Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  15  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3875584--3875628
11
3.9
11
80
11
54
35
0
2
62
1.08
3876837--3876999
51
3.1
51
87
11
254
39
13
20
26
1.89
3876857--3876999
58
2.6
58
91
7
228
40
13
19
25
1.89
3877793--3878067
46
6.0
46
85
3
329
41
13
23
21
1.89
3877807--3878067
93
2.8
92
83
5
303
40
14
23
21
1.89
3879328--3879379
24
2.2
24
85
0
68
53
9
3
32
1.51
3883116--3883172
30
1.9
30
82
13
73
47
3
0
49
1.18
3883345--3883379
13
2.7
13
95
0
61
45
11
0
42
1.40
3887158--3887211
27
2.0
27
86
13
76
53
5
3
37
1.42
3887569--3887633
29
2.3
27
77
17
69
61
0
0
38
0.96
3893310--3893341
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
3893547--3893587
19
2.2
19
100
0
82
29
4
17
48
1.67
3895278--3895304
13
2.1
13
100
0
54
14
0
0
85
0.61
3895675--3895708
17
1.9
18
88
5
52
61
2
0
35
1.11
3897083--3897117
2
17.5
2
88
11
54
45
0
2
51
1.16
3897171--3897208
16
2.4
17
82
13
53
52
5
10
31
1.58
3899164--3899218
28
2.0
28
88
0
83
25
5
29
40
1.78
3904175--3904585
218
1.9
211
81
7
497
32
16
19
32
1.93
3905612--3905668
20
2.8
22
85
12
70
63
0
0
36
0.95
3906104--3906144
21
2.0
21
85
4
57
58
2
7
31
1.38
3912356--3912389
17
1.9
18
88
5
52
44
2
11
41
1.56
3912333--3913020
241
2.9
239
83
5
806
37
18
11
32
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3918085--3918174
37
2.5
36
85
7
121
28
10
21
40
1.85
3918486--3918528
21
2.0
21
95
0
77
44
4
11
39
1.62
3921949--3922398
3
152.0
3
74
12
312
27
5
2
64
1.26
3922649--3922683
6
5.5
6
90
10
52
20
2
0
77
0.90
3922649--3922683
13
2.8
12
91
8
52
20
2
0
77
0.90
3931072--3931182
47
2.4
47
83
6
145
26
16
22
35
1.95
3937499--3937527
4
7.2
4
100
0
58
75
0
24
0
0.80
3939782--3939953
75
2.4
74
84
11
216
31
11
23
33
1.90
3939787--3939951
35
4.6
35
84
9
174
31
11
23
33
1.90
3947265--3947435
75
2.4
75
84
7
212
32
11
23
33
1.90
3947268--3947433
35
4.6
35
84
8
174
31
11
23
33
1.90
3954752--3954923
75
2.4
75
83
8
205
32
11
23
33
1.90
3954755--3954921
35
4.6
35
84
9
167
32
11
23
32
1.90
3954851--3954921
36
2.0
35
88
2
106
33
14
21
30
1.92
3956057--3956122
24
2.6
26
81
11
75
33
0
3
63
1.10
3956560--3956775
107
2.0
108
96
0
398
41
9
6
43
1.61
3965799--3965833
18
1.9
18
94
0
61
31
25
14
28
1.95
3967468--3967501
16
2.1
17
88
5
52
29
23
5
41
1.78
3967628--3967680
18
2.9
18
100
0
106
28
26
16
28
1.97
3970273--3970345
35
2.1
35
100
0
146
54
13
5
26
1.60
3970430--3970496
12
5.2
13
70
15
50
55
1
1
41
1.18
3970461--3970519
23
2.5
24
78
8
68
59
1
0
38
1.08
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3970461--3970519
11
5.2
11
75
15
57
59
1
0
38
1.08
3972363--3972864
206
2.4
205
90
2
765
30
19
17
32
1.95
3972857--3972949
44
2.1
44
89
0
141
23
27
17
31
1.97
3973162--3973218
29
2.0
29
100
0
114
17
28
7
47
1.73
3984713--3984746
2
17.5
2
93
6
61
52
0
0
47
1.00
3984796--3984855
15
4.5
13
75
12
52
50
1
1
46
1.21
3984985--3985060
38
2.0
37
100
0
134
57
2
0
39
1.12
3984994--3985060
21
3.4
21
71
25
65
56
2
0
40
1.14
3986788--3987295
206
2.5
206
92
0
829
29
19
17
32
1.95
3987268--3987374
44
2.4
44
85
3
142
25
26
16
31
1.97
4005370--4005556
93
2.0
92
97
1
356
36
18
10
34
1.85
4007144--4007212
31
2.3
31
82
7
88
50
21
8
18
1.74
4007247--4007286
21
1.9
21
94
0
71
30
17
27
25
1.97
4007359--4007388
3
10.0
3
100
0
60
66
0
33
0
0.92
4008642--4008700
20
2.9
20
76
2
64
1
30
0
67
1.00
4013493--4013562
32
2.3
31
80
7
79
34
12
28
24
1.92
4014610--4014639
10
2.9
10
95
5
51
50
0
10
40
1.36
4015729--4015775
18
2.6
18
77
16
51
38
19
17
25
1.92
4016205--4016249
17
2.6
17
89
0
63
22
40
17
20
1.92
4020163--4020205
19
2.2
20
83
4
52
30
16
4
48
1.66
4025998--4026031
18
1.9
18
88
5
52
58
0
29
11
1.33
4028899--4028951
28
1.9
27
88
3
79
24
26
20
28
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
4028876--4029020
61
2.3
60
83
8
168
26
26
20
26
1.99
4029042--4029096
19
2.8
20
83
2
67
34
23
14
27
1.94
4030724--4030759
3
12.0
3
87
0
54
63
5
0
30
1.17
4033543--4033577
18
1.9
18
88
0
52
25
42
2
28
1.69
4037495--4037746
44
5.7
44
73
5
139
29
19
23
28
1.98
4043714--4043821
26
4.2
26
86
0
153
32
5
24
37
1.78
4045257--4045330
26
2.8
26
81
4
76
35
20
10
33
1.87
4045436--4045554
27
4.4
27
85
6
161
15
23
24
36
1.94
4045436--4045552
54
2.2
54
96
0
216
16
23
24
35
1.94
4046752--4046794
18
2.3
19
92
8
79
4
6
18
69
1.29
4051096--4051129
3
11.7
3
93
6
61
35
0
0
64
0.94
4051246--4051309
29
2.2
29
80
20
73
34
1
7
56
1.38
4051446--4051538
23
4.0
22
66
19
55
32
6
5
55
1.48
4051565--4051594
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
4051860--4051891
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
4052100--4052142
18
2.4
18
80
7
52
18
2
9
69
1.26
4052691--4052794
52
2.0
52
98
0
199
53
6
8
30
1.57
4055099--4055158
17
3.5
17
74
21
63
65
0
1
33
1.03
4055643--4055749
17
5.9
19
86
12
163
37
14
10
38
1.80
4055643--4055761
17
6.8
17
79
17
120
37
12
10
38
1.79
4055643--4055761
35
3.4
35
90
5
179
37
12
10
38
1.79
4056518--4057068
83
6.7
83
92
1
883
27
21
19
32
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
4056518--4057068
247
2.2
248
90
0
890
27
21
19
32
1.97
4057307--4057385
34
2.3
34
100
0
158
30
17
20
31
1.96
4057462--4057649
44
4.3
44
73
12
179
25
25
17
31
1.97
4058556--4058614
1
59.0
1
75
0
55
3
8
0
88
0.63
4058558--4058614
12
4.9
11
82
18
71
3
8
0
87
0.64
4064582--4064641
17
3.5
17
74
21
63
65
0
1
33
1.03
4065138--4065191
17
3.1
17
89
5
90
35
14
12
37
1.85
4068355--4068417
27
2.4
27
87
10
87
60
3
3
33
1.28
4073190--4073238
19
2.8
17
76
11
53
14
16
14
55
1.70
4073453--4073488
17
2.1
17
89
0
54
55
0
0
44
0.99
4074199--4074300
53
1.9
53
100
0
204
34
15
11
38
1.84
4074960--4075010
21
2.7
18
85
11
66
19
3
1
74
1.07
4074960--4075017
20
3.0
18
78
19
55
20
3
1
74
1.06
4078642--4078924
143
2.0
143
100
0
566
25
17
22
34
1.96
4083041--4083131
27
3.4
27
76
14
98
63
0
12
24
1.28
4083064--4083180
28
4.5
26
75
14
109
62
0
11
25
1.29
4083096--4083273
94
1.9
91
87
5
259
63
0
11
24
1.28
4083064--4083411
21
14.5
25
71
18
185
63
0
11
25
1.28
4083031--4083414
48
8.0
46
73
19
227
62
0
12
24
1.32
4083164--4083408
22
10.6
20
68
24
87
62
0
11
25
1.29
4083404--4083471
5
12.6
5
82
11
64
58
0
22
19
1.39
4083041--4083392
118
2.9
119
88
6
446
62
0
12
24
1.30
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
4083404--4083472
11
6.3
11
71
18
54
59
0
21
18
1.38
4083404--4083472
16
4.2
16
73
15
61
59
0
21
18
1.38
4083740--4083784
15
2.9
15
90
6
72
62
0
15
22
1.33
4083729--4083783
16
2.9
18
76
20
51
61
0
14
23
1.33
4083830--4083879
15
3.2
16
72
21
52
64
0
10
26
1.25
4083826--4083867
20
2.2
20
86
4
59
71
0
7
21
1.09
4083856--4083931
5
13.6
5
77
15
62
52
0
17
30
1.44
4083858--4083927
12
6.0
12
74
12
56
50
0
18
31
1.48
4083856--4083931
17
4.5
15
75
18
62
52
0
17
30
1.44
4083857--4083932
28
2.6
28
83
8
91
52
0
17
30
1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410