genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.277.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  277  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85671575--85671611	1	37.0	1	100	0	74	0	0	0	100	0.00
85673693--85673841	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
85673734--85673841	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
85675547--85675802	49	5.2	49	96	0	467	30	26	8	34	1.86
85678717--85678816	40	2.5	40	87	6	141	25	29	23	23	1.99
85679589--85679700	40	2.8	40	95	0	197	25	29	20	25	1.99
85681582--85681668	37	2.3	36	92	5	138	27	33	18	20	1.96
85681743--85682093	49	7.1	49	94	1	585	29	27	10	33	1.90
85682065--85682122	29	2.0	29	100	0	116	27	24	13	34	1.93
85681918--85682268	176	2.0	176	94	0	621	28	27	11	33	1.91
85681967--85682220	127	2.0	127	96	0	463	28	27	10	33	1.90
85682016--85682171	78	2.0	78	94	0	276	28	26	10	33	1.90
85682094--85682364	49	5.6	49	95	1	474	29	28	9	33	1.88
85681869--85682317	225	2.0	224	95	0	799	28	27	11	33	1.91
85682094--85682364	146	1.9	146	96	1	508	29	28	9	33	1.88
85686148--85686355	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
85686148--85686353	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
85694294--85694501	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
85694294--85694499	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
85696667--85696692	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
85698443--85698481	6	6.5	6	90	0	51	15	38	15	30	1.88
85702234--85702488	54	4.7	54	80	3	244	23	23	16	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85702221--85702488	108	2.5	107	82	3	313	23	23	16	36	1.94
85703296--85703355	29	2.0	29	83	3	75	33	16	11	38	1.85
85714170--85714311	42	3.4	41	74	11	110	26	24	18	30	1.98
85717775--85717875	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
85731480--85731516	18	2.0	19	89	5	58	0	32	2	64	1.07
85736395--85736465	29	2.4	29	100	0	142	29	15	28	26	1.96
85736395--85736525	29	4.5	29	84	3	106	26	16	31	25	1.97
85743834--85743904	29	2.4	29	100	0	142	29	15	28	26	1.96
85743834--85743964	29	4.5	29	84	3	106	26	16	31	25	1.97
85743997--85744025	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
85745439--85745606	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
85749296--85749460	40	4.1	40	92	0	258	21	20	30	26	1.98
85759325--85759468	40	3.6	40	81	3	121	28	24	27	20	1.99
85759362--85759491	40	3.3	39	79	4	152	24	23	27	23	2.00
85761561--85761585	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
85764963--85765236	39	7.1	39	91	1	435	22	29	24	23	1.99
85764958--85765236	115	2.4	116	94	2	488	22	29	23	24	1.99
85769602--85769752	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
85769639--85769768	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
85769601--85769768	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
85773849--85773959	40	2.8	40	81	12	129	23	24	28	23	1.99
85778391--85778666	39	7.1	39	92	0	435	22	30	25	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85778386--85778666	117	2.4	117	94	0	499	22	29	24	23	1.99
85780811--85780898	27	3.3	27	87	4	124	35	21	22	20	1.96
85781312--85781342	16	2.0	15	93	6	53	3	19	25	51	1.62
85784600--85784683	27	3.1	27	82	1	105	38	16	23	21	1.93
85785909--85785965	25	2.3	24	77	16	64	64	0	33	1	1.04
85788208--85788238	14	2.2	14	100	0	62	22	41	16	19	1.89
85791110--85791156	23	2.0	23	95	0	85	25	25	17	31	1.97
85811277--85811346	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
85813757--85813781	12	2.1	12	100	0	50	16	28	24	32	1.96
85837995--85838385	47	8.3	47	88	1	595	27	30	9	31	1.89
85837995--85838385	94	4.2	94	96	0	710	27	30	9	31	1.89
85840099--85840539	49	8.5	51	79	12	413	30	27	9	32	1.89
85840210--85840341	67	2.0	67	98	0	255	29	26	10	33	1.90
85840159--85840390	116	2.0	117	95	1	421	29	26	10	33	1.89
85840277--85840542	98	2.7	98	96	0	487	30	28	9	31	1.88
85843451--85843587	40	3.4	40	91	4	215	25	28	21	24	1.99
85843425--85843642	80	2.7	81	81	6	214	25	26	22	25	2.00
85843439--85843643	40	5.1	40	83	3	189	25	26	22	24	2.00
85844363--85844474	40	2.8	40	94	0	188	25	28	20	25	1.99
85846358--85846444	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
85846519--85846817	49	6.1	49	95	0	508	29	26	9	33	1.88
85849737--85849928	40	4.8	40	84	6	212	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85849711--85849928	80	2.7	81	81	6	223	26	26	22	25	2.00
85850649--85850760	40	2.8	40	93	0	188	25	29	19	25	1.99
85852643--85852715	37	2.0	37	100	0	146	24	32	20	21	1.97
85854290--85854438	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
85854331--85854438	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
85862385--85862533	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
85862426--85862533	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
85870636--85870664	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
85873879--85874045	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
85876880--85877021	41	3.4	41	82	2	158	32	26	16	23	1.96
85888778--85888803	10	2.6	10	100	0	52	34	0	19	46	1.50
85889291--85889398	39	2.6	41	81	8	139	30	14	26	27	1.95
85895912--85895940	15	1.9	15	100	0	58	82	0	3	13	0.79
85906213--85906253	12	3.7	12	75	18	52	51	19	19	9	1.74
85906209--85906261	21	2.5	21	100	0	106	54	16	20	7	1.66
85911214--85911283	23	3.0	23	81	8	88	38	11	14	35	1.82
85911323--85911351	4	7.2	4	100	0	58	75	24	0	0	0.80
85912426--85912452	7	3.9	7	100	0	54	25	0	0	74	0.83
85920896--85921085	38	4.9	38	90	1	254	17	21	25	35	1.95
85921946--85921973	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
85928650--85928757	26	4.2	26	93	0	189	36	24	8	31	1.85
85930039--85930228	38	4.9	38	90	1	254	17	20	26	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85932243--85932394	78	1.9	78	88	5	227	30	22	15	32	1.94
85932359--85932496	40	3.5	40	87	0	195	36	21	12	29	1.90
85934144--85934186	10	4.4	10	82	11	54	74	0	0	25	0.82
85934143--85934186	20	2.3	19	85	14	63	75	0	0	25	0.81
85936034--85936302	49	5.6	49	74	4	219	24	27	19	28	1.98
85936034--85936258	98	2.3	98	87	0	324	22	26	19	31	1.98
85936279--85936397	46	2.5	48	84	2	152	26	26	15	31	1.95
85938353--85938394	18	2.3	18	83	0	57	50	11	4	33	1.60
85938364--85938402	18	2.2	18	90	0	60	48	20	7	23	1.75
85943218--85943244	6	4.5	6	100	0	54	81	0	0	18	0.69
85943500--85943568	23	3.0	23	76	17	72	44	2	4	47	1.37
85943666--85943742	32	2.2	36	84	11	99	37	1	1	59	1.14
85946628--85946765	47	3.0	47	94	1	233	41	20	12	26	1.87
85949478--85949544	30	2.2	29	79	7	71	40	10	19	29	1.85
85954218--85954306	44	2.0	44	95	0	160	43	5	19	31	1.74
85954551--85954701	43	3.5	43	82	3	162	29	16	22	31	1.96
85963693--85963759	31	2.2	31	83	5	82	28	2	19	49	1.63
85963734--85963807	32	2.3	32	77	6	80	31	2	16	50	1.59
85967499--85967532	18	1.9	18	88	5	52	17	35	35	11	1.87
85969746--85969928	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
85976446--85976628	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
85984654--85984744	24	3.8	24	97	0	164	19	17	27	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85984653--85984766	48	2.4	48	86	2	149	23	17	25	33	1.96
85991622--85991712	24	3.8	24	97	0	164	19	17	27	35	1.95
85991621--85991734	48	2.4	48	86	2	149	23	17	25	33	1.96
85995027--85995088	24	2.5	24	86	5	70	37	6	30	25	1.81
85998062--85998142	33	2.5	33	95	0	144	25	22	24	27	2.00
86004143--86004418	38	7.3	38	92	0	444	20	22	25	31	1.98
86006415--86006595	77	2.3	81	83	7	221	23	27	24	24	2.00
86006406--86006595	40	4.8	39	79	7	179	23	28	23	24	2.00
86011161--86011311	78	1.9	80	84	8	202	23	27	23	25	2.00
86011130--86011311	40	4.6	39	74	11	138	23	27	24	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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