genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  254  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78427059--78427091	10	3.2	11	87	12	52	24	9	9	57	1.58
78428782--78428988	43	4.9	43	80	8	235	32	27	15	24	1.96
78428782--78429036	43	6.0	43	74	13	150	32	27	16	24	1.96
78428770--78428988	84	2.6	84	85	4	289	31	26	16	25	1.96
78428771--78429050	84	3.3	86	81	8	281	32	26	16	25	1.96
78436572--78436720	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
78436613--78436720	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
78444196--78444351	69	2.3	68	94	5	278	35	16	28	18	1.93
78451714--78451911	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
78451780--78451897	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
78451748--78451911	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
78453198--78453229	16	2.0	16	100	0	64	25	6	43	25	1.77
78456185--78456284	29	3.4	29	67	15	80	31	26	20	23	1.98
78456136--78456287	58	2.6	58	88	1	216	29	27	19	23	1.98
78456441--78456834	43	9.2	43	91	0	592	31	33	23	11	1.91
78458231--78458303	35	2.1	35	97	0	137	39	17	5	36	1.73
78464319--78464382	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
78464574--78464716	24	6.0	24	91	7	229	27	21	20	29	1.98
78464574--78464716	47	3.0	49	90	8	231	27	21	20	29	1.98
78464574--78464715	71	2.0	72	91	6	236	28	21	21	28	1.99
78464764--78464830	20	3.3	20	91	0	107	31	20	13	34	1.92
78464867--78464914	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78472424--78472487	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
78472679--78472817	23	6.0	24	92	7	209	27	22	21	28	1.99
78472679--78472816	47	3.0	47	89	9	205	27	22	21	28	1.99
78472864--78472930	20	3.3	20	89	0	98	29	20	13	35	1.91
78472864--78472919	11	5.5	11	71	16	57	28	19	14	37	1.91
78472967--78473014	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
78479586--78479688	30	3.5	30	91	1	154	33	14	26	26	1.95
78481872--78481904	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
78483381--78483447	28	2.4	28	82	5	73	31	31	14	22	1.94
78487948--78487995	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
78488032--78488074	20	2.2	20	100	0	86	37	11	18	32	1.87
78488128--78488247	23	5.0	24	87	10	165	30	20	20	27	1.98
78488444--78488503	31	1.9	31	89	0	93	35	16	21	26	1.95
78498019--78498105	45	1.9	45	90	0	138	42	24	9	24	1.83
78509779--78509837	27	2.2	26	85	5	82	35	20	22	22	1.96
78509973--78510089	27	4.4	27	78	6	121	28	23	15	33	1.95
78509973--78510089	53	2.2	54	90	1	182	28	23	15	33	1.95
78517429--78517752	48	6.7	48	78	9	284	24	27	19	28	1.99
78517429--78517755	96	3.4	96	82	7	371	24	27	19	28	1.99
78519715--78519832	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
78519683--78519846	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
78527285--78527402	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78527253--78527416	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
78540652--78540736	43	2.0	42	90	2	134	38	11	16	32	1.85
78541180--78541327	43	3.5	43	73	9	124	27	20	22	29	1.99
78541218--78541335	42	2.8	42	76	11	116	26	19	22	31	1.98
78541177--78541335	85	1.9	85	81	5	196	26	20	23	29	1.99
78544620--78544788	40	4.2	39	81	4	185	33	23	20	23	1.97
78545019--78545089	21	3.4	21	68	14	56	21	1	30	46	1.60
78545028--78545124	14	6.9	14	67	11	56	20	3	30	45	1.67
78545541--78545579	14	2.8	14	92	0	60	20	0	33	46	1.51
78545688--78545734	14	3.4	14	87	0	67	12	0	34	53	1.39
78546884--78546911	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
78549041--78549218	50	3.6	49	77	7	162	29	28	16	24	1.97
78557043--78557322	40	7.1	40	90	3	415	23	21	28	27	1.99
78565315--78565560	40	6.2	40	89	3	356	22	21	29	26	1.99
78565315--78565560	79	3.1	80	89	3	356	22	21	29	26	1.99
78570623--78570659	18	2.1	18	90	5	58	45	0	2	51	1.15
78570622--78570662	17	2.3	18	83	12	57	46	0	2	51	1.14
78570783--78570930	81	1.9	78	81	7	181	24	35	5	35	1.78
78574647--78574887	43	5.6	43	85	2	270	23	15	29	30	1.96
78584555--78584598	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
78584825--78585046	40	5.6	40	91	1	349	27	27	22	22	1.99
78587096--78587375	96	2.9	99	84	8	364	26	26	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78587096--78587369	48	5.7	48	75	8	236	26	26	18	28	1.98
78587474--78587513	19	2.0	19	85	9	53	50	10	5	35	1.58
78592204--78592265	27	2.3	27	97	0	115	40	12	29	17	1.87
78593385--78593410	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
78595202--78595392	39	4.9	39	91	0	301	21	30	23	25	1.99
78597970--78598149	39	4.6	40	92	4	287	23	22	26	27	1.99
78597970--78598149	79	2.3	79	91	3	283	23	22	26	27	1.99
78604639--78604664	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
78606025--78606206	40	4.6	40	92	2	278	24	21	25	28	1.99
78608407--78608446	21	1.9	21	89	0	62	30	12	0	57	1.36
78610677--78610727	26	2.0	26	84	7	68	62	1	9	25	1.36
78617147--78617333	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
78617170--78617333	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
78617170--78617367	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
78621684--78621867	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
78621724--78621912	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
78631189--78631375	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
78631212--78631375	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
78631212--78631409	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
78633052--78633190	40	3.5	39	80	3	134	23	24	29	22	1.99
78633052--78633235	80	2.3	80	79	3	183	22	24	29	22	1.99
78636864--78637034	46	3.7	45	76	7	173	22	29	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78636866--78637037	94	1.8	92	84	7	231	23	29	19	28	1.98
78643720--78643944	40	5.6	40	83	6	285	24	21	28	25	1.99
78647702--78647841	47	3.0	47	89	0	217	24	27	17	30	1.97
78647897--78648067	46	3.7	45	77	9	157	26	27	16	29	1.97
78651882--78651940	23	2.6	23	80	0	64	38	11	18	30	1.87
78665480--78665506	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
78668957--78669042	31	2.8	30	82	5	111	24	25	17	32	1.97
78669260--78669355	25	3.8	25	93	2	165	25	23	25	26	2.00
78669260--78669355	51	1.9	50	95	2	174	25	23	25	26	2.00
78673530--78673590	24	2.5	24	100	0	122	19	18	26	36	1.94
78675491--78675542	21	2.5	21	80	0	59	61	0	26	11	1.30
78675495--78675556	21	3.0	20	75	13	54	61	1	25	11	1.39
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78685285--78685490	46	4.5	45	77	4	146	20	18	13	48	1.81
78685335--78685490	46	3.4	45	79	6	172	19	17	13	48	1.80
78685464--78685568	45	2.3	45	79	9	124	22	22	17	37	1.94
78695198--78695248	12	4.2	12	75	9	50	15	1	7	74	1.13
78699923--78699975	7	7.6	7	82	0	52	43	33	1	20	1.63
78699927--78699966	21	1.9	21	94	0	71	47	27	0	25	1.52
78705691--78705754	21	3.1	19	76	14	56	48	3	1	46	1.27
78710924--78711092	47	3.6	47	93	0	275	36	13	23	26	1.92
78711071--78711217	54	2.7	56	85	3	192	35	17	25	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78711079--78711217	55	2.6	54	84	3	172	34	18	25	21	1.96
78716034--78716201	40	4.2	40	78	7	146	26	22	26	25	2.00
78720091--78720257	90	1.9	90	79	5	194	24	23	19	31	1.98
78728766--78728923	43	3.7	43	81	1	174	26	13	25	34	1.93
78731501--78731553	27	2.0	27	100	0	106	41	24	7	26	1.81
78731697--78731766	28	2.5	28	90	4	106	31	25	14	28	1.95
78735657--78735690	17	2.0	17	100	0	68	41	17	23	17	1.90
78736461--78736556	29	3.4	28	74	7	86	27	15	28	29	1.96
78739102--78739202	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
78739131--78739206	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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