genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27829260--27829310	23	2.1	25	86	13	72	37	0	3	58	1.16
27831050--27831137	40	2.2	41	81	4	106	29	2	11	56	1.46
27831184--27831284	35	2.9	34	92	1	157	19	7	7	64	1.45
27831194--27831284	34	2.6	35	92	1	148	17	8	7	65	1.43
27834752--27834791	20	2.0	21	90	5	64	37	0	0	62	0.95
27840318--27840380	3	21.0	3	96	0	117	68	0	31	0	0.90
27847543--27847609	3	22.0	3	76	8	64	26	5	2	64	1.31
27853721--27853795	3	25.0	3	100	0	150	33	0	0	66	0.92
27866192--27866407	46	4.7	46	91	0	315	39	15	23	21	1.91
27866142--27866407	138	2.0	130	87	5	379	39	15	23	21	1.92
27871486--27871701	46	4.7	46	91	0	315	39	15	23	21	1.91
27871436--27871701	138	2.0	130	87	5	379	39	15	23	21	1.92
27877180--27877296	45	2.6	44	81	6	137	22	21	20	35	1.96
27877113--27877325	113	1.9	113	88	1	320	23	24	19	32	1.97
27883066--27883166	20	5.1	20	74	9	89	9	27	19	42	1.83
27883065--27883166	40	2.6	39	76	13	109	10	27	19	42	1.84
27885514--27885647	44	3.0	45	83	4	162	35	14	23	26	1.93
27893818--27893974	42	3.7	42	81	1	172	29	14	25	30	1.94
27899164--27899346	40	4.6	40	77	6	167	25	24	26	23	2.00
27899164--27899315	79	1.9	80	84	6	202	25	23	27	23	2.00
27905005--27905139	42	3.2	42	77	2	137	45	17	18	19	1.86
27909236--27909283	23	2.1	23	100	0	96	39	14	16	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27922584--27922628	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
27924874--27924988	37	3.1	37	83	5	160	18	11	28	41	1.85
27930555--27930732	49	3.7	49	82	8	186	24	31	19	24	1.98
27930557--27930732	99	1.8	96	85	6	246	24	31	19	23	1.98
27932580--27932874	47	6.3	47	93	0	473	28	28	9	33	1.88
27932608--27932730	22	5.3	22	63	18	61	27	29	11	31	1.91
27932786--27932859	22	3.2	23	68	19	64	28	29	9	32	1.88
27936519--27936846	40	8.4	40	90	3	501	25	30	21	22	1.99
27936510--27936846	80	4.3	80	95	3	564	25	29	21	22	1.99
27936899--27936973	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
27939391--27939684	47	6.3	47	95	0	491	28	28	9	32	1.88
27939419--27939588	22	7.3	22	62	18	67	27	29	11	31	1.91
27943331--27943664	40	8.4	40	92	0	562	26	29	21	22	1.99
27943750--27943824	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
27946245--27946539	47	6.3	47	94	0	482	28	28	9	33	1.88
27946273--27946395	22	5.3	22	63	18	61	27	29	11	31	1.91
27955995--27956074	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
27962524--27962675	58	2.6	58	76	0	142	23	33	15	27	1.95
27962553--27962684	29	4.6	29	87	0	147	23	31	15	30	1.95
27963328--27963622	143	2.1	141	97	1	554	38	29	10	21	1.87
27964767--27964795	14	2.1	14	100	0	58	48	0	27	24	1.51
27965615--27965676	20	3.0	20	74	4	70	14	25	20	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27965604--27965735	41	3.2	41	82	5	169	22	28	17	31	1.97
27965603--27965667	21	3.1	21	73	4	78	18	26	21	33	1.96
27973275--27973327	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
27974805--27974869	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
27979634--27979664	12	2.6	12	100	0	62	12	51	25	9	1.70
27981250--27981302	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
27982782--27982846	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
27985341--27985384	21	2.0	22	86	4	63	65	4	9	20	1.38
27989613--27989692	15	5.4	15	71	15	60	11	17	12	58	1.62
27994593--27994626	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
27998637--27998811	47	3.7	48	77	11	175	28	19	28	24	1.98
27998637--27998812	94	1.9	94	88	4	266	28	19	28	23	1.98
28006203--28006377	47	3.7	47	79	7	187	28	21	29	21	1.99
28006203--28006377	94	1.9	94	84	4	237	28	21	29	21	1.99
28008621--28008660	20	2.2	18	86	13	55	77	5	17	0	0.94
28015620--28015660	20	2.0	20	90	0	64	53	2	17	26	1.56
28025700--28025761	31	2.0	31	96	0	115	46	16	11	25	1.80
28030172--28030264	47	2.0	47	97	0	177	34	10	23	31	1.89
28033556--28033656	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
28041516--28041616	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
28042816--28042860	23	2.0	23	100	0	90	44	8	17	28	1.79
28044671--28044728	28	2.1	28	90	0	89	43	17	17	22	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28048290--28048325	17	2.1	18	90	10	58	0	13	2	83	0.76
28056204--28056289	30	3.0	29	86	8	113	24	15	31	29	1.95
28062612--28062651	2	20.0	2	94	0	71	47	2	0	50	1.14
28062847--28062983	39	3.5	39	88	0	202	24	22	22	30	1.99
28066729--28066776	16	2.9	17	77	22	57	10	4	4	81	0.97
28072462--28072511	22	2.3	21	93	6	91	48	0	0	52	1.00
28072590--28072635	2	23.5	2	95	4	85	52	0	0	47	1.00
28081341--28081375	16	2.2	16	100	0	70	40	11	11	37	1.77
28082433--28082583	57	2.6	58	75	7	146	29	17	21	31	1.96
28085019--28085178	84	1.9	88	84	5	220	40	9	15	35	1.80
28087657--28087706	25	2.0	25	88	0	73	36	4	22	38	1.73
28088266--28088435	67	2.6	66	94	1	288	28	11	4	55	1.56
28088266--28088455	67	2.9	67	88	3	215	30	11	5	53	1.58
28090499--28090552	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
28093969--28094013	20	2.4	19	82	10	56	55	6	2	35	1.38
28099592--28099646	29	1.9	28	88	3	83	20	18	29	32	1.96
28100458--28100496	19	2.1	19	100	0	78	30	0	30	38	1.58
28101003--28101153	48	3.2	46	78	9	162	30	18	27	23	1.98
28101186--28101318	49	2.7	50	84	4	171	25	18	30	24	1.98
28106783--28106912	49	2.6	49	81	3	154	26	20	30	23	1.98
28113940--28113974	6	5.8	6	89	0	52	20	14	0	65	1.26
28115392--28115477	27	3.2	26	81	6	91	40	13	10	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28115430--28115489	27	2.2	27	90	0	93	36	16	11	35	1.85
28115492--28115552	27	2.3	27	88	0	86	34	29	6	29	1.83
28115502--28115696	27	6.8	27	75	12	111	27	24	8	40	1.83
28115564--28115698	27	5.0	27	86	0	171	28	20	8	42	1.81
28115648--28115896	27	9.1	27	76	9	139	38	19	8	32	1.82
28115675--28115814	54	2.6	54	89	2	174	37	21	9	31	1.85
28115563--28115723	81	2.0	81	80	0	178	29	19	9	41	1.83
28115648--28115826	81	2.2	80	75	6	180	37	20	8	33	1.83
28115690--28115844	81	1.9	81	86	0	220	40	20	9	30	1.83
28115853--28115904	27	1.9	27	88	7	79	40	11	11	36	1.78
28115945--28116022	27	2.9	27	77	11	88	37	21	20	20	1.95
28117181--28117228	25	1.9	25	86	0	69	33	20	16	29	1.95
28117272--28117350	20	4.0	20	98	0	149	35	12	20	31	1.90
28117276--28117351	11	7.5	11	69	16	65	35	13	19	31	1.90
28117401--28117567	24	7.0	23	83	6	192	29	20	20	28	1.98
28117401--28117567	47	3.5	47	83	4	194	29	20	20	28	1.98
28117401--28117566	71	2.3	71	87	3	226	29	21	21	28	1.98
28117760--28117823	31	2.1	31	90	0	101	39	15	23	21	1.92
28121559--28121717	43	3.7	42	74	13	137	25	16	26	31	1.97
28121558--28121698	42	3.3	43	79	7	126	25	17	25	31	1.97
28125304--28125474	46	3.7	46	79	6	157	28	20	29	21	1.98
28130771--28130894	62	2.0	62	100	0	248	35	17	20	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28138546--28138720	46	3.8	45	76	13	185	21	20	28	29	1.98
28138543--28138713	93	1.8	93	91	0	279	21	21	28	28	1.98
28143565--28143736	43	4.0	43	77	8	161	24	22	29	24	1.99
28148485--28148548	33	1.9	33	90	0	101	25	29	21	23	1.99
28148517--28148582	28	2.4	28	79	2	71	28	24	22	24	1.99
28151003--28151256	55	4.8	54	78	11	244	35	17	25	22	1.95
28151013--28151209	108	1.8	109	85	5	283	33	17	25	23	1.96
28159609--28159766	42	3.8	42	89	4	234	34	24	18	22	1.96
28162038--28162257	46	4.7	46	75	9	160	27	18	28	25	1.98
28164904--28165037	54	2.5	54	96	0	241	26	19	24	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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