genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.304.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  304  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94192464--94192504	6	6.8	6	86	10	57	17	0	2	80	0.82
94199805--94199862	17	3.4	17	97	0	107	24	29	15	31	1.95
94200052--94200915	138	6.3	138	92	2	1391	44	5	7	41	1.56
94200052--94200915	275	3.1	275	92	2	1398	44	5	7	41	1.56
94200052--94200915	411	2.1	413	91	2	1407	44	5	7	41	1.56
94204436--94204475	20	2.0	21	85	5	55	60	0	2	37	1.11
94206586--94206630	18	2.5	18	88	0	63	46	11	11	31	1.74
94207059--94207125	34	2.0	34	96	0	125	44	8	8	37	1.67
94207170--94207228	13	4.5	13	77	12	50	35	23	3	37	1.72
94209402--94209440	19	2.1	19	85	9	53	48	0	0	51	1.00
94210973--94211013	20	2.0	20	95	0	73	31	19	12	36	1.89
94214070--94214195	63	2.0	63	98	0	243	35	19	10	34	1.85
94214256--94214311	28	2.0	28	96	3	105	60	0	7	32	1.24
94224462--94224527	34	1.9	34	84	0	87	30	25	18	25	1.98
94227637--94227724	30	2.9	30	89	0	131	30	11	27	30	1.91
94228097--94228230	47	2.8	47	80	8	130	29	15	29	25	1.96
94228199--94228370	47	3.7	47	75	7	179	30	18	27	23	1.97
94232905--94233075	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
94232897--94233077	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
94235454--94235541	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
94235454--94235532	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
94235465--94235541	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94238488--94238659	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
94238480--94238655	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
94244241--94244454	47	4.6	46	72	9	148	28	17	27	27	1.98
94249397--94249509	57	2.0	56	81	5	129	40	17	14	27	1.88
94250705--94250846	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
94250744--94250872	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
94254786--94254951	40	4.2	40	79	3	158	23	27	22	26	1.99
94255962--94255997	17	2.1	17	100	0	72	30	30	11	27	1.91
94261952--94262118	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
94264504--94264630	27	4.7	27	78	1	121	35	17	18	28	1.94
94264623--94264700	27	2.9	27	78	3	77	24	14	15	46	1.83
94270787--94270823	18	2.1	18	100	0	74	54	10	10	24	1.67
94271197--94271274	27	2.9	27	78	0	84	38	15	17	28	1.91
94274581--94274659	40	2.0	40	82	2	97	32	22	18	25	1.97
94274697--94274741	18	2.5	18	88	0	63	51	17	15	15	1.77
94275078--94275205	27	4.8	27	77	4	143	35	19	16	28	1.93
94275212--94275283	27	2.7	27	84	0	90	22	13	19	44	1.86
94281588--94281617	15	1.9	16	93	6	53	43	23	0	33	1.54
94285871--94286019	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
94285912--94286019	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
94293988--94294136	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
94294029--94294136	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94299509--94299535	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
94300655--94300761	42	2.5	43	86	1	144	26	18	24	30	1.98
94307518--94307542	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
94308658--94308772	43	2.7	43	80	9	130	24	19	25	31	1.98
94308658--94308772	42	2.7	42	78	14	121	24	19	25	31	1.98
94311228--94311263	13	2.8	13	95	0	63	22	47	19	11	1.80
94312616--94312668	27	1.9	27	84	3	70	41	13	11	33	1.80
94312625--94312723	27	3.7	27	83	5	103	40	18	11	30	1.85
94312620--94312742	54	2.3	54	78	7	133	39	20	9	30	1.85
94312707--94312770	27	2.4	27	89	0	92	39	28	4	28	1.77
94312727--94312930	81	2.5	81	89	1	311	30	22	7	39	1.81
94312720--94312930	27	7.8	27	86	2	244	29	24	7	38	1.82
94312663--94313048	54	7.1	54	78	2	209	34	22	8	34	1.84
94312727--94312958	81	2.9	81	84	1	295	31	21	7	39	1.82
94312666--94312967	81	3.7	81	78	2	248	32	23	7	36	1.84
94312923--94313051	27	4.8	27	85	3	170	40	21	7	30	1.81
94312909--94313076	54	3.1	54	81	5	142	39	22	7	30	1.82
94313086--94313139	28	1.9	28	88	7	83	40	11	12	35	1.79
94313193--94313283	27	3.4	27	87	3	121	34	18	26	20	1.96
94314434--94314481	25	2.0	24	83	4	60	31	25	18	25	1.98
94314518--94314568	20	2.5	20	96	0	93	35	9	21	33	1.86
94314613--94314826	24	9.0	24	88	5	278	28	23	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94314613--94314805	71	2.7	71	92	2	309	29	23	20	26	1.99
94315018--94315083	31	2.1	31	85	0	87	37	12	24	25	1.90
94326880--94326905	13	2.0	13	100	0	52	7	30	7	53	1.57
94334197--94334563	27	13.5	26	75	10	159	37	21	8	32	1.85
94334406--94334561	81	1.9	81	83	7	201	41	19	10	28	1.84
94334215--94334628	54	7.6	54	72	7	243	37	19	9	33	1.84
94334518--94334625	27	3.9	27	76	9	101	43	16	7	32	1.76
94335356--94335403	25	1.9	25	95	0	87	29	20	20	29	1.98
94335431--94335464	16	2.3	15	90	10	52	38	8	17	35	1.81
94335446--94335481	11	3.5	11	85	14	58	36	13	19	30	1.91
94335445--94335502	20	2.9	20	89	0	89	34	12	22	31	1.91
94335551--94335673	26	4.8	26	91	1	196	26	22	22	27	1.99
94335820--94335909	42	2.1	42	95	0	162	25	12	22	40	1.88
94338231--94338308	41	1.9	41	81	5	95	26	15	14	43	1.85
94338450--94338544	7	13.0	7	81	14	104	26	0	0	73	0.83
94338440--94338544	15	7.1	15	78	4	88	28	0	0	71	0.86
94338450--94338544	22	4.3	22	83	11	115	26	0	0	73	0.83
94338450--94338544	29	3.2	29	76	16	106	26	0	0	73	0.83
94338450--94338557	29	3.7	29	76	14	96	25	0	1	73	0.94
94338460--94338561	7	14.4	7	74	10	73	23	0	1	74	0.92
94338613--94338660	23	2.1	23	100	0	96	31	4	12	52	1.58
94339088--94339138	15	3.5	15	72	5	50	47	27	1	23	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94339262--94339334	37	2.0	37	94	0	128	19	0	30	50	1.48
94339375--94339680	41	7.5	41	90	0	434	20	23	23	32	1.98
94347483--94347680	27	7.3	27	87	2	245	28	22	8	39	1.84
94347483--94347680	81	2.4	81	89	1	290	28	22	8	39	1.84
94347714--94347752	14	2.8	14	100	0	78	61	15	0	23	1.33
94347737--94347890	27	5.7	27	76	9	145	41	20	10	27	1.85
94347737--94347891	54	2.9	53	77	5	170	41	20	10	27	1.85
94347739--94347889	81	1.9	81	83	8	200	41	20	10	27	1.85
94347793--94347949	56	2.9	56	79	5	160	40	19	10	29	1.85
94347902--94347953	27	1.9	27	84	7	70	40	15	11	32	1.83
94347994--94348067	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
94348007--94348071	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
94348779--94348845	20	3.3	20	89	4	100	40	10	17	31	1.84
94348895--94349030	26	5.3	26	77	5	136	28	19	22	29	1.98
94348895--94349017	52	2.4	52	86	8	173	26	21	21	30	1.98
94349159--94349250	42	2.2	42	86	0	121	32	13	19	34	1.90
94349274--94349352	31	2.5	31	93	0	131	27	17	27	26	1.98
94360495--94360542	15	3.2	16	85	14	75	72	0	0	27	0.84
94360496--94360548	25	2.1	25	85	0	70	73	1	0	24	0.93
94360496--94360538	5	8.6	5	82	10	52	74	0	0	25	0.82
94360500--94360548	10	4.9	10	80	7	55	73	2	0	24	0.94
94368702--94368765	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94368789--94368922	42	3.2	42	92	2	207	41	20	11	26	1.86
94369064--94369230	23	7.1	23	91	2	244	28	19	23	28	1.98
94369062--94369231	24	7.2	23	89	3	223	27	20	22	29	1.98
94369058--94369230	48	3.7	47	89	3	249	27	20	23	28	1.99
94369289--94369345	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
94369277--94369347	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
94369282--94369336	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
94369384--94369431	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
94372674--94372737	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
94372761--94372894	42	3.2	42	92	2	207	41	20	11	26	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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