genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  191  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58280211--58280313	28	3.7	28	87	5	145	24	16	33	26	1.96
58285197--58285333	39	3.5	39	82	0	148	29	5	20	44	1.75
58288428--58288499	29	2.5	29	91	6	112	29	26	13	30	1.94
58288427--58288528	28	3.5	28	84	6	89	29	28	13	28	1.94
58290637--58290776	27	5.2	27	78	6	124	41	21	6	30	1.78
58290639--58290776	54	2.5	54	84	3	152	41	21	6	30	1.78
58290759--58290820	27	2.3	27	94	0	106	41	16	14	27	1.87
58290653--58290803	54	2.8	54	85	4	162	42	19	7	29	1.80
58290653--58290805	81	1.9	81	87	5	229	41	19	7	30	1.80
58291440--58291536	28	3.5	28	97	1	178	44	26	10	18	1.82
58294536--58294645	47	2.3	48	76	4	116	29	9	12	49	1.72
58299312--58299554	38	5.9	38	74	19	202	29	15	24	30	1.95
58299313--58299547	85	2.8	85	94	0	407	29	15	24	30	1.95
58304140--58304307	40	4.2	40	81	3	205	27	25	21	25	1.99
58304136--58304307	80	2.2	79	84	6	231	27	25	22	25	2.00
58311222--58311392	40	4.3	40	84	5	231	27	26	21	24	1.99
58315551--58315638	30	3.0	30	93	1	142	18	15	42	23	1.89
58320608--58320837	93	2.5	93	76	9	243	40	13	14	31	1.84
58320773--58320903	66	2.0	66	84	3	174	37	16	19	27	1.92
58322398--58322525	45	2.9	45	95	2	224	26	29	21	22	1.99
58336268--58336385	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
58336236--58336399	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58343847--58343964	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
58343815--58343978	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
58359147--58359281	29	4.7	29	92	0	216	31	15	22	29	1.95
58362892--58363112	40	5.6	40	79	6	218	26	21	25	26	1.99
58362892--58363112	80	2.8	80	84	6	272	26	21	25	26	1.99
58363340--58363381	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
58364536--58365213	105	6.5	105	81	3	715	31	17	15	34	1.92
58364545--58365155	315	1.9	314	85	1	846	31	18	15	34	1.92
58377811--58377986	46	3.8	46	79	12	207	20	20	29	29	1.98
58377808--58377979	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
58389438--58389464	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
58392614--58392650	19	1.9	19	88	0	56	37	2	8	51	1.46
58394692--58394743	24	2.2	24	85	0	68	40	7	3	48	1.50
58401784--58401956	46	3.8	45	76	14	174	21	19	27	31	1.98
58401781--58401951	93	1.8	93	91	2	281	21	19	28	30	1.98
58405202--58405230	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
58406418--58406531	27	4.3	26	78	12	106	35	20	23	21	1.96
58410939--58411104	39	4.2	40	75	5	142	25	27	21	25	1.99
58418987--58419158	40	4.3	40	80	3	186	25	26	22	26	2.00
58422473--58422609	46	3.0	46	84	2	177	26	31	8	34	1.85
58422583--58422774	47	4.1	47	87	2	260	27	29	10	31	1.91
58425910--58426300	40	9.8	40	90	0	595	25	28	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58427788--58427924	46	3.0	46	86	0	193	26	30	8	35	1.85
58427898--58428089	47	4.1	47	91	0	276	26	30	10	31	1.91
58428014--58428088	23	3.2	23	66	23	66	29	32	9	29	1.88
58433159--58433376	40	5.5	40	86	4	257	24	26	23	24	2.00
58441134--58441374	40	6.1	40	91	2	362	24	22	26	26	2.00
58441130--58441357	119	1.9	119	91	4	379	24	21	27	26	2.00
58442903--58442965	30	2.1	30	91	5	101	58	11	4	25	1.51
58448826--58448869	23	1.9	23	90	0	70	34	9	25	31	1.87
58449096--58449137	17	2.5	17	92	0	66	42	9	4	42	1.58
58449477--58449510	15	2.3	15	100	0	68	5	29	23	41	1.78
58452483--58452540	2	29.0	2	96	0	107	50	1	0	48	1.11
58457304--58457419	28	4.1	28	78	5	83	26	24	24	25	2.00
58457341--58457395	15	3.8	15	80	9	69	23	21	30	23	1.99
58464550--58464651	27	3.8	27	79	6	118	29	16	18	35	1.93
58465346--58465383	14	2.7	14	95	0	67	28	7	0	63	1.23
58469071--58469098	12	2.3	12	100	0	56	7	7	50	35	1.57
58469243--58469466	33	6.8	33	89	3	301	25	29	30	14	1.95
58477155--58477303	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
58477196--58477303	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
58485220--58485325	38	2.8	37	87	7	133	21	28	25	24	1.99
58485220--58485367	39	3.8	37	78	7	136	22	25	24	27	2.00
58487975--58488056	29	2.8	29	96	0	146	29	14	31	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58492715--58492740	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62
58492774--58492798	8	3.1	8	100	0	50	36	52	0	12	1.39
58493452--58493659	35	5.9	35	90	0	308	33	9	11	45	1.72
58493784--58494055	59	4.7	59	86	2	372	47	4	5	43	1.46
58493954--58493993	19	2.0	20	85	4	55	50	5	2	42	1.37
58496097--58496281	40	4.6	40	81	3	228	23	28	23	24	2.00
58498823--58498893	25	2.8	25	84	0	88	30	21	32	15	1.94
58498799--58498872	25	3.0	25	83	0	85	39	20	25	14	1.91
58499092--58499137	18	2.5	20	82	13	62	41	15	13	30	1.85
58507985--58508061	27	2.9	26	88	5	109	24	16	22	36	1.94
58511380--58511454	40	1.9	38	83	5	96	44	1	28	26	1.63
58511515--58511639	40	3.1	40	79	7	128	24	16	18	40	1.90
58513000--58513066	32	2.1	32	100	0	134	49	2	20	26	1.64
58513013--58513064	16	3.2	16	68	10	52	50	3	21	25	1.65
58516968--58516998	16	1.9	16	100	0	62	29	32	0	38	1.57
58520212--58520317	27	4.0	26	79	8	97	26	13	17	42	1.86
58520212--58520314	54	1.9	53	84	2	134	27	13	16	42	1.86
58523929--58524035	27	4.0	27	88	1	144	24	15	20	39	1.92
58525670--58525723	20	2.7	19	78	13	56	70	1	7	20	1.21
58525907--58525939	17	1.9	17	88	11	50	57	3	0	39	1.14
58526228--58526287	19	3.0	18	74	23	57	50	8	1	40	1.43
58526252--58526728	152	3.2	149	82	6	559	44	10	3	41	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58526306--58526764	148	3.0	146	77	10	426	43	10	3	42	1.57
58526956--58526981	11	2.4	11	100	0	52	7	15	0	76	0.99
58527759--58527816	27	2.1	27	100	0	116	25	32	15	25	1.95
58530078--58530272	40	4.9	40	81	5	200	27	26	20	25	1.99
58530065--58530275	80	2.7	76	79	8	224	26	26	20	26	1.99
58538150--58538355	40	5.2	40	83	4	240	26	27	21	25	1.99
58538141--58538354	79	2.7	77	81	6	232	26	27	21	25	1.99
58541374--58541470	23	4.2	24	82	5	94	35	16	18	29	1.93
58541360--58541470	46	2.4	46	84	3	134	37	14	18	28	1.91
58541720--58541757	15	2.5	16	87	8	53	42	5	0	52	1.24
58543815--58543987	46	3.7	47	77	9	169	28	18	27	25	1.98
58546940--58547029	23	3.9	23	81	11	96	34	18	25	21	1.96
58548366--58548406	21	2.0	20	86	9	57	17	34	14	34	1.90
58555710--58555810	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
58564015--58564115	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
58572312--58572410	28	3.5	28	86	4	119	29	28	14	28	1.95
58580114--58580214	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
58590133--58590205	23	3.1	23	84	5	76	35	17	27	19	1.94
58590144--58590205	24	2.6	22	85	7	70	35	19	24	20	1.96
58597584--58597676	47	2.0	47	93	0	159	32	10	29	27	1.90
58597609--58597753	73	2.0	73	100	0	290	31	14	28	24	1.95
58597682--58597889	47	4.4	47	92	0	344	32	13	29	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58597778--58597853	23	3.2	25	62	24	63	28	14	34	22	1.93
58598052--58598233	37	4.9	37	91	0	292	24	19	31	24	1.98
58601723--58601769	19	2.4	19	85	3	58	44	17	10	27	1.81
58601924--58601984	23	2.6	23	82	7	61	39	16	24	19	1.92
58601946--58602023	24	3.3	23	76	13	86	39	20	21	17	1.92
58602732--58602764	15	2.2	15	94	0	57	42	15	6	36	1.71
58605249--58605368	57	2.1	57	95	0	213	23	16	7	52	1.69
58608030--58608077	18	2.7	18	86	0	69	20	43	20	14	1.87
58617532--58617565	15	2.2	16	89	5	52	67	0	0	32	0.91
58619803--58619832	10	3.0	10	95	0	51	40	10	3	46	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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