genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.330.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  330  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102437148--102437199	25	2.1	25	85	0	68	38	15	9	36	1.80
102445329--102445389	28	2.2	28	100	0	122	39	13	14	32	1.85
102451751--102451917	27	6.2	27	91	3	230	34	22	24	18	1.96
102451751--102451918	54	3.1	54	91	1	257	34	22	24	18	1.96
102453534--102453643	26	4.2	26	92	3	159	35	23	6	34	1.80
102457571--102457737	27	6.2	27	90	3	221	34	22	24	19	1.97
102457571--102457739	54	3.1	54	89	1	250	34	22	24	18	1.96
102457835--102457887	26	2.1	25	89	3	79	35	15	18	30	1.92
102459357--102459466	26	4.2	26	92	2	168	36	23	4	35	1.76
102460570--102460603	16	2.1	16	88	0	50	70	8	2	17	1.25
102464684--102464716	18	1.9	17	88	11	50	45	0	24	30	1.53
102470597--102470695	48	2.1	47	94	1	171	28	18	20	33	1.96
102471212--102471249	15	2.5	15	91	0	67	5	23	7	63	1.42
102474899--102474982	26	3.2	26	96	0	150	34	5	23	35	1.80
102476595--102476709	27	4.3	26	84	7	140	16	22	23	37	1.94
102476595--102476709	54	2.1	54	87	3	160	16	22	23	37	1.94
102480890--102480999	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
102482618--102482701	27	3.1	27	85	1	114	17	23	23	34	1.96
102482634--102482726	27	3.5	26	85	7	87	17	23	20	38	1.93
102482612--102482726	54	2.1	54	83	3	142	19	23	20	36	1.95
102486168--102486200	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
102487189--102487460	131	2.1	130	80	5	298	28	20	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102487354--102487691	131	2.6	130	77	7	301	27	19	18	35	1.95
102499075--102499195	64	1.9	64	81	3	145	29	18	15	36	1.92
102499274--102499785	132	3.9	132	92	0	801	27	19	25	26	1.99
102501623--102501702	39	2.1	39	97	0	151	22	21	11	45	1.83
102501855--102501916	23	2.7	23	78	11	83	37	4	8	50	1.54
102502983--102503264	131	2.1	130	83	3	332	28	20	18	32	1.96
102503026--102503314	131	2.2	131	80	2	303	26	21	19	32	1.97
102505720--102505760	8	5.1	8	82	11	57	36	0	0	63	0.95
102505692--102505760	24	3.0	23	78	8	77	43	0	1	55	1.08
102513281--102513328	11	4.4	11	83	0	60	22	2	4	70	1.15
102513357--102513419	30	2.1	30	90	0	99	28	1	11	58	1.41
102518295--102518407	56	2.0	56	96	3	210	33	14	22	30	1.93
102520212--102520286	29	2.5	31	84	4	100	28	13	13	45	1.81
102535485--102535524	21	1.9	21	94	0	71	32	0	12	55	1.38
102535567--102535606	14	2.6	16	88	11	57	42	0	2	55	1.13
102542877--102543049	46	3.7	46	77	13	201	21	20	27	29	1.98
102542874--102543044	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
102546019--102546080	15	4.2	15	80	10	65	11	19	12	56	1.66
102549888--102549912	6	4.2	6	100	0	50	68	0	16	16	1.22
102550064--102550121	25	2.3	26	87	3	82	41	13	13	31	1.84
102553959--102554096	35	4.0	35	74	7	138	31	11	22	34	1.90
102555826--102556487	329	2.0	329	98	0	1270	24	23	13	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102557017--102557158	68	2.1	67	84	3	178	23	23	17	34	1.96
102559412--102559506	43	2.2	43	84	3	129	30	24	13	31	1.94
102564562--102564789	46	5.0	46	93	1	368	22	24	15	37	1.93
102567214--102567281	30	2.3	30	84	5	84	27	19	5	47	1.72
102569550--102569583	18	1.9	18	88	5	52	35	2	2	58	1.28
102572907--102573026	45	2.7	44	77	10	134	28	17	9	45	1.79
102576839--102576880	2	21.0	2	95	0	75	47	50	2	0	1.14
102582553--102582605	15	3.6	15	75	12	56	33	0	7	58	1.26
102582564--102582606	14	2.9	15	86	6	70	37	0	6	55	1.27
102586828--102586858	7	4.4	7	95	0	53	29	9	16	45	1.79
102592115--102592167	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
102593645--102593700	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
102595726--102595750	13	1.9	13	100	0	50	0	40	28	32	1.57
102598900--102598934	12	2.9	12	95	0	61	51	8	14	25	1.70
102605602--102605635	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
102607214--102607240	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
102608740--102608800	32	1.9	32	89	0	95	29	4	16	49	1.66
102609748--102609836	22	4.0	22	75	15	92	28	5	21	44	1.74
102609751--102609899	68	2.2	68	89	2	210	28	6	20	44	1.75
102610127--102610161	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
102610374--102610426	14	3.7	15	85	7	65	43	9	1	45	1.47
102610374--102610421	15	3.3	15	88	5	62	45	10	2	41	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102614095--102614129	18	1.9	18	88	11	54	54	0	2	42	1.15
102614864--102614892	15	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
102627777--102627805	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
102627805--102627829	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
102630361--102630627	136	2.0	137	86	5	380	32	26	20	19	1.97
102638065--102638203	72	2.0	68	86	8	190	51	4	3	41	1.39
102638112--102638198	20	4.7	18	72	15	63	52	2	2	42	1.26
102639026--102639069	15	2.9	15	86	10	54	72	2	2	22	1.07
102640259--102640338	40	2.0	40	100	0	160	27	10	15	47	1.77
102642388--102642443	19	3.1	19	67	15	55	42	19	7	30	1.78
102650236--102650307	35	2.1	35	97	0	135	37	13	15	33	1.87
102652077--102652151	2	38.5	2	70	15	50	53	2	4	40	1.34
102652077--102652219	14	10.4	14	70	21	65	57	2	3	37	1.28
102652085--102652209	50	2.4	51	82	11	137	56	2	4	36	1.31
102652165--102652203	20	2.0	20	90	10	62	61	2	0	35	1.10
102652176--102652224	12	4.2	12	85	15	59	63	0	0	36	0.95
102652077--102652215	12	11.3	11	67	24	57	57	2	3	36	1.28
102652498--102652545	21	2.1	23	88	11	73	62	0	2	35	1.07
102652484--102652547	21	3.0	21	69	28	53	57	1	3	37	1.24
102654147--102655385	74	16.6	74	85	3	1426	31	20	15	32	1.94
102654147--102655387	300	4.1	300	98	0	2371	31	20	15	32	1.94
102666970--102667099	66	2.0	66	85	0	179	36	11	20	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102688384--102688437	26	2.1	26	82	6	65	24	12	24	38	1.90
102688403--102688476	28	2.8	26	75	4	67	29	9	22	37	1.86
102689925--102690060	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
102698838--102698970	12	11.2	12	65	23	61	57	2	3	36	1.29
102698840--102698971	46	2.9	45	78	16	128	58	2	3	35	1.29
102698920--102698958	20	2.0	20	90	10	62	61	2	0	35	1.10
102698931--102698979	12	4.2	12	85	15	59	63	0	0	36	0.95
102699252--102699299	21	2.1	23	88	11	73	62	0	2	35	1.07
102699238--102699301	21	3.0	21	69	28	53	57	1	3	37	1.24
102700900--102700929	15	2.1	14	93	6	51	76	0	0	23	0.78
102703270--102703345	20	3.3	23	77	15	86	15	1	25	57	1.46
102703299--102703347	25	2.0	25	87	0	71	20	2	24	53	1.56
102703645--102703730	3	28.3	3	73	19	65	30	3	1	65	1.17
102703644--102703730	27	3.4	27	71	19	78	29	3	1	65	1.16
102703645--102703734	18	4.7	18	80	13	92	31	3	1	64	1.17
102703954--102703998	12	3.7	12	84	3	54	37	0	4	57	1.19
102706002--102706040	6	6.8	6	94	5	64	17	17	17	46	1.85
102708795--102708836	6	7.0	6	100	0	84	50	16	33	0	1.46
102710027--102710153	66	1.9	66	96	0	236	33	19	11	35	1.88
102710217--102710987	43	17.6	44	72	11	451	36	21	21	20	1.95
102710306--102710900	263	2.3	262	92	2	975	36	22	20	20	1.95
102710306--102710900	131	4.5	133	92	2	931	36	22	20	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102710306--102710991	263	2.6	263	88	3	924	36	21	21	20	1.96
102711017--102711203	68	2.8	68	89	1	277	29	21	22	25	1.99
102711315--102711867	44	12.6	44	78	7	507	31	18	23	26	1.98
102711359--102711693	132	2.5	132	96	0	625	31	19	23	26	1.98
102711256--102711791	176	3.0	177	88	3	663	31	18	23	25	1.98
102711359--102711859	132	3.8	132	88	3	600	30	18	23	26	1.98
102711315--102711867	176	3.1	176	88	3	758	31	18	23	26	1.98
102711256--102711923	308	2.2	308	96	0	1246	31	19	23	25	1.98
102711670--102711923	132	1.9	132	96	0	472	31	18	24	25	1.98
102712412--102712454	20	2.1	21	95	4	79	6	0	25	67	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410