genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.148.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  148  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44864799--44864889	27	3.4	27	81	3	94	40	18	17	23	1.91
44868873--44868902	10	3.0	10	90	0	51	36	0	23	40	1.55
44869556--44869585	15	1.9	16	93	6	53	53	6	20	20	1.67
44871635--44871692	28	2.1	28	100	0	116	20	10	17	51	1.74
44872962--44873159	43	4.6	43	96	0	360	30	33	24	10	1.89
44873152--44873275	38	3.2	38	87	2	158	27	27	22	22	1.99
44880060--44880221	24	6.8	24	97	0	299	35	26	17	20	1.94
44880204--44880277	29	2.6	29	97	0	139	28	32	14	24	1.95
44888015--44888153	24	5.8	24	97	0	251	35	27	17	20	1.94
44888136--44888209	29	2.6	29	97	0	139	28	32	14	24	1.95
44899349--44899414	25	2.7	24	74	4	69	39	19	13	27	1.89
44899558--44899724	2	84.5	2	87	5	225	0	51	0	47	1.09
44899810--44899907	49	2.0	49	100	0	196	34	18	10	36	1.85
44902612--44902670	31	1.9	31	89	6	93	38	15	8	37	1.78
44903029--44903085	21	2.8	20	81	5	60	36	1	1	59	1.18
44904663--44904905	59	4.1	60	81	5	273	25	16	13	44	1.84
44904663--44904906	117	2.1	118	83	5	298	25	15	13	44	1.84
44905000--44905213	59	3.6	59	83	0	284	24	17	12	45	1.83
44905000--44905216	118	1.8	118	87	0	326	25	17	12	44	1.84
44904690--44905301	310	2.0	309	94	0	1064	26	15	13	45	1.82
44906871--44906988	28	4.2	29	74	8	109	28	13	28	28	1.94
44906875--44906986	57	2.0	57	80	7	129	28	14	29	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44907247--44907300	27	2.1	26	86	6	74	48	22	14	14	1.81
44908161--44908258	19	5.2	19	91	7	155	38	11	15	34	1.83
44908151--44908236	36	2.4	35	83	14	106	38	11	15	34	1.83
44908180--44908236	17	3.5	15	84	15	53	38	10	15	35	1.82
44908161--44908258	36	2.6	37	88	9	144	38	11	15	34	1.83
44912044--44912120	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
44912053--44912124	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
44912042--44912124	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
44912179--44912299	23	5.1	23	91	8	199	28	20	21	28	1.98
44912179--44912322	23	6.0	24	85	11	190	28	20	22	28	1.99
44912178--44912299	48	2.6	48	94	1	219	29	20	21	28	1.98
44917162--44917230	24	2.9	23	78	6	75	43	4	1	50	1.30
44917307--44917341	14	2.4	15	85	4	54	28	0	0	71	0.86
44917338--44917372	9	3.5	10	88	11	54	20	8	0	71	1.11
44921290--44921323	16	2.1	16	89	10	52	35	0	0	64	0.94
44922490--44922604	55	2.1	56	80	8	128	34	21	24	19	1.96
44922515--44922604	27	3.2	27	78	7	92	32	23	24	20	1.98
44922710--44922773	28	2.3	28	91	5	103	29	7	29	32	1.86
44926510--44926669	52	3.1	52	78	8	180	30	25	16	27	1.96
44930700--44930743	2	21.0	2	84	13	54	45	2	4	47	1.35
44930686--44930750	20	3.6	19	82	16	84	46	4	6	43	1.49
44930852--44931082	21	11.1	21	76	5	184	46	15	19	19	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44930874--44931076	83	2.4	84	85	5	261	46	14	19	19	1.84
44936123--44936188	29	2.3	29	91	0	114	15	24	36	24	1.93
44938153--44938259	45	2.4	45	83	0	151	42	20	16	19	1.89
44938242--44938275	12	2.8	12	90	0	59	47	14	20	17	1.83
44938479--44938562	40	2.1	40	86	4	116	40	20	7	32	1.79
44938479--44938546	21	3.3	21	68	15	61	38	19	8	33	1.82
44942120--44942201	40	2.0	40	97	0	155	31	14	20	32	1.93
44943368--44943411	21	2.1	21	100	0	88	20	18	9	52	1.72
44943731--44943791	25	2.4	25	76	10	61	24	11	19	44	1.84
44947647--44947673	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
44951989--44952096	26	4.2	26	90	4	175	35	4	23	37	1.75
44951989--44952096	50	2.1	52	93	3	184	35	4	23	37	1.75
44953711--44953849	27	5.2	27	85	4	165	17	23	23	35	1.95
44953711--44953849	54	2.6	54	87	3	183	17	23	23	35	1.95
44957800--44957906	26	4.2	26	90	7	175	34	4	23	37	1.76
44957800--44957906	49	2.1	51	93	5	182	34	4	23	37	1.76
44960624--44960772	56	2.7	55	89	2	226	30	8	14	46	1.74
44961553--44961591	9	4.2	9	83	6	51	25	38	0	35	1.56
44961549--44961596	19	2.5	19	89	0	78	22	37	2	37	1.66
44963810--44963942	47	2.8	47	97	0	248	24	13	22	39	1.90
44970225--44970355	29	4.5	29	96	0	244	29	14	29	26	1.95
44970225--44970413	87	2.2	87	82	3	229	26	15	31	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44975993--44976038	23	2.0	24	86	4	67	52	0	0	47	1.00
44980817--44980866	22	2.2	23	92	3	84	46	22	16	16	1.84
44984102--44984296	21	9.3	21	64	11	78	16	18	16	48	1.82
44984080--44984178	42	2.4	42	85	0	126	22	19	12	46	1.82
44984112--44984254	42	3.4	42	80	2	137	16	18	17	46	1.84
44984189--44984303	42	2.8	42	86	1	142	12	20	18	49	1.78
44987303--44987369	21	3.2	21	70	4	64	16	26	20	35	1.94
44990558--44990592	14	2.6	13	86	8	52	0	22	0	77	0.78
44990941--44990978	14	2.4	17	87	12	55	52	0	0	47	1.00
44990940--44991003	23	2.7	24	78	9	69	46	3	0	50	1.17
44991441--44991549	25	4.6	25	69	19	97	51	25	10	12	1.71
44993222--44993298	28	2.7	29	73	15	79	62	1	1	35	1.12
44993224--44993298	30	2.7	26	76	19	80	61	1	1	36	1.13
44993224--44993293	18	3.8	17	71	19	52	64	1	1	32	1.11
45003999--45004032	16	2.1	16	88	0	50	41	0	14	44	1.45
45004007--45004037	16	1.9	16	93	0	53	32	3	19	45	1.66
45004139--45004181	20	2.2	20	91	8	70	46	11	4	37	1.61
45004336--45004370	18	1.9	18	88	0	52	28	20	8	42	1.81
45004397--45004438	20	2.1	20	95	0	75	42	9	7	40	1.65
45007146--45007195	17	2.9	17	91	8	75	16	44	28	12	1.83
45009964--45010002	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
45011702--45012055	110	3.2	108	87	5	491	25	1	14	58	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45011702--45012095	110	3.6	110	87	5	476	25	1	14	58	1.45
45020998--45021038	11	3.7	11	86	0	55	68	7	0	24	1.15
45020998--45021044	11	4.2	11	81	13	51	70	6	0	23	1.10
45022685--45022734	26	2.0	26	84	4	66	64	8	0	28	1.22
45022723--45022759	19	1.9	19	88	0	56	81	8	0	10	0.89
45022962--45023058	11	8.7	11	81	2	95	58	31	5	4	1.39
45022965--45023024	22	2.7	22	100	0	120	60	28	8	3	1.42
45022960--45023058	33	3.0	33	78	1	108	59	31	5	4	1.37
45023212--45023243	9	3.6	9	100	0	64	12	31	12	43	1.80
45023216--45023255	18	2.2	18	86	8	55	15	32	7	45	1.74
45027127--45027177	19	2.7	19	87	0	66	70	0	1	27	0.98
45028615--45028662	14	3.2	16	85	8	57	41	0	6	52	1.27
45028673--45028702	5	6.0	5	100	0	60	40	0	0	60	0.97
45028709--45028738	10	2.9	10	95	5	51	80	0	20	0	0.72
45028710--45028749	17	2.4	16	84	15	55	77	0	22	0	0.77
45028717--45028754	13	3.0	13	82	17	53	73	0	26	0	0.83
45028712--45028754	19	2.4	17	78	21	52	74	0	25	0	0.82
45030996--45031033	20	1.9	20	100	0	76	34	7	21	36	1.82
45031723--45031768	23	2.0	24	82	4	58	30	2	23	43	1.66
45032648--45032704	30	1.9	30	88	0	87	56	14	1	28	1.48
45032688--45032720	12	2.8	12	86	4	50	72	3	0	24	0.98
45040152--45040185	6	5.7	6	89	10	52	14	0	0	85	0.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45048464--45048506	22	2.0	22	85	0	59	55	16	6	20	1.64
45048674--45048808	56	2.4	56	100	0	270	35	3	16	44	1.65
45053260--45053361	43	2.4	43	83	6	134	33	7	15	43	1.76
45055674--45055700	10	2.7	10	100	0	54	25	0	0	74	0.83
45055686--45055781	23	4.1	23	75	4	84	32	1	0	66	0.99
45055675--45055781	8	13.2	8	81	4	83	31	0	0	67	0.97
45057348--45057395	19	2.5	19	83	10	53	58	2	6	33	1.35
45057511--45057537	13	2.1	13	100	0	54	55	7	0	37	1.28
45060379--45060413	18	1.9	18	94	0	61	34	8	22	34	1.85
45063823--45063968	45	3.2	45	95	0	256	22	18	18	40	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410