genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.168.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  168  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51359890--51360036	57	2.6	58	84	7	169	27	14	31	25	1.95
51363720--51363987	40	6.7	40	82	0	304	33	26	19	20	1.97
51367576--51367612	19	2.0	18	89	5	56	27	16	40	16	1.89
51367681--51367784	29	3.7	29	80	3	113	25	13	32	27	1.94
51369422--51369483	30	2.0	31	90	3	99	24	24	16	35	1.95
51369676--51369796	24	5.0	24	90	7	183	28	22	20	28	1.99
51369676--51369796	49	2.5	47	90	6	181	28	22	20	28	1.99
51369845--51369899	11	5.4	11	72	16	55	34	20	10	34	1.87
51369845--51369911	20	3.3	20	89	0	98	35	20	10	32	1.87
51369895--51369928	17	1.9	18	88	5	52	38	23	5	32	1.79
51379014--51379193	63	2.8	65	75	11	174	30	17	30	22	1.97
51379045--51379171	65	1.9	65	82	7	159	32	17	29	20	1.95
51384140--51384202	31	2.0	31	90	0	99	23	19	15	41	1.90
51384396--51384566	25	7.0	24	89	4	220	28	22	19	29	1.98
51384615--51384681	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
51384615--51384670	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
51386485--51386540	22	2.5	22	73	0	58	25	5	12	57	1.56
51389632--51389825	103	1.9	103	100	0	388	38	21	15	24	1.92
51392712--51392929	49	4.5	49	93	3	356	27	30	8	33	1.86
51392797--51392879	27	3.3	27	63	27	72	32	31	4	31	1.79
51392712--51392929	96	2.3	95	92	4	350	27	30	8	33	1.86
51394509--51394542	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51401574--51401642	25	2.6	25	80	13	68	21	24	18	34	1.96
51405345--51405470	43	2.9	43	81	6	132	34	26	17	21	1.95
51406090--51406120	9	3.4	9	100	0	62	22	29	9	38	1.86
51406089--51406132	18	2.5	17	82	10	54	27	29	9	34	1.87
51406903--51407014	43	2.6	42	88	6	165	26	26	18	27	1.98
51407663--51407693	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
51413247--51413287	16	2.4	17	84	12	57	56	12	0	31	1.36
51413251--51413293	16	2.8	15	83	13	52	60	13	0	25	1.34
51417677--51417716	21	2.0	21	90	5	64	25	30	35	10	1.88
51418904--51419268	48	7.7	47	74	9	260	23	29	20	27	1.98
51418959--51419270	144	2.2	143	85	2	421	22	29	19	27	1.98
51425261--51425415	43	3.6	43	75	8	136	27	17	23	31	1.97
51432578--51432748	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
51440617--51440786	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	24	1.99
51448207--51448338	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
51448207--51448338	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
51449637--51449672	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
51453086--51453476	40	9.8	40	91	0	622	26	27	21	24	1.99
51453086--51453476	199	2.0	200	90	1	624	26	27	21	24	1.99
51454746--51454853	37	2.9	37	94	1	182	26	30	19	23	1.98
51455000--51455136	50	2.8	49	87	6	215	30	26	7	35	1.84
51455016--51455325	47	6.5	49	86	7	292	26	28	10	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51455106--51455346	47	5.1	47	92	0	365	26	29	11	32	1.91
51455199--51455317	22	5.1	22	63	25	66	24	29	13	32	1.93
51455058--51455346	94	3.1	94	87	3	377	26	29	10	33	1.90
51461998--51462183	67	2.8	66	79	8	171	30	15	30	23	1.95
51463292--51463322	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
51471710--51471863	43	3.6	42	77	8	123	25	16	24	33	1.96
51471758--51471853	42	2.3	43	81	1	113	28	15	23	32	1.95
51475291--51475368	6	12.5	6	75	12	50	73	2	7	16	1.18
51480785--51480855	35	2.0	35	100	0	142	50	8	26	14	1.71
51488498--51488825	48	6.8	48	76	4	259	24	30	18	26	1.98
51488501--51488825	144	2.3	143	81	3	348	24	30	18	26	1.98
51490969--51490994	13	2.0	13	100	0	52	23	7	38	30	1.83
51498784--51498861	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
51503740--51503773	18	1.9	17	88	5	50	47	23	0	29	1.52
51506577--51506659	43	1.9	43	87	0	121	21	20	32	25	1.98
51508374--51508437	16	4.0	16	76	12	51	35	1	0	62	1.05
51508543--51508584	11	3.6	11	84	9	57	28	4	0	66	1.12
51511842--51511891	21	2.4	21	100	0	100	42	6	32	20	1.76
51520816--51521027	40	5.1	40	72	16	155	29	16	25	28	1.96
51520869--51521183	126	2.5	126	81	7	361	30	15	25	28	1.96
51520830--51521175	44	8.2	44	73	14	239	30	15	26	28	1.96
51527170--51527336	40	4.2	40	79	2	158	22	27	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51527186--51527334	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
51535160--51535286	40	3.2	40	81	1	139	23	27	22	26	1.99
51540224--51540347	39	3.2	38	82	6	108	28	29	20	21	1.98
51540237--51540403	40	4.2	40	83	6	198	26	28	21	23	1.99
51540237--51540403	79	2.1	79	86	5	230	26	28	21	23	1.99
51543371--51543440	27	2.5	28	90	2	115	28	14	25	31	1.95
51543371--51543452	27	3.0	27	82	8	69	29	15	23	31	1.95
51548284--51548461	27	6.6	27	78	6	155	28	7	24	39	1.83
51548282--51548461	54	3.3	53	78	6	175	28	7	24	38	1.83
51548282--51548490	27	7.7	27	78	9	117	27	9	23	38	1.86
51548321--51548494	81	2.1	81	78	7	183	28	11	21	38	1.88
51551015--51551066	27	2.0	26	92	3	86	17	23	21	38	1.93
51553905--51554033	51	2.5	52	82	5	147	28	29	16	25	1.97
51554064--51554183	52	2.4	51	80	2	134	34	28	12	25	1.92
51561914--51561951	20	1.9	20	94	0	67	39	26	2	31	1.70
51564582--51564800	40	5.5	39	83	5	217	24	26	23	26	2.00
51564582--51564802	80	2.7	79	83	2	262	24	26	23	26	2.00
51572309--51572813	261	1.9	260	88	1	760	19	21	19	39	1.93
51579428--51579477	20	2.3	23	83	16	63	66	4	8	22	1.35
51588294--51588447	53	2.9	53	91	0	245	22	25	16	35	1.94
51588426--51588543	47	2.5	47	97	0	218	27	23	12	36	1.91
51588428--51588682	142	1.8	139	80	11	304	25	23	16	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51588472--51588682	47	4.5	48	76	10	136	24	24	17	34	1.96
51595243--51595351	37	2.9	37	93	0	173	26	29	19	24	1.98
51595498--51595632	48	2.8	48	94	0	234	30	28	7	34	1.84
51595602--51595889	47	6.1	47	88	0	414	26	28	11	33	1.92
51595740--51595815	23	3.2	25	66	17	70	23	32	14	28	1.94
51599676--51600026	40	8.8	40	92	1	551	25	27	21	25	1.99
51601295--51601402	37	2.9	37	93	1	173	26	31	18	23	1.97
51601549--51601683	48	2.8	48	95	0	243	30	28	7	33	1.85
51601653--51601940	47	6.1	47	86	0	387	27	28	11	33	1.91
51604691--51604900	40	5.2	40	81	4	201	25	20	28	25	1.99
51611904--51612046	40	3.6	40	87	3	191	25	22	26	25	2.00
51611983--51612090	40	2.7	40	83	0	126	27	23	27	21	1.99
51615406--51615796	40	9.8	40	91	1	613	25	27	21	25	2.00
51617064--51617172	37	2.9	37	91	0	173	28	31	18	22	1.97
51617311--51617444	48	2.8	48	93	0	232	31	29	6	32	1.83
51617414--51617701	47	6.1	47	88	0	396	26	28	11	33	1.91
51617623--51617702	25	3.3	25	63	16	60	32	27	6	33	1.82
51626249--51626432	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
51626289--51626477	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
51628940--51629064	40	3.2	39	80	10	146	22	28	23	26	1.99
51628940--51629064	39	3.2	38	79	7	142	22	28	23	26	1.99
51636937--51637120	79	2.3	81	83	8	227	23	27	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51636930--51637120	39	4.8	39	76	9	163	23	28	23	24	2.00
51638225--51638409	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
51638226--51638417	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
51652445--51652627	40	4.6	40	79	6	176	24	24	27	24	2.00
51652445--51652629	79	2.3	81	82	7	218	24	23	27	24	2.00
51652445--51652662	79	2.7	79	78	6	174	24	22	27	24	2.00
51655394--51655533	40	3.5	40	88	2	203	25	23	25	25	2.00
51663676--51663705	15	2.0	15	100	0	60	26	20	0	53	1.46
51663790--51663960	43	4.0	43	75	6	150	33	23	14	28	1.94
51663792--51663957	86	1.9	85	82	3	208	32	23	15	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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