genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  184  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56184581--56184677	28	3.5	28	91	4	153	45	25	8	20	1.79
56191701--56191908	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
56191701--56191907	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
56196492--56196663	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
56196485--56196660	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
56205131--56205231	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
56212751--56212851	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
56215106--56215279	46	3.7	47	78	13	207	29	29	19	20	1.97
56215113--56215284	93	1.8	93	95	2	310	29	29	20	20	1.98
56219121--56219154	17	1.9	18	88	5	52	67	0	0	32	0.91
56219410--56219467	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
56219446--56219482	19	1.9	19	100	0	74	35	16	10	37	1.83
56219600--56219639	21	2.0	20	85	5	53	10	2	15	72	1.21
56219832--56220028	45	4.4	45	85	3	254	24	30	13	30	1.94
56219832--56220015	89	2.1	90	89	3	282	25	30	13	29	1.94
56220045--56220339	78	3.8	78	91	1	466	24	23	19	31	1.98
56220290--56220822	44	12.1	44	83	2	613	27	23	15	33	1.95
56225685--56225908	80	2.8	80	88	0	322	18	19	28	33	1.95
56225679--56225881	40	5.1	40	91	0	325	17	18	28	35	1.94
56228521--56228684	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
56228521--56228718	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
56236089--56236252	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56236089--56236286	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
56242878--56242902	13	1.9	13	100	0	50	8	20	24	48	1.76
56245449--56245567	46	2.5	47	81	6	143	29	20	27	22	1.98
56245588--56245767	100	1.8	95	85	10	247	27	20	27	24	1.99
56256277--56256326	24	2.1	24	100	0	100	18	4	44	34	1.68
56258511--56258720	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
56266475--56266684	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
56272384--56272554	39	4.4	39	87	0	234	23	30	21	24	1.99
56274659--56274722	25	2.6	25	89	0	101	31	23	21	23	1.99
56276536--56276565	9	3.3	9	95	0	51	40	0	50	10	1.36
56281667--56281710	23	2.0	21	86	8	61	47	0	40	11	1.39
56283033--56283099	28	2.4	28	87	2	91	26	25	11	35	1.91
56283049--56283133	27	3.1	28	86	5	111	21	21	10	47	1.80
56288421--56288520	27	3.7	28	82	9	109	40	20	9	31	1.83
56288421--56288526	54	2.0	53	81	9	126	38	19	9	32	1.84
56288515--56288725	27	7.9	27	89	0	298	27	22	9	40	1.85
56288677--56288916	27	8.8	27	74	8	155	38	20	8	32	1.83
56288704--56288924	54	4.1	53	80	5	192	40	19	8	30	1.82
56288462--56288752	81	3.6	81	79	2	262	30	21	9	38	1.85
56288704--56288956	27	9.3	27	74	6	161	38	20	9	31	1.85
56288974--56289051	27	2.9	27	75	11	70	34	20	20	24	1.96
56289854--56289977	26	4.8	26	88	1	178	28	24	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56290122--56290212	41	2.2	42	90	2	139	26	14	24	35	1.93
56290236--56290307	31	2.3	31	92	0	126	30	15	26	27	1.96
56291753--56291860	27	4.0	26	86	5	144	15	23	23	37	1.93
56291739--56291860	54	2.3	54	85	1	156	17	22	20	39	1.92
56291982--56292052	19	3.8	19	74	10	74	19	19	14	46	1.84
56291979--56292072	6	15.3	6	75	16	77	20	18	13	47	1.82
56291979--56292063	37	2.3	37	87	0	125	20	18	12	48	1.81
56293437--56293555	27	4.5	26	85	5	148	15	23	21	38	1.92
56293434--56293555	54	2.3	54	86	1	165	17	22	21	38	1.93
56293674--56293767	6	15.3	6	75	16	86	18	19	15	46	1.84
56293674--56293758	37	2.3	37	91	4	136	17	20	15	47	1.83
56295715--56295804	27	3.3	28	87	6	123	40	16	10	33	1.82
56295715--56295821	54	2.0	54	85	7	146	38	18	10	32	1.85
56295715--56295818	27	3.9	27	86	5	122	39	19	10	30	1.85
56295710--56295831	54	2.2	54	80	7	140	38	18	9	32	1.84
56295810--56296020	27	7.8	27	87	2	271	28	23	8	39	1.84
56295972--56296223	27	9.3	27	75	9	145	38	18	9	33	1.83
56295797--56296033	54	4.4	54	82	1	161	30	23	8	37	1.84
56295756--56296047	81	3.6	81	75	3	228	30	22	9	37	1.85
56295918--56296154	54	4.4	54	79	2	163	35	19	9	36	1.84
56295999--56296136	53	2.6	54	85	2	188	39	19	8	31	1.82
56295999--56296250	54	4.6	54	74	8	174	38	19	9	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56298591--56298722	29	4.6	29	82	9	137	26	26	15	31	1.96
56306538--56306640	29	3.6	28	80	5	109	27	26	16	30	1.97
56308218--56308367	26	5.8	26	86	3	214	29	24	22	24	1.99
56308512--56308602	42	2.2	42	92	2	148	29	14	21	34	1.93
56308626--56308733	31	3.5	31	86	7	143	29	18	25	25	1.98
56310694--56310809	39	3.0	39	94	0	196	21	21	29	27	1.99
56314538--56314708	93	1.8	93	89	0	270	22	22	27	28	1.99
56314542--56314713	46	3.7	46	74	13	172	22	22	26	28	1.99
56321962--56322128	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
56321962--56322128	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
56322953--56322998	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
56333433--56333564	29	4.6	29	82	9	137	26	26	15	31	1.96
56344945--56345206	49	5.4	49	82	5	250	29	20	28	21	1.98
56344945--56345262	147	2.2	143	77	7	313	30	20	27	22	1.98
56347643--56347695	20	2.7	20	90	0	79	11	26	39	22	1.88
56348935--56349015	42	1.9	43	92	2	137	27	25	17	29	1.97
56350530--56350570	22	1.9	21	85	5	55	34	36	12	17	1.87
56352329--56352365	14	2.8	14	88	8	51	10	86	2	0	0.67
56354652--56354712	20	3.1	20	81	11	65	62	1	1	34	1.15
56354597--56354857	9	27.6	9	65	19	70	58	3	3	35	1.31
56355346--56355384	20	1.9	21	84	5	53	35	2	7	53	1.43
56355406--56355462	20	2.8	19	82	10	69	36	1	1	59	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56355406--56355464	11	5.6	11	74	11	61	35	1	1	61	1.16
56356736--56356962	48	4.7	48	89	3	323	22	17	32	27	1.96
56368952--56369357	55	7.5	54	84	3	431	22	24	17	35	1.95
56369094--56369177	25	3.2	25	65	21	64	25	22	15	36	1.93
56368952--56369357	162	2.5	163	90	1	627	22	24	17	35	1.95
56368941--56369365	217	2.0	216	87	2	611	22	24	17	36	1.95
56369344--56369465	47	2.6	47	83	5	174	25	23	16	34	1.95
56369559--56369643	44	1.9	44	83	4	109	23	23	15	37	1.93
56375774--56375972	53	3.7	54	81	5	215	22	23	18	36	1.95
56375959--56376077	47	2.5	47	94	0	202	25	24	15	35	1.94
56380027--56380052	9	2.9	9	100	0	52	23	7	0	69	1.14
56382172--56382358	40	4.7	40	82	4	198	28	22	25	22	1.99
56382172--56382325	80	1.9	80	86	2	220	27	22	27	23	1.99
56394720--56394905	40	4.7	40	82	4	196	27	23	25	23	2.00
56394720--56394872	80	1.9	80	86	2	218	26	22	27	23	1.99
56397658--56397806	44	3.5	42	73	8	131	33	27	14	24	1.94
56407582--56407619	17	2.2	17	100	0	76	42	23	5	28	1.76
56411678--56411744	33	2.0	33	97	0	125	34	10	29	25	1.89
56414178--56414335	37	4.3	37	88	1	219	43	27	9	20	1.82
56416502--56416628	40	3.2	40	87	3	186	25	25	24	24	2.00
56421495--56421538	21	2.1	21	86	0	61	18	38	27	15	1.91
56426397--56427358	48	20.0	48	92	0	1602	34	6	27	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56427403--56427474	37	1.9	37	91	0	117	23	19	29	27	1.98
56428692--56429096	40	10.1	40	91	0	648	26	20	26	25	1.99
56432685--56433118	48	9.0	48	95	0	733	34	6	27	31	1.82
56433163--56433234	37	1.9	37	94	0	126	22	19	30	27	1.98
56435222--56435342	50	2.4	50	81	2	127	25	23	17	33	1.96
56435273--56435350	25	3.1	25	72	7	77	28	24	16	30	1.97
56439865--56439911	23	2.0	23	95	0	85	46	19	2	31	1.61
56439970--56440156	37	5.1	37	86	1	234	41	24	12	21	1.88
56446769--56446897	30	4.3	30	75	5	136	40	13	25	20	1.89
56449508--56449534	14	1.9	14	100	0	54	81	7	0	11	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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