genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  202  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61741006--61741180	26	6.8	26	90	0	273	25	24	24	26	2.00
61741006--61741180	78	2.3	76	94	2	305	25	24	24	26	2.00
61741992--61742069	27	2.9	27	79	11	88	20	20	21	37	1.95
61742110--61742195	27	3.1	27	75	17	86	37	10	15	37	1.81
61742174--61742292	27	4.4	27	76	8	109	28	6	21	42	1.78
61742315--61742401	26	3.3	25	85	4	111	42	12	19	25	1.86
61742327--61742417	27	3.4	26	86	4	112	42	10	21	24	1.85
61755051--61755181	29	4.6	29	82	3	131	24	17	32	25	1.97
61755051--61755122	28	2.5	29	95	2	128	26	15	30	27	1.96
61761115--61761282	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
61768932--61769201	27	10.0	27	86	0	342	35	18	19	25	1.95
61769812--61769915	27	3.9	26	83	6	127	18	22	22	37	1.94
61770036--61770126	6	14.8	6	80	13	105	18	19	13	48	1.81
61770045--61770115	19	3.8	19	78	10	83	18	21	14	46	1.83
61770036--61770126	37	2.5	37	92	0	155	18	19	13	48	1.81
61770067--61770138	18	3.9	18	80	10	65	19	18	11	51	1.75
61772176--61772582	27	15.1	27	87	2	559	34	17	20	27	1.95
61772973--61773023	22	2.3	23	83	10	70	23	25	19	31	1.98
61772987--61773034	22	2.2	22	81	7	53	25	29	16	29	1.97
61773215--61773327	27	4.2	27	83	11	126	20	23	20	35	1.96
61773625--61773668	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
61774727--61774794	10	6.5	10	78	10	57	4	26	0	69	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61774727--61774767	5	8.2	5	84	10	57	0	24	0	75	0.80
61775840--61775902	26	2.3	27	81	8	74	36	25	11	26	1.90
61778226--61778269	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
61781580--61781647	20	3.2	21	79	10	77	4	29	0	66	1.11
61781580--61781647	10	6.5	10	76	10	57	4	29	0	66	1.11
61784949--61785138	27	7.0	27	88	0	281	35	16	20	28	1.94
61784953--61785168	27	8.0	26	83	7	227	35	17	19	27	1.94
61785555--61785619	22	3.0	22	77	8	69	20	24	23	32	1.98
61785777--61785910	27	5.0	27	85	4	130	21	22	19	36	1.95
61785793--61785921	53	2.4	54	79	5	136	20	24	20	34	1.96
61786030--61786120	6	14.8	6	69	13	51	21	18	12	47	1.81
61786033--61786089	25	2.3	25	81	0	69	21	21	14	43	1.87
61787182--61787219	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
61787448--61787618	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
61787443--61787615	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
61792351--61792377	13	2.1	13	100	0	54	14	40	14	29	1.86
61794698--61794735	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
61794965--61795135	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
61794960--61795132	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
61807042--61807393	27	13.3	27	79	5	137	36	22	7	33	1.82
61807139--61807310	54	3.2	54	88	0	263	30	22	7	38	1.82
61807153--61807366	81	2.6	81	87	0	284	33	22	7	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61807143--61807397	54	4.7	54	80	2	208	33	22	7	36	1.81
61807787--61807874	6	14.3	6	72	17	65	19	19	14	46	1.84
61807787--61807859	31	2.4	31	90	0	110	17	20	15	46	1.84
61808822--61808865	20	2.2	20	84	8	54	59	4	15	20	1.54
61811433--61811623	40	4.8	40	83	6	217	25	23	25	25	2.00
61811434--61811656	40	5.6	39	79	10	184	26	24	24	24	2.00
61811433--61811651	80	2.7	79	78	10	232	26	24	25	24	2.00
61819511--61819695	40	4.6	40	83	7	205	27	22	24	25	2.00
61819507--61819722	80	2.7	79	78	8	215	27	23	25	24	2.00
61825921--61825985	3	21.7	3	100	0	130	32	0	0	67	0.91
61826102--61826136	13	2.7	13	100	0	70	28	0	34	37	1.58
61838769--61838989	46	4.8	45	75	11	198	30	28	18	22	1.97
61841008--61841078	34	2.1	34	97	0	133	32	23	8	35	1.85
61841690--61841758	15	4.7	15	77	8	70	57	17	14	10	1.63
61841690--61841758	30	2.3	30	82	7	88	57	17	14	10	1.63
61844689--61844955	46	5.8	45	70	17	172	29	26	20	23	1.99
61844743--61844907	47	3.5	47	71	14	151	30	27	18	24	1.98
61844696--61844963	93	2.9	92	86	1	374	29	26	20	23	1.99
61846287--61846327	20	2.1	20	86	4	57	70	12	7	9	1.33
61850882--61850981	6	16.3	6	71	19	73	48	14	19	19	1.82
61850891--61850981	25	3.7	25	78	10	98	48	13	19	18	1.81
61851308--61851367	22	2.7	22	84	5	68	28	21	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61851758--61851865	27	4.0	26	84	2	126	25	20	18	36	1.95
61851763--61851875	54	2.1	53	87	8	165	26	20	15	37	1.93
61851858--61851961	27	3.9	27	70	5	75	31	8	24	35	1.86
61854445--61854602	78	2.0	78	92	0	262	41	17	12	29	1.85
61857382--61857449	27	2.5	27	95	2	118	30	26	13	29	1.94
61861548--61861699	39	3.8	40	82	4	166	28	22	26	23	1.99
61861548--61861699	79	1.9	79	83	2	198	28	22	26	23	1.99
61861552--61861716	79	2.1	79	79	2	179	27	23	26	22	1.99
61867639--61867679	19	2.2	19	95	0	73	14	24	14	46	1.82
61869606--61869757	40	3.9	39	84	4	164	28	23	25	23	1.99
61869606--61869757	79	1.9	78	85	1	205	28	23	25	23	1.99
61869606--61869811	40	5.2	40	79	4	157	27	24	26	21	1.99
61876703--61876772	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
61879931--61879975	20	2.2	20	88	0	63	53	2	11	33	1.49
61886726--61886915	41	4.7	41	86	2	285	20	23	27	28	1.99
61891177--61891343	40	4.2	40	77	4	151	22	26	23	27	2.00
61902765--61902930	40	4.2	40	80	5	160	25	22	27	24	2.00
61914165--61914372	40	5.2	40	79	1	157	22	26	23	27	1.99
61914219--61914372	80	1.9	80	83	0	200	24	26	21	27	1.99
61918491--61918587	40	2.5	39	83	8	124	25	26	16	30	1.97
61920152--61920251	42	2.4	42	77	5	112	26	16	24	34	1.95
61933907--61934082	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61933903--61934074	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
61937035--61937103	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
61937026--61937113	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
61939497--61939672	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
61939493--61939664	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
61942680--61942758	28	2.8	29	80	3	88	29	35	16	18	1.93
61942657--61942757	29	3.5	28	76	10	89	26	34	17	20	1.95
61950557--61950658	29	3.6	28	77	12	100	28	34	16	20	1.95
61957400--61957649	94	2.6	96	78	8	242	30	20	26	22	1.98
61957443--61957666	49	4.6	49	76	9	176	29	21	27	20	1.98
61968002--61968424	27	15.7	27	82	2	420	30	10	19	39	1.86
61968743--61968832	28	3.2	28	81	6	110	28	37	14	18	1.91
61974495--61974589	50	1.9	50	91	4	156	31	18	24	25	1.98
61981869--61982103	79	3.0	79	96	0	434	28	8	26	36	1.86
61984891--61984922	15	2.1	15	100	0	64	31	0	37	31	1.58
61985485--61985661	50	3.4	52	83	10	204	31	23	23	22	1.99
61985521--61985684	50	3.3	49	90	5	258	29	21	24	23	1.99
61994782--61994895	43	2.7	42	78	10	115	28	26	15	28	1.96
61996938--61996987	24	2.1	24	92	0	82	26	28	10	36	1.88
62014119--62014269	43	3.5	43	76	8	139	32	22	15	29	1.95
62017401--62017564	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
62017401--62017598	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62024972--62025135	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
62024972--62025169	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
62027152--62027368	48	4.5	48	83	2	274	28	16	26	29	1.97
62027308--62027465	87	1.8	85	84	2	217	29	17	26	26	1.97
62034087--62034189	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
62037997--62038044	22	2.2	22	96	0	87	33	14	22	29	1.94
62038089--62038371	48	5.9	48	81	1	309	28	16	26	28	1.97
62038099--62038418	96	3.3	95	81	5	286	28	18	26	26	1.98
62039999--62040120	43	2.9	42	78	7	138	27	22	16	33	1.95
62040966--62041559	305	1.9	305	84	2	780	35	18	11	35	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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