genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.126.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  126  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37954580--37954748	43	4.0	44	75	10	172	32	27	15	23	1.96
37967313--37967406	2	47.0	2	100	0	188	0	0	50	50	1.00
37969184--37969284	52	1.9	52	93	0	175	32	27	15	23	1.95
37969347--37969375	14	2.1	14	100	0	58	20	24	13	41	1.89
37972764--37972898	9	14.6	9	66	17	62	56	2	4	36	1.35
37973000--37973041	16	2.6	17	79	20	54	28	11	0	59	1.33
37973377--37973424	21	2.3	21	82	10	62	35	0	10	54	1.35
37973508--37973550	21	2.1	20	86	4	59	23	0	2	74	0.93
37977076--37977113	20	1.9	20	88	0	58	76	0	7	15	1.01
37977076--37977114	5	7.8	5	82	0	51	76	0	7	15	0.99
37978360--37978529	20	8.8	20	71	14	90	55	10	4	29	1.54
37980026--37980075	25	2.0	25	100	0	100	36	8	28	28	1.85
37989775--37989864	45	2.0	44	86	2	126	36	21	13	28	1.91
37991433--37991659	114	2.0	113	83	2	285	32	22	22	22	1.98
37992444--37992470	14	1.9	14	100	0	54	22	0	40	37	1.54
37992447--37992524	29	2.7	28	78	5	93	21	0	37	41	1.54
37992433--37992521	22	4.1	21	72	15	67	20	1	34	43	1.59
37992502--37992535	14	2.3	15	90	5	52	20	2	41	35	1.68
37992734--37992786	21	2.6	21	87	3	72	26	0	32	41	1.56
37994628--37994656	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
37995352--37995417	31	2.1	31	85	0	87	16	10	19	53	1.72
38000845--38000879	17	2.1	17	94	0	61	22	14	31	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38009675--38009817	54	2.6	54	79	0	160	39	15	18	26	1.91
38009684--38009818	27	5.0	27	78	0	135	37	17	20	25	1.93
38010385--38010468	27	3.1	26	79	6	87	17	20	22	39	1.92
38010385--38010492	54	2.0	53	83	1	135	19	21	20	38	1.93
38010407--38010492	27	3.2	26	86	4	91	19	22	20	37	1.95
38010614--38010902	6	46.7	6	67	17	119	19	18	13	48	1.81
38010614--38010777	25	6.6	25	79	0	175	19	18	14	46	1.83
38010614--38010832	50	4.1	50	80	13	249	20	18	13	47	1.82
38010660--38010881	31	7.5	31	65	20	111	19	18	13	48	1.80
38010707--38010876	62	2.7	62	85	0	223	19	17	14	49	1.80
38010769--38010851	25	3.4	25	75	5	80	20	16	13	49	1.79
38010800--38010870	19	3.8	19	76	10	74	19	21	12	46	1.83
38010803--38010881	37	2.1	37	92	0	131	18	20	12	48	1.81
38014695--38014779	27	3.1	27	83	6	93	37	18	16	27	1.92
38014735--38014807	27	2.7	27	89	4	103	42	21	17	17	1.89
38015037--38015071	2	17.5	2	93	0	61	45	2	0	51	1.16
38025946--38026123	40	4.4	40	88	0	239	26	22	26	24	2.00
38025946--38026163	80	2.7	80	83	0	195	27	22	26	24	2.00
38031248--38031418	27	6.3	27	81	2	110	25	19	18	37	1.94
38031248--38031418	54	3.2	53	83	3	216	25	19	18	37	1.94
38036767--38036950	48	3.8	48	85	5	246	27	17	26	28	1.98
38036773--38036975	48	4.2	47	83	6	126	27	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38036773--38036983	96	2.2	96	80	5	230	27	18	27	27	1.98
38040689--38040860	43	4.0	42	75	11	143	32	25	16	26	1.96
38040710--38040833	42	2.9	40	77	14	99	33	25	15	25	1.95
38043617--38043675	28	2.1	28	96	0	109	37	8	20	33	1.83
38046144--38046287	40	3.6	40	82	3	130	27	22	27	21	1.99
38048628--38048727	24	4.0	24	88	10	155	38	16	22	24	1.93
38048624--38048739	52	2.2	52	95	0	205	35	14	25	25	1.94
38048624--38048739	24	4.4	27	82	15	154	35	14	25	25	1.94
38048763--38048961	51	3.9	51	93	2	321	32	14	25	27	1.95
38051312--38051460	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
38051353--38051460	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
38059749--38059897	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
38059790--38059897	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
38067842--38067990	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
38067883--38067990	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
38091163--38091291	46	2.8	46	92	0	204	29	27	21	20	1.98
38095906--38096261	47	7.7	45	84	5	401	24	30	19	25	1.98
38095906--38096261	92	3.8	91	84	6	407	24	30	19	25	1.98
38102041--38102352	46	6.7	46	84	4	317	25	30	17	25	1.97
38102094--38102351	138	1.9	141	85	7	366	26	31	17	25	1.97
38102046--38102392	46	7.4	46	81	7	276	26	29	18	25	1.98
38102094--38102392	138	2.2	140	80	8	342	26	29	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38105104--38105274	92	1.9	92	96	0	315	27	29	22	21	1.99
38105096--38105275	46	3.9	46	82	8	240	27	29	21	21	1.98
38106890--38107002	39	2.9	39	91	1	172	22	21	32	23	1.98
38106879--38107032	79	1.9	79	84	2	202	22	21	32	24	1.98
38110637--38110662	13	2.0	13	100	0	52	23	38	15	23	1.92
38113060--38113104	22	2.0	22	95	0	81	35	15	22	26	1.94
38114205--38114341	67	2.0	68	97	1	258	38	20	17	23	1.93
38116531--38116575	22	2.0	22	83	8	56	31	22	31	15	1.95
38123563--38123592	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
38131368--38131397	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
38134636--38134868	50	4.7	50	80	4	256	25	17	27	30	1.97
38134641--38134822	101	1.8	101	95	0	328	25	18	26	29	1.98
38137814--38137984	92	1.8	93	94	1	308	28	29	21	20	1.98
38137807--38137981	46	3.8	46	79	14	207	29	29	21	20	1.98
38145335--38145463	46	2.8	46	95	0	222	29	29	21	19	1.98
38145343--38145482	46	3.0	45	88	4	140	28	29	21	20	1.98
38177280--38177381	23	4.3	23	75	13	82	40	18	19	21	1.92
38177295--38177381	24	3.7	23	73	10	77	41	18	21	18	1.90
38178804--38179060	56	4.6	56	86	2	365	29	12	23	34	1.91
38178804--38179060	111	2.3	111	91	3	417	29	12	23	34	1.91
38184422--38184495	28	2.7	27	87	6	103	24	12	33	29	1.91
38186636--38186753	59	2.0	59	96	0	218	30	10	27	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38188518--38188773	110	2.3	110	86	4	363	30	13	22	33	1.93
38188518--38188773	56	4.6	56	83	4	331	30	13	22	33	1.93
38189179--38189213	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
38189627--38189654	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
38192441--38192501	10	5.9	10	77	11	61	36	11	19	32	1.88
38192441--38192501	21	2.9	20	82	4	77	36	11	19	32	1.88
38192441--38192493	11	5.0	11	79	6	65	35	13	20	30	1.91
38192549--38192606	24	2.4	25	78	16	68	31	22	22	24	1.99
38194118--38194216	28	3.5	29	93	5	159	27	12	28	32	1.92
38198949--38199124	68	2.6	68	76	13	159	21	28	15	34	1.94
38206247--38206376	42	3.1	41	78	8	136	29	13	24	33	1.93
38206258--38206365	43	2.5	42	75	11	112	30	13	24	31	1.94
38209003--38209154	68	2.3	66	81	4	189	30	11	11	46	1.76
38216628--38216817	43	4.5	43	75	13	196	34	15	19	31	1.93
38219061--38219094	16	2.1	16	94	0	59	47	32	5	14	1.69
38220168--38220210	16	2.7	16	81	0	50	48	13	25	11	1.77
38220414--38220526	29	4.0	28	81	6	111	30	14	26	28	1.95
38223258--38223435	46	3.8	46	77	4	196	29	28	20	21	1.98
38223266--38223437	93	1.8	93	89	0	272	28	29	20	21	1.98
38228771--38228942	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
38228763--38228938	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
38234667--38234753	27	3.2	27	86	4	131	32	19	14	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38236976--38237155	46	3.9	46	76	9	159	28	18	28	24	1.98
38237205--38237339	49	2.7	50	75	7	132	25	20	28	25	1.99
38239993--38240111	58	2.1	58	100	0	238	30	25	21	22	1.99
38244927--38245340	46	8.8	47	75	12	302	27	19	29	23	1.98
38244930--38245340	47	8.7	48	74	12	223	27	18	29	23	1.98
38250269--38250305	2	18.5	2	94	0	65	48	2	0	48	1.15
38255269--38255302	17	1.9	17	88	5	50	11	20	44	23	1.84
38255521--38255599	27	2.9	27	83	5	97	41	16	8	32	1.79
38255522--38255615	27	3.5	27	80	8	77	44	14	9	30	1.78
38255915--38255974	22	2.7	22	78	0	66	21	25	20	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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