genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82721962--82722132	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
82721957--82722129	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
82726141--82726391	40	6.3	40	91	1	382	27	21	27	23	1.99
82729929--82730101	46	3.7	46	79	7	181	28	20	27	22	1.99
82729926--82730190	140	1.9	140	80	6	313	30	19	26	23	1.98
82733999--82734108	40	2.8	40	84	6	143	27	21	28	22	1.99
82733954--82734123	40	4.3	39	74	12	141	27	21	26	24	1.99
82737933--82738102	92	1.8	92	92	2	288	27	30	21	21	1.98
82737933--82738098	45	3.7	44	79	15	185	27	29	21	21	1.98
82743424--82743598	46	3.8	45	76	7	154	27	29	21	22	1.99
82743431--82743603	93	1.9	93	88	0	265	26	29	21	22	1.99
82743475--82743618	46	3.1	46	73	14	143	29	27	20	22	1.98
82751157--82751286	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
82751173--82751323	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
82751157--82751323	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
82759178--82759307	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
82759194--82759344	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
82759178--82759344	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
82763586--82763754	43	4.0	43	78	6	182	31	24	15	28	1.96
82764227--82764291	29	2.3	29	83	2	78	29	24	3	43	1.69
82772281--82772488	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
82772281--82772487	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82782961--82783065	47	2.2	47	96	0	192	34	7	30	27	1.85
82784955--82785059	38	2.8	38	78	5	113	30	17	23	28	1.97
82785087--82785355	39	6.9	40	90	3	417	20	23	30	26	1.98
82789759--82789863	47	2.2	47	96	0	192	34	7	30	27	1.85
82792859--82792884	13	2.0	13	100	0	52	46	15	15	23	1.83
82808861--82808936	38	2.0	39	97	2	145	18	23	26	31	1.97
82811490--82811660	93	1.8	93	92	0	288	27	29	22	21	1.99
82811482--82811657	46	3.8	46	79	12	207	28	28	21	21	1.98
82812076--82812136	30	2.0	30	87	0	86	29	19	8	42	1.80
82826089--82826207	41	2.8	41	76	13	116	29	28	15	26	1.96
82827612--82827757	48	3.0	48	89	0	229	30	23	7	37	1.83
82830091--82830134	23	1.9	23	85	0	61	45	11	6	36	1.67
82831041--82831156	40	2.9	40	93	1	180	25	29	24	20	1.99
82833091--82833246	48	3.2	48	89	0	231	31	24	7	36	1.84
82834288--82834317	13	2.3	13	94	0	51	80	0	0	20	0.72
82835589--82835632	23	1.9	23	85	0	61	45	11	6	36	1.67
82853030--82853201	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	20	1.98
82853022--82853197	46	3.8	46	79	12	216	29	28	20	21	1.98
82857678--82857809	40	3.3	40	88	3	178	23	20	29	26	1.99
82862053--82862086	17	1.9	18	88	5	52	26	38	23	11	1.89
82867145--82867295	42	3.6	42	85	2	198	21	15	25	37	1.93
82867138--82867293	83	1.9	85	83	9	198	22	14	26	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82869843--82869924	34	2.4	34	85	2	103	28	23	23	25	2.00
82874624--82874682	22	2.7	22	86	5	75	35	22	28	13	1.92
82876947--82876990	23	1.9	23	90	0	70	36	15	6	40	1.74
82886234--82886290	27	2.1	27	100	0	114	24	10	3	61	1.44
82889340--82889508	43	4.0	42	74	9	137	27	13	26	33	1.93
82890569--82890810	96	2.5	98	81	4	276	26	16	28	28	1.97
82909411--82909534	43	2.9	44	85	2	162	24	16	24	35	1.95
82923165--82923347	40	4.6	40	79	8	153	25	24	27	22	2.00
82926862--82926943	27	3.0	27	74	0	92	32	25	20	20	1.97
82929487--82929512	11	2.4	11	100	0	52	57	7	0	34	1.27
82930108--82930231	11	12.1	11	62	20	54	52	2	1	43	1.24
82930113--82930225	31	3.7	30	81	8	129	52	2	1	43	1.25
82935137--82935258	43	2.9	42	81	7	165	27	23	16	31	1.96
82940229--82940280	27	2.0	26	84	3	68	17	28	21	32	1.96
82941362--82941417	20	2.8	20	83	2	69	33	23	16	26	1.95
82945700--82946057	27	13.3	27	79	5	285	39	20	10	29	1.86
82945700--82946055	54	6.6	56	81	6	326	39	20	10	29	1.85
82946185--82946236	27	1.9	27	84	7	70	42	15	11	30	1.82
82946009--82946382	202	1.9	202	97	0	712	34	17	16	31	1.92
82946497--82946619	41	3.0	41	79	9	142	25	22	25	26	2.00
82947746--82947783	2	19.0	2	88	0	58	50	2	2	44	1.30
82948394--82948459	26	2.4	27	87	7	98	22	12	34	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82948409--82948463	26	2.1	26	100	0	110	18	12	40	29	1.87
82948421--82948520	29	3.6	29	81	9	109	24	15	34	27	1.94
82957140--82957269	40	3.2	40	77	4	145	25	25	27	21	1.99
82965238--82965404	40	4.2	40	80	2	167	23	27	23	25	2.00
82967641--82967715	29	2.6	29	78	0	78	24	36	18	21	1.95
82967700--82967797	27	3.5	28	91	5	164	25	30	15	28	1.96
82970662--82970866	39	5.2	40	80	6	186	25	25	21	26	2.00
82970662--82970866	40	5.2	39	80	5	191	25	25	21	26	2.00
82970662--82970830	79	2.1	79	84	4	216	24	26	22	26	2.00
82970678--82970864	79	2.4	81	82	4	213	24	25	22	27	2.00
82978632--82978839	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	26	2.00
82978632--82978837	80	2.6	81	83	3	247	25	26	22	26	2.00
83012349--83012374	12	2.2	12	100	0	52	34	34	0	30	1.58
83015795--83015935	46	3.0	46	78	12	155	29	28	19	22	1.98
83020588--83020661	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
83020529--83020661	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
83026339--83026522	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
83026379--83026567	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
83034433--83034616	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
83034473--83034661	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
83036567--83036732	38	4.3	38	87	1	224	33	25	21	19	1.97
83059541--83059588	20	2.5	19	83	6	53	50	0	45	4	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83063207--83063689	27	17.9	27	84	5	611	27	22	10	39	1.86
83063699--83063894	27	7.3	27	85	0	248	35	19	19	25	1.95
83063699--83063895	54	3.6	54	87	2	279	36	19	19	25	1.95
83064093--83064175	27	3.1	26	86	5	94	20	21	20	37	1.95
83064263--83064321	22	2.7	22	78	0	64	22	23	20	33	1.97
83064446--83064503	27	2.1	27	84	6	73	17	18	27	36	1.94
83064645--83064819	6	28.8	6	76	15	164	19	17	14	48	1.82
83064645--83064808	73	2.2	73	94	2	285	19	17	15	47	1.83
83064712--83064840	30	4.3	30	84	6	154	18	17	14	48	1.81
83067605--83067643	20	2.0	20	94	0	69	23	41	23	12	1.88
83068481--83068645	43	3.8	43	77	7	183	26	19	23	30	1.98
83072750--83072877	37	3.4	37	96	1	229	25	32	18	24	1.97
83072964--83073152	49	3.9	49	96	2	346	30	27	8	33	1.86
83072964--83073154	96	2.0	96	97	0	364	30	27	8	33	1.86
83076844--83077104	40	6.6	40	83	5	253	26	27	21	24	1.99
83081097--83081136	12	3.3	12	96	0	71	27	47	0	25	1.52
83093129--83093347	29	7.6	29	86	3	95	26	31	15	26	1.96
83093188--83093347	58	2.8	58	97	0	284	27	28	14	29	1.95
83093167--83093347	87	2.1	87	90	2	283	26	29	14	28	1.95
83095977--83096128	40	3.8	40	80	5	155	26	23	26	23	2.00
83096015--83096144	40	3.2	40	82	2	163	23	23	27	25	2.00
83103957--83104065	38	2.8	39	84	8	141	22	24	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83103954--83104081	40	3.2	40	81	6	154	22	23	28	25	1.99
83110022--83110170	80	1.9	80	82	2	192	23	30	24	22	1.99
83110063--83110170	40	2.7	39	86	2	135	22	29	25	23	1.99
83113392--83113663	27	10.3	27	77	9	231	38	21	9	30	1.85
83113392--83113607	52	4.1	51	82	9	224	39	20	9	31	1.84
83113392--83113647	104	2.4	104	81	6	284	38	21	8	30	1.84
83113392--83113702	27	11.7	27	73	10	106	37	21	9	31	1.85
83113683--83113930	27	9.3	28	84	6	279	36	18	20	24	1.95
83113684--83113930	107	2.3	108	86	3	358	36	19	20	24	1.95
83113687--83113922	80	3.0	81	86	5	327	35	19	20	24	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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