genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.272.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  272  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84098163--84098330	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
84098179--84098328	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
84101511--84101591	35	2.3	34	81	8	92	27	8	18	45	1.78
84101887--84101912	13	2.0	13	100	0	52	7	23	23	46	1.78
84109880--84110093	49	4.4	49	92	0	338	32	7	28	30	1.85
84113204--84113293	35	2.6	35	83	0	108	26	8	18	45	1.79
84113237--84113406	35	4.8	35	72	6	121	30	9	17	42	1.80
84113237--84113397	70	2.3	70	79	3	180	31	9	16	42	1.80
84128593--84128681	28	3.2	28	91	1	144	35	21	25	16	1.94
84128788--84128846	26	2.3	25	80	13	66	28	10	25	35	1.89
84129912--84129962	18	2.8	18	83	16	70	62	0	29	7	1.23
84129912--84129968	18	3.2	18	79	13	64	64	0	28	7	1.19
84131969--84132007	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
84131968--84132007	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
84132054--84132124	25	2.9	25	93	2	117	29	25	18	26	1.98
84135749--84135787	10	3.8	10	86	6	60	33	15	20	30	1.94
84135834--84135904	25	2.8	25	93	0	124	25	21	22	30	1.98
84135834--84135928	50	1.9	50	85	8	131	26	21	23	29	1.99
84140512--84140562	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
84141436--84141467	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
84142796--84143074	146	1.9	144	87	2	407	40	9	3	45	1.55
84146133--84146662	42	12.6	42	84	2	562	38	22	17	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84152839--84153012	40	4.3	40	86	4	201	24	27	22	25	2.00
84157004--84157320	47	6.7	47	89	4	465	29	31	7	31	1.85
84157004--84157320	96	3.3	94	89	5	483	29	31	7	31	1.85
84159645--84159961	47	6.7	47	91	2	465	31	7	31	29	1.85
84159645--84159961	96	3.3	93	88	6	465	31	7	31	29	1.85
84163897--84163997	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
84163926--84164001	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
84166483--84166567	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
84168302--84168494	29	6.7	29	96	0	350	26	15	32	25	1.95
84172158--84172326	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
84180074--84180242	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
84183313--84183481	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
84191222--84191390	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
84193060--84193144	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
84194797--84194881	20	4.2	20	75	10	75	2	3	12	81	0.92
84194821--84194851	8	3.9	8	100	0	62	0	0	22	77	0.77
84210822--84210873	23	2.3	23	83	9	63	21	11	3	63	1.43
84214777--84214961	40	4.7	40	77	5	178	23	23	28	24	2.00
84214777--84214961	79	2.3	81	81	7	218	23	23	28	24	2.00
84218295--84218466	49	3.5	48	80	10	163	28	18	27	26	1.98
84224632--84224845	49	4.5	49	70	11	151	27	19	28	24	1.98
84231909--84232084	46	3.8	46	77	15	200	19	20	30	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84231905--84232075	93	1.8	93	94	0	306	19	20	30	28	1.97
84239432--84239562	43	3.0	43	77	14	142	32	27	15	24	1.95
84239441--84239564	44	2.9	44	81	13	150	32	27	16	24	1.96
84245504--84245728	40	5.6	40	92	0	351	32	28	21	18	1.96
84249839--84249946	55	2.0	55	100	0	216	40	28	3	26	1.73
84250799--84250926	44	3.0	44	84	11	183	31	29	17	21	1.96
84259051--84259088	18	2.1	19	85	14	53	50	2	21	26	1.62
84259339--84259400	4	15.5	4	75	0	52	43	0	29	27	1.55
84260353--84260420	34	2.0	34	100	0	136	55	11	5	26	1.58
84261210--84261265	3	18.7	3	100	0	112	32	0	0	67	0.91
84262578--84262880	146	2.1	147	81	10	363	42	9	3	44	1.55
84263706--84263791	41	2.1	40	82	2	100	22	2	9	66	1.32
84264891--84264955	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
84273794--84273919	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
84273733--84273919	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
84281865--84281990	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
84281804--84281990	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
84285825--84285868	20	2.2	20	84	12	54	40	2	4	52	1.34
84291606--84291644	16	2.5	16	87	4	53	71	2	2	23	1.10
84294152--84294183	15	2.0	17	88	11	50	68	18	6	6	1.32
84298966--84299013	25	1.9	25	95	0	87	25	16	4	54	1.60
84304701--84304734	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84305871--84305922	2	26.0	2	92	0	86	0	46	0	53	1.00
84312201--84312267	7	9.6	7	78	18	68	32	14	1	50	1.52
84312301--84312334	15	2.3	15	89	0	50	20	8	2	67	1.31
84318685--84318737	26	2.0	26	100	0	106	47	22	3	26	1.68
84319398--84319476	39	2.0	40	82	7	99	40	17	5	36	1.72
84319927--84320069	47	3.0	47	79	9	146	36	23	18	21	1.95
84320016--84320107	44	2.1	44	85	4	123	35	21	19	22	1.96
84321328--84321357	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
84321799--84321834	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
84324262--84324761	54	9.3	54	77	4	359	38	21	8	31	1.84
84324262--84324546	81	3.5	81	82	5	346	40	21	8	30	1.82
84324262--84324761	27	18.5	26	79	6	304	38	21	8	31	1.84
84324762--84324936	27	6.6	27	91	1	273	33	20	21	24	1.97
84325363--84325427	22	3.0	22	77	8	69	20	21	23	35	1.96
84325585--84325687	27	3.8	27	84	5	118	20	22	20	36	1.95
84325586--84325687	54	1.9	53	83	2	132	19	22	20	37	1.95
84325847--84325980	6	21.8	6	74	18	107	19	18	14	47	1.83
84325841--84325971	31	4.0	31	81	11	154	19	19	14	47	1.83
84325848--84325978	37	3.7	36	80	10	137	19	18	15	47	1.83
84328411--84328559	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
84328452--84328559	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
84336473--84336698	40	5.7	40	90	4	282	25	26	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84344637--84344861	40	5.7	41	91	3	279	25	26	20	26	1.99
84346602--84346825	123	1.8	123	86	1	324	30	10	23	35	1.88
84346820--84346949	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
84346782--84346949	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
84354616--84354840	124	1.8	124	85	1	317	30	11	23	34	1.90
84354835--84354964	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
84354797--84354964	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
84361327--84361388	26	2.3	26	86	2	88	38	25	6	29	1.81
84361494--84361605	27	4.1	27	78	5	120	20	22	19	37	1.94
84364982--84365038	22	2.6	23	72	8	55	31	33	10	24	1.89
84368682--84368715	17	1.9	18	94	5	61	20	41	0	38	1.53
84368756--84368802	23	2.0	23	100	0	94	29	21	8	40	1.83
84370226--84370270	22	2.0	22	100	0	90	40	6	8	44	1.62
84370582--84370671	23	3.8	24	78	10	96	16	20	22	41	1.90
84370572--84370671	24	4.3	23	78	8	103	18	21	21	40	1.92
84370572--84370682	23	4.7	23	77	5	71	20	19	20	38	1.93
84372385--84372424	20	2.0	21	85	14	57	32	5	15	47	1.66
84374403--84374496	42	2.2	43	80	1	109	32	18	22	26	1.97
84374888--84374923	5	7.8	5	87	12	51	80	0	0	19	0.71
84375559--84375603	17	2.6	19	73	20	53	35	24	8	31	1.86
84379967--84380116	49	3.1	49	98	1	286	32	8	30	30	1.86
84380203--84380293	37	2.4	37	96	1	164	23	18	32	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84382707--84382801	35	2.8	33	80	10	102	46	21	6	26	1.75
84388164--84388314	40	3.8	40	74	13	123	26	23	27	22	2.00
84388245--84388346	40	2.5	40	82	0	114	23	24	28	23	2.00
84394750--84394780	13	2.4	13	94	0	53	32	0	3	64	1.09
84397028--84397065	18	2.1	18	90	0	58	39	5	13	42	1.66
84403521--84403618	40	2.5	40	88	8	139	22	29	24	23	1.99
84423915--84423959	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
84428511--84428564	22	2.5	22	87	0	81	48	16	1	33	1.57
84438240--84438278	9	4.2	9	93	3	60	38	12	12	35	1.82
84441436--84441514	41	1.9	41	84	0	104	50	13	11	24	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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