genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.171.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  171  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52300692--52300734	21	2.1	22	83	12	56	39	2	0	58	1.11
52300697--52300742	21	2.2	21	84	7	58	39	4	0	56	1.19
52301828--52301888	30	2.0	30	83	0	77	42	3	24	29	1.70
52302386--52302666	64	4.3	64	78	6	217	32	16	28	22	1.96
52302421--52302666	64	3.8	64	81	4	262	31	15	29	23	1.95
52306279--52306512	40	5.8	40	92	1	371	26	29	20	23	1.99
52309751--52310141	131	3.0	131	90	2	561	28	19	18	33	1.95
52310641--52310759	30	4.0	30	94	0	202	25	49	3	21	1.65
52310641--52310805	30	5.5	30	86	1	199	26	48	3	22	1.65
52311475--52311522	25	1.9	25	91	0	78	31	8	8	52	1.61
52311688--52311735	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
52311688--52311739	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
52325291--52325424	40	3.4	39	80	4	133	24	24	28	22	1.99
52333404--52333489	39	2.2	39	83	8	104	23	25	30	20	1.99
52338060--52338129	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
52343433--52343642	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
52347766--52347853	27	3.3	27	79	3	90	35	21	19	23	1.96
52351406--52351482	22	3.5	21	74	13	66	12	27	25	33	1.93
52355534--52355616	27	3.1	26	81	5	94	18	25	22	33	1.96
52360279--52360453	46	3.8	46	77	13	187	28	29	21	21	1.98
52360287--52360457	93	1.8	93	91	0	279	28	29	21	21	1.98
52363364--52363568	46	4.5	44	80	10	184	24	29	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52366137--52366311	46	3.8	46	78	13	196	28	29	21	20	1.98
52366145--52366315	93	1.8	93	92	0	288	28	29	21	20	1.98
52371323--52371352	8	3.8	8	90	0	51	50	23	23	3	1.64
52371765--52371850	27	3.2	26	88	4	118	16	24	24	34	1.95
52381421--52381460	20	2.0	20	100	0	80	40	20	15	25	1.90
52382142--52382179	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
52387939--52387976	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
52391902--52391939	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
52395019--52395188	43	4.0	41	77	9	137	33	22	17	27	1.96
52396371--52396661	27	10.8	27	88	0	431	34	19	21	25	1.97
52398375--52398402	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
52401253--52401359	39	2.8	40	76	13	107	33	26	20	19	1.97
52401332--52401784	40	11.4	40	82	5	456	28	27	21	22	1.99
52401332--52401784	119	3.8	118	84	4	509	28	27	21	22	1.99
52401293--52401803	158	3.2	158	87	4	692	28	27	21	22	1.99
52413912--52413978	24	2.8	24	79	4	73	16	23	22	37	1.94
52413912--52414059	24	6.2	23	68	15	70	18	22	22	36	1.95
52414859--52414898	19	2.1	19	90	0	62	25	7	12	55	1.63
52419356--52419397	21	2.0	20	86	13	59	54	14	21	9	1.68
52423413--52423572	43	3.7	43	76	11	148	31	26	17	25	1.97
52423416--52423572	86	1.8	85	82	6	201	31	26	17	24	1.97
52435950--52435998	6	8.0	6	80	11	55	22	2	0	75	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52435952--52435998	17	2.8	16	84	12	58	21	2	0	76	0.89
52435955--52435998	18	2.5	17	88	7	61	20	2	0	77	0.88
52439472--52439689	40	5.5	40	92	1	341	26	27	22	24	2.00
52442884--52443101	40	5.5	40	90	2	300	25	27	23	23	2.00
52444219--52444256	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
52452137--52452174	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
52454126--52454228	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
52461854--52461993	57	2.5	57	86	0	190	29	22	17	30	1.97
52482788--52482812	13	1.9	13	100	0	50	48	12	8	32	1.69
52496423--52496540	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
52496391--52496554	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
52501954--52502121	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
52511091--52511191	49	2.0	50	96	1	186	53	5	9	30	1.58
52518566--52518733	40	4.2	40	81	1	176	25	26	22	26	2.00
52526903--52527027	29	4.3	29	88	1	180	24	12	32	31	1.92
52531630--52531848	40	5.5	40	87	2	318	28	26	21	23	1.99
52531630--52531848	79	2.8	80	89	3	327	28	26	21	23	1.99
52535285--52535380	29	3.3	29	86	1	140	23	11	32	32	1.91
52537419--52537478	30	2.0	30	93	0	102	36	16	8	38	1.79
52548113--52548171	24	2.5	24	100	0	118	22	18	27	32	1.97
52548851--52548912	18	3.5	17	80	8	70	37	17	22	22	1.94
52548852--52548930	36	2.2	36	90	0	122	36	18	20	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52548865--52548922	18	3.2	18	82	0	80	37	22	17	22	1.93
52548865--52548930	18	3.7	18	81	0	78	37	19	18	24	1.93
52549262--52549400	27	5.1	27	81	11	124	22	21	18	37	1.94
52549272--52549400	54	2.4	54	79	10	140	21	22	18	37	1.94
52552106--52552145	17	2.4	17	86	0	53	35	7	2	55	1.42
52557130--52557312	48	3.8	48	84	6	219	26	17	28	27	1.98
52557170--52557351	96	1.9	96	82	8	228	25	17	29	27	1.98
52558871--52559165	141	2.1	142	97	1	556	21	10	29	39	1.86
52559809--52559940	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
52566828--52567124	143	2.1	143	99	0	585	21	10	29	39	1.86
52567768--52567899	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
52576520--52576813	142	2.1	141	97	1	554	21	10	29	39	1.86
52577457--52577588	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
52585080--52585238	39	4.0	40	91	4	227	25	28	20	25	1.99
52585080--52585238	79	2.0	79	86	7	225	25	28	20	25	1.99
52596917--52597086	40	4.2	40	83	3	216	25	24	27	21	1.99
52606705--52606828	48	2.6	48	92	0	194	27	20	27	25	1.99
52606713--52606842	48	2.7	48	89	0	188	26	19	26	26	1.99
52607588--52607624	15	2.4	16	86	13	51	35	13	2	48	1.57
52612990--52613050	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
52625037--52625193	43	3.7	43	78	11	137	24	15	27	32	1.96
52627432--52627557	43	2.9	43	92	0	216	28	26	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52630832--52630889	29	2.0	29	96	0	107	37	17	8	36	1.80
52634381--52634416	6	6.0	6	86	0	54	19	2	0	77	0.88
52634387--52634423	18	2.1	18	94	0	65	21	5	2	70	1.20
52636346--52636498	60	2.5	61	89	2	247	39	26	13	21	1.90
52639539--52639589	26	2.0	26	88	0	75	43	19	17	19	1.89
52639629--52639701	35	2.1	35	94	0	128	39	30	8	21	1.83
52647907--52647957	25	2.0	25	100	0	102	49	19	3	27	1.66
52652707--52652794	27	3.2	26	81	13	106	18	23	22	35	1.96
52652707--52652818	54	2.1	54	84	3	145	18	22	19	39	1.93
52666107--52666267	29	5.6	29	93	0	259	26	32	14	26	1.95
52666049--52666267	87	2.5	87	82	2	244	26	33	15	25	1.95
52674082--52674182	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
52678370--52678487	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
52678338--52678501	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
52682113--52682393	137	2.0	138	90	0	447	40	8	6	44	1.60
52689091--52689402	47	6.6	46	70	16	176	22	29	19	28	1.98
52689087--52689450	94	3.9	92	77	13	307	23	29	19	27	1.98
52699982--52700067	44	1.9	45	90	2	138	34	24	15	25	1.94
52709099--52709305	40	5.2	40	83	2	220	25	26	22	26	2.00
52717236--52717442	40	5.2	39	81	2	200	25	26	22	26	2.00
52717236--52717441	79	2.6	81	83	4	249	25	26	22	25	2.00
52728148--52728333	40	4.7	40	88	5	227	26	26	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52740258--52740343	31	2.8	31	87	1	138	26	26	15	31	1.95
52740546--52740630	25	3.4	25	79	9	84	28	22	20	29	1.98
52740559--52740630	26	2.8	26	81	8	78	29	22	22	26	1.99
52743748--52743820	32	2.6	25	70	27	65	41	17	1	39	1.58
52752375--52752473	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
52754244--52754451	40	5.2	40	81	2	193	25	24	25	24	2.00
52754246--52754451	80	2.6	80	82	3	227	25	24	26	24	2.00
52762317--52762521	80	2.6	80	82	3	227	25	23	26	24	2.00
52762315--52762521	40	5.2	40	80	4	188	25	23	26	24	2.00
52763811--52763968	85	1.9	85	98	0	307	17	19	30	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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