genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.161.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  161  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49231007--49231058	23	2.3	23	86	3	70	63	5	9	21	1.45
49233055--49233191	55	2.5	55	75	0	157	13	26	32	28	1.93
49243759--49243832	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
49243700--49243832	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
49259737--49259992	40	6.5	40	85	4	261	24	28	23	23	2.00
49259770--49259950	39	4.6	40	91	2	267	25	28	23	23	2.00
49259770--49259950	79	2.3	79	89	1	265	25	28	23	23	2.00
49266801--49266879	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
49267532--49267556	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
49270060--49270231	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
49270053--49270228	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
49273954--49274167	40	5.4	40	81	7	206	25	28	22	22	1.99
49273987--49274131	40	3.7	40	91	0	229	26	28	22	21	1.99
49273954--49274167	80	2.7	80	79	11	253	25	28	22	22	1.99
49283340--49283503	40	4.1	40	82	6	188	25	20	28	26	1.99
49283340--49283517	80	2.2	80	83	4	209	25	20	27	25	1.99
49297270--49297301	16	2.0	16	100	0	64	43	31	12	12	1.80
49297916--49297997	35	2.4	34	85	4	112	13	25	3	57	1.53
49298817--49298855	19	2.0	20	90	5	62	28	15	28	28	1.96
49298832--49298897	29	2.3	29	83	0	78	28	16	25	28	1.97
49300793--49300834	21	2.0	21	86	9	59	23	28	23	23	2.00
49302123--49302173	25	2.0	25	96	0	93	49	17	7	25	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49306051--49306118	32	2.2	31	89	2	100	16	32	32	19	1.93
49307787--49307852	27	2.4	28	84	5	89	33	28	10	27	1.90
49307863--49307938	40	1.9	40	88	0	116	35	28	14	21	1.92
49310878--49310947	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
49315861--49315990	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
49315877--49316028	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
49315877--49316026	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
49323876--49324005	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
49323892--49324043	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
49323892--49324041	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
49329926--49329995	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
49333995--49334088	37	2.6	36	88	5	152	26	29	17	26	1.97
49336733--49336809	28	2.8	28	81	0	82	31	28	9	31	1.88
49336807--49336835	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
49338249--49338350	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
49341359--49341391	6	5.5	6	92	0	57	51	12	0	36	1.39
49343502--49343602	28	3.5	30	83	6	127	30	14	26	27	1.95
49343528--49343606	29	2.8	28	77	12	81	31	15	25	27	1.95
49351483--49351642	29	5.5	30	88	8	213	33	14	25	26	1.94
49351483--49351642	59	2.8	57	88	4	214	33	14	25	26	1.94
49354967--49355010	11	3.8	11	81	18	54	54	4	0	40	1.21
49357368--49357464	42	2.3	43	87	5	153	31	18	14	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49360649--49360759	29	3.9	29	76	3	109	25	30	16	27	1.96
49360656--49360767	58	2.0	56	83	3	143	25	29	15	30	1.95
49360840--49360876	19	2.0	18	89	5	56	18	37	16	27	1.92
49360849--49360885	19	1.9	19	88	0	56	16	37	18	27	1.92
49362069--49362101	16	2.1	16	100	0	66	12	6	33	48	1.65
49370949--49370993	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
49375517--49375559	22	2.0	22	90	0	68	46	16	2	34	1.60
49385034--49385211	76	2.4	73	82	10	202	53	10	7	28	1.62
49385389--49385464	33	2.3	33	86	8	102	27	9	44	18	1.80
49385404--49385476	33	2.2	33	85	4	94	27	9	45	17	1.80
49390467--49390824	104	3.5	102	84	9	437	54	14	1	29	1.48
49391753--49391803	19	2.6	20	81	6	68	41	1	0	56	1.10
49398707--49399329	325	1.9	325	83	3	799	30	21	16	31	1.95
49400253--49400322	22	3.2	22	83	4	88	44	25	20	10	1.82
49400653--49400769	41	2.9	41	92	0	180	26	27	22	23	2.00
49401038--49401462	27	15.7	27	78	3	282	30	9	20	39	1.84
49404257--49404310	22	2.5	22	84	0	72	48	25	14	11	1.77
49404719--49404841	41	3.0	40	86	4	174	26	27	22	22	1.99
49405101--49405307	27	7.7	27	80	9	122	28	9	17	43	1.81
49405206--49405279	26	2.8	26	87	4	94	29	9	17	43	1.81
49405137--49405307	53	3.2	53	77	9	141	27	7	18	46	1.76
49405163--49405305	27	5.3	27	80	7	130	27	7	19	44	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49405304--49405370	27	2.5	27	85	0	80	28	22	16	32	1.95
49407905--49407939	16	2.2	16	90	5	54	71	2	0	25	1.00
49410165--49410333	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
49418170--49418300	40	3.3	40	85	0	172	24	27	21	26	1.99
49418187--49418337	40	3.8	40	85	4	180	23	25	22	28	1.99
49420446--49420502	21	2.7	22	75	8	64	66	0	5	28	1.13
49420426--49420537	57	2.0	56	81	13	131	62	0	8	28	1.29
49425085--49425122	20	1.9	20	88	0	58	36	15	0	47	1.46
49425360--49425559	108	1.8	110	91	4	334	22	26	18	34	1.96
49425313--49425563	55	4.7	54	78	11	245	21	25	17	35	1.95
49430255--49430516	39	6.7	39	89	2	359	19	20	29	29	1.98
49433737--49433775	13	3.1	12	85	7	51	30	2	5	61	1.31
49433737--49433775	19	2.1	19	90	9	62	30	2	5	61	1.31
49433737--49433775	6	6.2	6	82	11	51	30	2	5	61	1.31
49433917--49433973	24	2.4	23	72	18	62	31	5	3	59	1.36
49433923--49433984	12	5.4	12	70	16	51	30	1	3	64	1.19
49433946--49433997	21	2.5	22	78	9	54	28	5	1	63	1.28
49434035--49434069	17	1.9	17	88	11	52	22	8	8	60	1.54
49442186--49442368	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
49447471--49447619	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
49447512--49447619	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
49455586--49455734	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49455627--49455734	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
49460945--49461051	53	2.0	53	100	0	214	40	20	9	29	1.84
49465402--49465546	27	5.4	27	83	3	166	33	17	22	26	1.96
49468130--49468294	46	3.6	48	81	6	164	23	29	18	28	1.98
49469878--49470100	123	1.8	122	84	0	302	30	11	23	34	1.90
49470095--49470224	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
49473988--49474469	27	17.9	27	76	6	269	39	20	8	32	1.82
49474114--49474386	80	3.4	80	85	4	336	42	21	7	29	1.80
49474502--49474593	27	3.4	27	86	8	125	34	20	26	18	1.96
49475389--49475576	26	7.3	26	83	2	231	28	21	22	27	1.99
49475389--49475576	52	3.7	52	91	3	285	28	21	22	27	1.99
49475782--49475858	31	2.5	31	89	0	118	32	18	22	27	1.97
49477290--49477388	38	2.6	38	86	0	126	34	5	11	49	1.60
49478856--49478908	12	4.4	12	73	17	56	52	3	0	43	1.19
49480442--49480477	17	2.1	17	100	0	72	16	11	22	50	1.77
49482801--49482937	51	2.7	51	85	4	152	27	21	8	43	1.80
49482820--49482937	51	2.3	52	86	5	170	28	21	7	42	1.80
49485611--49485753	24	6.0	24	90	4	200	26	23	21	28	1.99
49485611--49485752	47	3.0	48	89	5	198	26	23	21	28	1.99
49485610--49485753	71	2.0	72	87	4	211	26	22	21	29	1.99
49485803--49485863	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
49485906--49485953	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49487095--49487178	27	3.1	27	89	3	125	21	26	21	30	1.98
49487240--49487291	27	1.9	27	84	7	70	38	11	9	40	1.74
49487249--49487496	27	9.1	27	80	6	151	34	8	19	37	1.82
49487217--49487442	54	4.1	54	74	4	202	32	9	19	37	1.85
49487394--49487617	54	4.1	54	78	6	139	41	8	20	29	1.82
49487394--49487623	81	2.8	81	81	5	216	41	8	20	29	1.81
49487420--49487631	27	7.9	27	85	5	241	41	7	22	28	1.80
49487628--49487726	27	3.7	27	81	5	112	30	10	20	39	1.85
49487620--49487726	54	2.0	54	81	7	128	31	9	20	38	1.84
49487637--49487741	27	3.9	27	75	9	72	34	9	18	38	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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