genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66087813--66087906	43	2.2	43	83	7	111	29	18	25	26	1.98
66089807--66089866	26	2.3	25	80	11	68	28	3	6	61	1.37
66097209--66097254	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
66097216--66097260	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
66104276--66104777	27	18.6	27	87	3	627	27	21	9	40	1.84
66106015--66106062	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
66106105--66106165	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
66106215--66106404	24	8.0	24	91	4	287	28	22	22	26	1.99
66106215--66106379	47	3.5	47	94	1	276	27	23	21	27	1.99
66106215--66106405	71	2.7	71	90	4	287	28	22	21	26	1.99
66109440--66109858	27	15.6	27	86	4	526	27	21	9	40	1.84
66111095--66111142	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
66111185--66111245	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
66111293--66111457	24	7.0	24	91	5	239	28	22	22	26	1.99
66111293--66111458	70	2.3	70	88	6	237	28	22	22	26	1.99
66111293--66111457	46	3.5	47	90	6	237	28	22	22	26	1.99
66111649--66111712	31	2.1	31	87	0	92	34	15	25	25	1.95
66114654--66114707	23	2.3	23	87	0	72	33	9	27	29	1.88
66114979--66115038	29	2.0	30	81	15	72	61	0	16	21	1.34
66115520--66115699	26	7.2	26	65	13	85	18	18	20	42	1.90
66119036--66119090	29	1.9	29	85	3	76	21	41	18	18	1.90
66121072--66121234	50	3.3	50	81	1	184	24	19	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66124333--66124365	15	2.2	15	94	0	57	18	12	12	57	1.64
66126605--66126634	15	2.0	15	100	0	60	20	20	33	26	1.97
66127133--66127265	50	2.7	50	86	1	169	25	18	29	27	1.98
66129005--66129140	47	3.0	43	77	14	132	29	27	19	22	1.98
66131546--66131574	15	1.9	15	100	0	58	55	13	10	20	1.68
66134548--66134718	93	1.8	93	87	2	254	30	26	19	22	1.98
66138888--66139069	40	4.6	40	85	6	210	24	26	21	27	1.99
66141184--66141352	49	3.5	49	79	5	166	23	27	21	28	1.99
66143524--66143593	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
66143524--66143605	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
66150936--66151006	26	2.8	25	85	4	99	26	25	21	26	1.99
66151228--66151317	38	2.7	31	71	22	83	34	14	23	27	1.94
66154036--66154194	48	3.3	48	96	0	282	33	6	28	32	1.82
66154331--66154438	36	2.9	37	93	2	182	23	18	31	26	1.97
66162795--66162865	26	2.8	26	91	4	110	23	25	21	29	1.99
66162795--66162878	26	3.4	25	85	8	109	27	22	21	28	1.99
66163087--66163176	38	2.7	31	75	25	94	37	16	21	24	1.93
66171616--66171797	40	4.6	40	83	4	181	23	26	22	28	1.99
66173662--66173879	40	5.5	40	91	3	325	24	27	23	23	2.00
66178672--66178773	29	3.5	29	90	4	152	26	15	34	23	1.95
66191491--66191702	46	4.6	44	76	13	158	27	19	29	24	1.98
66195790--66195849	30	2.0	30	86	0	84	40	8	23	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66206343--66206370	11	2.5	11	100	0	56	60	14	14	10	1.58
66207316--66207445	39	3.3	40	81	2	147	36	18	13	31	1.89
66207443--66207471	10	2.9	10	100	0	58	48	10	0	41	1.37
66209207--66209244	20	1.9	20	88	0	58	5	2	31	60	1.33
66219222--66219254	4	8.2	4	93	0	57	24	3	24	48	1.65
66230122--66230226	46	2.3	46	96	1	192	48	6	17	27	1.72
66232273--66232402	29	4.5	29	96	0	226	24	23	14	37	1.92
66232273--66232432	58	2.8	57	89	2	230	25	23	14	36	1.93
66240137--66240295	58	2.7	58	90	1	239	25	23	14	36	1.93
66240137--66240265	29	4.4	29	97	0	231	24	22	14	37	1.92
66240137--66240295	87	1.8	87	89	2	248	25	23	14	36	1.93
66241942--66242113	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
66241935--66242110	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
66250026--66250128	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
66256912--66257038	55	2.3	55	80	8	141	25	28	29	17	1.97
66262987--66263116	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
66262987--66263150	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
66268784--66268840	24	2.4	24	90	0	87	21	17	14	47	1.82
66269071--66269116	23	2.0	23	83	8	58	45	8	10	34	1.70
66271240--66271371	67	2.0	67	90	0	210	35	21	18	24	1.95
66285329--66285363	16	2.2	16	94	0	61	5	22	20	51	1.68
66286601--66286632	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66293118--66293184	18	3.8	18	84	4	82	40	11	22	25	1.88
66293513--66293727	27	8.0	27	80	6	195	38	21	15	24	1.92
66293719--66293780	27	2.3	27	94	2	108	25	17	12	43	1.85
66293734--66293834	27	3.7	27	85	2	105	19	16	21	41	1.90
66298020--66298077	30	1.9	30	85	0	80	44	5	20	29	1.73
66298788--66298959	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
66298812--66298995	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
66300885--66300941	28	2.0	28	100	0	114	35	21	14	29	1.92
66303194--66303452	68	3.9	64	76	14	233	30	16	29	24	1.96
66313962--66314018	13	4.4	13	81	0	78	45	3	21	29	1.68
66314000--66314058	26	2.3	26	82	5	75	50	3	16	28	1.61
66316292--66316359	29	2.4	29	82	2	84	16	36	26	20	1.93
66323195--66323326	48	2.8	48	92	0	219	18	17	31	32	1.94
66328189--66328364	39	4.5	40	89	6	254	23	28	23	24	2.00
66328189--66328364	79	2.2	80	87	7	254	23	28	23	24	2.00
66337427--66337609	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
66345508--66345690	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
66353158--66353355	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
66353224--66353341	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
66353192--66353355	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
66359076--66359226	40	3.8	41	77	11	152	26	24	26	22	2.00
66359116--66359242	40	3.2	40	77	4	132	24	24	28	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66365393--66365650	39	6.6	39	87	1	338	22	20	26	30	1.98
66365393--66365609	117	1.8	118	94	1	382	22	20	26	29	1.99
66365393--66365650	117	2.2	117	88	2	374	22	20	26	30	1.98
66368741--66369173	29	14.9	29	80	4	408	22	24	14	38	1.91
66370806--66370832	14	1.9	14	100	0	54	37	22	7	33	1.82
66371701--66371768	28	2.3	28	77	7	73	30	16	13	39	1.86
66371828--66371880	20	2.5	21	74	17	56	41	3	5	49	1.44
66374750--66374795	24	2.0	23	86	4	65	43	2	28	26	1.66
66383424--66383530	40	2.7	41	84	5	130	22	16	27	33	1.96
66397697--66397780	29	2.9	29	92	0	141	27	30	14	27	1.95
66413074--66413265	40	4.8	40	83	0	204	26	22	26	25	2.00
66413080--66413281	80	2.5	79	83	4	228	25	22	27	25	2.00
66416321--66416361	21	2.0	21	90	0	64	34	9	21	34	1.87
66419662--66419701	18	2.2	19	86	4	55	22	27	32	17	1.96
66421759--66421857	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
66425763--66425892	40	3.3	39	75	8	127	24	27	23	24	2.00
66425779--66425928	80	1.9	80	82	8	189	22	26	23	27	2.00
66432627--66432725	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
66439452--66439481	15	2.1	14	93	6	51	36	3	20	40	1.69
66455569--66455620	20	2.6	20	90	0	86	17	30	30	21	1.96
66459151--66459180	13	2.3	13	94	0	51	6	40	20	33	1.78
66470620--66470687	28	2.4	28	95	0	118	33	26	7	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66470793--66470880	26	3.2	27	87	9	126	20	23	23	31	1.98
66471342--66471380	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
66478464--66478530	28	2.4	28	92	2	109	34	25	7	32	1.84
66478636--66478724	28	3.2	27	85	10	119	20	23	23	32	1.98
66478636--66478724	26	3.2	27	85	7	117	20	23	23	32	1.98
66479188--66479226	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
66481815--66482072	39	6.6	39	90	1	374	21	21	27	29	1.98
66484427--66484577	40	3.8	41	77	11	152	26	24	26	22	2.00
66484467--66484593	40	3.2	40	77	4	132	24	24	28	22	2.00
66489171--66489368	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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