genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69877411--69877578	40	4.2	40	87	2	223	26	28	22	23	1.99
69881350--69881383	17	1.9	18	94	5	61	35	5	5	52	1.50
69881656--69881713	30	2.0	30	82	3	73	44	12	6	36	1.68
69890974--69891090	39	3.0	38	75	9	128	24	20	23	30	1.98
69906511--69906552	21	2.0	22	86	13	61	28	14	16	40	1.88
69908370--69908902	271	2.0	271	96	0	994	26	18	23	31	1.97
69909835--69909880	21	2.2	20	81	11	56	23	13	30	32	1.93
69909842--69909882	21	1.9	22	90	5	66	24	14	29	31	1.95
69919657--69919838	39	4.6	40	76	10	142	23	26	24	25	2.00
69919650--69919838	40	4.8	40	73	12	147	23	26	24	25	2.00
69930047--69930177	30	4.5	30	86	4	160	32	13	25	28	1.94
69930047--69930177	58	2.2	58	85	4	165	32	13	25	28	1.94
69932816--69933022	27	7.8	27	81	12	216	39	19	8	32	1.82
69932816--69933024	53	4.0	53	82	9	234	38	20	8	32	1.83
69932816--69932988	79	2.2	80	88	8	264	38	20	9	32	1.84
69935830--69935863	3	10.7	3	87	12	50	64	0	0	35	0.94
69943821--69943919	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
69946305--69946784	141	3.4	141	92	0	762	33	11	27	26	1.91
69946565--69946640	22	3.3	22	66	16	64	32	11	28	26	1.92
69946706--69946781	22	3.3	22	66	28	59	35	11	27	25	1.91
69946336--69946784	47	9.6	47	92	0	691	34	11	27	26	1.91
69948555--69948614	15	4.0	15	82	0	66	56	13	16	13	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69948556--69948614	30	2.0	30	82	0	73	55	13	16	13	1.68
69953528--69953601	29	2.5	29	88	2	85	24	31	16	28	1.96
69954762--69954819	20	3.2	18	79	13	57	5	15	1	77	1.02
69955778--69955959	40	4.5	40	83	0	220	26	23	25	24	2.00
69955778--69955998	80	2.8	79	82	3	248	25	23	25	24	2.00
69958384--69958439	29	1.9	29	88	0	85	41	1	23	33	1.65
69958898--69959141	23	10.6	23	82	6	271	25	20	23	30	1.98
69958897--69959109	69	3.1	68	89	5	313	25	20	23	30	1.99
69966179--69966248	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
69966179--69966260	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
69974466--69974569	37	2.8	36	81	12	122	24	22	30	23	1.99
69984807--69984982	51	3.5	49	82	5	210	30	27	16	26	1.97
69984794--69984982	101	1.9	101	88	3	292	29	26	16	26	1.97
69985236--69985289	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
69987511--69987843	48	6.9	48	76	4	278	23	27	21	27	1.99
69987510--69987824	96	3.3	96	82	5	316	22	27	21	27	1.99
69987562--69987844	144	2.0	144	85	4	383	24	27	20	27	1.99
69989054--69989091	20	1.9	20	88	0	58	23	15	23	36	1.94
69992134--69992318	67	2.9	64	75	11	171	29	16	29	24	1.96
69993322--69993351	16	1.9	16	93	6	53	43	0	20	36	1.52
69995042--69995175	48	2.8	48	79	7	139	18	17	31	32	1.95
70007644--70007853	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70015779--70015988	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
70017904--70017934	16	1.9	16	93	0	53	61	12	19	6	1.53
70026951--70027020	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
70036459--70036631	46	3.7	46	74	9	154	24	19	26	30	1.98
70036458--70036626	93	1.8	93	87	5	252	24	18	26	30	1.98
70045491--70045618	50	2.6	50	86	2	168	32	27	14	25	1.95
70049112--70049159	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
70049203--70049261	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
70049207--70049261	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
70049311--70049453	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
70049311--70049453	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
70049311--70049454	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
70049645--70049738	31	3.1	31	96	1	172	39	15	21	23	1.92
70057344--70057402	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
70057348--70057402	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
70057453--70057618	24	7.0	24	90	4	239	28	23	21	26	1.99
70057453--70057618	47	3.5	46	89	7	235	28	23	21	26	1.99
70057453--70057619	71	2.3	71	89	3	246	28	23	21	26	1.99
70057810--70057903	31	3.1	31	95	1	163	40	15	20	23	1.91
70075845--70075871	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
70079922--70079960	15	2.6	15	87	0	60	51	15	15	17	1.77
70081459--70081625	40	4.2	40	79	2	167	24	28	22	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70082004--70082127	61	2.0	60	83	10	155	25	15	16	43	1.86
70089207--70089330	61	2.0	60	82	10	146	25	14	16	43	1.86
70092862--70092896	17	1.9	19	88	11	56	17	20	0	62	1.32
70099144--70099255	24	4.6	24	76	4	100	25	29	17	26	1.98
70103820--70103949	50	2.6	50	81	2	163	30	25	17	26	1.97
70110364--70110519	43	3.7	43	76	8	156	33	28	15	21	1.94
70113156--70113224	28	2.5	28	92	2	113	18	10	26	44	1.81
70114853--70114890	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
70119875--70120098	40	5.6	40	84	5	281	24	22	26	26	2.00
70119875--70120098	83	2.8	80	85	8	285	24	22	26	26	2.00
70124016--70124223	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
70124016--70124222	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
70132055--70132262	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
70132055--70132261	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
70132735--70132798	33	1.9	33	100	0	128	28	26	17	28	1.97
70134716--70134744	15	1.9	15	100	0	58	13	13	24	48	1.79
70139440--70139622	40	4.6	40	85	6	230	24	22	27	25	2.00
70141054--70141179	43	2.9	43	75	13	125	35	24	15	23	1.94
70142236--70142260	13	1.9	13	100	0	50	40	16	4	40	1.67
70148552--70148664	43	2.7	43	87	1	174	30	24	19	25	1.98
70149761--70149785	13	1.9	13	100	0	50	40	16	4	40	1.67
70151433--70151462	15	2.0	15	100	0	60	33	6	20	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70152270--70152357	27	3.2	28	80	7	74	37	22	22	17	1.94
70154960--70155615	48	13.7	48	90	0	1015	36	6	25	31	1.82
70155660--70155798	37	3.8	37	93	0	224	23	19	32	24	1.98
70157039--70157190	40	3.8	40	93	1	243	26	21	26	25	1.99
70159645--70159789	37	3.9	37	90	0	227	24	18	31	24	1.98
70166479--70166686	40	5.2	40	87	1	267	26	27	21	24	1.99
70169081--70169243	24	6.8	24	95	0	290	34	26	18	20	1.95
70170311--70170352	22	1.9	22	85	0	57	19	16	0	64	1.30
70176885--70177047	24	6.8	24	95	0	290	34	26	18	20	1.95
70185438--70185604	40	4.2	40	84	6	198	26	28	22	23	1.99
70188861--70188949	40	2.2	40	82	7	101	25	26	17	29	1.98
70194633--70194768	29	4.8	29	88	2	213	26	13	30	29	1.95
70202797--70202858	27	2.3	26	83	2	70	25	17	12	43	1.85
70202880--70202940	27	2.3	27	85	0	77	39	13	8	39	1.74
70202900--70202952	27	2.0	27	84	0	70	41	15	13	30	1.85
70206880--70206916	18	2.1	18	89	0	56	29	18	8	43	1.79
70208010--70208105	29	3.3	29	79	1	95	32	28	13	26	1.94
70208322--70208358	16	2.3	16	95	0	65	13	24	13	48	1.78
70217633--70217672	21	2.0	20	85	9	55	22	52	17	7	1.69
70219148--70219199	6	8.7	6	82	0	59	17	5	0	76	0.97
70219149--70219212	18	3.5	17	79	12	65	17	6	0	76	0.98
70219155--70219200	17	2.6	18	86	3	58	19	6	0	73	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70234043--70234186	49	2.9	48	79	4	171	25	20	25	27	1.99
70237862--70237966	40	2.6	41	78	3	131	21	25	27	24	2.00
70240461--70240531	15	4.8	14	75	11	61	8	9	18	63	1.50
70240457--70240536	30	2.7	30	94	0	133	10	11	16	62	1.54
70242659--70242843	50	3.7	49	81	8	196	25	17	28	28	1.98
70247461--70247628	40	4.2	40	79	1	140	22	26	24	26	2.00
70254806--70255336	50	10.8	49	74	11	358	28	27	18	25	1.98
70254806--70255140	149	2.2	150	94	1	584	28	28	18	25	1.98
70254929--70255418	245	2.0	244	97	0	917	27	27	18	27	1.98
70257508--70257572	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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