genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  267  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82448972--82449135	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
82459616--82459865	98	2.6	97	78	7	253	30	17	27	24	1.97
82459616--82459837	46	4.7	48	74	9	179	30	18	28	22	1.98
82459613--82459927	49	6.6	49	75	7	213	29	17	27	25	1.98
82459664--82459927	98	2.7	97	81	6	279	29	17	27	25	1.97
82462422--82462526	29	3.6	29	77	2	86	25	33	17	23	1.96
82462460--82462582	58	2.1	59	87	3	178	25	30	15	28	1.96
82462481--82462582	29	3.5	29	95	0	186	26	29	14	29	1.95
82470384--82470488	29	3.6	29	77	2	86	25	33	17	23	1.96
82470422--82470544	58	2.1	59	87	3	178	25	30	15	28	1.96
82470443--82470544	29	3.5	29	95	0	186	26	29	14	29	1.95
82475311--82475343	14	2.4	14	100	0	66	21	6	21	51	1.69
82478077--82478222	42	3.4	42	76	9	134	32	24	18	23	1.97
82478067--82478222	43	3.7	41	78	10	143	32	25	18	24	1.97
82480317--82480366	13	3.8	13	97	0	91	6	30	40	24	1.79
82483663--82483856	50	3.9	49	79	6	194	27	27	19	25	1.99
82483674--82483860	101	1.9	99	85	4	259	27	28	18	25	1.98
82486268--82486324	27	2.1	27	90	0	87	28	15	19	36	1.92
82493285--82493402	55	2.1	55	80	6	132	24	26	29	19	1.98
82495676--82495706	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
82495673--82495712	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
82495950--82496149	53	3.7	52	80	9	208	22	25	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82495950--82496149	107	1.9	109	89	4	316	22	25	17	35	1.95
82499382--82499408	13	2.1	13	100	0	54	25	22	7	44	1.79
82502002--82502028	13	2.1	13	100	0	54	37	18	14	29	1.91
82507900--82508116	29	7.6	28	83	5	238	24	15	34	25	1.95
82507900--82508058	29	5.6	29	92	2	250	27	15	32	25	1.95
82507900--82508058	57	2.8	57	93	0	255	27	15	32	25	1.95
82512198--82512315	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
82512166--82512329	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
82519733--82519850	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
82519701--82519864	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
82527235--82527398	71	2.3	71	98	0	319	34	18	28	18	1.95
82533116--82533693	53	10.8	51	75	10	303	39	20	9	30	1.84
82533116--82533693	80	7.2	77	74	13	397	39	20	9	30	1.84
82533116--82533707	27	22.1	27	76	8	360	39	19	10	30	1.85
82542809--82542844	13	2.8	13	100	0	72	61	30	0	8	1.26
82544548--82544673	40	3.2	38	78	8	128	28	23	25	23	1.99
82550183--82550228	23	2.0	24	86	4	67	52	28	2	17	1.56
82552180--82552461	94	3.0	94	96	0	510	30	10	19	39	1.85
82552417--82552556	24	5.9	24	67	16	85	27	13	27	32	1.94
82553818--82553912	42	2.2	42	83	5	111	32	24	17	25	1.97
82553797--82553912	43	2.7	43	80	6	121	31	25	18	24	1.97
82555905--82555974	34	2.1	34	97	0	131	38	12	17	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82565139--82565298	29	5.5	30	86	8	204	26	25	14	33	1.94
82573192--82573351	29	5.5	30	88	8	213	26	25	14	33	1.94
82573192--82573351	59	2.8	57	88	4	214	26	25	14	33	1.94
82576735--82576835	24	4.2	24	93	0	166	34	3	41	19	1.70
82577820--82577849	16	1.9	15	93	6	51	46	23	26	3	1.68
82578267--82578377	27	4.2	26	78	7	89	18	23	22	36	1.95
82581511--82581665	40	3.9	40	86	4	215	22	20	28	28	1.99
82581901--82581942	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
82587108--82587208	24	4.2	24	87	5	150	34	4	40	19	1.74
82588081--82588122	17	2.4	18	80	4	50	33	0	28	38	1.58
82588195--82588224	16	1.9	15	93	6	51	46	23	26	3	1.68
82588643--82588752	54	2.1	53	89	1	166	19	23	21	35	1.96
82588643--82588752	27	4.1	26	83	8	132	19	23	21	35	1.96
82590331--82590423	42	2.2	43	80	5	109	29	19	23	27	1.98
82596888--82596936	21	2.2	23	85	7	66	30	0	26	42	1.55
82602931--82603146	47	4.8	47	75	15	186	30	15	23	31	1.95
82602981--82603148	85	2.0	84	89	1	255	29	14	23	31	1.95
82609840--82609886	19	2.4	19	96	3	85	25	8	17	48	1.74
82612728--82612763	17	2.1	18	89	5	56	22	30	36	11	1.89
82612822--82612896	27	2.8	27	89	0	105	26	16	26	30	1.96
82612895--82613119	54	4.2	54	76	4	186	41	20	7	30	1.79
82612911--82613119	81	2.6	80	74	7	190	43	20	6	30	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82613019--82613176	56	2.9	55	82	5	142	43	16	8	32	1.77
82612887--82613181	27	10.9	27	77	7	123	40	18	9	31	1.83
82613220--82613297	27	2.9	27	82	3	95	35	21	20	21	1.96
82613788--82613839	17	3.0	17	76	15	61	44	19	11	25	1.84
82624954--82625128	45	3.8	46	80	13	225	28	29	21	20	1.98
82624962--82625132	93	1.8	92	96	1	315	27	30	21	20	1.98
82624959--82625147	46	4.1	45	73	12	152	28	29	21	20	1.98
82627513--82627601	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
82627513--82627592	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
82627524--82627601	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
82630553--82630724	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
82630545--82630720	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
82639859--82639922	31	2.1	31	100	0	128	50	12	9	28	1.71
82640658--82640758	37	2.7	37	96	0	184	23	32	19	23	1.98
82640901--82641572	48	14.0	48	92	0	1060	31	27	6	34	1.81
82645551--82645796	40	6.2	40	90	1	368	26	28	20	24	1.99
82647072--82647173	37	2.8	37	95	1	179	24	32	19	23	1.98
82647318--82648080	48	15.9	48	92	0	1231	31	27	6	34	1.82
82647318--82648080	144	5.3	144	96	0	1377	31	27	6	34	1.82
82654273--82654321	22	2.2	21	79	10	53	42	0	4	53	1.20
82654284--82654326	10	4.1	10	82	11	50	37	0	4	58	1.19
82654282--82654326	22	2.0	22	91	0	72	37	0	4	57	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82656554--82656732	40	4.4	40	87	0	223	23	26	23	26	2.00
82663333--82663548	39	5.4	40	88	3	276	23	26	23	26	2.00
82663333--82663548	79	2.7	78	87	2	281	23	26	23	26	2.00
82665415--82665774	27	13.4	27	86	5	419	35	19	20	25	1.96
82665415--82665774	81	4.5	81	84	3	467	35	19	20	25	1.96
82665415--82665773	54	6.7	54	86	2	472	35	18	20	25	1.95
82665915--82665993	27	2.9	27	84	3	97	22	21	18	36	1.95
82666180--82666311	33	4.0	33	85	0	120	28	20	25	26	1.99
82666185--82666311	66	1.9	66	83	0	164	27	20	25	25	1.99
82666293--82666367	28	2.7	28	100	0	150	17	28	30	24	1.97
82670831--82670979	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
82670872--82670979	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
82674533--82674742	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
82682208--82682356	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
82682249--82682356	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
82693287--82693324	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
82693554--82693724	93	1.8	93	93	0	297	29	28	20	21	1.98
82693549--82693721	46	3.7	46	79	10	208	30	27	20	21	1.98
82700584--82700621	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
82700850--82701020	93	1.8	93	92	2	290	30	28	19	21	1.97
82700845--82701017	46	3.7	46	80	11	210	31	27	19	21	1.97
82701438--82701497	30	2.0	30	83	0	75	35	25	3	36	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82707542--82707623	6	13.3	6	71	14	60	46	13	19	20	1.83
82707532--82707633	31	3.3	31	87	2	143	47	13	18	20	1.83
82707783--82707884	27	3.8	26	79	5	78	37	19	24	18	1.94
82708369--82708618	27	9.3	27	91	0	403	23	21	20	34	1.96
82708611--82708675	27	2.4	27	82	5	69	32	3	23	41	1.70
82708638--82709024	108	3.6	108	85	0	497	31	9	21	38	1.84
82708638--82709024	27	14.3	27	84	1	443	31	9	21	38	1.84
82708603--82709033	81	5.3	81	79	1	425	31	8	21	38	1.83
82714411--82714581	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
82714406--82714578	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410