Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Please cite: G. Benson, "Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences" Nucleic Acid Research(1999) Vol. 27, No. 2, pp. 573-580. Sequence: Chr13 124041150 Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000 Length: 124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  406  of  410  ( 49152 repeats found )
Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
122355140--122355222
27
3.3
27
66
19
79
28
4
46
19
1.70
122355236--122355369
27
5.4
26
65
20
81
25
5
49
20
1.69
122355384--122355462
27
3.1
27
60
20
62
29
5
46
18
1.70
122355992--122356068
21
3.4
21
70
19
73
20
2
57
19
1.53
122356085--122356128
3
14.7
3
80
0
52
9
0
63
27
1.24
122356009--122356226
108
2.0
108
88
0
319
22
3
50
22
1.63
122355662--122356272
150
4.0
156
88
4
785
23
3
49
23
1.66
122356287--122356316
15
2.0
15
93
0
51
23
0
56
20
1.42
122359181--122359220
19
2.1
19
86
9
55
30
5
5
60
1.40
122359357--122359416
2
33.0
2
76
18
60
45
1
0
53
1.10
122359357--122359416
24
2.6
23
87
12
88
45
1
0
53
1.10
122359725--122359786
12
5.2
12
81
11
65
30
1
3
64
1.19
122359754--122359786
4
8.2
4
100
0
66
24
0
0
75
0.80
122360251--122360517
132
2.0
132
86
2
376
26
16
20
35
1.94
122362601--122362685
42
2.0
42
95
4
154
28
14
14
43
1.83
122372685--122372714
15
2.0
15
100
0
60
60
26
0
13
1.34
122379182--122379737
210
2.7
207
80
6
610
40
7
13
38
1.73
122381021--122381159
39
3.6
39
87
0
197
36
23
25
14
1.93
122381023--122381087
21
3.2
21
74
12
82
40
21
26
12
1.88
122392272--122392319
24
2.1
23
85
14
64
62
0
0
37
0.95
122394564--122394727
86
1.9
87
85
6
226
42
17
8
32
1.79
122397137--122397174
19
2.0
19
100
0
76
36
10
31
21
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
122418195--122418254
30
2.0
30
100
0
120
6
40
13
40
1.71
122420820--122420845
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
122421623--122421647
6
4.2
6
100
0
50
32
0
68
0
0.90
122422402--122422452
5
10.2
5
100
0
102
60
0
0
39
0.97
122424814--122424843
15
2.0
15
100
0
60
33
6
0
60
1.23
122426547--122426575
2
14.5
2
100
0
58
51
0
0
48
1.00
122440901--122440938
6
6.3
6
93
0
67
81
2
0
15
0.80
122464208--122464267
31
1.9
32
83
6
79
25
16
18
40
1.91
122468175--122468228
18
3.2
16
75
19
56
33
1
5
59
1.31
122468173--122468218
16
2.9
15
79
17
56
32
2
4
60
1.28
122468173--122468224
17
3.1
17
75
20
56
36
1
5
55
1.35
122470271--122470533
142
1.9
142
86
2
386
50
9
12
26
1.70
122471795--122471846
25
2.1
25
100
0
104
46
26
15
11
1.80
122489200--122489235
2
18.0
2
100
0
72
50
0
0
50
1.00
122489393--122489448
28
2.0
28
92
0
94
41
7
21
30
1.80
122489396--122489468
28
2.8
27
83
8
89
42
5
17
34
1.73
122491386--122491561
31
5.7
31
84
4
225
28
16
27
27
1.97
122491521--122491605
29
2.9
29
91
0
134
32
14
28
24
1.94
122491598--122491786
33
5.8
33
84
3
229
35
8
20
34
1.84
122491598--122491792
66
3.0
66
86
2
259
35
10
20
33
1.86
122491598--122491786
65
2.9
65
87
2
254
35
8
20
34
1.84
122494489--122494534
25
1.9
24
82
8
58
36
4
8
50
1.53
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
122502160--122502331
67
2.6
66
89
3
256
36
2
10
50
1.50
122506672--122506729
30
2.0
29
82
3
71
53
0
3
43
1.17
122511793--122511832
2
20.0
2
89
0
62
45
0
0
55
0.99
122511818--122511867
26
1.9
26
84
8
66
42
2
2
54
1.23
122519133--122519175
16
2.5
17
85
11
61
32
4
4
58
1.39
122531092--122531157
34
1.9
34
96
0
123
28
15
12
43
1.82
122536199--122536243
22
2.0
22
87
8
65
60
0
0
40
0.97
122537137--122537168
14
2.3
14
94
0
55
25
34
18
21
1.96
122537807--122537843
20
1.9
18
89
10
56
43
0
21
35
1.53
122538400--122538575
46
3.8
46
77
12
198
20
18
29
31
1.97
122538397--122538567
93
1.8
93
94
0
306
20
19
29
30
1.97
122548431--122548464
17
1.9
18
88
5
52
47
2
0
50
1.16
122550004--122550036
4
8.2
4
93
0
57
21
24
30
24
1.99
122552635--122552676
18
2.3
18
91
0
66
30
4
4
59
1.39
122559238--122559285
21
2.2
21
82
10
53
56
2
4
37
1.30
122581087--122581119
7
4.7
7
100
0
66
39
0
30
30
1.57
122582611--122582663
22
2.1
27
83
16
71
39
5
0
54
1.24
122583111--122583183
36
2.0
36
94
0
128
28
26
17
27
1.98
122583229--122583302
21
3.4
21
80
10
78
64
2
5
27
1.28
122583525--122583568
20
2.3
19
84
4
52
29
4
2
63
1.26
122584095--122584125
3
10.7
3
93
6
55
64
0
0
35
0.94
122586122--122586147
2
13.0
2
100
0
52
0
50
0
50
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
122592853--122592897
22
2.0
22
95
0
81
28
20
13
37
1.90
122598994--122599104
47
2.4
47
84
6
154
35
23
16
25
1.95
122599869--122599904
8
4.5
8
96
0
63
0
33
0
66
0.92
122606267--122606512
111
2.2
110
87
5
345
39
20
16
23
1.91
122610378--122610458
29
2.7
28
84
7
90
43
13
12
30
1.81
122610357--122610489
31
4.4
30
80
5
117
43
15
12
28
1.83
122631475--122631540
34
1.9
34
84
6
89
53
16
7
22
1.68
122638964--122639043
30
2.7
30
78
3
81
35
10
20
35
1.86
122641846--122641881
18
1.9
18
94
5
63
41
0
0
58
0.98
122641825--122641892
19
3.7
18
81
13
59
38
2
0
58
1.13
122642081--122642133
18
2.9
17
76
20
54
45
1
3
49
1.31
122646648--122646711
22
2.9
22
79
9
60
68
9
12
9
1.39
122646668--122646710
22
2.0
22
86
9
61
72
6
11
9
1.29
122647694--122647743
24
2.0
25
92
7
84
22
8
4
66
1.35
122653259--122653299
21
2.0
20
86
13
57
46
0
2
51
1.14
122653259--122653333
22
3.6
21
71
18
59
45
1
1
52
1.17
122653363--122653419
16
3.6
15
77
17
53
57
1
0
40
1.09
122653349--122653419
32
2.2
33
82
7
83
56
1
0
42
1.08
122654976--122655005
3
10.0
3
100
0
60
66
0
0
33
0.92
122656347--122656371
9
2.8
9
100
0
50
88
0
0
12
0.53
122657087--122657123
2
19.0
2
94
5
67
48
0
0
51
1.00
122657429--122657466
2
19.0
2
94
0
67
47
2
0
50
1.15
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
122660502--122660722
46
4.9
47
71
12
142
28
23
19
28
1.98
122660513--122660895
43
8.7
43
67
17
180
26
24
21
28
1.99
122660536--122660904
132
2.8
132
94
0
648
27
22
21
28
1.99
122672806--122672866
30
2.0
30
83
3
77
55
1
9
32
1.42
122672807--122672874
31
2.2
31
81
5
75
57
1
10
30
1.41
122675447--122675481
2
17.5
2
100
0
70
48
0
0
51
1.00
122675914--122675970
2
28.5
2
100
0
114
49
0
0
50
1.00
122675954--122676872
451
2.0
451
97
0
1741
32
8
16
42
1.79
122676856--122676900
2
22.5
2
100
0
90
48
0
0
51
1.00
122675048--122676900
940
2.0
942
94
2
3284
32
8
16
41
1.79
122677277--122677316
17
2.3
18
87
12
57
37
2
0
60
1.11
122679456--122679491
2
18.5
2
94
5
65
50
0
0
50
1.00
122680417--122680457
6
6.7
6
88
5
64
31
0
0
68
0.90
122683530--122683569
13
3.1
13
85
10
55
35
0
0
65
0.93
122683571--122683616
17
2.6
18
80
16
60
67
6
0
26
1.15
122684945--122685118
46
3.8
46
75
13
185
22
18
28
29
1.98
122684940--122685110
93
1.8
93
89
0
270
22
19
28
29
1.98
122687960--122688094
46
2.9
49
77
12
158
29
28
19
22
1.98
122687973--122688115
46
3.1
45
72
14
123
30
27
19
22
1.98
122689685--122689725
11
3.7
11
80
0
55
56
7
14
21
1.63
122689685--122689731
22
2.2
22
84
3
60
59
6
14
19
1.56
122690556--122690608
19
2.8
19
91
5
81
67
7
1
22
1.25
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
122690603--122690643
11
3.7
11
80
0
55
56
7
14
21
1.63
122690603--122690649
22
2.2
22
84
3
60
59
6
14
19
1.56
122693313--122693364
23
2.3
23
83
6
61
34
9
15
40
1.80
122693467--122693674
110
1.9
111
90
6
332
29
36
0
34
1.58
122693546--122693811
131
2.0
129
81
9
308
28
34
0
37
1.58
122699328--122699359
3
10.7
3
100
0
64
68
31
0
0
0.90
122706891--122706937
26
1.9
26
83
12
64
14
12
4
68
1.36
122708119--122708165
22
2.1
22
81
14
53
44
2
2
51
1.25
122718679--122718724
20
2.2
21
84
7
58
28
2
2
67
1.14
122726850--122726874
7
3.6
7
100
0
50
44
0
0
56
0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410