genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76410016--76410129	49	2.3	49	82	5	124	28	33	17	21	1.96
76410115--76410142	13	2.2	13	100	0	56	14	32	35	17	1.90
76411488--76411539	24	2.1	25	96	3	97	30	3	15	50	1.62
76411488--76411549	24	2.5	24	86	2	61	32	3	16	48	1.62
76419598--76419727	40	3.2	40	76	4	129	24	24	27	23	2.00
76421606--76421754	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
76421647--76421754	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
76429762--76429869	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
76429721--76429869	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
76439403--76439448	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
76439410--76439454	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
76450363--76450473	40	2.8	39	83	9	127	21	28	25	24	1.99
76450363--76450512	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	1.99
76463191--76463245	19	3.1	17	81	7	65	34	14	10	40	1.81
76467703--76467753	19	2.7	19	87	0	84	27	7	13	50	1.69
76475159--76475290	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
76475159--76475290	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
76477635--76477798	71	2.3	71	98	0	319	18	27	17	35	1.94
76477635--76477832	71	2.8	70	90	3	267	20	27	17	34	1.95
76485475--76485606	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
76485475--76485606	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
76492536--76492649	29	4.0	29	82	6	126	27	28	17	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76492841--76492878	16	2.4	16	78	4	51	10	21	21	47	1.80
76492917--76492996	38	2.1	38	95	0	142	25	28	21	25	1.99
76501690--76501736	6	7.7	6	81	11	51	27	14	17	40	1.89
76503705--76503741	18	2.1	18	100	0	74	27	10	16	45	1.80
76517634--76517679	24	1.9	24	81	0	56	34	21	0	43	1.53
76525023--76525125	37	2.8	37	95	0	179	24	31	20	24	1.98
76525266--76525618	48	7.4	48	96	0	652	30	29	5	34	1.81
76525596--76525638	11	3.7	11	82	11	59	39	20	0	39	1.53
76525593--76525642	24	2.1	24	100	0	100	38	22	0	40	1.54
76525497--76525714	120	1.8	120	93	2	384	32	27	5	35	1.79
76525617--76525710	48	2.0	48	95	0	170	30	25	6	37	1.81
76528054--76528078	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32
76528509--76528550	21	2.0	21	86	9	59	38	0	2	59	1.10
76528519--76528667	73	2.0	75	89	2	230	36	5	5	52	1.47
76529812--76529848	2	18.5	2	88	0	56	48	5	0	45	1.25
76537485--76537613	46	2.8	46	96	0	231	28	29	22	19	1.98
76539996--76540084	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
76539996--76540075	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
76540007--76540084	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
76543034--76543205	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
76543026--76543201	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
76544611--76544664	21	2.6	21	93	0	99	22	33	31	12	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76545694--76545760	21	3.2	21	67	0	62	43	16	23	16	1.87
76550286--76550319	15	2.3	15	90	5	52	70	2	0	26	1.01
76551239--76551272	18	1.9	17	88	5	50	23	5	0	70	1.09
76552218--76552298	39	2.1	39	81	4	92	59	3	4	32	1.36
76557211--76557248	18	2.1	18	90	5	58	47	2	42	7	1.46
76557414--76557497	40	2.1	40	91	4	134	17	20	17	44	1.88
76557495--76557552	22	2.7	21	82	15	73	31	1	1	65	1.13
76557909--76557950	12	2.9	15	76	23	54	50	0	0	50	1.00
76557944--76557978	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
76558124--76558176	14	3.7	14	82	5	61	39	13	5	41	1.68
76558318--76558444	7	17.7	7	74	11	51	42	34	0	22	1.59
76558320--76558430	29	3.9	28	72	4	78	42	35	0	21	1.59
76558329--76558447	22	5.5	22	77	5	91	42	35	0	21	1.59
76558730--76558778	24	2.0	24	96	0	89	40	4	2	53	1.32
76559395--76559481	40	2.1	41	83	8	115	17	20	24	37	1.93
76561931--76562042	43	2.6	42	84	2	161	29	17	24	28	1.97
76565235--76565307	36	2.0	36	97	0	137	41	24	13	20	1.89
76570475--76570586	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
76570475--76570586	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
76575934--76575958	6	4.2	6	100	0	50	16	36	0	48	1.46
76577980--76578185	40	5.2	39	83	3	209	25	25	22	26	2.00
76577995--76578183	39	4.8	39	83	5	193	23	25	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76577980--76578184	79	2.6	79	82	7	236	25	25	22	25	2.00
76581678--76581786	26	4.2	25	80	13	105	38	22	22	15	1.92
76586486--76586652	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
76586486--76586652	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
76587477--76587522	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
76594491--76594658	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
76596335--76596425	42	2.2	42	84	4	112	28	16	25	29	1.97
76615117--76615156	16	2.4	16	83	4	53	45	0	2	52	1.14
76622994--76623132	43	3.3	43	76	12	119	25	16	27	30	1.97
76622994--76623163	85	2.0	83	80	7	191	23	17	27	31	1.97
76626659--76626786	67	1.9	67	98	0	247	28	8	13	50	1.71
76628801--76628903	42	2.4	43	79	12	122	27	15	25	32	1.96
76631398--76631433	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
76631430--76631489	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
76635307--76635358	22	2.4	21	84	6	77	76	5	0	17	0.97
76644144--76644185	17	2.5	17	96	0	75	50	0	19	30	1.48
76644379--76644450	25	2.8	25	83	10	74	70	4	5	19	1.23
76644411--76644462	24	2.1	25	82	3	61	71	7	9	11	1.32
76644585--76644619	18	1.9	18	88	0	52	28	0	25	45	1.54
76645575--76645634	23	2.6	23	94	0	102	23	33	33	10	1.88
76647078--76647217	63	2.2	63	94	0	253	25	32	20	21	1.97
76650090--76650129	16	2.4	16	83	4	53	45	0	2	52	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76650123--76650188	25	2.6	25	83	9	71	71	4	6	18	1.24
76650149--76650200	24	2.1	25	82	3	61	71	7	9	11	1.32
76650343--76650377	18	1.9	18	88	0	52	28	0	25	45	1.54
76651356--76651402	20	2.3	20	100	0	94	17	29	31	21	1.96
76660734--76660785	23	2.3	23	86	3	70	30	13	3	51	1.58
76662790--76662828	20	2.0	20	94	0	69	35	2	17	43	1.63
76665077--76665112	18	2.0	18	88	0	54	30	13	25	30	1.94
76665085--76665130	18	2.4	19	85	7	58	30	15	23	30	1.95
76666029--76666093	30	2.1	31	83	8	80	35	9	10	44	1.71
76666813--76666846	12	2.8	12	100	0	68	26	23	0	50	1.50
76675120--76675180	31	1.9	32	83	9	81	57	1	9	31	1.41
76682508--76682536	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
76684594--76684627	15	2.3	15	100	0	68	52	14	20	11	1.73
76687427--76687522	49	1.9	50	89	2	149	30	15	8	45	1.75
76696308--76696384	38	2.0	38	100	0	154	29	25	10	33	1.89
76696358--76696481	43	2.9	42	81	7	126	29	25	14	30	1.95
76696320--76696481	42	3.9	42	79	7	138	29	25	13	31	1.94
76699974--76700292	48	6.6	48	78	3	221	24	29	19	26	1.98
76699977--76700205	96	2.4	96	82	5	259	24	31	19	25	1.98
76701388--76701420	17	1.9	17	88	11	50	63	3	6	27	1.32
76707550--76707576	13	2.1	13	100	0	54	14	29	33	22	1.94
76711197--76711504	155	2.0	153	89	2	474	17	23	6	51	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76718730--76718902	46	3.7	46	74	10	172	21	19	27	30	1.98
76718727--76718897	93	1.8	93	88	2	263	21	19	28	29	1.98
76719771--76719814	21	2.2	20	83	4	52	50	2	2	45	1.27
76720711--76720792	32	2.6	32	82	3	103	28	3	17	51	1.62
76722188--76722229	19	2.2	20	91	4	68	50	16	9	23	1.75
76725456--76725496	20	2.0	20	85	0	55	46	21	24	7	1.77
76729546--76729575	15	2.0	15	93	0	51	10	6	10	73	1.25
76731169--76731267	25	3.9	25	70	20	64	39	3	3	54	1.31
76731315--76731353	16	2.4	17	86	4	53	51	0	5	43	1.24
76732451--76732518	31	2.3	30	80	7	77	32	7	7	52	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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