genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  221  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67941857--67941999	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
67941857--67941998	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
67941856--67941999	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
67942050--67942109	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
67942050--67942104	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
67949235--67949304	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
67957027--67957095	28	2.5	28	88	4	95	27	15	26	30	1.96
67958827--67958872	22	2.1	22	100	0	92	21	17	28	32	1.96
67964697--67964765	28	2.5	28	90	2	104	42	26	10	21	1.84
67970338--67970455	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
67970306--67970469	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
67977888--67978023	67	2.0	67	100	0	272	34	17	27	20	1.95
67979628--67979852	124	1.8	124	84	3	310	31	10	23	35	1.88
67979850--67979960	40	2.8	41	86	6	140	23	25	29	21	1.99
67988073--67988159	34	2.5	35	80	10	90	31	5	16	47	1.70
67989826--67989927	30	4.0	24	82	15	109	28	23	20	27	1.99
67989976--67990042	20	3.3	20	89	0	107	32	22	11	32	1.90
67997842--67997970	25	5.2	25	85	8	149	27	22	18	31	1.97
67997842--67997972	48	2.6	49	81	11	151	28	22	18	31	1.97
67998021--67998087	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
67998021--67998076	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
68000093--68000247	76	2.0	76	96	0	283	36	10	12	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68001203--68001228	6	4.3	6	100	0	52	50	15	19	15	1.79
68001368--68001433	27	2.5	26	82	7	78	39	21	22	16	1.92
68001387--68001441	27	2.0	27	86	6	76	36	20	25	18	1.94
68001392--68001449	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
68001605--68001663	22	2.7	22	83	0	73	37	22	20	20	1.95
68001751--68001833	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
68002032--68002226	27	7.3	27	81	0	212	24	20	18	36	1.95
68002036--68002226	54	3.6	54	86	4	253	24	20	18	36	1.95
68002236--68002671	27	16.1	27	81	4	486	39	9	22	28	1.85
68002219--68002671	81	5.6	81	83	4	540	39	9	22	28	1.85
68002236--68002671	54	8.1	54	86	3	574	39	9	22	28	1.85
68004312--68004443	47	2.7	47	79	9	144	35	16	21	25	1.95
68004312--68004418	23	4.6	23	75	6	81	37	16	21	24	1.94
68004312--68004428	24	5.0	24	75	9	107	36	16	22	24	1.94
68008092--68008147	26	2.2	26	83	6	69	30	21	17	30	1.96
68008099--68008162	26	2.5	26	89	5	94	28	18	21	31	1.97
68014130--68014199	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
68018871--68018930	27	2.2	27	96	0	111	31	15	23	30	1.95
68021389--68021571	41	4.5	41	83	6	214	24	22	27	25	2.00
68021387--68021572	81	2.3	81	85	5	234	24	22	26	26	2.00
68021373--68021598	81	2.8	77	77	9	220	24	21	26	26	1.99
68023333--68023483	40	3.8	39	77	10	119	22	25	23	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68023333--68023482	80	1.9	80	82	8	189	22	26	24	28	1.99
68027304--68027339	18	2.0	18	100	0	72	33	27	27	11	1.91
68029710--68029771	24	2.7	23	85	5	79	32	24	17	25	1.97
68037512--68037573	24	2.6	24	94	0	106	35	25	19	19	1.95
68041443--68041533	28	3.2	28	90	4	139	31	23	24	20	1.98
68041639--68041703	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
68049280--68049393	26	4.1	27	81	9	108	35	21	24	18	1.96
68049305--68049393	26	3.2	27	84	10	110	32	23	24	19	1.97
68049280--68049393	54	2.1	56	85	6	153	35	21	24	18	1.96
68049499--68049563	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
68064660--68064746	43	2.0	43	82	8	106	26	17	26	29	1.97
68075174--68075415	47	5.1	47	89	4	358	31	11	29	26	1.92
68075248--68075323	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
68075389--68075525	46	3.0	46	86	0	193	34	8	31	26	1.85
68075671--68075779	37	2.9	37	93	0	182	23	19	30	26	1.98
68083124--68083255	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
68090604--68090735	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
68098641--68098743	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95
68100541--68100579	20	2.0	20	84	0	51	43	12	12	30	1.81
68103264--68103467	39	5.2	40	94	2	333	23	21	27	27	1.99
68103264--68103467	79	2.6	79	92	2	331	23	21	27	27	1.99
68111243--68111448	40	5.2	40	95	0	342	22	21	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68114673--68114711	20	2.0	20	84	0	51	43	15	10	30	1.80
68118797--68118970	45	3.8	45	81	9	217	28	29	20	21	1.98
68118805--68118975	93	1.8	92	94	1	306	27	30	21	21	1.98
68124298--68124469	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
68124290--68124465	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
68128382--68128566	40	4.7	40	82	7	218	23	22	28	25	2.00
68128382--68128564	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
68128383--68128599	79	2.7	78	78	12	228	25	22	27	24	2.00
68133148--68133370	46	4.8	46	82	8	272	29	28	20	21	1.98
68139811--68140336	49	10.9	49	92	2	861	34	9	27	28	1.88
68139810--68140336	96	5.5	96	94	1	896	34	9	27	28	1.88
68140059--68140134	22	3.3	22	64	10	62	34	10	28	26	1.90
68140328--68140479	48	3.2	48	98	0	286	33	5	28	32	1.81
68140519--68140599	37	2.2	37	95	2	144	22	18	32	27	1.97
68140577--68140622	23	2.0	23	100	0	92	21	13	30	34	1.91
68140540--68140659	60	2.0	60	100	0	240	23	16	31	28	1.96
68150014--68150074	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
68152141--68152481	101	3.4	100	85	2	459	27	23	16	32	1.96
68153552--68153583	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
68157445--68157482	13	2.9	13	96	0	67	18	36	36	7	1.80
68162281--68162348	18	3.8	18	77	14	79	51	30	11	5	1.62
68162279--68162347	35	2.0	35	100	0	138	52	28	11	7	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68168658--68168692	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
68178856--68179062	40	5.2	39	81	4	184	25	26	23	25	2.00
68178856--68179060	79	2.6	81	81	6	224	25	26	23	24	2.00
68186871--68187039	40	4.2	40	85	1	214	24	27	23	24	2.00
68196199--68196329	40	3.3	40	78	2	147	25	24	27	22	2.00
68198604--68198628	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
68202565--68202612	23	2.1	23	100	0	96	50	4	4	41	1.41
68202717--68202755	17	2.3	17	81	0	51	56	2	0	41	1.13
68205995--68206154	29	5.5	29	87	6	198	33	15	25	26	1.95
68205995--68206154	59	2.8	57	87	4	205	33	15	25	26	1.95
68214034--68214193	29	5.5	30	88	8	213	33	14	25	26	1.94
68214034--68214193	59	2.8	57	88	4	214	33	14	25	26	1.94
68219316--68219378	31	2.0	31	96	0	117	31	20	3	44	1.67
68220789--68220813	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
68224415--68224583	46	3.7	46	75	15	177	31	29	18	20	1.96
68224423--68224593	93	1.8	93	90	5	274	29	29	19	20	1.97
68227796--68227976	40	4.6	39	78	8	172	24	23	27	24	2.00
68235841--68235955	39	2.9	39	84	2	140	26	22	29	21	1.99
68235855--68235993	40	3.5	39	84	4	156	23	23	30	23	1.99
68235802--68236018	79	2.7	78	77	12	185	24	22	28	25	1.99
68238964--68239061	27	3.7	26	81	6	115	37	20	9	32	1.84
68239053--68239346	27	10.9	27	90	2	439	34	18	21	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68239860--68240048	6	30.8	6	75	10	168	17	16	14	50	1.79
68239860--68240048	25	7.7	24	79	8	168	17	16	14	50	1.79
68239860--68240036	31	5.7	31	71	18	154	18	16	15	49	1.80
68239940--68240036	37	2.6	37	85	0	122	18	16	14	50	1.78
68239861--68240006	43	3.4	43	79	9	104	17	15	16	50	1.78
68248299--68248533	50	4.7	50	76	10	212	25	17	25	31	1.97
68248295--68248536	101	2.4	98	82	4	270	25	17	25	31	1.97
68248349--68248536	99	1.9	100	84	4	254	25	17	26	30	1.97
68258507--68258681	51	3.6	46	79	14	174	25	17	25	32	1.97
68258503--68258687	99	1.9	101	88	8	290	24	18	25	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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