genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.310.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96189025--96189130	54	2.0	53	83	1	131	20	23	20	34	1.96
96189248--96189326	6	12.8	6	69	15	54	18	20	12	48	1.81
96189252--96189314	25	2.5	25	92	0	99	19	22	14	44	1.86
96191331--96191431	53	1.9	53	83	0	130	38	20	12	27	1.90
96191365--96191431	27	2.5	26	81	9	91	40	19	11	28	1.87
96191417--96191529	27	4.2	27	90	0	172	36	15	21	26	1.94
96191935--96191983	22	2.2	22	89	7	73	26	28	18	26	1.98
96192155--96192241	27	3.3	26	75	4	75	22	21	18	36	1.95
96192358--96192470	6	18.3	6	69	18	72	19	21	13	46	1.84
96192358--96192449	25	3.7	25	89	0	139	19	22	13	44	1.85
96194232--96194264	16	2.1	16	94	0	57	15	6	30	48	1.69
96194462--96194500	19	2.1	19	100	0	78	30	17	35	15	1.91
96197260--96197311	27	1.9	27	84	7	70	26	21	21	30	1.98
96197604--96197677	32	2.3	32	88	4	105	27	21	25	25	2.00
96203590--96203627	18	2.1	18	100	0	76	23	26	21	28	1.99
96203619--96203696	38	2.1	38	97	0	147	34	23	12	29	1.92
96205222--96205372	40	3.8	39	78	10	128	22	26	23	27	2.00
96205222--96205371	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
96208989--96209213	27	8.4	27	86	2	274	36	19	19	25	1.95
96209863--96209942	27	3.0	27	85	5	99	20	26	21	32	1.97
96215234--96215404	27	6.4	27	84	2	220	33	18	22	25	1.96
96216123--96216152	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96220531--96220555	12	2.1	12	100	0	50	32	0	16	52	1.44
96221890--96222070	46	3.9	46	80	7	222	21	21	29	27	1.99
96221892--96222062	93	1.8	93	93	2	299	21	22	29	26	1.99
96223804--96223926	61	2.0	61	100	0	246	21	22	27	28	1.99
96232973--96233050	38	2.0	39	95	5	140	71	7	10	10	1.30
96236559--96236676	25	4.8	25	73	9	89	26	24	17	31	1.97
96236824--96236871	25	1.9	25	87	8	71	47	8	12	31	1.71
96245078--96245173	48	2.0	48	100	0	192	27	20	18	33	1.96
96249951--96250157	53	3.8	54	77	5	188	19	23	17	38	1.93
96262318--96262391	29	2.6	29	85	8	98	29	16	27	27	1.97
96266298--96266354	25	2.3	23	82	11	69	33	5	1	59	1.30
96270004--96270099	34	2.8	34	80	4	104	28	21	27	22	1.99
96271494--96271525	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
96275322--96275393	25	3.0	24	78	13	67	27	22	20	29	1.99
96275441--96275501	21	2.9	21	85	4	88	32	19	11	36	1.88
96275441--96275501	10	5.9	10	77	11	61	32	19	11	36	1.88
96275538--96275587	25	2.0	26	84	4	66	30	10	18	42	1.82
96289481--96289789	43	7.2	43	97	0	564	10	24	34	30	1.88
96291247--96291407	29	5.6	29	85	2	171	24	32	15	27	1.95
96292841--96292941	45	2.3	43	84	6	123	23	22	31	21	1.98
96298209--96298579	43	8.5	43	85	2	422	14	22	32	30	1.94
96302121--96302679	48	11.7	48	93	0	895	34	7	26	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96302724--96302846	37	3.3	37	97	0	219	21	19	34	23	1.96
96304721--96305025	40	7.8	40	86	5	419	26	20	27	25	1.99
96304953--96305020	34	2.0	34	85	0	91	23	25	27	23	2.00
96308858--96309321	48	9.7	48	92	0	739	34	7	26	31	1.84
96309366--96309488	37	3.3	37	96	0	219	23	19	33	23	1.97
96317130--96317305	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
96317126--96317297	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
96323148--96323187	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
96331719--96331744	4	6.5	4	100	0	52	26	0	23	50	1.50
96337579--96337706	49	2.6	49	83	2	168	30	22	24	22	1.99
96350283--96350431	39	3.8	39	92	1	246	24	31	20	24	1.98
96356619--96356832	46	4.6	48	73	9	147	28	16	28	26	1.97
96356761--96356970	49	4.4	48	73	16	161	27	18	28	25	1.98
96360256--96360369	48	2.4	48	93	0	201	39	5	22	32	1.77
96360300--96360422	37	3.4	37	69	17	112	39	5	21	33	1.77
96360348--96360393	24	1.9	24	90	0	74	36	0	21	41	1.54
96360300--96360441	72	2.0	72	95	0	257	38	4	22	33	1.76
96360256--96360489	120	2.0	120	92	0	387	38	5	23	33	1.78
96360372--96360523	48	3.2	48	91	0	241	36	6	25	31	1.82
96360664--96360839	37	4.8	37	94	1	300	24	18	31	25	1.98
96363973--96364045	27	2.6	28	91	2	112	31	13	23	31	1.93
96363999--96364057	27	2.2	27	87	6	84	30	16	22	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96372086--96372144	27	2.2	27	87	6	84	30	16	22	30	1.96
96375939--96376008	28	2.5	28	86	4	97	37	10	24	28	1.88
96381012--96381127	56	2.1	56	95	0	205	38	25	4	31	1.75
96386484--96386552	26	2.7	26	81	4	86	37	24	20	17	1.93
96386484--96386571	26	3.3	27	78	10	85	37	23	20	18	1.94
96386561--96386738	20	8.9	20	82	3	171	39	23	20	16	1.92
96388541--96388572	12	2.7	12	95	0	55	28	40	0	31	1.57
96390771--96390963	56	3.4	56	86	0	260	34	21	15	27	1.94
96396003--96396039	18	2.0	19	89	5	58	5	35	2	56	1.36
96402360--96402506	48	3.1	49	86	3	219	35	30	14	19	1.92
96403051--96403089	21	1.9	20	89	5	60	48	17	0	33	1.48
96414224--96414310	28	3.1	28	100	0	174	17	11	25	45	1.81
96422351--96422435	27	3.1	28	94	5	156	17	11	25	44	1.83
96425764--96425950	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
96425787--96425950	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
96425787--96425984	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
96433333--96433519	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
96433356--96433519	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
96433356--96433553	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
96437775--96438010	125	1.9	123	85	5	323	29	10	25	34	1.89
96437957--96438163	40	5.2	39	81	4	209	25	22	26	25	2.00
96457309--96457335	12	2.2	12	100	0	54	18	14	44	22	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96460931--96461044	42	2.7	42	86	4	140	28	24	15	31	1.96
96461144--96461172	7	4.1	7	100	0	58	13	27	13	44	1.82
96461171--96461350	31	5.8	31	87	2	254	26	26	18	27	1.98
96463473--96463575	29	3.6	28	77	5	98	26	16	30	27	1.97
96466573--96466602	14	2.1	14	100	0	60	43	23	6	26	1.78
96472303--96472329	14	1.9	14	100	0	54	37	37	7	18	1.79
96473001--96473025	13	1.9	13	100	0	50	20	40	32	8	1.81
96484354--96484743	44	8.9	44	88	1	557	30	15	27	26	1.96
96484462--96484533	21	3.3	21	64	21	58	36	15	29	19	1.92
96486275--96486346	32	2.2	35	82	9	89	36	5	0	58	1.22
96486275--96486346	34	2.2	32	83	14	85	36	5	0	58	1.22
96486297--96486364	21	3.1	22	81	8	77	36	4	0	58	1.18
96486685--96486740	25	2.2	25	84	6	69	23	5	7	64	1.40
96488709--96488747	7	5.9	7	88	11	64	84	0	0	15	0.62
96488711--96488747	6	5.8	6	93	6	56	86	0	0	13	0.57
96488709--96488747	13	3.0	13	92	7	62	84	0	0	15	0.62
96488709--96488747	20	2.0	20	100	0	78	84	0	0	15	0.62
96492543--96492726	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
96492583--96492771	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
96496959--96496990	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
96502516--96502566	25	2.0	25	88	0	75	33	23	15	27	1.95
96502607--96502645	10	3.8	10	86	6	60	33	15	17	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96502603--96502645	21	2.0	21	100	0	86	32	13	18	34	1.90
96510436--96510474	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
96510435--96510474	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
96515837--96515878	21	2.0	21	100	0	84	9	19	38	33	1.84
96530485--96530519	17	2.0	18	94	5	63	45	8	17	28	1.77
96534764--96534815	23	2.3	23	84	15	65	21	11	3	63	1.43
96543250--96543425	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
96543247--96543418	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
96550797--96550971	46	3.8	45	80	11	212	20	21	29	29	1.98
96550794--96550964	92	1.9	92	96	0	315	21	21	29	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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