genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.343.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  343  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105854318--105854365	21	2.2	21	82	17	55	27	8	25	39	1.84
105863595--105863652	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
105863598--105863658	30	2.1	28	93	6	104	55	11	0	32	1.36
105863820--105863854	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
105865221--105865274	26	2.1	26	89	0	81	33	27	1	37	1.68
105876303--105876333	15	2.1	15	100	0	62	41	6	12	38	1.69
105879382--105879430	24	2.1	23	88	11	73	26	2	0	71	0.97
105879382--105879432	18	2.9	17	83	11	68	27	1	0	70	0.98
105879393--105879432	6	6.8	6	91	2	64	27	0	0	72	0.85
105884044--105884166	23	5.3	23	84	0	147	17	15	21	46	1.84
105885694--105885737	17	2.4	18	82	17	56	59	11	4	25	1.51
105897502--105897550	25	2.0	25	84	4	64	63	8	0	28	1.23
105897514--105897578	25	2.9	23	80	15	66	66	7	0	26	1.19
105897540--105897578	19	2.0	20	90	5	62	71	7	0	20	1.10
105897656--105897694	10	3.5	11	89	6	53	64	5	2	28	1.28
105898381--105898414	17	2.0	17	100	0	68	47	11	17	23	1.81
105905262--105905297	18	1.9	19	88	5	56	47	0	13	38	1.44
105910134--105910407	46	6.0	46	87	2	363	20	23	14	40	1.90
105910134--105910397	138	1.9	138	90	1	422	20	23	15	40	1.90
105914767--105915052	137	2.1	136	94	0	500	32	24	18	24	1.97
105915300--105915352	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
105916824--105916957	26	5.2	26	90	3	218	37	24	4	33	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105916824--105916957	50	2.6	52	95	2	236	37	24	4	33	1.76
105920703--105920987	136	2.1	136	96	1	518	31	24	18	24	1.97
105921235--105921286	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
105922756--105922891	26	5.2	26	90	0	218	37	24	4	33	1.75
105923744--105923820	25	3.1	25	98	0	145	35	15	28	20	1.94
105923630--105923988	193	1.9	193	93	0	619	34	18	19	26	1.96
105923904--105923990	25	3.5	25	76	4	88	33	21	22	21	1.97
105926296--105926368	31	2.4	31	83	0	92	30	16	23	30	1.96
105928529--105928607	23	3.1	27	60	26	64	24	5	26	44	1.74
105928524--105928619	48	2.0	48	97	0	183	25	4	28	42	1.73
105928536--105928612	25	3.2	25	62	20	63	23	3	29	42	1.72
105931671--105931709	21	1.9	21	89	5	62	33	23	0	43	1.54
105931942--105931988	21	2.3	20	80	16	53	25	14	0	59	1.36
105933956--105933996	16	2.5	17	88	4	57	46	2	2	48	1.28
105935359--105935530	43	4.0	42	72	10	125	26	16	24	31	1.96
105938407--105938433	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
105939512--105939755	40	6.1	40	90	0	364	40	9	16	34	1.80
105939512--105939759	120	2.1	119	93	0	415	40	9	16	33	1.80
105939763--105939797	18	1.9	18	94	0	61	31	14	20	34	1.92
105940137--105940175	14	2.8	14	88	0	51	38	12	2	46	1.56
105940302--105940334	17	1.9	17	100	0	66	36	0	0	63	0.95
105940581--105940651	16	4.4	16	89	0	106	29	28	5	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105941651--105941694	23	1.9	23	100	0	88	22	4	22	50	1.67
105947464--105947501	18	2.1	18	100	0	76	34	15	5	44	1.69
105956352--105956558	35	5.9	35	79	0	189	28	9	20	42	1.83
105957847--105958106	68	3.8	66	77	6	243	26	22	15	35	1.94
105957874--105958149	68	4.1	66	75	6	178	27	22	14	35	1.93
105964996--105965110	48	2.4	48	86	0	167	19	20	24	35	1.95
105969423--105969473	15	3.3	16	78	8	52	35	0	1	62	1.06
105978725--105979029	46	6.7	46	81	8	200	20	22	16	40	1.90
105978758--105978921	46	3.6	46	93	1	258	18	24	12	43	1.85
105978743--105978962	92	2.4	92	83	2	273	19	24	15	41	1.89
105983966--105984101	56	2.4	56	92	0	236	32	24	16	26	1.96
105987804--105988041	49	4.8	49	87	2	305	30	26	16	25	1.97
105987809--105988049	101	2.4	99	86	2	331	30	27	17	24	1.97
105990046--105990185	39	3.6	39	94	0	235	37	24	25	12	1.90
105992374--105992424	27	1.9	27	84	4	68	25	33	19	21	1.97
106017413--106017441	13	2.1	14	93	6	51	41	3	0	55	1.17
106018552--106018599	15	3.1	15	76	11	53	60	6	2	31	1.33
106018559--106018612	26	2.0	27	82	10	67	59	5	1	33	1.31
106024426--106024474	19	2.5	19	80	3	53	75	8	4	12	1.16
106024766--106024813	25	1.9	25	83	8	62	22	25	18	33	1.97
106024915--106024976	24	2.5	23	77	12	61	14	25	20	38	1.91
106027437--106027489	19	2.7	20	75	16	56	45	1	3	49	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106028586--106028644	29	2.0	29	100	0	118	20	5	20	54	1.63
106029830--106029856	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
106033637--106033750	43	2.7	41	78	6	129	24	13	23	38	1.90
106042665--106042762	5	18.8	5	82	12	85	79	0	1	19	0.79
106042666--106042762	6	16.3	6	87	11	114	80	0	1	18	0.77
106042666--106042762	23	4.4	21	82	14	108	80	0	1	18	0.77
106054213--106054264	23	2.3	23	79	0	59	34	7	30	26	1.85
106058248--106058290	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
106061011--106061162	78	1.9	78	90	2	243	29	21	15	33	1.94
106061127--106061264	40	3.5	40	82	4	170	34	21	13	31	1.91
106065895--106065930	18	2.0	18	100	0	72	27	0	5	66	1.13
106070278--106070402	19	6.9	18	78	17	100	36	11	15	36	1.83
106070285--106070402	35	3.3	35	95	3	200	37	11	14	36	1.83
106073357--106073396	21	1.9	21	89	0	62	20	25	22	32	1.98
106078358--106078432	36	2.1	36	94	0	132	32	20	6	41	1.78
106082041--106082099	28	2.1	28	96	0	109	28	20	20	30	1.97
106096496--106096596	24	4.2	24	84	2	123	24	16	16	41	1.89
106096496--106096597	47	2.1	48	81	1	125	24	17	16	41	1.90
106107120--106107169	11	4.5	11	73	16	50	68	2	0	30	1.01
106107119--106107162	22	2.0	23	86	8	65	68	2	0	29	1.02
106117671--106117736	13	5.1	13	79	0	78	33	7	22	36	1.83
106122909--106122946	21	1.9	20	89	10	60	50	21	2	26	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106126925--106126956	5	6.4	5	100	0	64	81	0	0	18	0.70
106126965--106127025	28	2.2	28	88	5	88	32	21	11	34	1.89
106126807--106127053	132	1.9	131	84	5	316	48	13	8	29	1.71
106127940--106128029	33	3.1	28	65	26	69	47	0	8	43	1.34
106129034--106129097	29	2.2	28	81	15	69	53	1	15	29	1.52
106131440--106131575	26	5.2	26	97	0	236	33	5	24	36	1.78
106133364--106133649	137	2.1	136	94	0	491	24	18	24	32	1.97
106136648--106136699	13	3.9	13	76	14	52	38	3	1	55	1.29
106136645--106136698	24	2.2	25	80	9	67	37	3	1	57	1.27
106144623--106144693	35	2.0	35	100	0	142	38	8	22	30	1.84
106152475--106152530	28	2.0	28	89	0	85	48	17	7	26	1.73
106154718--106154782	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
106156264--106156316	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
106157905--106158070	6	26.7	6	76	9	127	58	13	6	22	1.57
106157905--106158082	24	7.2	24	75	9	151	57	12	6	22	1.58
106158007--106158082	6	12.7	6	87	0	53	61	11	5	21	1.49
106160851--106160957	23	4.8	22	73	13	85	47	34	2	14	1.59
106160944--106160969	12	2.2	12	100	0	52	57	26	0	15	1.38
106160924--106160991	34	2.0	35	94	2	120	51	32	1	14	1.52
106160956--106161027	23	3.1	22	78	7	81	47	31	5	15	1.68
106160900--106161015	57	2.0	58	88	1	171	49	32	3	14	1.60
106162075--106162197	26	4.8	26	84	1	151	30	21	21	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106162075--106162197	52	2.4	51	89	2	176	30	21	21	26	1.98
106162247--106162321	20	3.8	20	89	8	111	36	18	9	36	1.83
106162247--106162302	11	5.5	11	71	16	57	32	19	10	37	1.86
106164121--106164213	46	2.0	46	97	0	177	46	22	6	24	1.75
106165869--106165972	53	2.0	53	100	0	208	45	9	11	33	1.73
106165979--106166030	25	2.1	25	96	0	95	23	19	7	50	1.73
106170417--106170530	50	2.3	51	87	3	160	24	22	21	31	1.98
106170418--106170530	25	4.5	25	77	12	115	24	22	21	31	1.98
106173092--106173167	40	1.9	40	86	5	109	26	15	23	34	1.95
106174439--106174597	27	5.9	27	82	10	182	33	22	25	18	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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