genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.106.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  106  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31199796--31199890	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
31204033--31204065	11	3.0	11	83	16	50	27	0	54	18	1.44
31207502--31207557	25	2.3	24	87	9	78	60	3	3	32	1.31
31210728--31210938	47	4.5	47	77	10	225	23	18	26	31	1.98
31214585--31214697	40	2.8	40	85	1	138	26	31	21	20	1.98
31214621--31214707	39	2.2	40	89	4	133	27	31	18	22	1.97
31222432--31222592	39	4.1	39	91	0	259	23	32	20	22	1.98
31226227--31226404	46	3.8	46	73	14	152	22	20	26	29	1.99
31226187--31226350	47	3.5	47	75	11	174	21	20	28	30	1.98
31226188--31226397	93	2.3	92	88	3	305	21	20	28	30	1.98
31232699--31232894	93	2.1	93	84	1	259	23	21	26	28	1.99
31238109--31238316	40	5.2	40	89	1	294	23	21	28	26	1.99
31246064--31246271	40	5.2	40	88	1	285	23	21	28	26	1.99
31253690--31253728	19	2.1	19	95	0	69	74	0	7	17	1.05
31256270--31257485	48	25.2	48	91	1	1856	38	6	23	31	1.81
31257618--31257727	37	3.0	37	90	2	168	26	19	29	25	1.98
31264805--31264874	25	2.8	25	88	0	95	25	21	25	27	1.99
31265683--31265747	27	2.4	27	82	10	80	20	26	20	33	1.96
31265802--31265886	28	3.1	27	74	17	84	36	8	16	38	1.79
31265889--31266046	54	2.9	54	84	4	187	29	10	21	38	1.86
31265865--31266013	81	1.9	80	85	7	212	28	6	22	42	1.79
31265864--31266013	27	5.6	27	84	6	189	28	6	22	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31265864--31266046	81	2.3	80	80	4	208	28	9	21	40	1.84
31265889--31266053	27	6.1	27	80	5	165	29	10	23	37	1.87
31266045--31266136	27	3.4	27	86	5	132	41	6	22	29	1.79
31266045--31266150	54	2.0	54	84	3	142	38	6	21	33	1.80
31272547--31272602	22	2.5	22	79	0	58	33	23	23	19	1.97
31272967--31273019	27	2.0	27	88	7	81	33	7	20	37	1.81
31275518--31275573	26	2.2	26	93	0	94	41	33	0	25	1.56
31279047--31279134	46	1.9	46	88	0	131	36	27	12	23	1.91
31282160--31282270	27	4.1	26	81	7	123	38	22	22	16	1.92
31282160--31282270	54	2.1	54	84	3	143	38	22	22	16	1.92
31283492--31283533	22	1.9	22	85	0	57	66	2	23	7	1.28
31289992--31290101	27	4.1	26	83	8	130	38	24	22	14	1.92
31289992--31290101	54	2.0	54	85	3	150	38	24	22	14	1.92
31291315--31291357	22	2.0	22	85	0	59	67	2	23	6	1.27
31293617--31293769	40	3.8	40	78	6	141	26	28	22	22	1.99
31307076--31307251	46	3.8	46	75	10	187	21	19	28	30	1.97
31307072--31307243	93	1.8	93	91	0	281	21	19	29	29	1.98
31310157--31310219	30	2.1	30	84	0	81	11	17	15	55	1.68
31310166--31310219	15	3.6	15	89	0	81	11	18	12	57	1.64
31310164--31310230	15	4.5	15	83	7	50	10	17	14	56	1.66
31314082--31314251	93	1.8	93	93	2	297	28	28	20	21	1.98
31314075--31314250	46	3.8	46	77	8	196	29	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31318372--31318535	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
31318372--31318569	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
31325947--31326110	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
31325947--31326144	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
31329372--31329533	35	4.6	36	74	7	154	44	16	8	30	1.78
31329396--31329530	70	1.9	70	86	0	189	45	17	7	28	1.75
31331052--31331103	26	2.0	26	100	0	104	23	7	7	61	1.49
31333798--31333927	40	3.3	39	75	8	127	24	27	23	24	2.00
31333814--31333963	80	1.9	80	82	8	189	22	26	23	27	2.00
31339388--31339612	40	5.6	39	86	5	274	26	27	20	24	1.99
31339388--31339612	79	2.8	80	82	9	289	26	27	20	24	1.99
31340757--31340794	19	2.0	19	85	10	51	2	23	0	73	0.95
31347261--31347485	40	5.7	40	84	6	271	26	27	20	25	1.99
31347261--31347485	79	2.8	80	82	7	262	26	27	20	25	1.99
31347261--31347482	119	1.9	120	82	8	283	26	27	20	25	1.99
31353028--31353066	12	3.2	12	96	0	69	28	46	0	25	1.53
31356699--31356921	40	5.7	41	86	6	261	25	25	21	27	2.00
31356727--31356921	79	2.5	79	85	10	274	24	25	22	28	1.99
31356727--31356892	40	4.2	40	93	5	268	24	24	20	30	1.99
31364756--31364981	40	5.7	41	86	4	261	25	26	21	27	1.99
31369303--31369335	17	2.0	17	88	5	50	63	6	0	30	1.18
31370372--31370463	29	3.2	29	82	0	103	29	30	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31371796--31371907	27	4.2	26	82	7	116	37	20	23	18	1.94
31371796--31371907	54	2.1	54	83	3	136	37	20	23	18	1.94
31372013--31372077	28	2.3	28	94	0	112	32	10	23	33	1.89
31378505--31378622	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
31378473--31378636	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
31385618--31385735	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
31385586--31385749	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
31388880--31388966	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
31388880--31388988	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
31388880--31389012	24	5.5	24	90	3	126	27	17	22	32	1.96
31391116--31391146	16	2.0	15	93	6	53	25	3	12	58	1.50
31392116--31392227	27	4.2	26	87	7	152	36	23	24	16	1.94
31392116--31392227	54	2.1	54	89	3	172	36	23	24	16	1.94
31392333--31392393	28	2.2	28	93	0	104	32	11	22	32	1.90
31396767--31397095	48	6.8	48	80	5	335	27	17	27	26	1.98
31396772--31397096	144	2.2	144	85	1	436	27	18	28	26	1.98
31399935--31399989	28	1.9	29	85	3	76	30	1	21	45	1.62
31400448--31400662	29	7.4	29	75	7	141	37	10	27	25	1.88
31400470--31400750	58	4.8	58	72	9	187	38	12	26	22	1.89
31400651--31400793	29	4.9	29	82	5	155	41	16	24	17	1.89
31400447--31400717	87	3.1	86	80	9	316	38	11	26	23	1.89
31400651--31400793	59	2.4	58	81	6	155	41	16	24	17	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31401718--31401744	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
31410781--31410962	39	4.6	39	86	2	231	24	21	30	23	1.99
31418207--31418389	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
31420845--31420965	64	1.9	64	84	3	163	40	14	12	33	1.83
31420845--31420985	64	2.2	64	82	5	160	39	16	11	32	1.84
31426996--31427061	33	2.0	33	90	0	105	16	21	34	27	1.95
31429028--31429070	18	2.4	18	84	11	61	11	6	4	76	1.13
31430512--31430537	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
31441912--31442045	48	2.7	50	80	6	157	26	20	25	28	1.99
31445046--31445110	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
31445042--31445110	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
31447246--31447432	50	3.8	49	83	7	216	25	18	28	27	1.98
31449459--31449832	95	3.9	96	87	2	502	25	16	29	28	1.97
31449459--31449832	48	7.8	48	86	2	504	25	16	29	28	1.97
31454425--31454503	39	2.0	40	87	2	115	25	18	31	24	1.98
31464339--31464427	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
31464339--31464418	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
31464350--31464427	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
31467868--31467924	29	2.0	29	85	0	78	31	22	7	38	1.81
31475102--31475201	34	3.0	34	86	4	132	30	24	21	25	1.99
31476557--31476614	30	2.0	30	96	3	109	25	17	25	31	1.97
31479283--31479397	29	4.0	29	80	2	117	25	12	31	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31480415--31480454	21	1.9	21	85	10	55	22	0	12	65	1.26
31480415--31480454	20	2.0	21	85	5	55	22	0	12	65	1.26
31491242--31491290	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
31492113--31492279	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
31497121--31497169	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
31497991--31498157	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
31505124--31505172	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
31505995--31506161	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
31511438--31511520	43	2.0	42	90	9	136	49	4	10	34	1.59
31517633--31517690	30	2.0	30	89	3	91	27	18	24	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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