genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.259.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  259  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79942454--79942508	9	6.3	9	74	16	53	40	7	12	40	1.71
79949868--79949948	23	3.6	23	75	9	85	14	23	20	40	1.90
79950125--79950179	9	6.3	9	74	16	53	40	7	12	40	1.71
79955265--79955495	47	4.9	49	81	6	250	22	29	18	29	1.98
79955267--79955537	47	5.8	46	73	16	161	23	29	18	28	1.98
79955267--79955532	140	1.9	141	82	5	342	23	28	18	28	1.98
79957627--79957724	37	2.6	36	79	6	115	44	18	6	30	1.74
79964179--79964247	28	2.5	28	90	4	106	30	28	14	26	1.95
79972115--79972184	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
79984462--79984628	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
79992466--79992632	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
80001570--80001721	40	3.8	40	81	3	162	26	23	27	23	2.00
80010055--80010097	14	3.0	15	83	6	54	32	0	27	39	1.57
80010413--80010474	19	3.3	19	73	22	58	29	1	1	67	1.09
80010414--80010467	10	5.6	10	75	14	51	31	1	0	66	1.02
80013503--80013549	13	3.7	13	97	2	87	46	6	0	46	1.28
80014897--80014947	25	2.0	25	92	0	84	39	5	17	37	1.74
80014900--80014947	12	3.9	12	75	5	51	39	4	18	37	1.70
80019567--80019617	25	2.0	25	92	0	84	39	5	17	37	1.74
80019570--80019617	12	3.9	12	75	5	51	39	4	18	37	1.70
80026983--80027203	40	5.6	40	85	6	279	24	23	25	26	2.00
80026983--80027203	82	2.8	80	86	8	283	24	23	25	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80029801--80029878	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
80037802--80037903	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
80050279--80050423	41	3.5	41	73	6	125	24	28	17	28	1.98
80050386--80050482	43	2.2	44	78	5	108	30	29	14	24	1.95
80055341--80055529	48	3.9	48	80	4	184	25	29	17	27	1.98
80061809--80061984	46	3.8	45	79	10	203	21	20	29	28	1.98
80061805--80061976	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	27	1.98
80068795--80068823	10	2.9	10	100	0	58	72	0	10	17	1.11
80070773--80070846	26	2.8	25	75	18	71	64	1	8	25	1.29
80072097--80072142	21	2.2	21	84	0	56	30	13	21	34	1.91
80074623--80075203	289	2.0	289	99	0	1153	41	5	16	37	1.71
80082963--80083053	45	2.0	45	91	0	146	41	8	7	41	1.65
80084239--80084274	15	2.3	15	90	4	54	80	0	8	11	0.90
80089568--80089636	30	2.3	31	82	5	88	31	17	2	47	1.62
80091629--80091784	42	3.7	43	78	14	171	28	27	20	23	1.99
80094240--80094308	30	2.3	30	97	0	129	18	39	26	15	1.91
80120605--80120729	49	2.5	49	79	6	137	27	21	28	23	1.99
80125793--80125895	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
80134895--80134997	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
80142897--80142999	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
80148512--80148682	46	3.7	47	77	6	143	28	19	28	23	1.98
80150023--80150062	21	2.0	21	85	5	55	15	37	27	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80153296--80153370	38	2.0	38	94	0	132	28	20	6	45	1.76
80154660--80154707	24	2.0	24	95	0	87	20	18	20	39	1.92
80157094--80157119	9	2.9	9	100	0	52	46	11	11	30	1.76
80159085--80159140	26	2.2	26	90	0	85	25	17	30	26	1.97
80159713--80160074	178	2.0	178	97	1	690	40	19	5	35	1.74
80166287--80166372	27	3.2	26	79	11	77	67	1	3	27	1.14
80167144--80167174	5	6.2	5	100	0	62	41	0	38	19	1.51
80168477--80168508	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
80171916--80171977	10	6.1	10	80	9	72	72	1	3	22	1.08
80172000--80172046	24	1.9	25	87	12	71	55	4	6	34	1.45
80173014--80173044	5	6.0	5	96	3	53	77	0	19	3	0.90
80173683--80174156	152	3.1	150	80	10	519	42	10	5	41	1.61
80174173--80174212	20	2.0	20	85	0	53	45	12	2	40	1.56
80184189--80184288	44	2.3	42	86	8	139	35	25	17	23	1.95
80185348--80185426	36	2.2	36	90	2	124	22	16	18	41	1.90
80190598--80190691	47	2.0	47	85	8	129	26	12	31	28	1.93
80193635--80193669	14	2.5	14	85	0	52	11	0	28	60	1.32
80201874--80201974	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
80201903--80201978	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
80206908--80206978	29	2.5	29	84	13	87	30	15	26	26	1.96
80214760--80214860	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
80214789--80214864	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80217713--80217906	42	4.6	43	95	2	333	30	32	25	11	1.91
80217904--80217976	36	2.0	37	86	5	103	30	26	21	21	1.99
80221162--80221187	12	2.2	12	100	0	52	23	0	7	69	1.14
80221165--80221214	22	2.3	23	82	6	59	30	0	6	64	1.18
80221165--80221226	23	2.8	22	73	4	54	27	0	4	67	1.10
80221726--80221911	42	4.4	42	86	0	219	35	23	20	20	1.96
80224233--80224323	19	4.9	19	90	8	152	38	10	14	36	1.81
80224587--80224623	19	2.0	18	89	5	56	29	0	0	70	0.88
80227716--80227743	8	3.5	8	100	0	56	64	0	35	0	0.94
80232850--80233117	78	3.4	78	90	2	412	33	17	25	24	1.96
80233141--80233286	45	3.3	45	81	3	170	34	13	28	24	1.92
80233639--80233680	19	2.3	18	92	8	68	38	11	19	30	1.88
80233963--80233998	18	2.0	18	89	10	56	30	0	0	69	0.89
80241235--80241506	48	5.7	47	74	12	177	24	30	18	27	1.97
80241244--80241537	50	6.2	45	71	17	161	23	30	18	26	1.98
80243369--80243452	42	2.0	42	97	0	159	33	19	15	32	1.93
80248442--80248514	29	2.5	29	93	0	128	28	15	30	26	1.96
80248498--80248574	29	2.7	29	77	0	82	22	18	35	24	1.96
80248442--80248574	58	2.3	59	81	5	146	25	16	33	24	1.96
80251297--80251505	45	4.6	46	75	12	157	22	28	20	29	1.98
80251335--80251504	46	3.7	43	79	12	155	21	28	20	30	1.98
80251335--80251504	94	1.8	91	84	3	232	21	28	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80254057--80254105	24	2.0	24	96	0	89	42	4	6	46	1.47
80256980--80257090	47	2.4	47	89	3	161	27	27	9	36	1.87
80257094--80257321	46	5.0	46	98	0	429	31	27	7	33	1.84
80260014--80260123	40	2.8	40	78	8	107	24	27	21	26	1.99
80260787--80261054	40	6.7	40	94	0	430	25	28	21	25	1.99
80263608--80263718	47	2.4	47	89	3	161	27	27	9	36	1.87
80263722--80263949	46	5.0	46	98	0	429	31	27	7	33	1.84
80268594--80268809	45	4.7	45	81	8	222	24	18	31	25	1.97
80277832--80277949	43	2.8	41	79	7	137	31	16	24	27	1.97
80284591--80284754	43	3.8	43	77	9	147	25	15	25	34	1.94
80287011--80287324	27	11.6	27	86	3	425	27	23	9	38	1.86
80288651--80288707	9	5.9	9	73	15	51	33	8	22	35	1.85
80288649--80288719	20	3.5	20	90	0	115	33	11	22	32	1.90
80288764--80288931	24	7.0	24	92	3	250	28	22	21	27	1.99
80288766--80288910	47	3.1	47	94	1	245	28	22	20	28	1.98
80295489--80295540	26	2.0	26	100	0	104	50	7	11	30	1.67
80295804--80296050	55	4.7	53	77	10	195	36	17	24	21	1.95
80295811--80296011	108	1.8	109	84	8	275	34	16	24	23	1.95
80296255--80296285	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
80297922--80297977	28	2.0	28	92	0	94	30	23	25	21	1.99
80298780--80298969	27	7.0	27	82	4	177	29	11	20	38	1.87
80298779--80298969	81	2.3	80	82	6	215	29	11	20	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80305310--80305403	29	3.2	29	90	0	143	29	15	28	25	1.96
80318994--80319096	29	3.6	29	87	0	143	26	15	33	25	1.95
80319082--80319156	29	2.6	29	97	0	141	13	14	46	25	1.81
80324117--80324267	43	3.5	42	75	10	137	33	27	17	21	1.96
80324117--80324279	86	1.9	85	82	3	202	32	28	16	22	1.96
80328744--80328782	18	2.3	16	82	8	51	53	0	5	41	1.23
80329766--80329913	70	2.1	70	91	0	233	31	11	17	39	1.85
80335770--80335851	43	1.9	43	87	5	121	24	18	25	31	1.97
80336096--80336137	22	2.0	22	86	13	63	52	30	2	14	1.54
80337613--80337783	46	3.7	46	75	15	183	22	19	27	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410