genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.117.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  117  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35077581--35077799	40	5.4	40	84	8	284	26	26	23	23	2.00
35077586--35077799	82	2.7	79	86	7	272	26	26	22	23	2.00
35084438--35084534	34	2.9	34	84	3	124	25	24	22	26	2.00
35089379--35089609	49	4.7	49	81	6	286	29	26	19	25	1.98
35089428--35089607	100	1.8	100	91	2	299	29	25	19	25	1.98
35097568--35097807	49	4.9	49	77	8	252	28	26	19	25	1.99
35097578--35097807	100	2.3	98	81	5	266	29	26	19	24	1.98
35106600--35106652	27	2.0	26	82	10	63	47	3	1	47	1.31
35106636--35106677	10	4.1	10	82	14	50	33	2	2	61	1.21
35114935--35115079	40	3.7	40	86	6	197	23	22	28	26	1.99
35114935--35115102	80	2.1	79	81	8	191	25	21	27	26	1.99
35114936--35115098	40	4.1	40	84	7	129	24	22	28	25	1.99
35116934--35117081	46	3.2	47	70	17	130	29	27	19	22	1.98
35131732--35131806	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
35139639--35139713	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
35141884--35141914	16	1.9	16	100	0	62	25	38	12	22	1.90
35143431--35143495	32	2.0	32	96	0	121	29	18	20	32	1.96
35154540--35154610	35	2.0	35	88	0	106	39	8	26	25	1.84
35157301--35157487	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
35157324--35157487	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
35157324--35157521	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
35160661--35160731	35	2.0	35	88	0	106	35	12	25	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35160880--35160972	46	2.0	46	100	0	186	25	16	15	43	1.86
35163155--35163364	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
35173196--35173345	40	3.8	40	80	6	153	28	23	26	22	1.99
35173235--35173377	40	3.6	39	82	1	151	25	23	27	23	2.00
35181308--35181491	40	4.6	39	77	6	147	28	23	26	22	1.99
35184751--35184832	38	2.2	38	82	4	94	32	15	18	32	1.92
35185377--35185417	21	1.9	22	85	5	57	65	0	31	2	1.05
35188169--35188219	25	2.0	25	96	0	93	39	13	15	31	1.87
35195142--35195186	21	2.1	21	100	0	90	44	4	20	31	1.71
35197482--35197518	19	1.9	19	88	0	56	51	27	5	16	1.66
35197488--35197526	19	2.1	19	85	0	51	56	25	5	12	1.57
35208239--35208430	95	2.0	95	100	0	384	36	0	15	47	1.46
35208577--35208623	20	2.4	21	79	13	55	53	0	2	44	1.12
35212633--35212672	20	2.0	21	85	9	57	45	5	15	35	1.68
35220645--35221409	47	16.3	47	91	0	1233	35	8	27	28	1.86
35224844--35225018	42	4.2	42	82	7	212	38	27	15	18	1.91
35224848--35225014	84	2.0	84	88	2	246	37	28	15	18	1.91
35225424--35225471	22	2.2	22	85	7	62	4	10	4	81	0.97
35229636--35229682	22	2.1	23	92	4	78	51	2	23	23	1.59
35230721--35230842	29	4.2	29	80	11	135	31	13	27	27	1.94
35232840--35233047	40	5.2	39	84	4	240	26	26	21	25	1.99
35245849--35245990	40	3.5	40	83	0	158	22	28	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35247862--35247979	43	2.8	42	78	5	130	33	14	21	31	1.93
35251050--35251156	41	2.7	40	78	8	112	30	24	17	27	1.97
35254846--35254919	32	2.3	33	81	9	89	20	25	13	40	1.89
35254896--35255055	33	4.8	33	90	0	239	35	21	6	36	1.81
35255064--35255294	29	7.8	29	77	17	194	25	29	15	30	1.96
35255064--35255189	58	2.2	58	94	2	218	24	30	14	30	1.94
35255147--35255291	31	4.7	31	78	9	122	26	28	16	28	1.97
35257651--35257805	42	3.7	42	83	6	197	30	14	24	29	1.95
35257642--35257805	85	1.9	85	82	4	197	31	14	24	30	1.94
35259551--35259680	40	3.2	40	79	2	154	23	28	23	23	2.00
35259567--35259718	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
35259567--35259716	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
35267547--35267676	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
35267563--35267714	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
35267563--35267712	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
35276341--35276398	24	2.4	25	77	16	59	36	1	1	60	1.17
35277120--35277182	30	2.1	30	87	0	90	23	4	12	58	1.53
35278688--35278756	10	6.9	10	83	6	95	66	1	10	21	1.29
35279238--35279293	22	2.6	21	80	11	60	50	0	1	48	1.11
35279245--35279311	18	3.6	18	82	10	64	46	0	2	50	1.16
35279269--35279314	18	2.6	18	89	3	67	45	0	4	50	1.21
35303896--35303987	28	3.2	28	75	11	80	27	28	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35303896--35304006	57	1.9	57	80	3	125	27	30	15	27	1.96
35304233--35304271	8	4.9	8	87	0	60	10	25	23	41	1.86
35308992--35309029	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
35309273--35309406	47	2.9	47	79	10	159	30	26	19	23	1.98
35309284--35309425	46	3.1	45	72	18	123	28	27	19	23	1.99
35309829--35309889	30	2.0	30	87	0	86	34	24	4	36	1.77
35313332--35313409	28	2.8	28	78	5	86	25	35	15	23	1.94
35313332--35313421	28	3.2	27	76	7	81	27	32	13	26	1.94
35313633--35313675	16	2.7	16	85	0	50	6	18	18	55	1.64
35324390--35324517	53	2.4	55	82	5	163	19	25	19	35	1.95
35325820--35325983	71	2.3	71	98	0	319	19	28	17	34	1.95
35325820--35326017	71	2.8	70	91	3	267	20	28	17	33	1.96
35327616--35327722	26	4.2	26	90	1	162	32	5	23	38	1.78
35327616--35327722	52	2.1	52	94	1	189	32	5	23	38	1.78
35333384--35333490	26	4.2	26	91	2	180	32	6	24	36	1.81
35333384--35333490	51	2.1	52	94	1	189	32	6	24	36	1.81
35336272--35336357	45	1.9	45	92	0	145	19	26	19	33	1.96
35336360--35336446	44	2.0	44	84	4	113	24	25	13	36	1.92
35336983--35337043	30	2.0	30	87	6	88	29	22	13	34	1.92
35339653--35339685	17	1.9	17	93	0	57	57	0	6	36	1.23
35339788--35339857	23	3.0	23	73	12	63	65	0	1	32	1.01
35339795--35339841	18	2.6	19	87	12	64	63	0	2	34	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35339771--35339855	39	2.2	38	79	8	91	64	1	1	32	1.08
35341682--35341808	44	2.9	44	83	3	130	29	23	14	31	1.95
35341712--35341808	44	2.2	44	90	0	149	32	22	13	30	1.93
35341507--35342077	265	2.2	267	85	3	762	29	22	16	31	1.96
35342031--35342121	44	2.1	44	93	0	155	29	26	13	30	1.94
35341725--35342468	312	2.4	312	90	0	1155	29	22	16	31	1.96
35353944--35354065	37	3.3	37	97	0	226	21	33	19	25	1.97
35354167--35354283	49	2.4	49	97	0	216	29	32	9	29	1.88
35358584--35358616	17	1.9	17	93	0	57	57	0	6	36	1.23
35358719--35358788	23	3.0	23	73	12	63	65	0	1	32	1.01
35358726--35358772	18	2.6	19	87	12	64	63	0	2	34	1.06
35358702--35358786	39	2.2	38	79	8	91	64	1	1	32	1.08
35374918--35375017	51	2.0	51	84	4	130	29	26	19	26	1.98
35388158--35388319	39	4.2	39	91	0	261	22	19	33	24	1.97
35388158--35388350	39	4.9	39	87	0	251	22	21	32	23	1.98
35390005--35390171	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
35390005--35390171	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
35390996--35391041	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
35398008--35398174	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
35398008--35398174	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
35398999--35399044	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
35400960--35401066	39	2.7	38	83	11	119	21	29	25	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35400960--35401109	40	3.8	39	76	10	126	22	27	24	26	1.99
35410116--35410323	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
35410118--35410323	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
35413454--35413606	39	3.9	39	92	0	243	23	20	32	24	1.98
35413455--35413637	39	4.6	39	89	0	240	23	21	31	23	1.99
35418754--35419019	49	5.5	48	91	2	394	31	9	30	29	1.88
35419114--35419198	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
35420692--35420732	21	2.0	22	85	9	59	41	2	9	46	1.50
35430758--35430965	40	5.2	40	84	4	233	25	22	26	25	2.00
35437871--35437940	27	2.5	28	93	2	115	28	14	28	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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