genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  82  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23640847--23640890	18	2.4	18	88	0	61	45	9	27	18	1.79
23641507--23641559	7	7.6	7	100	0	106	58	13	0	28	1.35
23642713--23642759	22	2.2	21	85	14	62	46	8	17	27	1.76
23650562--23650588	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
23650697--23650738	20	2.2	20	87	8	61	28	0	7	64	1.20
23653066--23653095	15	2.1	14	93	6	51	90	0	10	0	0.47
23653814--23653856	20	2.2	20	95	4	79	30	16	16	37	1.91
23673679--23673703	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
23678643--23678923	140	2.0	140	100	0	562	35	17	14	32	1.90
23688190--23688244	24	2.3	24	80	0	65	29	29	20	21	1.98
23698278--23698502	40	5.6	40	84	7	271	26	28	21	24	1.99
23698278--23698504	80	2.8	80	84	5	307	26	27	21	24	1.99
23706465--23706698	55	4.4	52	77	9	217	35	16	23	23	1.95
23706473--23706673	108	1.8	110	85	4	282	33	16	24	24	1.96
23706918--23706948	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
23708441--23708481	3	13.7	3	100	0	82	65	0	34	0	0.93
23711536--23711807	47	5.8	45	75	12	203	24	29	17	28	1.97
23711583--23711802	94	2.3	94	81	10	247	24	29	18	27	1.98
23711543--23711797	140	1.8	140	83	5	336	24	28	17	29	1.97
23713610--23713776	40	4.1	40	88	3	228	37	22	22	17	1.94
23713610--23713776	81	2.1	81	86	4	230	37	22	22	17	1.94
23713781--23713912	54	2.6	49	77	12	142	52	27	0	20	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23714934--23714963	14	2.1	14	93	0	51	43	40	3	13	1.60
23715029--23715056	14	2.0	14	100	0	56	21	35	0	42	1.53
23719326--23719419	43	2.2	43	88	0	143	22	21	35	21	1.96
23725117--23725177	29	2.1	30	81	9	72	40	1	0	57	1.08
23727231--23727312	26	3.0	26	80	5	83	36	1	2	59	1.18
23727425--23727492	31	2.2	32	81	10	86	39	1	1	57	1.17
23729885--23730060	46	3.8	46	76	12	180	20	19	29	30	1.97
23729882--23730053	93	1.8	93	89	0	272	20	19	29	29	1.97
23735460--23735546	46	1.9	45	81	4	104	41	19	6	32	1.78
23736513--23736558	23	2.0	24	86	4	67	17	6	2	73	1.14
23740180--23740331	80	1.9	80	98	0	295	24	24	26	25	2.00
23740180--23740327	40	3.7	40	93	0	260	25	24	25	25	2.00
23745717--23745742	11	2.4	11	100	0	52	50	7	7	34	1.60
23753858--23753897	5	7.6	5	89	10	62	20	0	2	77	0.88
23753858--23753897	11	3.8	10	90	9	62	20	0	2	77	0.88
23753858--23753897	16	2.5	16	95	0	71	20	0	2	77	0.88
23773093--23773177	41	2.1	40	82	2	98	29	11	9	49	1.71
23776359--23776383	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
23776461--23776546	9	9.6	9	79	5	84	29	6	15	48	1.70
23783390--23783443	23	2.3	23	96	0	99	27	25	5	40	1.78
23783769--23784129	46	8.2	46	81	8	378	18	23	16	42	1.89
23783886--23783942	16	3.4	16	70	25	55	19	24	19	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23783837--23783992	79	2.0	80	97	1	296	16	25	17	40	1.90
23783792--23784129	125	2.6	126	84	6	390	18	23	15	41	1.89
23786183--23786234	11	4.5	11	81	9	59	63	1	0	34	1.06
23797122--23797183	29	2.1	30	88	8	92	25	3	11	59	1.46
23798705--23798750	18	2.6	18	82	3	58	45	2	0	52	1.13
23801511--23801624	20	5.4	20	84	8	129	9	17	27	45	1.79
23803026--23803112	44	2.0	44	84	4	113	39	12	24	24	1.90
23803239--23803348	47	2.3	47	95	0	193	33	12	24	29	1.92
23803327--23803523	54	3.6	54	81	6	220	35	17	24	21	1.95
23803335--23803545	108	2.0	109	82	3	266	37	17	24	21	1.94
23806879--23806980	14	8.1	12	75	16	82	63	1	1	32	1.16
23806892--23806953	24	2.7	22	76	13	72	62	1	1	33	1.14
23806880--23806955	7	11.6	7	75	17	65	63	1	1	34	1.11
23806875--23806955	3	26.0	3	70	24	53	64	1	1	33	1.10
23807033--23807063	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
23807229--23807287	31	1.9	31	86	3	84	57	1	11	28	1.44
23808885--23809267	176	2.2	175	87	2	545	26	20	20	32	1.97
23821363--23821469	18	5.9	18	74	17	89	64	1	1	31	1.15
23821368--23821444	7	11.6	7	73	14	56	63	2	1	32	1.16
23821406--23821477	28	3.0	23	71	22	60	63	0	4	31	1.13
23824027--23824084	27	2.1	27	84	6	73	58	3	1	36	1.25
23825030--23825105	38	2.0	38	100	0	152	42	13	15	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23828928--23828976	24	2.0	24	84	7	64	53	0	12	34	1.39
23836786--23836854	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
23837490--23837649	27	5.9	27	80	2	187	33	6	20	40	1.77
23837492--23837642	54	2.8	54	88	4	232	31	5	21	41	1.77
23837490--23837642	81	1.9	81	87	0	225	32	5	20	40	1.77
23837635--23837885	27	9.3	27	86	0	331	39	8	23	29	1.84
23837500--23837669	81	2.1	81	78	2	189	34	6	20	38	1.78
23837635--23837885	54	4.6	54	92	0	403	39	8	23	29	1.84
23842834--23842869	12	3.2	12	84	15	58	72	0	11	16	1.12
23844573--23844631	30	2.0	30	83	6	75	74	0	5	20	1.00
23850754--23850809	22	2.5	23	91	5	89	58	5	19	16	1.56
23850755--23850821	22	3.0	21	81	12	64	59	5	17	16	1.56
23853473--23853519	12	4.0	12	76	15	53	46	23	10	19	1.80
23854759--23854941	43	4.3	43	83	4	226	30	30	15	23	1.96
23856345--23856419	33	2.3	33	81	6	82	40	16	22	21	1.91
23860364--23860436	35	2.1	35	100	0	146	20	21	6	50	1.71
23861239--23861407	46	3.6	45	76	10	153	29	18	27	24	1.98
23861238--23861453	46	4.7	45	73	15	138	27	19	27	25	1.99
23868008--23868053	20	2.2	21	84	7	58	23	6	13	56	1.60
23875854--23875931	23	3.3	23	80	12	79	24	25	19	30	1.98
23875889--23875942	23	2.3	23	81	6	65	25	24	18	31	1.97
23876082--23876122	20	2.0	20	95	0	73	39	0	17	43	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23876086--23876132	20	2.3	20	85	0	58	29	4	19	46	1.68
23879550--23879589	21	1.9	21	85	10	55	35	20	7	37	1.81
23881620--23881670	22	2.3	23	83	12	72	54	1	9	33	1.44
23882838--23882921	26	3.2	26	87	0	132	34	7	23	34	1.82
23888794--23888874	21	4.0	20	72	4	72	53	12	12	22	1.71
23888792--23888923	45	3.1	41	80	7	122	52	12	11	24	1.71
23888846--23889014	45	3.8	45	87	3	202	57	11	8	22	1.59
23888850--23888919	21	3.2	21	68	18	61	50	12	14	22	1.77
23888908--23889018	21	5.1	22	75	10	93	63	9	5	21	1.46
23891645--23891696	24	2.0	27	85	14	74	34	5	13	46	1.67
23895644--23895691	14	3.4	14	85	2	60	2	12	4	81	0.93
23895779--23895805	4	6.8	4	100	0	54	0	74	0	25	0.83
23910397--23910435	20	1.9	21	85	15	55	61	7	2	28	1.37
23917459--23917675	112	1.9	112	96	0	400	41	13	15	29	1.86
23918344--23918499	81	1.9	81	97	0	294	30	17	10	41	1.83
23920893--23921001	49	2.2	49	98	0	209	38	11	13	35	1.82
23924898--23924960	2	31.5	2	91	0	81	49	4	0	46	1.23
23925730--23925782	26	2.0	26	96	0	97	43	20	13	22	1.86
23930061--23930126	34	1.9	34	96	0	123	31	25	16	25	1.96
23930161--23930218	30	2.0	29	93	3	98	36	24	12	27	1.91
23937884--23938093	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
23946019--23946188	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23949702--23949805	42	2.5	43	88	3	158	22	24	31	22	1.98
23963354--23963521	40	4.2	40	79	6	162	23	26	22	27	2.00
23963370--23963519	80	1.9	80	83	8	198	22	26	23	27	2.00
23971306--23971434	40	3.3	39	80	4	161	24	27	23	24	2.00
23971322--23971430	38	2.8	37	84	10	130	22	29	24	23	1.99
23971306--23971471	40	4.2	40	77	7	160	23	26	22	27	2.00
23979296--23979460	40	4.2	39	79	6	165	23	27	23	26	2.00
23987274--23987483	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
23993973--23994029	29	1.9	29	85	3	78	49	10	7	33	1.64
23994749--23994806	25	2.2	24	80	14	62	48	3	1	46	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410