genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  239  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74030502--74030580	22	3.6	21	69	6	59	48	26	0	25	1.52
74030580--74030623	21	2.1	21	82	0	52	22	50	4	22	1.67
74030617--74030674	21	2.7	23	76	13	68	34	36	0	29	1.58
74030507--74030798	152	1.9	152	92	0	494	37	35	1	25	1.65
74030780--74030826	14	3.3	14	82	5	58	38	40	0	21	1.53
74030771--74030824	22	2.5	22	90	0	81	38	35	1	24	1.66
74030861--74030898	15	2.5	15	83	12	51	42	36	0	21	1.53
74031546--74031598	26	2.0	26	85	7	72	20	16	18	43	1.88
74033244--74033275	5	6.4	5	92	0	55	43	18	15	21	1.87
74037746--74037807	25	2.4	27	78	10	67	37	1	6	54	1.36
74037794--74037822	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
74044013--74044049	15	2.6	15	87	8	51	8	35	27	29	1.85
74046914--74047077	69	2.3	69	82	2	184	28	17	20	32	1.96
74050166--74050198	16	2.1	16	94	0	57	51	3	0	45	1.16
74050177--74050220	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
74050239--74050282	13	3.3	14	84	9	56	50	0	0	50	1.00
74050313--74050369	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
74051015--74051083	34	2.0	34	94	0	120	26	2	17	53	1.57
74054155--74054220	26	2.6	25	81	11	71	69	1	1	27	1.06
74054171--74054258	10	9.3	10	72	12	62	65	2	3	28	1.20
74054182--74054214	16	2.1	16	94	0	57	69	3	0	27	1.03
74054207--74054258	19	2.7	19	74	14	52	63	1	3	30	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74055481--74055680	86	2.3	88	92	2	332	39	21	7	31	1.81
74055803--74055905	29	3.7	27	72	14	77	66	0	3	29	1.16
74055810--74055860	18	2.6	19	81	12	59	72	1	1	23	1.05
74055818--74055898	10	8.3	10	72	10	60	65	1	4	28	1.21
74055780--74055914	19	7.3	18	69	12	60	61	0	2	34	1.16
74059652--74059898	46	5.3	45	79	9	219	23	30	18	27	1.98
74059678--74059895	94	2.3	92	83	7	262	22	31	19	27	1.98
74060710--74060775	13	5.1	13	83	7	89	36	24	7	31	1.83
74063194--74063352	74	2.2	69	82	9	212	30	13	25	31	1.93
74063212--74063388	74	2.4	73	90	1	266	32	15	23	28	1.95
74065041--74065104	28	2.5	24	72	20	56	39	14	17	29	1.88
74076511--74076571	24	2.5	24	86	0	86	45	9	34	9	1.70
74078795--74078845	25	1.9	25	84	11	66	50	7	15	25	1.71
74091371--74091421	22	2.3	21	77	9	57	45	3	3	47	1.40
74091487--74091536	25	2.0	25	100	0	100	48	8	12	32	1.69
74093229--74093270	21	2.0	21	90	0	66	28	19	28	23	1.98
74093322--74093414	33	2.9	33	81	7	95	56	0	22	20	1.42
74099824--74099999	46	3.8	46	80	12	216	20	21	29	28	1.98
74099821--74099991	93	1.8	93	94	0	306	20	21	29	28	1.98
74103397--74103555	45	3.7	45	78	5	141	23	16	27	32	1.96
74103725--74103760	17	2.1	18	89	5	56	47	0	16	36	1.47
74108150--74108175	12	2.2	12	100	0	52	50	7	7	34	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74112190--74112361	68	2.5	66	92	5	256	33	14	28	23	1.94
74112216--74112361	68	2.1	68	100	0	292	31	14	30	23	1.94
74121388--74121595	40	5.2	39	85	4	240	25	27	22	24	2.00
74121388--74121595	80	2.6	79	84	3	265	25	27	22	24	2.00
74122470--74122511	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
74123463--74123592	40	3.2	40	81	4	172	26	28	22	23	1.99
74125710--74125904	43	4.5	43	88	0	291	11	23	32	32	1.91
74127151--74127365	39	5.5	40	91	4	314	24	26	23	25	2.00
74127184--74127369	39	4.7	40	93	4	315	25	26	23	24	2.00
74127151--74127369	79	2.8	77	89	3	323	24	26	22	26	2.00
74135224--74135412	40	4.7	40	94	2	326	25	27	22	24	2.00
74142207--74142401	43	4.5	43	91	0	309	11	24	31	32	1.91
74146810--74146939	66	1.9	67	84	10	174	33	16	30	20	1.94
74151535--74151601	20	3.3	20	87	0	98	34	11	20	32	1.90
74151651--74151731	24	3.4	24	91	5	128	28	20	22	28	1.99
74151939--74152002	31	2.1	31	90	0	101	37	14	23	25	1.92
74159203--74159258	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
74159192--74159258	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
74159308--74159402	24	4.0	24	87	6	131	27	22	22	28	1.99
74159308--74159402	47	2.0	49	87	8	142	27	22	22	28	1.99
74160433--74160457	13	1.9	13	100	0	50	32	0	20	48	1.50
74163427--74163495	28	2.5	28	83	6	88	27	15	26	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74164637--74164739	29	3.6	29	93	2	163	27	15	31	26	1.96
74171625--74171756	29	4.6	29	92	1	203	27	15	31	25	1.96
74181091--74181147	12	4.8	12	72	8	53	50	15	24	8	1.72
74188847--74188954	44	2.5	44	77	8	103	29	18	22	29	1.97
74188758--74189087	89	3.7	86	70	7	239	27	20	25	26	1.99
74188748--74189144	177	2.2	177	85	1	553	29	19	24	25	1.98
74189795--74189834	13	2.9	14	85	14	57	72	20	0	7	1.08
74191252--74191293	14	2.9	15	78	7	50	35	2	0	61	1.09
74194929--74195160	48	4.8	48	77	9	213	28	18	28	24	1.98
74194930--74195154	50	4.6	50	84	4	230	28	18	28	24	1.98
74199559--74199594	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
74200930--74201129	50	4.1	49	89	6	289	24	30	20	26	1.98
74200879--74201129	97	2.6	98	85	5	312	23	30	19	25	1.98
74201652--74201710	21	2.9	21	82	2	75	20	30	35	13	1.91
74208764--74209093	144	2.3	144	84	3	423	24	30	18	25	1.98
74208764--74209085	48	6.7	48	79	2	342	23	31	19	25	1.98
74216311--74216370	30	2.0	30	83	0	75	31	23	6	38	1.81
74224719--74224753	14	2.5	14	86	13	54	57	14	5	22	1.59
74227433--74227484	25	2.1	25	85	0	68	50	1	0	48	1.12
74228342--74228400	31	1.9	31	89	0	91	55	20	10	13	1.66
74228660--74228711	21	2.5	21	77	0	59	3	46	19	30	1.68
74229130--74229158	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74233089--74233283	49	3.9	49	79	5	221	25	18	26	29	1.98
74233095--74233278	100	1.8	100	92	0	314	24	18	26	30	1.98
74236014--74236052	15	2.5	15	87	4	51	15	10	15	58	1.62
74238789--74239035	49	5.0	50	81	2	282	25	18	27	29	1.98
74238894--74238977	28	3.2	28	64	25	74	25	16	28	29	1.97
74242918--74243055	9	15.3	9	71	13	79	37	1	14	46	1.54
74242955--74243055	18	5.5	18	76	13	107	39	1	13	44	1.56
74242955--74243061	9	11.7	9	75	13	94	40	1	14	43	1.55
74243308--74243455	43	3.3	42	68	18	120	55	6	8	30	1.53
74243239--74243790	91	6.0	90	85	8	681	53	5	7	33	1.50
74243436--74243465	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
74243254--74243789	189	2.9	189	89	5	783	54	5	6	33	1.49
74243753--74244036	99	2.9	99	93	4	461	42	5	7	44	1.55
74244701--74244747	8	6.0	8	80	5	51	34	29	2	34	1.70
74246636--74246981	158	2.2	157	80	7	405	28	22	13	35	1.92
74247868--74247917	21	2.3	21	80	10	57	34	48	2	16	1.57
74248029--74248067	14	2.8	14	84	0	51	46	30	2	20	1.64
74248590--74248677	40	2.2	38	82	9	97	13	17	25	44	1.85
74248603--74248677	39	1.9	40	88	2	116	14	16	25	44	1.85
74248612--74248694	40	2.1	40	84	4	105	19	16	21	42	1.89
74251017--74251063	24	2.0	23	83	4	58	68	0	0	31	0.90
74251810--74251931	58	2.1	58	95	0	217	19	22	10	46	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74257774--74257810	3	12.7	3	88	5	58	67	2	0	29	1.04
74258432--74258480	24	2.0	25	88	4	73	44	44	4	6	1.47
74259584--74260102	3	173.0	3	72	11	262	28	7	2	61	1.37
74259716--74259769	23	2.5	22	82	11	58	24	5	9	61	1.48
74259905--74259945	14	2.9	15	89	7	59	31	4	2	60	1.30
74265099--74265141	15	2.9	15	89	0	68	83	9	0	6	0.80
74265101--74265166	6	10.3	6	79	12	53	83	9	3	4	0.89
74266715--74266839	64	2.0	64	85	0	169	29	16	16	37	1.91
74266898--74267686	86	9.1	86	86	2	954	32	22	23	20	1.98
74267491--74267632	44	3.2	43	70	18	130	35	23	21	19	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410