genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  181  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55186037--55186178	71	2.0	71	89	5	216	26	22	22	28	1.99
55186229--55186282	11	5.4	11	70	20	55	31	20	11	37	1.88
55186229--55186287	19	3.0	20	95	5	111	33	20	10	35	1.86
55186329--55186376	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
55200263--55200310	23	2.1	23	100	0	96	47	0	18	33	1.49
55203184--55203243	26	2.3	26	85	0	75	28	16	20	35	1.94
55208682--55208853	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
55208675--55208850	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
55216187--55216358	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
55216180--55216355	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
55222743--55222819	39	2.0	39	94	0	136	44	14	10	31	1.79
55222823--55222848	9	2.9	9	100	0	52	69	11	0	19	1.18
55224455--55224514	27	2.2	28	90	3	95	3	16	1	78	0.97
55226777--55226811	13	2.7	13	86	0	52	48	8	2	40	1.49
55229133--55229282	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
55229157--55229340	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
55233679--55233738	30	2.0	30	87	6	86	28	25	6	40	1.80
55237341--55237489	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
55237382--55237489	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
55245457--55245605	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
55245498--55245605	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
55247816--55247887	30	2.4	30	77	13	76	73	1	19	5	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55247855--55247902	13	3.5	14	83	11	64	72	0	20	6	1.05
55250453--55250579	46	2.8	46	84	2	166	23	30	11	34	1.90
55250563--55250732	47	3.6	45	81	6	169	25	31	10	31	1.90
55250665--55250864	66	3.0	66	94	0	346	27	29	11	33	1.91
55250778--55250817	19	2.1	19	90	0	62	30	27	7	35	1.84
55250603--55250886	113	2.5	117	78	12	331	26	29	10	33	1.89
55250797--55250886	47	1.9	47	90	0	144	27	27	10	34	1.89
55266441--55266610	40	4.2	40	81	4	200	25	25	22	26	2.00
55266456--55266606	80	1.9	80	87	2	223	22	26	23	27	1.99
55266457--55266648	40	4.8	39	82	5	181	25	24	21	28	1.99
55268891--55269042	40	3.8	40	79	8	141	23	23	28	24	1.99
55276928--55277135	40	5.2	39	83	4	222	25	27	21	25	1.99
55280266--55280406	40	3.5	40	83	5	169	24	23	29	23	1.99
55280340--55280446	40	2.7	40	88	2	144	25	25	27	22	2.00
55284973--55285089	31	3.8	31	92	5	193	24	25	17	32	1.96
55291627--55291727	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
55299550--55299650	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
55302606--55302860	55	4.8	53	80	8	270	35	17	25	21	1.95
55302613--55302813	108	1.8	110	90	4	327	33	17	25	22	1.96
55303052--55303082	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
55309661--55309765	29	3.6	29	76	6	106	38	14	25	21	1.92
55314077--55314321	49	4.9	49	83	4	312	28	24	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55314089--55314321	100	2.3	98	84	2	313	29	24	18	27	1.98
55318976--55319012	16	2.3	16	90	0	56	62	8	8	21	1.49
55331479--55331541	31	2.0	31	87	3	90	20	39	23	15	1.91
55332812--55332941	46	2.8	48	78	13	155	30	28	20	20	1.97
55332817--55332947	47	2.8	45	76	11	140	29	29	20	20	1.98
55338181--55338364	40	4.6	39	79	6	156	28	22	26	22	1.99
55346304--55346487	40	4.6	39	79	6	156	28	22	26	22	1.99
55348424--55348610	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
55348424--55348577	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
55348428--55348610	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
55348428--55348645	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
55356458--55356644	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
55356458--55356611	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
55356462--55356644	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
55356462--55356679	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
55358224--55358343	46	2.6	46	85	2	161	33	25	18	22	1.97
55360362--55360389	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
55361975--55362124	39	3.8	39	87	1	158	22	29	24	24	1.99
55366273--55366656	50	7.6	50	81	2	410	30	26	18	24	1.98
55366273--55366605	101	3.3	100	89	3	465	29	26	19	25	1.98
55366271--55366607	151	2.2	151	85	2	435	29	26	18	24	1.98
55367428--55367486	30	2.0	30	83	6	75	28	20	6	44	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55370350--55370427	38	2.1	38	97	0	147	35	14	21	28	1.92
55372709--55372748	14	2.8	15	85	11	57	5	20	0	75	0.99
55372712--55372750	13	2.8	14	84	11	53	7	20	0	71	1.10
55376889--55377073	40	4.6	40	85	3	255	23	27	23	24	2.00
55387342--55387380	6	6.5	6	81	0	51	76	0	7	15	0.99
55394087--55394120	18	1.9	18	88	5	52	29	8	14	47	1.75
55395184--55395304	28	4.3	27	80	9	109	25	30	14	28	1.95
55395178--55395304	56	2.2	57	83	6	152	25	30	14	28	1.95
55395210--55395328	28	4.2	28	83	7	107	26	28	14	30	1.95
55396837--55396896	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
55400694--55400845	78	2.0	78	86	1	216	23	18	28	29	1.98
55400694--55400854	39	4.2	39	82	4	182	23	18	27	29	1.98
55400708--55400873	78	2.1	77	81	3	181	23	19	29	27	1.98
55412417--55412558	46	3.0	47	80	8	153	35	14	24	25	1.94
55413961--55414003	21	2.0	21	100	0	86	23	4	30	41	1.74
55416185--55416242	25	2.4	25	88	8	84	36	5	37	20	1.75
55418079--55418148	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
55418079--55418160	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
55425997--55426066	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
55425997--55426078	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
55428561--55428672	27	4.2	26	82	7	125	16	23	22	37	1.94
55428564--55428670	54	2.0	54	87	3	153	17	23	20	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55431015--55431115	28	3.5	30	79	6	109	29	13	26	29	1.94
55435019--55435078	29	2.0	30	93	3	104	31	6	33	28	1.83
55438986--55439086	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
55441102--55441254	39	3.9	39	91	0	243	24	20	28	27	1.99
55441102--55441291	78	2.4	78	85	1	247	23	21	28	26	1.99
55441511--55441536	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
55449040--55449211	47	3.7	47	71	14	138	23	31	21	23	1.98
55448996--55449214	94	2.4	91	80	5	235	25	29	21	24	1.99
55448999--55449255	94	2.8	94	78	5	227	24	29	19	25	1.99
55450508--55450536	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
55451621--55451722	43	2.4	43	80	4	100	22	17	26	33	1.96
55452846--55452896	26	2.0	26	96	0	93	49	3	15	31	1.63
55456343--55456438	45	2.1	45	88	0	138	27	12	23	36	1.91
55456368--55456467	45	2.2	45	87	0	146	25	13	28	34	1.93
55459042--55459203	43	3.8	42	76	8	148	25	17	24	32	1.97
55464345--55464532	40	4.7	40	93	2	317	25	27	22	25	2.00
55464322--55464532	80	2.7	79	91	4	329	24	26	22	26	2.00
55472066--55472195	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
55472082--55472233	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
55472082--55472231	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
55480014--55480143	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
55480030--55480180	40	3.8	40	78	6	146	22	26	23	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55480030--55480178	80	1.9	79	83	6	194	22	26	24	26	2.00
55487939--55488068	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
55487955--55488106	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
55487955--55488104	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
55493238--55493410	40	4.3	41	81	5	185	26	21	26	25	2.00
55493238--55493410	80	2.2	80	82	5	208	26	21	26	25	2.00
55501290--55501444	40	3.9	41	83	5	183	27	22	26	23	2.00
55501291--55501472	79	2.3	80	81	6	201	26	21	26	25	2.00
55501290--55501463	40	4.4	40	76	9	169	26	21	26	25	2.00
55502803--55502951	40	3.7	40	91	3	246	25	27	21	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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