genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.112.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  112  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33232567--33232600	15	2.3	15	90	5	52	58	0	11	29	1.33
33232663--33232696	18	1.9	18	94	5	61	14	5	5	73	1.21
33232730--33232772	13	3.3	13	80	0	59	27	4	0	67	1.10
33232716--33232772	26	2.2	26	96	0	105	28	5	0	66	1.13
33232723--33232779	26	2.2	27	87	9	91	31	7	0	61	1.23
33234955--33235081	28	4.5	28	89	3	166	31	25	14	28	1.95
33243363--33243460	42	2.3	42	78	5	117	27	14	22	35	1.93
33243363--33243480	43	2.8	41	72	11	103	26	15	24	33	1.95
33247375--33247414	21	2.0	20	85	5	53	47	0	30	22	1.52
33247452--33247479	9	3.1	9	100	0	56	32	10	10	46	1.73
33262508--33262548	22	1.9	22	90	5	66	12	41	29	17	1.85
33277373--33277410	10	3.8	10	83	13	51	26	7	0	65	1.19
33283655--33283780	6	20.2	6	77	11	112	20	3	0	74	1.03
33283725--33283771	13	3.4	14	88	11	71	27	4	2	65	1.22
33286420--33286601	96	1.9	97	87	1	267	25	12	25	35	1.92
33287255--33287300	10	4.6	10	84	10	51	23	6	2	67	1.25
33291266--33291298	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
33291345--33291403	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
33291377--33291435	26	2.3	26	80	8	68	27	0	3	69	1.04
33298490--33298515	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
33306318--33306678	197	1.8	196	93	1	625	19	31	22	25	1.98
33307005--33307073	34	2.1	34	94	2	122	31	27	13	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33308400--33308525	49	2.5	50	83	3	148	26	30	18	25	1.98
33308351--33308663	46	6.6	49	75	12	223	23	29	19	27	1.98
33311448--33311499	26	2.0	26	100	0	104	34	23	15	26	1.94
33314376--33314612	47	4.9	49	75	10	195	24	29	18	27	1.98
33314388--33314610	49	4.6	49	78	10	203	24	31	17	26	1.97
33319745--33319845	28	3.6	27	85	6	114	31	29	12	25	1.93
33329756--33329936	39	4.6	39	88	2	238	23	30	21	24	1.99
33333169--33333337	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
33341066--33341234	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
33346282--33346383	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
33353189--33353217	15	1.9	15	100	0	58	31	13	27	27	1.94
33353141--33353261	62	2.0	62	100	0	242	33	8	30	28	1.86
33353203--33353488	47	6.0	49	89	5	433	33	8	31	27	1.86
33353203--33353488	145	2.0	143	91	4	459	33	8	31	27	1.86
33355341--33355654	40	7.9	40	93	0	495	21	21	29	26	1.99
33359768--33359796	15	1.9	15	100	0	58	31	13	27	27	1.94
33359720--33359843	62	2.0	62	100	0	248	32	9	30	27	1.89
33359782--33360114	96	3.5	96	91	4	532	33	7	30	28	1.85
33359782--33360126	47	7.2	48	92	3	533	33	7	30	28	1.85
33359865--33359944	27	3.1	27	61	29	66	33	6	30	30	1.82
33359951--33360029	25	3.3	25	63	22	69	31	5	31	31	1.79
33366063--33366247	50	3.8	50	79	8	211	24	30	16	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33369625--33369759	40	3.4	40	95	0	243	28	28	20	22	1.98
33375873--33376053	40	4.6	40	88	2	240	26	24	22	25	2.00
33378750--33378805	27	2.1	27	82	0	67	46	23	16	14	1.83
33383190--33383271	24	3.4	24	86	0	83	20	39	2	37	1.66
33383207--33383298	24	3.9	23	82	4	103	20	40	1	38	1.60
33383214--33383273	6	10.0	6	71	7	50	20	36	1	41	1.62
33389782--33389828	22	2.2	20	85	14	60	53	0	2	44	1.12
33392000--33392111	23	4.8	23	74	15	81	23	24	16	35	1.95
33393705--33393742	19	1.9	20	89	10	60	26	10	0	63	1.27
33399336--33399481	31	4.7	31	93	0	240	28	26	15	29	1.96
33399505--33399596	42	2.2	42	98	0	175	32	20	15	31	1.94
33399744--33399813	25	2.8	25	89	4	97	25	24	25	24	2.00
33400740--33400953	27	7.9	27	77	7	130	32	7	18	41	1.79
33400827--33400953	54	2.4	54	83	2	175	30	7	21	40	1.82
33400827--33400986	54	3.0	54	79	3	144	30	10	20	38	1.86
33400831--33400986	81	1.9	81	84	7	210	30	10	19	39	1.85
33400828--33400956	27	4.8	27	80	6	136	31	7	20	40	1.81
33400824--33400993	27	6.3	26	73	13	103	30	10	21	37	1.87
33400985--33401140	27	5.8	27	83	4	163	40	7	23	29	1.81
33400985--33401140	54	2.9	54	87	0	206	40	7	23	29	1.81
33402953--33403134	39	4.6	39	82	8	210	26	28	21	24	1.99
33411149--33411306	40	4.1	39	82	11	193	26	26	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33419628--33419756	40	3.3	40	76	4	129	23	26	24	25	2.00
33426755--33426906	39	3.9	39	92	1	243	23	32	21	23	1.98
33434445--33434615	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
33442481--33442651	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
33447858--33447966	50	2.1	52	83	6	134	41	12	13	32	1.83
33449745--33449789	18	2.4	18	82	13	56	8	26	0	64	1.23
33449856--33449902	21	2.3	20	82	10	51	4	23	4	68	1.26
33451910--33451964	23	2.5	22	77	11	58	30	20	12	36	1.90
33452059--33452112	23	2.5	21	82	11	56	55	18	0	25	1.43
33452312--33452437	50	2.5	50	90	0	198	38	14	15	32	1.87
33454248--33454297	18	2.7	19	75	25	61	10	30	0	60	1.30
33455882--33455935	23	2.5	22	85	11	67	55	20	0	24	1.43
33456523--33456558	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
33457148--33457195	20	2.3	20	89	3	69	41	22	27	8	1.82
33462706--33462829	49	2.5	49	89	0	185	32	26	15	25	1.95
33463001--33463054	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
33471258--33471343	39	2.2	39	95	0	154	29	26	20	23	1.99
33474426--33474481	28	2.0	28	100	0	112	28	10	17	42	1.83
33475958--33476033	39	1.9	39	89	5	118	40	15	10	32	1.82
33492081--33492204	48	2.6	48	83	1	151	29	25	20	24	1.99
33495804--33495858	27	2.0	27	85	0	74	40	20	21	18	1.92
33496017--33496079	27	2.3	27	76	15	67	26	25	14	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33496038--33496129	27	3.4	27	77	7	89	21	20	19	38	1.94
33501459--33501573	29	4.0	28	81	2	122	27	14	29	27	1.95
33505499--33505649	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
33505536--33505665	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
33505498--33505665	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
33513477--33513627	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
33513514--33513643	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
33517120--33517234	29	4.0	29	86	2	144	26	15	28	28	1.96
33519033--33519070	20	1.9	20	88	0	58	55	31	0	13	1.38
33519027--33519074	7	6.9	7	85	7	53	47	37	0	14	1.44
33520770--33520928	42	3.7	42	75	9	153	29	24	16	28	1.97
33524302--33524346	18	2.3	18	85	11	54	62	2	6	28	1.33
33541269--33541317	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
33542139--33542305	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
33549280--33549328	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
33550150--33550316	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
33557478--33557685	40	5.2	40	84	0	218	25	22	26	25	2.00
33557480--33557685	80	2.6	80	84	1	243	25	22	26	25	2.00
33565419--33565627	40	5.2	40	82	5	215	26	22	26	25	2.00
33565419--33565627	81	2.6	80	83	2	240	26	22	26	25	2.00
33571214--33571365	40	3.8	40	84	3	180	28	22	26	23	1.99
33571210--33571382	40	4.4	38	77	10	161	28	21	26	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33577868--33578031	71	2.3	71	97	0	310	18	28	17	35	1.94
33577868--33578065	71	2.8	70	90	3	267	20	28	17	33	1.95
33579707--33579789	29	2.9	29	87	0	121	28	32	14	24	1.94
33579679--33579825	29	5.1	29	80	4	113	27	31	14	27	1.95
33583580--33583777	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
33583646--33583763	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
33583614--33583777	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
33591147--33591344	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
33591213--33591330	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
33591181--33591344	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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