genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  231  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71409286--71409438	27	5.7	27	80	4	166	28	8	21	41	1.82
71409269--71409436	81	2.1	81	80	4	187	30	9	19	39	1.84
71409244--71409451	27	7.7	27	77	5	163	32	9	19	38	1.84
71409430--71409820	27	14.7	27	84	4	474	41	7	21	30	1.80
71409675--71409716	20	2.1	20	86	0	57	45	4	16	33	1.69
71409648--71409743	47	2.0	47	93	0	165	43	5	19	31	1.73
71409703--71409840	54	2.6	54	83	2	143	40	6	22	30	1.79
71412117--71412335	81	2.7	81	84	2	296	25	19	18	36	1.95
71412092--71412335	27	9.0	27	80	3	267	25	20	18	35	1.95
71412340--71412477	27	5.1	27	89	3	197	29	9	21	39	1.85
71412469--71412863	27	14.7	27	87	1	436	41	8	21	29	1.81
71412340--71412500	81	2.0	81	81	4	191	32	9	21	36	1.85
71412470--71412863	54	7.4	54	86	2	481	41	8	20	29	1.81
71424247--71424400	68	2.3	68	80	9	169	25	27	16	29	1.97
71428035--71428104	27	2.5	28	93	2	115	30	14	25	30	1.95
71428059--71428116	27	2.1	27	84	6	73	31	15	22	31	1.95
71432826--71432984	43	3.7	43	82	5	162	30	24	20	25	1.99
71448422--71448520	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
71450538--71450570	12	2.5	14	90	9	52	36	6	39	18	1.75
71454081--71454267	80	2.3	80	81	9	220	24	25	22	26	2.00
71454077--71454268	40	4.8	40	77	2	188	24	26	22	26	2.00
71464404--71464525	47	2.6	47	94	0	208	36	14	22	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71464504--71464700	55	3.6	56	78	9	178	36	17	25	20	1.95
71464570--71464700	53	2.4	55	81	5	142	35	19	25	20	1.96
71470638--71470759	47	2.6	47	93	0	208	35	13	26	25	1.92
71470744--71470934	55	3.5	53	80	7	190	36	17	23	21	1.95
71472688--71472731	7	6.3	7	94	0	79	43	38	0	18	1.50
71472733--71473050	27	11.8	27	87	0	339	33	18	21	26	1.96
71472743--71473050	81	3.8	81	83	0	375	34	17	21	26	1.96
71473186--71473268	27	3.1	25	80	11	76	21	24	20	33	1.97
71473217--71473269	27	2.0	27	92	0	88	24	24	18	32	1.97
71481084--71481125	21	2.0	21	81	9	50	54	0	4	40	1.21
71481260--71481302	22	2.0	21	81	4	50	60	2	2	34	1.22
71482851--71482887	18	2.1	18	100	0	74	67	0	16	16	1.23
71489741--71489810	27	2.5	28	93	2	115	28	12	27	31	1.93
71489765--71489822	27	2.1	27	84	6	73	31	15	22	31	1.95
71501851--71501941	40	2.3	40	84	3	112	28	14	26	30	1.95
71519503--71519590	40	2.2	41	79	6	99	32	14	23	28	1.94
71528304--71528355	19	2.6	21	78	9	63	51	3	1	42	1.31
71530553--71530577	13	1.9	13	100	0	50	8	28	32	32	1.86
71536000--71536113	39	2.9	39	84	0	156	25	21	26	26	2.00
71538409--71538447	20	1.9	20	89	5	60	7	25	15	51	1.70
71541816--71541915	27	3.7	28	80	9	109	39	21	10	30	1.86
71541816--71541922	54	2.0	54	81	7	128	37	21	10	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71541818--71541934	54	2.2	53	79	10	121	37	22	11	29	1.88
71541911--71542121	27	7.8	27	87	2	228	27	23	8	40	1.83
71541911--71542123	81	2.6	81	83	4	252	27	23	8	40	1.83
71541989--71542148	81	2.0	81	82	2	196	29	21	8	40	1.83
71542100--71542293	81	2.4	81	81	6	207	38	21	9	30	1.85
71542100--71542296	27	7.3	27	78	2	171	37	21	9	31	1.86
71542327--71542418	27	3.4	27	90	3	132	33	20	26	19	1.96
71543661--71543737	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
71543670--71543741	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
71543659--71543741	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
71543796--71543985	24	8.0	24	88	3	260	29	22	21	26	1.99
71543796--71543964	47	3.6	47	91	1	275	30	21	20	27	1.98
71543795--71543985	71	2.7	71	86	5	260	29	21	21	26	1.99
71544177--71544240	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
71545903--71545945	19	2.2	20	87	4	61	60	0	9	30	1.28
71550581--71550623	20	2.2	20	83	8	52	4	27	11	55	1.55
71551262--71551389	42	3.0	41	74	9	116	28	27	15	28	1.96
71557187--71557211	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
71559314--71559392	25	3.2	24	80	10	79	31	18	22	26	1.97
71559309--71559399	25	3.7	24	77	12	78	32	18	20	27	1.96
71564246--71564328	29	2.9	29	96	0	148	30	14	30	25	1.95
71564247--71564340	29	3.2	29	92	1	116	31	15	28	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71566050--71566267	40	5.5	40	88	2	307	25	23	26	24	2.00
71573938--71573986	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
71574808--71574974	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
71581944--71581992	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
71582811--71582914	40	2.6	39	81	4	118	28	22	27	21	1.99
71585284--71585500	40	5.5	40	91	3	334	23	23	27	24	2.00
71585280--71585500	79	2.8	80	91	4	351	24	23	27	24	2.00
71591693--71591767	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
71591751--71591824	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
71599566--71599640	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
71599624--71599697	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
71605712--71605781	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
71605712--71605793	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
71607599--71607920	46	6.8	46	70	16	151	23	27	18	29	1.98
71607641--71607894	138	1.8	142	83	10	342	23	27	19	29	1.98
71607596--71607914	94	3.4	94	73	15	282	23	27	19	29	1.98
71607596--71607915	140	2.2	144	79	11	365	23	27	19	29	1.98
71610800--71610837	16	2.3	16	86	13	51	34	5	13	47	1.65
71617645--71617675	15	2.1	15	93	0	53	35	25	32	6	1.82
71621943--71622063	46	2.6	46	85	2	152	22	29	19	28	1.98
71624092--71624190	29	3.4	29	82	0	126	34	11	28	26	1.90
71625718--71625940	49	4.7	47	76	12	179	24	29	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71625820--71625942	47	2.7	46	87	7	171	26	30	18	23	1.98
71634276--71634427	39	3.9	39	90	2	234	23	31	21	23	1.98
71643795--71644010	49	4.6	47	77	12	174	24	29	19	25	1.99
71644434--71644465	16	2.0	16	93	0	55	31	9	12	46	1.73
71645697--71646014	106	3.0	106	99	0	627	34	7	16	41	1.77
71647617--71647713	42	2.3	42	87	7	135	32	13	20	32	1.91
71655626--71655884	46	5.5	47	78	14	211	23	31	17	27	1.97
71655568--71655790	99	2.3	98	82	9	250	25	31	16	26	1.97
71655624--71655890	94	2.9	92	77	12	244	23	31	17	26	1.97
71655626--71655884	140	1.8	140	85	5	362	23	31	17	27	1.97
71658262--71658380	49	2.4	49	85	2	168	29	20	26	23	1.99
71661024--71661054	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
71661621--71661661	14	2.9	14	100	0	82	29	29	26	14	1.95
71661649--71661812	45	3.6	45	83	1	195	24	15	26	33	1.95
71664829--71664949	43	2.9	42	75	7	118	25	17	23	33	1.96
71668993--71669143	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
71669030--71669159	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
71676149--71676393	40	6.2	40	82	6	237	26	22	25	25	2.00
71680528--71680657	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
71680544--71680695	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
71680544--71680693	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
71684735--71684924	27	7.0	27	81	3	213	38	17	15	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71685130--71685176	17	2.8	17	96	0	85	19	29	34	17	1.94
71695254--71695327	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
71695195--71695327	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
71698421--71698633	27	7.9	27	80	5	150	37	19	17	26	1.93
71698423--71698623	54	3.7	54	81	2	199	37	18	17	25	1.93
71698422--71698637	81	2.7	80	83	2	243	36	18	17	27	1.93
71702692--71702843	27	5.6	27	87	1	207	34	16	21	26	1.95
71702692--71702863	27	6.4	27	84	1	157	35	15	21	27	1.93
71702692--71702863	54	3.2	54	85	1	193	35	15	21	27	1.93
71702692--71702864	81	2.1	81	84	5	224	35	15	21	27	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410