genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  262  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80953976--80954043	19	3.6	19	73	11	68	19	20	13	47	1.82
80953974--80954046	37	2.0	37	94	0	128	19	19	13	47	1.82
80953967--80954061	37	2.6	37	84	0	118	20	20	11	48	1.80
80956048--80956360	27	11.6	27	85	1	369	38	21	9	30	1.84
80956343--80956404	27	2.3	27	80	0	70	40	25	4	29	1.76
80956399--80956540	27	5.3	27	83	3	169	35	16	21	26	1.95
80956399--80956539	54	2.6	54	86	2	194	35	16	21	26	1.94
80957179--80957257	27	3.0	26	87	5	104	21	24	21	32	1.98
80957375--80957472	6	15.8	6	70	17	67	19	19	13	47	1.81
80957375--80957429	25	2.2	25	86	0	74	20	20	12	47	1.82
80957397--80957466	19	3.7	19	75	11	81	18	20	12	48	1.80
80957400--80957485	37	2.3	37	83	0	109	19	18	10	51	1.75
80959403--80959822	27	15.6	27	84	2	443	40	20	8	30	1.82
80959778--80959877	27	3.7	27	68	10	69	38	27	9	26	1.86
80959861--80959988	26	4.9	25	72	9	87	32	18	21	27	1.97
80959950--80960001	27	1.9	27	92	0	86	34	21	19	25	1.96
80975363--80975475	60	1.9	59	88	5	165	26	28	20	24	1.99
80975363--80975514	60	2.5	59	80	11	159	28	25	19	26	1.99
80975862--80975950	44	2.0	44	97	0	169	29	20	15	34	1.93
80979360--80979428	22	3.3	22	63	29	60	28	11	28	30	1.92
80979390--80979780	47	8.4	47	90	5	580	32	8	29	28	1.87
80979332--80979780	94	4.9	94	87	7	629	33	8	29	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80979543--80979611	22	3.3	22	63	29	60	28	11	28	30	1.92
80979332--80979725	183	2.2	183	98	0	761	33	8	28	29	1.86
80979630--80979705	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
80984004--80984075	37	2.0	34	81	7	81	5	37	1	55	1.32
80991027--80991231	40	5.1	40	85	4	236	25	28	21	24	1.99
80996654--80996691	15	2.5	15	91	0	58	39	13	26	21	1.89
81003014--81003758	371	2.0	370	92	0	1222	28	22	16	31	1.96
81010778--81010895	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
81010746--81010909	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
81015041--81015208	40	4.2	40	78	6	153	26	22	26	25	2.00
81017233--81017334	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
81017213--81017334	58	2.1	58	81	3	138	22	34	16	26	1.95
81024090--81024123	17	2.1	16	88	5	50	29	17	0	52	1.45
81024970--81025071	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
81031975--81032075	29	3.6	29	86	4	134	22	33	16	26	1.96
81031995--81032074	27	2.9	28	92	3	126	23	32	15	28	1.95
81039699--81039800	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
81044161--81044327	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
81050709--81050826	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
81050677--81050840	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
81062522--81062688	43	3.9	42	73	14	126	34	24	17	23	1.96
81071153--81071255	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81078953--81079055	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
81088932--81089034	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
81096732--81096834	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
81100179--81100308	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
81100195--81100346	40	3.8	40	80	5	155	22	26	24	26	2.00
81100195--81100346	80	1.9	80	83	5	200	22	26	24	26	2.00
81103068--81103175	43	2.5	42	75	10	112	24	14	26	34	1.94
81103905--81103947	11	4.1	10	80	11	50	16	2	27	53	1.55
81111740--81111871	68	1.9	68	100	0	264	31	27	15	25	1.96
81112040--81112265	40	5.7	41	86	4	261	25	25	21	28	1.99
81112033--81112265	120	1.9	120	82	10	289	24	25	21	28	1.99
81113965--81114122	43	3.7	41	75	10	122	24	17	25	31	1.97
81114267--81114301	18	1.9	18	88	11	54	40	0	20	40	1.52
81114843--81114885	11	4.1	10	80	11	50	16	2	27	53	1.55
81117479--81117543	33	2.0	33	90	0	103	16	23	30	29	1.96
81120608--81120708	51	2.0	51	92	0	166	36	19	26	16	1.93
81121173--81121207	18	1.9	18	88	11	54	11	22	45	20	1.82
81121420--81121645	27	8.4	27	73	11	169	37	16	12	33	1.87
81121427--81121605	54	3.3	54	82	2	200	36	17	13	32	1.88
81121422--81121658	80	3.0	80	76	4	201	37	17	12	32	1.87
81121427--81121631	54	3.8	53	77	10	193	37	17	12	32	1.87
81121651--81121810	27	5.9	27	88	0	221	35	18	20	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81121946--81122020	27	2.9	25	78	9	62	22	22	21	33	1.97
81122195--81122252	28	2.1	27	83	3	71	24	22	22	31	1.99
81124116--81124438	49	6.7	49	92	1	483	27	29	8	33	1.87
81127876--81127924	24	2.0	24	96	0	89	38	10	4	46	1.57
81128838--81128891	27	2.1	27	86	6	76	16	12	22	48	1.80
81129165--81129273	58	1.9	58	84	1	148	28	29	14	27	1.95
81129174--81129288	29	4.0	28	79	8	124	28	28	14	27	1.95
81131124--81131151	13	2.2	13	100	0	56	25	32	7	35	1.83
81135917--81136051	49	2.7	50	82	4	157	31	26	16	25	1.96
81135929--81136056	50	2.6	49	85	3	159	31	27	15	25	1.96
81139926--81140027	29	3.6	29	80	4	100	28	27	15	28	1.96
81146570--81146673	53	2.2	45	81	15	111	32	11	25	29	1.91
81146669--81146793	25	5.2	25	63	24	81	28	10	32	28	1.90
81146541--81146905	47	7.5	47	92	1	451	31	11	29	26	1.92
81146879--81146969	46	2.0	46	86	0	128	32	8	31	26	1.87
81146536--81146954	141	2.9	140	82	7	405	32	11	29	26	1.91
81147121--81147263	37	3.9	37	91	0	223	25	17	30	26	1.97
81150277--81150362	31	2.8	31	89	1	129	25	25	17	31	1.97
81150567--81150701	25	5.4	25	86	8	127	28	22	21	28	1.99
81150580--81150700	25	4.8	25	90	2	163	28	22	22	26	1.99
81150579--81150700	51	2.4	49	86	5	163	28	22	22	27	1.99
81150747--81150794	20	2.3	21	85	3	62	37	18	8	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81158047--81158145	28	3.5	28	79	6	101	29	27	15	28	1.96
81159833--81160001	46	3.7	46	77	11	193	30	29	18	20	1.97
81162385--81162440	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58
81165363--81165506	46	3.1	45	73	21	120	29	29	19	22	1.98
81169442--81169521	31	2.6	31	91	0	133	23	28	17	30	1.97
81169744--81169834	26	3.6	25	86	2	103	26	21	24	27	1.99
81169751--81169834	24	3.4	25	85	3	107	25	22	22	29	1.99
81169965--81170012	25	1.9	25	86	0	69	31	14	20	33	1.93
81172333--81172433	23	4.4	23	69	12	82	35	17	21	24	1.95
81172327--81172397	22	3.2	22	71	13	65	39	15	21	23	1.91
81174444--81174474	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
81177316--81177379	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
81177586--81177691	24	4.4	24	89	9	153	29	21	17	31	1.97
81177593--81177690	47	2.1	47	90	5	153	30	20	18	30	1.96
81177740--81177795	11	5.5	11	71	16	57	28	19	14	37	1.91
81177740--81177806	20	3.3	20	89	0	98	29	20	13	35	1.91
81177843--81177890	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
81179004--81179037	18	1.9	17	94	5	59	64	8	17	8	1.47
81180214--81180247	18	1.9	17	94	5	59	64	8	17	8	1.47
81180864--81181142	46	6.0	46	88	2	353	40	14	23	21	1.90
81186285--81186432	41	3.5	40	83	8	179	26	16	25	31	1.97
81186285--81186475	81	2.3	81	82	10	192	27	16	24	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81198591--81198798	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
81198592--81198798	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
81204054--81204183	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
81212121--81212328	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
81212122--81212328	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
81220268--81220475	40	5.2	40	83	0	209	25	23	25	25	2.00
81220269--81220475	80	2.6	80	83	4	247	25	23	26	25	2.00
81222708--81222771	32	2.0	32	93	0	110	31	3	21	43	1.68
81226354--81226396	20	2.2	19	87	4	59	79	6	2	11	1.02
81226378--81226426	25	1.9	25	83	4	62	67	8	8	16	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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