18	3.0	18	80	10	67	57	0	0	42	0.99
22833096--22833134	20	2.0	20	89	0	60	48	35	0	15	1.45
22833364--22833394	14	2.2	14	94	0	53	41	0	3	54	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22834263--22834287	3	8.3	3	100	0	50	36	0	64	0	0.94
22835824--22835852	6	4.8	6	100	0	58	13	17	51	17	1.76
22837967--22838172	96	2.1	99	84	7	271	38	0	17	42	1.56
22838148--22838177	15	2.0	15	93	0	51	16	0	36	46	1.47
22838266--22838536	126	2.1	127	89	2	422	33	18	19	28	1.95
22841545--22841927	116	3.3	116	95	0	667	47	8	3	39	1.51
22842312--22842354	18	2.4	18	84	0	59	48	11	25	13	1.77
22847762--22847814	20	2.7	20	85	5	63	26	7	11	54	1.62
22851962--22851986	13	1.9	13	100	0	50	64	0	16	20	1.30
22872901--22872940	3	13.3	3	89	10	64	32	2	0	65	1.06
22873066--22873096	16	1.9	16	93	0	53	74	0	9	16	1.07
22874479--22874510	13	2.5	13	94	0	55	25	0	18	56	1.42
22874999--22875045	20	2.3	20	96	0	85	19	42	29	8	1.80
22879567--22879608	9	4.7	9	80	11	50	47	30	0	21	1.51
22881474--22881508	14	2.5	14	90	0	52	54	0	17	28	1.43
22882332--22882442	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
22888718--22888752	14	2.5	14	90	0	52	54	0	17	28	1.43
22891042--22891183	53	2.7	54	86	5	200	25	16	27	30	1.97
22893611--22893655	18	2.4	19	85	14	58	37	0	2	60	1.09
22896903--22896957	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
22897023--22897234	25	8.6	25	68	16	102	56	5	6	32	1.46
22897698--22897765	30	2.3	30	92	0	109	17	4	51	26	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22898013--22898073	17	3.4	17	65	12	50	31	3	13	52	1.56
22897987--22898113	37	3.4	37	88	4	177	31	4	14	49	1.63
22898050--22898110	17	3.4	17	68	12	50	34	3	11	50	1.55
22898123--22898207	9	9.4	9	82	0	107	25	14	21	38	1.91
22898123--22898207	36	2.4	36	97	0	161	25	14	21	38	1.91
22899800--22899830	7	4.4	7	100	0	62	41	16	0	41	1.48
22910790--22910957	40	4.2	41	78	5	166	25	22	26	25	2.00
22910793--22910957	80	2.1	79	81	5	190	26	21	26	26	2.00
22912621--22912802	46	4.0	46	91	1	276	21	24	13	39	1.90
22915512--22915587	37	2.1	36	83	11	93	53	2	2	40	1.28
22915991--22916042	19	2.8	19	82	2	61	36	3	3	55	1.36
22919852--22919907	29	2.0	29	89	3	87	19	21	39	19	1.93
22925044--22925149	43	2.5	43	84	0	131	38	18	18	23	1.93
22925080--22925238	40	3.9	39	80	8	135	40	17	16	25	1.90
22925166--22925230	20	3.2	20	66	0	58	32	20	20	27	1.97
22925176--22925237	20	3.1	20	69	0	61	37	20	17	24	1.94
22925124--22925240	40	2.9	40	85	2	137	40	17	16	26	1.90
22926963--22927032	34	2.1	34	100	0	140	57	2	8	31	1.44
22927969--22928091	33	3.8	33	76	11	101	33	12	21	32	1.91
22929707--22929788	21	3.8	21	80	3	74	37	26	21	13	1.91
22929705--22929779	21	3.5	22	83	7	91	38	26	21	13	1.90
22931286--22931341	5	10.6	5	81	11	67	57	3	0	39	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22931285--22931338	12	4.3	12	80	17	65	55	3	0	40	1.17
22931374--22931404	15	2.1	15	93	0	53	29	9	19	41	1.83
22931425--22931475	21	2.4	22	80	6	61	58	3	0	37	1.16
22931640--22931686	19	2.3	22	79	17	57	38	12	4	44	1.62
22937702--22937852	42	3.6	42	82	6	162	28	15	25	29	1.96
22941563--22941607	16	2.8	16	77	12	56	51	24	2	22	1.60
22941883--22941951	34	2.0	34	91	0	111	37	20	5	36	1.77
22945002--22945040	6	6.5	6	100	0	78	17	0	30	51	1.46
22950863--22950970	26	4.2	26	91	0	180	37	24	6	32	1.81
22952221--22952311	23	4.0	23	78	8	96	38	14	16	30	1.88
22952220--22952328	46	2.4	46	80	6	123	38	13	15	32	1.87
22952223--22952322	23	4.3	23	77	5	67	40	14	14	32	1.85
22954407--22954435	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
22976840--22976874	17	1.9	19	88	11	56	57	8	28	5	1.52
22991284--22991317	15	2.3	15	90	10	52	32	2	8	55	1.45
22991389--22991549	45	3.6	45	84	1	198	37	18	19	24	1.93
22991544--22991675	46	2.9	45	75	18	114	45	12	19	21	1.84
22991561--22991677	46	2.6	45	84	4	137	46	12	20	20	1.83
22994254--22994291	16	2.4	16	82	4	51	55	5	7	31	1.51
23005473--23005502	12	2.5	12	94	0	51	20	0	16	63	1.31
23009836--23010031	40	4.9	40	94	1	324	21	21	28	28	1.99
23017775--23017965	40	4.8	40	95	0	319	21	21	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23022027--23022113	40	2.2	40	91	4	140	27	16	22	33	1.95
23022040--23022133	40	2.4	39	85	10	120	24	17	25	32	1.96
23024203--23024244	22	1.9	22	90	0	66	4	14	14	66	1.40
23025157--23025207	26	2.0	26	96	0	93	25	23	7	43	1.81
23025158--23025213	26	2.2	26	90	0	85	26	25	7	41	1.81
23026776--23026874	28	3.5	29	93	5	159	32	28	12	27	1.92
23027965--23028002	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
23028378--23028465	41	2.1	41	95	0	158	31	29	11	27	1.91
23029927--23029954	12	2.3	12	100	0	56	7	14	32	46	1.71
23030812--23030863	14	3.7	14	92	0	86	38	50	1	9	1.46
23030881--23030942	28	2.2	29	82	2	72	48	22	3	25	1.66
23030903--23030955	22	2.5	21	75	3	52	54	24	0	20	1.44
23032851--23032982	34	4.0	34	85	9	184	25	6	5	62	1.41
23032875--23032969	30	3.0	30	87	9	120	25	5	6	63	1.40
23035632--23035819	44	4.3	44	78	4	170	29	14	25	30	1.95
23035632--23035897	43	6.2	43	74	3	203	31	17	23	27	1.97
23038252--23038303	9	5.7	9	77	4	50	51	0	11	36	1.38
23038487--23038810	42	7.7	42	88	0	479	32	24	20	22	1.98
23039207--23039270	24	2.5	26	78	14	62	1	14	6	78	1.02
23039225--23039272	26	1.9	26	87	8	73	0	14	4	81	0.84
23039223--23039271	16	3.2	15	83	11	55	0	14	4	81	0.83
23055043--23055090	18	2.6	18	83	3	60	68	4	10	16	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23057028--23057192	43	3.9	42	79	11	183	31	26	19	23	1.98
23059956--23060092	21	6.5	21	75	0	130	44	17	21	16	1.87
23060544--23060603	23	2.7	22	89	5	93	38	13	0	48	1.42
23062047--23062087	17	2.3	18	87	4	57	2	43	0	53	1.13
23062124--23062395	148	1.8	149	88	4	424	42	11	4	41	1.61
23076677--23076788	42	2.6	43	79	10	122	30	25	17	25	1.98
23076657--23076788	43	3.1	42	77	8	133	32	25	17	24	1.97
23076664--23076826	85	1.9	85	82	2	202	29	27	18	24	1.98
23083954--23084092	43	3.3	43	77	9	133	27	25	20	27	1.99
23083935--23084055	42	2.8	43	80	7	131	26	25	21	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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