genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.325.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  325  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100871777--100871824	18	2.7	18	83	0	60	27	16	12	43	1.84
100873714--100873779	20	3.3	20	78	0	69	36	22	19	21	1.95
100879977--100880033	28	2.0	28	100	0	114	35	22	10	31	1.88
100884168--100884220	19	2.7	19	82	2	61	13	5	9	71	1.29
100884426--100884468	18	2.6	16	81	7	50	27	0	9	62	1.25
100884742--100884836	40	2.4	40	83	3	111	36	21	20	22	1.95
100895469--100895493	3	8.3	3	100	0	50	32	0	36	32	1.58
100896134--100896160	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
100913793--100913840	24	2.0	25	87	4	71	54	0	0	45	0.99
100914036--100914111	13	5.8	13	80	0	62	36	28	3	30	1.75
100920769--100920861	48	1.9	48	97	0	177	25	18	11	44	1.84
100933575--100933616	20	2.1	20	100	0	84	9	28	19	42	1.82
100933578--100933623	20	2.2	20	92	3	74	13	32	19	34	1.90
100949943--100950002	25	2.4	25	100	0	120	40	6	5	48	1.51
100950157--100950233	20	3.7	20	71	28	63	53	0	2	44	1.14
100958206--100958232	13	2.1	13	100	0	54	29	14	0	55	1.40
100959873--100959992	48	2.5	48	90	1	168	41	2	2	53	1.28
100959926--100959991	6	12.0	6	70	23	56	45	1	0	53	1.09
100962314--100962489	46	3.8	46	78	4	201	22	21	28	28	1.99
100962310--100962481	93	1.8	93	92	0	290	22	21	29	27	1.99
100964035--100964314	76	3.6	75	75	12	244	51	11	4	31	1.59
100964719--100964808	46	2.0	46	97	0	171	14	28	25	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100971760--100971788	13	2.1	14	93	6	51	58	0	20	20	1.39
100984936--100985000	30	2.1	31	94	5	123	46	12	26	15	1.81
100989470--100989624	77	2.0	77	94	0	274	34	10	19	35	1.87
100989783--100989830	20	2.4	20	89	0	69	52	6	0	41	1.27
100989937--100989976	18	2.2	19	86	4	55	47	2	0	50	1.14
100992277--100992314	19	2.0	19	94	0	67	18	23	15	42	1.89
101004387--101004456	33	2.1	34	94	2	124	47	8	5	38	1.58
101009685--101009815	50	2.7	48	84	4	149	19	30	20	29	1.97
101009829--101009996	46	3.6	46	77	9	180	23	27	20	28	1.99
101010326--101010700	185	2.0	185	96	0	687	33	19	8	38	1.81
101012903--101012941	21	1.9	20	84	5	51	35	12	5	46	1.65
101022809--101022860	27	1.9	27	84	0	68	38	11	21	28	1.88
101022808--101022871	27	2.4	26	80	10	67	37	12	23	26	1.90
101023059--101023107	26	1.9	26	87	4	73	18	20	20	40	1.91
101023221--101023319	28	3.4	28	76	15	83	24	22	26	27	2.00
101023249--101023320	33	2.1	34	87	7	103	27	22	25	25	2.00
101024783--101024946	42	3.7	43	81	12	174	28	28	14	28	1.95
101024866--101025036	47	3.6	48	84	6	197	29	26	15	28	1.96
101025065--101025244	31	5.8	31	92	2	272	24	28	20	27	1.99
101025220--101025348	50	2.5	51	90	5	199	24	22	17	34	1.96
101032492--101032695	40	5.2	40	84	3	243	25	21	26	26	1.99
101040585--101040787	40	5.1	40	79	5	198	27	20	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101045085--101045196	42	2.6	43	83	8	131	27	26	19	25	1.99
101045126--101045235	44	2.6	42	81	9	116	29	29	20	20	1.98
101052705--101052834	68	1.9	68	85	3	181	49	4	3	43	1.39
101055389--101055466	38	2.1	38	82	0	93	33	24	23	19	1.97
101056515--101056556	19	2.1	21	91	8	70	40	9	0	50	1.35
101059639--101059684	23	2.0	23	95	0	83	23	8	23	43	1.82
101060998--101061043	20	2.2	21	88	7	67	54	2	0	43	1.12
101061083--101061127	22	2.0	22	83	8	56	48	0	2	48	1.13
101061135--101061159	6	4.2	6	100	0	50	80	0	0	20	0.72
101061573--101061642	14	4.9	14	68	8	52	57	28	0	14	1.38
101061786--101061859	35	2.1	35	100	0	148	55	25	0	18	1.43
101070318--101070356	21	1.9	20	84	5	51	30	2	20	46	1.64
101070507--101070555	16	3.2	16	68	26	52	28	8	8	55	1.58
101070500--101070557	29	2.0	29	100	0	116	31	6	6	55	1.53
101071956--101072083	67	1.9	67	82	4	161	21	25	29	23	1.99
101073930--101074028	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
101076610--101076670	31	2.0	31	96	0	113	32	9	22	34	1.87
101088104--101088137	16	2.2	16	89	5	52	29	8	11	50	1.69
101101357--101101400	13	3.4	13	81	9	54	22	2	2	72	1.07
101101926--101101992	35	1.9	35	87	3	100	23	19	26	29	1.98
101108339--101108383	23	1.9	24	86	4	65	26	51	2	20	1.59
101112047--101112185	29	4.8	29	74	13	135	28	30	17	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101112047--101112215	58	2.9	57	91	2	275	29	29	18	22	1.97
101112054--101112212	29	5.5	29	73	10	112	30	28	18	22	1.98
101112381--101112505	43	2.9	43	90	0	196	34	32	21	11	1.89
101114064--101114203	38	3.6	38	79	1	127	32	26	20	20	1.97
101114194--101114302	39	2.8	38	83	4	137	21	23	21	33	1.97
101124101--101124232	47	2.8	48	79	6	153	25	20	31	21	1.98
101129897--101130006	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
101152176--101152227	27	1.9	27	88	0	77	13	13	1	71	1.24
101155169--101155198	15	2.1	14	93	6	51	43	0	3	53	1.17
101167383--101167433	17	3.0	17	80	5	59	35	9	17	37	1.83
101167413--101167464	23	2.3	23	80	6	61	30	1	17	50	1.57
101169471--101169530	24	2.5	24	88	2	84	16	28	6	48	1.71
101169634--101169831	74	2.6	75	80	1	200	33	19	21	25	1.97
101170008--101170038	16	1.9	16	93	0	53	61	16	0	22	1.34
101171418--101171443	13	2.0	13	100	0	52	23	7	23	46	1.78
101171545--101171579	10	3.5	10	92	0	61	34	14	31	20	1.92
101174070--101174111	18	2.3	19	87	4	59	19	21	0	59	1.38
101176651--101176717	34	2.0	34	96	0	125	26	16	13	43	1.85
101181725--101181772	9	5.3	9	76	0	51	60	10	2	27	1.41
101181725--101181776	18	2.9	18	75	11	61	59	9	3	26	1.46
101185494--101185534	2	20.5	2	94	0	73	51	0	0	48	1.00
101192195--101193755	778	2.0	778	95	0	2838	27	28	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101198852--101198921	27	2.6	27	84	4	88	18	0	27	54	1.44
101198879--101198921	20	2.1	19	83	12	50	18	0	27	53	1.45
101199111--101199191	28	2.9	29	71	15	80	16	0	30	53	1.43
101199111--101199295	14	13.1	14	64	21	66	15	0	31	51	1.48
101199130--101199281	22	6.8	22	74	20	102	17	0	32	50	1.51
101199052--101199303	141	1.8	141	83	3	321	18	1	30	50	1.54
101199111--101199275	13	11.8	14	68	21	89	15	0	31	52	1.48
101199207--101199268	29	2.2	28	85	8	81	16	0	30	53	1.43
101199128--101199288	51	3.2	50	78	11	136	16	0	32	49	1.51
101199165--101199288	43	2.9	43	74	18	116	16	0	33	50	1.51
101199165--101199334	43	3.8	43	72	19	113	17	1	32	49	1.54
101199279--101199328	20	2.5	20	86	0	64	18	2	30	50	1.58
101199299--101199358	27	2.2	27	84	0	75	20	1	31	46	1.60
101199089--101199346	141	1.8	141	82	5	333	17	1	30	50	1.54
101199252--101199356	47	2.2	48	85	6	142	17	2	31	48	1.61
101205838--101206019	94	1.9	95	97	1	348	28	10	18	42	1.83
101212016--101212424	46	8.9	46	89	1	572	40	14	23	21	1.90
101212016--101212419	91	4.4	92	90	2	582	40	14	23	21	1.89
101212155--101212224	21	3.1	21	63	21	52	41	11	22	24	1.87
101212017--101212419	137	2.9	137	89	0	581	40	14	23	21	1.89
101215621--101215664	22	2.0	22	81	0	52	54	4	0	40	1.21
101217804--101217859	29	1.9	29	100	0	112	51	17	12	17	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101220550--101220612	25	2.5	26	92	2	101	23	17	25	33	1.96
101220553--101220613	26	2.4	25	91	2	95	21	18	26	34	1.96
101230046--101230124	31	2.5	31	93	0	140	27	25	17	29	1.98
101230148--101230239	42	2.2	42	94	0	157	34	22	14	28	1.93
101230384--101230558	26	6.8	26	85	0	237	28	23	20	27	1.99
101231310--101231393	27	3.1	27	94	0	141	20	27	21	30	1.98
101231434--101231737	54	5.6	53	74	6	216	30	8	20	40	1.83
101231432--101231764	27	12.3	27	77	7	158	32	9	19	39	1.83
101231715--101231845	27	4.9	27	91	0	199	42	9	19	28	1.82
101231705--101231883	81	2.2	81	76	0	187	37	8	20	32	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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