genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.366.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  366  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112313822--112313854	14	2.3	15	89	5	50	69	6	12	12	1.35
112313787--112313920	68	2.0	67	89	4	207	45	15	13	25	1.83
112313975--112314007	14	2.3	15	94	5	59	72	6	9	12	1.26
112313940--112314142	69	3.0	69	92	2	340	45	16	13	24	1.84
112313785--112314319	222	2.3	225	89	7	803	41	18	15	25	1.89
112314110--112314142	13	2.5	14	85	14	52	60	6	15	18	1.54
112314077--112314313	85	2.8	85	95	1	422	38	18	16	26	1.92
112314198--112314227	13	2.4	13	94	5	53	63	6	16	13	1.50
112314282--112314314	14	2.3	15	89	5	50	69	6	12	12	1.35
112316911--112316961	15	3.4	15	68	10	50	19	19	15	45	1.86
112316907--112316967	30	2.0	30	100	0	122	19	22	13	44	1.85
112326382--112326438	22	2.4	25	77	14	66	52	7	0	40	1.28
112326399--112326435	2	18.5	2	94	0	65	51	2	0	45	1.15
112326977--112327021	21	2.2	20	88	4	63	55	0	6	37	1.26
112327146--112327177	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
112327232--112327258	14	1.9	14	100	0	54	62	7	0	29	1.22
112329408--112329459	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
112331684--112332001	128	2.5	128	85	3	408	36	19	17	27	1.94
112332855--112332891	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
112337613--112337765	7	22.0	7	73	18	88	62	0	1	35	1.06
112337613--112337765	26	6.3	25	75	16	135	62	0	1	35	1.06
112337618--112337750	12	11.7	11	73	17	87	63	0	2	34	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112340535--112340645	27	4.1	27	86	5	145	36	22	23	17	1.94
112340535--112340645	54	2.1	53	91	1	177	36	22	23	17	1.94
112342218--112342327	26	4.2	26	94	0	175	36	23	4	35	1.76
112342837--112342972	39	3.5	39	91	0	218	21	26	20	31	1.98
112342945--112342998	26	2.1	26	100	0	108	20	25	14	38	1.91
112342906--112343029	65	1.9	65	98	0	239	20	25	18	35	1.95
112345954--112347150	127	9.4	127	92	0	1955	25	25	19	29	1.99
112354335--112354548	5	42.6	5	67	19	72	61	2	1	33	1.21
112354423--112354474	13	3.9	14	78	14	56	63	7	0	28	1.22
112354451--112354551	28	3.8	26	78	15	100	60	0	1	37	1.08
112354435--112354545	52	2.2	51	82	11	129	61	1	1	35	1.17
112354450--112354574	7	17.6	7	72	17	64	60	0	2	36	1.10
112354470--112354574	28	3.7	28	74	10	88	60	0	2	37	1.12
112357187--112357216	14	2.1	14	93	0	51	46	0	0	53	1.00
112358519--112358562	18	2.4	18	88	0	61	34	13	13	38	1.84
112359227--112359339	55	2.1	55	96	0	208	18	4	30	46	1.69
112359283--112359334	23	2.3	23	83	6	61	21	5	25	48	1.72
112359615--112359673	22	2.7	21	85	15	75	27	32	27	13	1.94
112360490--112360556	30	2.2	30	97	0	125	44	2	11	40	1.56
112361537--112361588	19	2.7	19	85	8	70	57	5	0	36	1.23
112364803--112364918	30	3.9	30	83	2	144	18	48	4	28	1.67
112366218--112366453	131	1.8	131	79	7	282	27	16	17	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112369859--112369973	27	4.3	26	86	5	140	36	23	22	17	1.95
112369859--112369973	54	2.1	54	87	3	160	36	23	22	17	1.95
112370074--112370125	26	2.0	26	82	14	63	32	19	15	32	1.93
112370090--112370147	28	2.2	26	84	6	71	34	12	15	37	1.85
112371591--112371700	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
112372183--112372226	22	2.0	22	86	4	61	15	15	2	65	1.36
112372480--112372567	3	30.0	3	82	8	110	31	5	0	62	1.18
112372653--112372692	16	2.6	15	88	4	53	32	5	2	60	1.32
112372692--112372746	18	2.9	18	75	20	51	36	1	10	50	1.48
112373784--112373813	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
112373889--112373988	37	2.6	37	74	21	91	32	6	5	57	1.45
112375672--112375707	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
112378981--112379093	59	1.9	58	84	8	149	38	17	15	27	1.91
112380289--112380455	40	4.2	40	80	3	176	25	22	27	24	2.00
112380289--112380439	80	1.9	79	84	4	205	25	22	27	23	2.00
112386674--112386707	17	1.9	18	88	5	52	44	29	20	5	1.75
112387025--112387248	77	2.9	75	87	3	286	28	16	23	31	1.96
112387234--112387260	14	1.9	14	100	0	54	14	14	7	62	1.51
112387235--112387268	14	2.4	14	90	0	50	17	20	5	55	1.62
112387267--112387410	74	1.9	75	90	2	227	31	19	22	26	1.97
112387101--112388969	166	11.7	165	81	10	1241	29	17	20	33	1.95
112387341--112387513	93	1.9	93	83	2	231	26	21	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112387570--112387596	14	1.9	14	100	0	54	14	14	7	62	1.51
112387571--112387604	14	2.4	14	90	0	50	17	20	5	55	1.62
112387512--112387684	94	1.8	94	87	0	256	29	20	17	32	1.96
112387851--112388969	75	14.5	74	74	14	840	29	16	20	33	1.95
112387848--112388804	73	12.6	73	75	12	802	29	16	20	32	1.95
112387752--112388969	158	7.9	148	82	9	1130	29	16	20	33	1.94
112388676--112388969	159	1.8	157	85	7	385	26	17	20	35	1.94
112388910--112389079	56	3.0	56	88	4	254	31	14	15	38	1.87
112391430--112391493	31	2.1	31	93	0	110	23	20	15	40	1.90
112391686--112391828	24	6.0	24	90	7	202	25	23	22	28	1.99
112391686--112391827	47	3.0	48	89	7	200	26	23	22	28	1.99
112391685--112391828	71	2.0	72	88	6	213	25	22	22	29	1.99
112391879--112391938	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
112391879--112391933	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
112391981--112392028	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
112394492--112394672	22	7.7	22	71	18	109	31	6	4	56	1.46
112394534--112394676	25	6.0	25	74	13	99	30	6	4	58	1.44
112394857--112394912	3	18.7	3	100	0	112	32	0	0	67	0.91
112395052--112395076	13	1.9	13	100	0	50	40	0	8	52	1.31
112398662--112398889	19	11.7	19	68	19	100	33	3	1	62	1.19
112398608--112398869	32	8.4	31	70	20	138	32	3	1	62	1.20
112398664--112398851	64	3.0	63	77	12	169	34	3	1	61	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112398859--112398900	20	2.2	19	91	4	66	28	4	2	64	1.26
112398799--112398918	25	4.9	24	70	27	76	32	5	0	61	1.23
112399107--112399146	19	2.1	19	86	9	55	35	7	0	57	1.27
112399167--112399221	27	2.0	27	82	10	67	34	1	0	63	1.05
112403485--112403592	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
112404217--112404276	29	2.1	29	100	0	120	41	6	13	38	1.70
112405093--112405145	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
112409327--112409460	26	5.2	26	95	0	232	32	7	23	35	1.83
112410083--112410142	29	2.1	29	100	0	120	41	6	13	38	1.70
112413238--112413281	21	2.1	21	100	0	88	45	18	9	27	1.79
112419738--112419767	16	1.9	15	93	6	51	86	0	0	13	0.57
112420742--112420881	27	5.2	28	90	5	184	35	22	24	17	1.96
112422493--112422575	26	3.2	26	96	1	150	37	25	4	32	1.77
112423794--112423846	26	2.0	27	85	7	74	26	15	22	35	1.93
112427476--112427737	24	11.0	24	95	0	438	20	18	25	35	1.95
112435466--112435729	24	11.0	24	96	0	456	20	18	25	35	1.95
112443650--112443825	40	4.4	40	94	1	300	22	17	29	30	1.97
112452220--112452298	32	2.5	33	83	10	101	51	18	2	26	1.59
112453715--112453757	21	2.0	21	90	0	68	44	13	9	32	1.76
112455530--112455595	27	2.4	27	95	5	116	45	15	13	25	1.83
112461201--112461362	71	2.3	70	82	4	193	33	19	21	24	1.97
112461238--112461390	35	4.3	35	74	1	90	32	18	22	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112469745--112469793	24	2.0	25	92	4	82	42	38	10	8	1.68
112471787--112472128	47	7.3	47	95	0	603	28	29	8	32	1.87
112474099--112474274	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
112474095--112474266	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
112477881--112478131	71	3.5	71	77	6	206	35	19	19	25	1.95
112478022--112478149	36	3.6	36	72	6	116	36	19	21	21	1.95
112477995--112478116	36	3.4	35	73	3	109	32	20	22	23	1.98
112479940--112479982	2	21.5	2	85	0	59	51	44	2	2	1.27
112479988--112480045	22	2.6	22	83	2	80	44	5	6	43	1.53
112479982--112480039	2	29.0	2	82	0	71	44	3	5	46	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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