genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  187  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57125511--57125727	79	2.7	78	79	12	228	26	22	26	25	2.00
57127262--57127295	18	1.9	17	88	5	50	5	23	50	20	1.70
57127427--57127484	27	2.1	27	90	0	89	17	20	24	37	1.93
57130191--57130235	22	2.0	22	91	0	72	22	6	31	40	1.80
57131383--57131441	23	2.6	23	89	2	84	15	25	28	30	1.96
57136519--57136543	9	2.8	9	100	0	50	64	0	12	24	1.27
57137011--57137192	35	5.1	35	77	2	148	41	17	10	30	1.83
57140372--57140413	20	2.2	20	87	12	61	57	4	21	16	1.58
57147079--57147129	17	2.8	18	82	11	59	47	3	3	45	1.40
57150625--57150766	40	3.6	40	88	2	207	23	22	26	27	1.99
57159147--57159288	40	3.6	40	87	2	207	23	22	26	27	1.99
57164346--57164473	34	3.8	34	85	0	166	28	6	24	41	1.79
57170960--57170990	9	3.3	9	95	4	53	16	0	22	61	1.34
57175654--57175692	17	2.3	17	90	0	60	28	17	28	25	1.98
57179588--57179648	29	2.1	29	84	0	77	21	32	16	29	1.95
57179601--57179664	29	2.2	29	88	0	92	23	28	17	31	1.97
57187061--57187113	24	2.2	25	82	3	63	30	9	11	49	1.70
57188571--57188739	89	1.9	88	96	1	311	21	26	24	27	1.99
57190646--57190912	137	1.9	138	82	0	329	33	26	19	19	1.96
57197433--57197513	42	1.9	42	84	2	108	25	16	27	30	1.96
57201452--57201580	46	2.8	46	81	12	158	22	20	27	29	1.98
57205544--57205594	23	2.2	23	85	0	66	25	23	13	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57210705--57210798	38	2.5	38	100	0	188	26	13	27	31	1.94
57211396--57211576	76	2.3	80	83	8	230	24	22	27	25	2.00
57211397--57211583	39	4.8	40	80	11	183	25	21	27	25	2.00
57218910--57219002	38	2.5	38	98	1	179	26	12	27	32	1.93
57219601--57219802	40	5.1	40	83	8	245	25	22	26	25	2.00
57219601--57219783	78	2.3	80	85	7	241	24	22	26	26	2.00
57219602--57219815	78	2.7	77	79	11	238	26	21	26	25	1.99
57224619--57224714	24	4.0	24	83	6	106	23	22	17	35	1.95
57231751--57231867	28	4.2	28	93	2	191	19	37	25	17	1.93
57238731--57239061	47	7.0	47	83	7	250	33	8	28	29	1.87
57238760--57238831	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
57238882--57239077	98	2.0	98	89	3	299	34	6	27	31	1.83
57238882--57239077	48	4.0	48	86	5	295	34	6	27	31	1.83
57239223--57239402	37	4.9	37	96	0	306	23	18	31	25	1.98
57241553--57241595	21	2.0	21	86	9	59	53	18	16	11	1.72
57241546--57241603	23	2.5	22	78	13	64	53	22	15	8	1.69
57241589--57241838	41	6.1	41	84	3	299	35	24	20	19	1.96
57241584--57241839	123	2.1	121	84	5	329	35	25	20	19	1.96
57241893--57241940	16	3.0	16	77	17	55	52	33	0	14	1.42
57241851--57241966	52	2.2	54	84	4	146	48	31	0	19	1.50
57241893--57241963	29	2.3	29	86	11	90	49	32	0	18	1.48
57244634--57244665	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57246355--57246398	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
57252273--57252355	43	1.9	43	87	0	121	30	30	18	21	1.97
57256347--57256426	29	2.7	30	81	11	94	28	33	13	23	1.93
57258535--57258580	15	3.1	15	93	0	74	56	15	13	15	1.68
57258879--57259010	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
57266692--57266823	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
57273399--57273622	40	5.6	40	88	4	301	25	26	22	25	2.00
57276235--57276409	46	3.8	46	74	15	155	22	19	28	30	1.98
57276232--57276400	92	1.8	93	88	3	261	23	19	27	29	1.98
57278210--57278254	6	7.5	6	87	0	63	11	2	4	82	0.91
57278210--57278249	12	3.3	12	96	0	71	10	0	5	85	0.75
57279804--57279970	40	4.2	40	80	6	160	25	26	22	26	2.00
57288383--57288516	40	3.3	40	91	0	205	19	19	27	33	1.96
57291289--57291317	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
57291901--57292072	59	2.9	56	80	13	177	50	2	4	42	1.38
57291963--57292056	28	3.2	28	70	14	91	54	2	5	38	1.35
57291974--57292060	20	4.4	20	67	18	56	51	2	4	41	1.35
57291930--57292078	59	2.4	63	84	10	218	50	2	4	42	1.34
57292050--57292108	25	2.2	28	82	8	70	47	3	0	49	1.18
57310237--57310268	12	2.7	12	95	0	55	59	12	12	15	1.61
57310243--57310305	31	2.0	32	84	3	83	53	9	17	19	1.70
57310280--57310670	25	15.7	25	75	11	338	45	12	21	20	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57310304--57310670	6	59.0	6	65	23	113	45	12	20	20	1.84
57310330--57310670	50	6.7	50	89	6	458	45	12	21	20	1.84
57310304--57310392	43	2.1	43	89	0	133	48	15	16	19	1.82
57310787--57310894	27	4.0	27	82	5	112	37	20	24	18	1.94
57310787--57310894	54	2.0	53	83	1	135	37	20	24	18	1.94
57311486--57311615	53	2.4	54	87	3	183	25	23	16	35	1.95
57311482--57311615	27	5.0	27	85	1	180	25	22	17	35	1.95
57311606--57311710	27	3.9	27	72	5	86	33	8	22	35	1.85
57314019--57314119	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
57314048--57314123	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
57323079--57323165	24	3.6	24	93	0	156	35	26	17	20	1.95
57324873--57325024	40	3.8	40	77	8	132	23	23	28	25	1.99
57326883--57326966	43	2.0	43	90	0	132	28	32	21	17	1.96
57328967--57329118	43	3.5	43	76	10	123	29	25	17	27	1.97
57349649--57349820	43	4.0	43	77	8	170	25	13	26	34	1.93
57355287--57355338	16	3.3	16	69	15	54	50	5	0	44	1.26
57355289--57355350	31	2.0	31	100	0	124	45	6	0	48	1.28
57365266--57365416	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
57365303--57365432	40	3.2	40	80	2	154	23	23	27	24	2.00
57377108--57377250	39	3.7	39	90	2	234	22	30	20	26	1.99
57377068--57377249	77	2.3	79	89	2	269	23	29	22	24	1.99
57383924--57384091	84	2.0	84	100	0	336	38	11	16	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57384598--57384911	46	6.7	46	80	12	293	25	18	31	24	1.97
57384598--57384912	96	3.3	94	80	11	324	25	18	31	24	1.97
57390601--57390645	24	1.9	23	82	13	56	20	26	17	35	1.95
57391999--57392080	42	2.0	42	87	4	121	18	25	30	25	1.98
57400271--57400300	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
57400512--57400738	49	4.6	49	76	8	181	30	24	18	26	1.97
57406547--57406620	31	2.4	31	74	19	73	37	18	2	40	1.65
57406793--57406860	25	2.7	25	79	4	66	22	23	23	30	1.99
57411008--57411183	46	3.8	46	78	15	200	31	28	19	20	1.97
57412168--57412224	12	4.9	12	77	16	50	77	1	19	1	0.95
57418367--57418494	43	3.0	42	79	10	136	28	12	23	35	1.91
57419013--57419054	20	2.1	20	100	0	84	19	9	33	38	1.84
57419295--57419452	30	5.3	30	99	0	307	20	23	32	22	1.98
57420839--57421244	39	10.5	39	77	5	338	17	30	17	34	1.93
57420920--57421061	20	7.2	20	67	13	80	16	35	18	30	1.93
57420840--57421233	117	3.4	117	83	3	481	16	30	17	34	1.93
57420840--57421233	78	5.1	78	83	1	418	16	30	17	34	1.93
57427316--57427379	27	2.4	27	83	0	74	25	21	17	35	1.95
57430942--57431061	29	4.2	29	90	1	179	27	13	30	28	1.94
57438251--57438437	80	2.3	80	83	8	229	26	22	26	24	2.00
57438290--57438456	80	2.1	79	80	8	178	25	23	26	24	2.00
57438289--57438443	40	3.9	39	80	6	152	25	23	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57446366--57446552	80	2.3	80	83	9	222	26	22	26	25	2.00
57446404--57446572	40	4.2	39	77	7	144	25	22	26	25	2.00
57449097--57449121	6	4.2	6	100	0	50	32	0	52	16	1.44
57452070--57452120	26	2.0	26	84	7	68	35	19	27	17	1.94
57452385--57452455	19	3.7	19	92	1	115	11	36	22	29	1.89
57452586--57452755	85	2.0	84	98	1	331	38	21	16	24	1.93
57452717--57452782	26	2.5	27	90	5	98	37	16	18	27	1.92
57452727--57452784	26	2.1	28	90	9	102	34	17	18	29	1.94
57452783--57452854	25	2.8	25	85	8	83	22	26	19	31	1.97
57459463--57459520	30	1.9	30	85	0	80	41	6	20	31	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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