genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  200  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61175255--61175320	31	2.1	31	91	0	105	24	24	15	36	1.93
61175533--61175745	23	9.1	23	89	3	327	27	22	22	27	1.99
61175531--61175745	47	4.6	47	94	0	360	27	22	22	27	1.99
61175531--61175746	70	3.1	70	89	3	335	27	22	22	28	1.99
61175804--61175860	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
61175792--61175862	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
61175797--61175851	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
61175899--61175948	25	2.0	25	84	0	64	26	18	24	32	1.97
61177212--61177429	27	8.0	27	81	2	193	33	10	17	38	1.84
61177222--61177428	81	2.5	82	79	7	217	31	9	18	40	1.82
61177222--61177470	27	9.1	27	79	6	162	32	9	19	38	1.84
61177421--61177632	27	7.9	27	83	7	243	40	8	23	27	1.84
61177395--61177625	81	2.9	81	80	3	207	40	9	21	29	1.84
61177629--61177727	27	3.7	26	74	8	83	30	8	21	40	1.82
61182192--61182251	19	3.1	19	80	7	68	31	6	25	36	1.82
61182200--61182251	20	2.7	19	77	14	52	30	7	26	34	1.85
61185475--61185676	43	4.7	43	85	2	271	24	19	28	27	1.98
61192492--61192623	29	4.6	29	92	0	201	25	31	15	28	1.95
61192463--61192623	58	2.8	58	84	1	162	25	32	15	26	1.96
61194576--61194976	50	7.9	50	75	9	312	26	18	25	29	1.98
61194581--61194973	101	3.9	101	73	7	282	26	18	25	29	1.98
61194577--61194973	151	2.6	151	87	1	553	26	18	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61197122--61197207	7	12.3	7	89	0	127	45	36	0	18	1.50
61199916--61200113	50	4.0	50	82	2	227	28	27	18	26	1.98
61199930--61200112	49	3.7	49	82	3	222	28	26	18	26	1.98
61199922--61200110	100	1.9	101	88	1	290	29	25	19	25	1.98
61200358--61200411	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
61201686--61201749	30	2.2	29	94	2	110	26	17	21	34	1.95
61203096--61203142	21	2.4	19	82	10	58	27	2	23	46	1.63
61209825--61209940	27	4.3	26	79	9	117	19	23	20	36	1.95
61217741--61217810	24	2.8	23	75	19	77	15	28	24	31	1.96
61217743--61217847	27	4.0	27	77	16	96	19	26	20	33	1.96
61222352--61222559	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
61222353--61222559	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
61230502--61230709	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
61230503--61230709	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
61236589--61236632	15	2.9	15	90	6	63	13	20	13	52	1.74
61236589--61236647	30	2.0	30	83	6	75	15	18	13	52	1.74
61238038--61238070	15	2.1	17	88	11	52	69	15	9	6	1.34
61248433--61248491	29	2.0	29	100	0	118	32	3	27	37	1.73
61248688--61248734	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
61249132--61249415	152	1.9	151	83	2	372	27	17	24	30	1.97
61249085--61249425	50	6.7	50	79	3	297	27	17	23	31	1.97
61249625--61249656	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61251503--61251561	26	2.2	26	82	8	66	38	25	11	23	1.89
61251667--61251735	24	2.8	23	72	19	66	15	26	26	31	1.96
61251684--61251777	27	3.5	27	80	11	104	21	23	20	35	1.96
61256052--61256125	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
61256109--61256184	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
61256052--61256184	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
61264749--61264932	40	4.6	39	77	6	147	28	23	26	22	1.99
61268551--61268587	4	9.2	4	100	0	74	0	0	24	75	0.80
61274073--61274164	28	3.3	28	93	0	157	20	15	35	28	1.93
61274481--61274874	27	14.6	27	81	7	401	38	19	9	32	1.84
61274481--61274874	81	4.9	81	84	4	474	38	19	9	32	1.84
61274828--61274888	27	2.3	27	85	0	77	39	18	14	27	1.90
61275394--61275450	27	2.2	26	81	9	62	24	19	24	31	1.98
61277698--61277789	28	3.3	28	92	0	148	19	15	36	28	1.92
61278106--61278391	27	10.7	27	81	4	285	38	20	10	30	1.87
61278343--61278431	27	3.3	27	91	0	142	35	16	16	30	1.92
61280005--61280047	11	3.9	11	75	0	50	18	18	9	53	1.70
61280085--61280141	29	2.0	29	96	0	105	26	5	8	59	1.48
61282686--61282747	30	2.1	30	90	0	97	22	1	14	61	1.42
61289752--61289918	41	4.1	40	74	17	162	28	28	21	21	1.99
61289945--61289979	2	17.0	2	94	5	61	48	2	0	48	1.16
61309776--61309803	14	2.0	14	100	0	56	71	7	7	14	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61316126--61316273	48	3.1	48	88	0	224	29	24	7	38	1.83
61317539--61317591	27	2.0	27	85	3	72	39	20	11	28	1.87
61319917--61320027	57	1.9	58	90	1	179	28	29	18	22	1.98
61319926--61320024	29	3.5	28	71	9	83	30	27	20	22	1.98
61320309--61320540	40	5.8	40	91	2	378	25	30	22	21	1.99
61322447--61322597	48	3.1	48	81	7	187	31	24	7	37	1.83
61322445--61322599	50	3.1	50	83	3	215	31	23	7	37	1.82
61324373--61324539	40	4.2	40	82	2	176	24	26	22	26	2.00
61325730--61325849	58	2.1	56	82	10	145	25	16	16	40	1.89
61329371--61329395	12	2.1	12	100	0	50	28	0	32	40	1.57
61333662--61333713	24	2.2	25	86	10	81	38	11	9	40	1.74
61339308--61339401	43	2.2	43	92	0	152	32	24	13	28	1.94
61339392--61339417	12	2.2	12	100	0	52	26	23	15	34	1.94
61339708--61339751	22	2.0	22	100	0	88	31	18	0	50	1.47
61347522--61347639	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
61347490--61347653	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
61355103--61355220	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
61355071--61355234	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
61362672--61362789	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
61362640--61362803	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
61364359--61364526	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
61372391--61372558	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61375167--61375213	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
61375611--61375800	101	1.9	101	86	2	274	27	16	25	30	1.97
61375560--61375853	50	5.8	50	80	1	273	28	15	24	31	1.96
61376053--61376084	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
61380045--61380459	43	9.7	43	85	2	512	27	16	26	30	1.97
61383699--61383797	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
61391710--61391808	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
61406827--61406967	44	3.3	42	82	9	144	31	26	17	24	1.97
61406809--61406967	43	3.7	42	79	13	164	32	27	16	23	1.96
61406804--61406970	86	2.0	85	83	8	214	34	26	16	23	1.95
61415033--61415083	20	2.6	20	81	3	59	31	7	23	37	1.83
61420165--61420207	18	2.4	18	84	0	59	46	20	4	27	1.71
61420506--61420571	31	2.1	32	88	2	98	46	15	1	36	1.55
61422389--61422424	15	2.3	16	95	4	65	44	0	0	55	0.99
61427112--61427231	46	2.6	46	84	5	143	26	18	30	25	1.98
61428453--61428505	27	2.0	27	85	3	72	28	11	20	39	1.87
61429777--61429916	47	3.0	46	89	3	165	38	7	22	30	1.83
61429777--61429923	48	3.1	48	88	1	215	38	7	23	30	1.82
61431095--61431195	45	2.2	45	94	1	175	27	19	27	24	1.99
61439758--61439887	46	2.8	46	94	0	215	29	30	21	18	1.97
61447282--61447453	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
61447275--61447450	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61462730--61462909	40	4.5	41	78	14	171	23	25	24	26	2.00
61462758--61462907	80	1.9	81	84	6	207	24	26	23	26	2.00
61466047--61466177	46	2.8	45	81	7	165	22	19	28	29	1.98
61466044--61466176	47	2.9	44	80	8	158	21	20	28	29	1.98
61467982--61468050	34	2.0	34	100	0	138	30	20	5	43	1.75
61468575--61468603	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
61474240--61474395	43	3.6	44	81	4	192	30	15	21	32	1.94
61482409--61482511	43	2.5	41	76	17	97	24	19	25	31	1.98
61483856--61483898	22	2.0	21	82	13	52	23	4	23	48	1.69
61486231--61486275	21	2.1	21	91	0	72	24	6	24	44	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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