genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.365.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  365  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112103398--112103448	18	2.5	21	84	12	63	50	1	0	47	1.12
112103718--112103769	2	27.5	2	77	11	56	48	0	3	48	1.20
112103994--112104024	14	2.1	15	94	5	55	74	0	0	25	0.82
112104108--112104142	13	2.8	13	86	4	54	91	0	8	0	0.42
112104102--112104142	19	2.1	20	95	4	75	87	0	9	2	0.62
112108507--112108546	19	2.1	19	90	0	62	65	5	0	30	1.14
112108535--112108564	14	2.2	13	94	5	51	83	6	3	6	0.90
112109165--112109209	22	2.0	22	82	0	54	53	0	8	37	1.32
112111368--112111428	21	2.9	21	79	13	63	34	0	18	47	1.49
112112240--112112339	45	2.2	45	90	0	155	21	19	19	41	1.91
112112228--112112343	45	2.4	51	74	16	136	20	19	18	40	1.92
112112524--112112714	18	10.6	18	78	10	167	34	12	16	37	1.85
112112512--112112794	36	7.6	36	71	12	180	35	12	15	36	1.86
112112512--112112794	72	3.8	71	79	10	237	35	12	15	36	1.86
112112753--112112794	18	2.3	18	87	0	57	38	11	16	33	1.86
112115831--112115975	40	3.6	40	86	4	202	25	25	26	22	2.00
112118094--112118154	6	10.0	6	75	10	52	37	14	14	32	1.87
112118119--112118155	19	1.9	19	89	10	58	40	13	13	32	1.84
112121035--112121126	38	2.4	38	80	5	98	26	30	22	20	1.98
112124119--112124145	14	1.9	14	100	0	54	0	11	0	88	0.50
112129795--112129991	104	1.9	104	82	4	245	21	31	22	24	1.98
112131753--112131798	6	7.7	6	97	0	83	13	50	19	17	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112144176--112144217	10	4.3	10	79	14	52	28	2	0	69	1.01
112146364--112146429	32	2.1	32	97	0	123	53	21	9	16	1.71
112147607--112147656	22	2.3	22	82	0	55	16	38	22	24	1.93
112156672--112156760	18	5.1	18	83	2	101	34	12	20	32	1.90
112156695--112156763	34	2.0	36	88	5	106	34	14	20	30	1.92
112157461--112157605	40	3.6	40	93	0	236	24	16	28	30	1.96
112165551--112165725	79	2.2	79	91	2	280	22	18	28	29	1.98
112165551--112165725	39	4.4	39	91	2	278	22	18	28	29	1.98
112171308--112171549	9	26.6	9	74	10	152	38	0	13	47	1.48
112171344--112171533	44	4.4	43	79	12	192	38	1	12	47	1.49
112171308--112171553	53	4.7	53	76	8	189	38	0	13	47	1.48
112171421--112171548	44	2.9	45	85	3	179	36	0	14	48	1.49
112171308--112171549	18	13.3	18	77	10	179	38	0	13	47	1.48
112171675--112171742	24	2.8	24	86	8	102	45	7	19	27	1.76
112172361--112172398	11	3.5	11	79	13	51	34	0	23	42	1.55
112172318--112172433	43	2.5	45	86	12	155	32	4	24	38	1.75
112172309--112172433	26	5.2	25	84	14	167	33	4	24	38	1.74
112175610--112175640	12	2.6	12	100	0	62	9	25	51	12	1.70
112180489--112180621	26	5.2	26	90	4	218	33	3	24	39	1.70
112180489--112180621	50	2.6	51	95	2	232	33	3	24	39	1.70
112183283--112184235	499	1.9	501	93	3	1641	41	11	12	34	1.79
112184374--112184402	15	1.9	15	100	0	58	48	20	6	24	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112185039--112185068	14	2.2	13	94	5	51	36	13	0	50	1.42
112187223--112187271	15	3.5	15	73	21	61	28	0	53	18	1.45
112187222--112187282	26	2.3	26	100	0	122	27	0	50	21	1.49
112187238--112187285	11	4.0	11	75	19	51	29	0	47	22	1.51
112187563--112187620	28	2.1	28	83	6	73	36	29	1	32	1.68
112187597--112187640	21	2.1	21	91	0	70	34	34	2	29	1.70
112187869--112187912	21	2.0	22	91	4	72	43	38	0	18	1.50
112187975--112188099	41	3.1	40	89	4	180	19	23	20	36	1.95
112188123--112188148	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
112188849--112188881	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
112191482--112191540	2	29.5	2	100	0	118	50	0	0	49	1.00
112192982--112193025	12	3.6	12	87	3	61	50	36	2	11	1.51
112193409--112193444	12	2.9	12	87	4	54	69	2	0	27	1.02
112194151--112194192	22	1.9	22	90	0	66	23	7	4	64	1.38
112206043--112206162	44	2.7	44	78	5	143	36	20	20	21	1.95
112206135--112206624	178	2.8	178	75	6	454	33	23	20	22	1.97
112210929--112210976	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
112221933--112221992	9	6.9	9	74	12	54	56	3	10	30	1.48
112221953--112221999	9	5.9	8	82	9	53	61	2	8	27	1.36
112222308--112222355	22	2.3	21	85	7	62	39	2	4	54	1.32
112224590--112224617	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
112226304--112226437	41	3.3	40	81	5	153	35	23	23	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112226410--112226599	41	4.6	41	90	2	283	23	18	30	27	1.97
112226922--112226971	18	2.7	18	84	3	64	44	2	4	50	1.32
112226906--112226934	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
112231491--112231535	18	2.5	18	96	0	81	31	8	8	51	1.64
112231491--112231551	21	3.2	19	86	11	81	32	9	8	49	1.66
112231603--112232513	371	2.5	370	97	0	1743	36	15	10	37	1.82
112232269--112232312	22	2.1	21	83	8	54	31	0	2	65	1.05
112232601--112232668	24	2.8	24	82	8	93	29	19	5	45	1.73
112232845--112232900	15	3.8	15	80	20	73	44	0	1	53	1.11
112233002--112233254	9	27.6	9	77	7	179	47	13	1	37	1.51
112233054--112233278	114	2.0	114	85	3	310	47	12	1	38	1.51
112238996--112239076	31	2.5	31	82	4	90	16	2	19	61	1.45
112239128--112239399	43	6.3	41	86	7	294	26	29	20	22	1.99
112239145--112239395	86	2.9	85	91	2	385	27	31	20	20	1.97
112239145--112239395	129	1.9	130	90	2	398	27	31	20	20	1.97
112240204--112240271	33	2.1	33	100	0	136	32	8	14	44	1.76
112244756--112244792	19	1.9	19	88	0	56	40	5	2	51	1.39
112244850--112244893	22	2.1	20	87	8	61	31	4	0	63	1.14
112244517--112244981	3	152.7	3	69	12	227	29	7	3	59	1.40
112245184--112245387	3	68.7	3	70	9	89	28	7	3	60	1.41
112245685--112245734	25	2.0	25	100	0	100	32	20	24	24	1.98
112256836--112256872	14	2.6	14	95	0	65	37	10	2	48	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112262566--112262601	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
112267285--112267320	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
112267272--112267312	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
112267435--112267569	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
112267809--112267847	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
112269165--112269217	5	10.0	5	80	11	61	56	1	0	41	1.10
112269164--112269219	12	4.5	12	81	16	69	55	1	0	42	1.10
112273738--112273773	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
112273725--112273765	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
112273888--112274022	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
112274261--112274299	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
112275615--112275667	5	10.0	5	80	11	52	54	3	0	41	1.18
112275614--112275669	12	4.5	12	81	16	69	53	3	0	42	1.18
112284938--112284977	13	3.1	13	88	0	62	15	35	30	20	1.93
112288511--112288538	3	9.3	3	100	0	56	0	0	67	32	0.91
112290560--112290601	7	5.6	7	86	13	57	69	2	0	28	1.01
112291015--112291056	15	2.7	16	81	7	59	0	23	2	73	0.94
112300570--112301626	328	3.2	327	88	1	1509	41	13	12	32	1.82
112302259--112302329	29	2.5	28	79	6	79	28	2	2	66	1.20
112302614--112302657	19	2.4	19	85	7	56	50	2	9	38	1.47
112306890--112306933	19	2.4	19	85	7	56	50	2	9	38	1.47
112308744--112308812	28	2.5	28	92	2	113	43	26	10	20	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112310828--112310872	12	3.7	12	85	8	56	53	11	0	35	1.37
112310828--112310867	6	6.8	6	85	5	55	55	10	0	35	1.34
112311423--112311467	21	2.2	20	88	4	63	55	0	6	37	1.26
112311490--112311554	20	3.4	20	76	20	84	60	10	10	18	1.58
112311508--112311567	17	3.4	17	75	20	68	56	10	13	20	1.65
112311490--112311567	37	2.1	37	100	0	156	57	10	12	19	1.63
112311508--112311569	20	3.2	20	65	21	60	56	9	12	20	1.65
112311567--112311603	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
112311718--112311744	14	1.9	14	100	0	54	62	7	0	29	1.22
112313615--112313767	68	2.3	67	81	8	186	42	14	16	26	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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