genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  185  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56451366--56451391	7	3.7	7	100	0	52	88	11	0	0	0.52
56461040--56461086	24	2.0	24	91	0	76	36	2	38	23	1.67
56462505--56462615	54	2.1	53	86	1	150	19	23	20	36	1.95
56462505--56462615	27	4.2	26	79	7	116	19	23	20	36	1.95
56481571--56481754	39	4.9	39	84	10	231	24	21	30	23	1.99
56481581--56481713	71	1.9	70	90	1	212	26	23	29	21	1.99
56481651--56481785	39	3.4	40	87	1	175	23	22	31	22	1.99
56489605--56489795	39	4.9	39	92	1	285	25	21	30	23	1.99
56489605--56489794	77	2.4	78	88	1	283	25	21	30	23	1.99
56489651--56489864	79	2.7	79	81	5	177	25	22	29	22	1.99
56492663--56492814	40	3.8	40	94	0	259	25	28	23	22	1.99
56500807--56500974	40	4.2	40	90	2	241	27	27	21	23	1.99
56502361--56502385	11	2.3	11	100	0	50	0	12	0	88	0.53
56502607--56502691	43	2.0	42	95	4	154	38	16	8	36	1.79
56509405--56509480	27	2.8	28	78	9	68	30	26	11	31	1.92
56510933--56511002	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
56519118--56519218	50	2.0	50	84	3	132	29	27	12	29	1.93
56527582--56527655	22	3.3	22	64	14	60	31	10	32	25	1.90
56527576--56527887	49	6.5	47	96	1	473	30	8	31	29	1.87
56527989--56528073	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
56530161--56530350	29	6.6	29	98	0	362	26	14	32	26	1.95
56533891--56534208	49	6.7	47	95	1	458	30	8	31	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56534304--56534388	37	2.3	37	93	0	143	24	18	34	22	1.96
56539684--56539783	50	2.0	50	100	0	200	32	8	32	28	1.86
56541766--56541795	12	2.5	12	100	0	60	6	23	43	26	1.78
56547085--56547146	29	2.1	30	88	8	92	25	3	11	59	1.46
56552990--56553069	39	2.1	38	84	11	101	62	7	3	26	1.39
56553776--56553829	22	2.5	23	79	11	69	33	1	5	59	1.31
56554726--56554764	21	1.9	19	85	10	51	51	2	12	33	1.54
56556110--56556159	24	2.2	22	82	13	57	66	8	0	26	1.19
56558131--56558412	47	5.8	47	73	18	159	26	18	29	24	1.98
56566176--56566500	47	6.9	47	92	0	517	32	11	29	26	1.91
56566664--56566813	37	4.1	37	92	0	228	24	19	30	26	1.98
56568077--56568388	40	7.8	40	90	0	435	25	21	27	25	1.99
56572228--56572600	47	7.9	47	93	0	593	32	11	29	26	1.91
56572764--56572913	37	4.1	37	92	0	228	23	18	30	27	1.98
56574482--56574532	20	2.7	19	82	14	61	37	19	0	43	1.51
56577593--56577807	41	5.1	41	68	14	161	26	19	28	25	1.98
56577529--56577838	84	3.7	84	95	1	559	27	18	27	25	1.98
56577606--56577817	42	5.0	42	65	22	124	26	19	28	24	1.99
56582375--56582526	42	3.6	42	77	7	166	28	25	15	30	1.96
56585192--56585449	23	10.7	23	72	14	171	30	25	19	24	1.98
56585233--56585438	76	2.7	76	83	3	238	29	27	19	23	1.98
56585309--56585449	52	2.9	46	85	11	210	31	26	18	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56585333--56585416	29	3.1	29	72	19	99	33	29	15	21	1.94
56585914--56585970	29	2.0	29	85	0	78	33	22	3	40	1.71
56589796--56590018	46	4.7	47	75	14	169	29	17	29	23	1.97
56591578--56591620	20	2.2	20	95	0	77	34	23	4	37	1.76
56595186--56595234	20	2.5	20	86	0	71	12	42	24	20	1.86
56598020--56598049	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
56599417--56599480	31	2.1	31	93	0	110	32	23	12	31	1.92
56605706--56605912	53	3.8	54	77	1	218	36	18	24	19	1.95
56613442--56613603	40	4.0	40	76	10	141	25	23	27	23	2.00
56613514--56613630	40	2.9	40	83	5	130	25	23	27	23	2.00
56616303--56616451	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
56616344--56616451	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
56624420--56624568	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
56624461--56624568	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
56627888--56628018	54	2.4	53	80	7	140	38	20	20	19	1.93
56630936--56631181	49	4.9	50	82	3	282	27	17	26	28	1.98
56631041--56631124	28	3.2	28	64	25	74	25	16	28	29	1.97
56630943--56631168	101	2.3	98	86	2	308	26	17	26	29	1.98
56635634--56635952	48	6.6	48	78	8	335	29	18	28	23	1.98
56635631--56635952	96	3.4	95	85	1	410	28	19	28	23	1.98
56635621--56635954	144	2.3	142	85	4	420	28	19	28	23	1.98
56643534--56643588	29	2.0	27	86	13	76	34	50	0	14	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56644852--56644926	28	2.7	28	81	6	98	26	30	14	28	1.95
56652178--56652312	29	4.7	29	92	0	216	31	15	22	29	1.95
56655799--56655839	19	2.1	20	86	13	59	70	7	4	17	1.28
56657410--56657556	44	3.4	44	75	13	137	25	18	25	31	1.98
56660146--56660362	40	5.5	40	91	3	325	24	29	23	22	1.99
56660146--56660362	79	2.7	79	90	4	323	24	29	23	22	1.99
56668373--56668587	39	5.4	40	85	5	260	26	27	21	24	1.99
56668373--56668588	79	2.7	78	85	5	276	25	27	22	24	2.00
56680933--56681078	39	3.7	39	92	0	229	24	28	28	18	1.98
56683607--56684003	126	3.0	125	84	8	456	27	16	21	34	1.95
56683729--56684084	141	2.5	138	85	6	500	26	16	23	34	1.95
56686326--56686440	29	4.0	29	83	6	128	28	14	27	28	1.95
56693436--56693543	37	2.9	37	95	1	191	27	30	19	22	1.98
56693588--56694549	48	20.0	48	92	0	1548	31	27	6	34	1.82
56696140--56696208	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
56698021--56698064	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
56700296--56700396	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
56703562--56703630	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
56705435--56705478	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
56707710--56707810	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
56710979--56711047	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
56712855--56712898	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56714798--56714824	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
56716233--56716464	40	5.8	40	91	0	365	24	26	21	27	1.99
56716233--56716464	120	1.9	120	95	0	419	24	26	21	27	1.99
56717731--56717838	37	2.9	37	93	1	182	28	30	18	22	1.97
56717883--56718889	48	21.0	48	94	0	1714	31	27	6	34	1.82
56721456--56721678	99	2.3	96	80	11	255	29	19	28	23	1.98
56728625--56728762	39	3.5	40	83	1	163	22	30	23	23	1.99
56728736--56728788	26	2.0	26	100	0	106	15	33	28	22	1.94
56736629--56736772	39	3.7	40	84	0	175	23	29	22	23	1.99
56742032--56742091	9	6.4	9	77	11	59	36	1	38	23	1.65
56742032--56742091	29	2.1	27	87	6	84	36	1	38	23	1.65
56758889--56758943	29	1.9	29	92	3	94	32	30	23	12	1.92
56762512--56762581	20	3.5	20	78	7	88	10	31	20	38	1.85
56765743--56765783	21	2.0	21	95	0	73	24	21	4	48	1.69
56767986--56768115	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
56768002--56768153	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
56768002--56768151	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
56770960--56771002	21	2.0	21	95	0	77	25	23	2	48	1.62
56770991--56771022	16	1.9	17	93	6	57	0	34	3	62	1.11
56774722--56774788	33	2.0	33	100	0	134	44	2	14	37	1.61
56778187--56778227	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
56782043--56782070	14	2.0	14	100	0	56	42	21	7	28	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56785860--56785922	15	4.2	15	75	0	63	50	15	17	15	1.78
56787507--56787611	55	1.9	55	80	3	122	22	31	21	23	1.98
56798134--56798183	10	5.0	10	81	13	59	68	2	8	22	1.26
56801092--56801116	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
56805342--56805386	22	2.0	22	100	0	90	33	26	8	31	1.87
56805604--56805655	26	2.0	26	100	0	104	30	23	11	34	1.90
56823637--56823754	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
56823605--56823768	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
56825886--56826263	48	7.8	49	78	7	389	26	26	16	29	1.97
56825887--56826263	96	3.9	96	86	1	470	27	26	16	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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