genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.131.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  131  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39458057--39458163	34	3.2	34	88	4	155	28	24	21	25	1.99
39466367--39467045	338	2.0	338	100	0	1358	38	17	12	30	1.88
39468721--39468793	28	2.6	28	89	4	103	28	13	26	31	1.94
39471609--39471640	16	2.1	15	94	5	55	25	18	0	56	1.42
39471717--39471741	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
39473519--39473567	23	2.1	23	92	0	80	38	26	0	34	1.57
39475487--39475585	33	3.0	33	84	10	114	29	26	20	24	1.99
39475773--39475855	27	3.2	26	72	6	78	37	19	20	22	1.94
39475991--39476080	27	3.3	26	75	14	85	27	18	16	36	1.93
39476075--39476194	27	4.4	27	78	2	98	31	11	17	39	1.86
39476062--39476192	54	2.4	54	81	0	136	30	10	19	38	1.86
39478494--39478663	43	4.0	43	69	14	127	32	25	12	29	1.93
39482390--39482490	43	2.3	43	93	0	166	20	20	28	29	1.98
39488364--39488495	47	2.8	48	86	4	160	24	28	21	26	1.99
39493857--39493901	22	2.0	22	82	0	54	28	15	20	35	1.93
39494956--39495013	29	2.0	30	83	10	75	24	15	25	34	1.95
39496641--39496811	46	3.7	46	76	7	175	28	29	19	21	1.98
39496642--39496812	93	1.8	93	88	0	261	28	30	19	21	1.98
39500449--39500656	40	5.2	40	79	7	217	25	21	26	25	2.00
39500500--39500670	79	2.2	79	80	12	199	26	19	27	26	1.99
39505533--39505665	59	2.2	60	90	1	205	35	14	24	25	1.93
39505563--39505665	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39513068--39513200	59	2.2	60	90	1	205	35	14	24	25	1.93
39513098--39513200	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
39520625--39520726	29	3.5	29	95	0	186	36	14	24	24	1.93
39525912--39526087	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
39525909--39526080	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
39541756--39541931	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
39541753--39541924	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
39549252--39549427	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
39549249--39549420	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
39552217--39552263	20	2.3	21	79	17	55	46	19	31	2	1.61
39559258--39559322	34	1.9	33	84	9	87	29	26	24	20	1.99
39563504--39563536	2	16.5	2	93	0	57	51	3	0	45	1.16
39563651--39563749	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
39565524--39565641	62	1.9	62	82	3	148	24	27	16	32	1.96
39569706--39569817	48	2.3	49	89	1	163	39	20	19	20	1.93
39569996--39570088	35	2.7	34	85	3	123	34	12	21	31	1.91
39572890--39573140	55	4.8	54	76	11	218	36	17	23	22	1.95
39578411--39578452	16	2.5	17	88	7	68	16	7	4	71	1.26
39578734--39578765	15	2.1	15	94	0	55	28	6	6	59	1.46
39582142--39582302	29	5.6	29	87	1	198	26	16	31	26	1.96
39585117--39585226	39	2.8	38	77	10	105	25	20	23	30	1.99
39585117--39585234	40	3.0	38	77	9	112	23	20	23	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39595117--39595166	24	2.0	25	96	3	93	48	20	0	32	1.50
39596722--39596991	145	1.9	145	88	1	416	32	20	18	28	1.96
39600411--39600478	34	2.0	34	97	0	127	26	0	27	45	1.54
39604327--39604435	47	2.3	47	93	0	191	17	17	22	43	1.88
39608892--39609003	27	4.2	26	82	8	118	21	24	20	33	1.97
39617046--39617127	28	3.0	27	84	8	105	20	24	21	32	1.98
39617045--39617157	27	4.2	27	78	15	117	21	23	21	33	1.97
39619947--39620127	40	4.6	40	90	2	278	27	26	22	23	2.00
39627796--39627937	40	3.6	40	93	2	234	25	27	23	23	2.00
39633745--39633845	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
39638891--39638918	12	2.3	12	100	0	56	35	7	17	39	1.78
39642321--39642600	47	6.0	47	92	0	443	32	12	28	25	1.93
39642489--39642564	23	3.2	25	62	24	63	28	14	34	22	1.93
39642763--39642907	37	3.9	37	92	0	236	22	18	33	25	1.97
39649002--39649042	22	1.9	22	90	5	66	12	43	26	17	1.84
39653522--39653934	47	8.7	47	94	1	664	29	30	7	32	1.85
39675099--39675288	40	4.8	40	79	8	194	24	23	27	24	2.00
39675099--39675289	78	2.4	77	81	6	188	24	23	27	24	2.00
39682432--39682616	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
39682433--39682624	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
39682432--39682649	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
39686365--39686556	40	4.8	39	82	5	163	23	22	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39686365--39686556	79	2.4	81	83	6	232	23	22	28	24	1.99
39686365--39686582	79	2.7	77	80	8	206	24	22	27	25	2.00
39688810--39688851	21	2.0	21	86	4	59	35	7	21	35	1.81
39699096--39699253	38	4.1	38	81	6	176	30	23	21	24	1.99
39705248--39705418	46	3.7	45	73	8	146	22	29	18	29	1.97
39712694--39712915	47	4.7	47	75	9	195	23	30	18	27	1.98
39712694--39712915	93	2.4	93	78	8	236	23	30	18	27	1.98
39712700--39712963	140	1.9	140	82	4	336	23	29	18	28	1.98
39716594--39716833	68	3.6	65	79	9	204	25	29	16	28	1.97
39718079--39718123	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
39719797--39719919	42	2.9	42	95	2	212	15	27	36	20	1.93
39721059--39721239	93	2.0	93	93	1	310	35	15	7	40	1.76
39733310--39733366	29	2.0	29	89	0	87	14	17	38	29	1.89
39736999--39737028	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
39741867--39741958	29	3.1	29	79	11	98	21	27	16	34	1.95
39742778--39742860	9	8.9	9	92	7	139	20	0	22	56	1.42
39749953--39749982	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
39750189--39750450	50	5.2	50	77	8	228	33	25	15	25	1.95
39750189--39750414	101	2.3	99	82	4	249	33	25	15	25	1.95
39751095--39751151	30	1.9	30	88	0	87	28	21	10	40	1.86
39754289--39754446	43	3.7	43	82	5	169	31	25	19	23	1.98
39755686--39755719	9	3.8	9	92	0	59	17	2	23	55	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39759268--39759388	62	2.0	62	100	0	242	23	21	8	47	1.77
39759891--39759936	10	4.7	10	79	12	51	50	8	0	41	1.33
39776047--39776296	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
39784220--39784429	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
39787172--39787210	8	4.9	8	87	0	51	51	23	20	5	1.67
39787620--39787732	27	4.2	27	80	5	122	21	21	21	36	1.95
39792382--39792523	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
39792421--39792549	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
39800407--39800573	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
39803292--39803460	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
39811307--39811475	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
39821364--39821452	44	2.0	44	100	0	178	22	22	15	39	1.92
39827918--39827943	6	4.3	6	100	0	52	0	30	0	69	0.89
39830709--39830761	26	2.0	26	85	7	72	39	22	13	24	1.90
39831071--39831151	33	2.4	34	75	8	85	29	18	22	29	1.97
39843267--39843291	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
39847914--39848011	6	18.2	5	76	15	65	18	5	1	75	1.04
39847926--39847988	6	10.2	6	81	6	72	14	4	1	79	0.97
39847916--39848010	20	4.7	20	79	11	95	17	5	1	75	1.04
39847922--39847971	26	2.0	25	92	4	82	16	4	0	80	0.87
39847917--39847960	15	2.9	15	78	21	56	15	4	0	79	0.89
39854495--39854519	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39860010--39860057	25	1.9	25	86	0	69	25	22	16	35	1.95
39864998--39865180	39	4.6	39	86	0	231	24	22	30	23	1.99
39876262--39876444	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
39878085--39878133	24	2.0	24	92	0	80	32	6	30	30	1.82
39888063--39888235	73	2.4	73	76	1	186	24	20	22	31	1.98
39897427--39897470	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
39909505--39909556	21	2.5	21	87	0	68	26	21	25	26	1.99
39909893--39909950	3	19.3	3	100	0	116	67	0	0	32	0.91
39916865--39917059	106	1.8	106	87	2	293	23	27	26	22	2.00
39918126--39918220	25	3.8	24	81	12	84	33	18	22	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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