genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.124.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  124  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37301773--37302004	80	2.9	79	81	1	239	24	26	21	27	1.99
37309174--37309492	40	8.0	40	91	0	458	23	20	28	28	1.99
37309656--37309706	25	2.0	25	84	0	66	35	13	29	21	1.92
37321529--37321580	26	2.0	26	92	0	86	30	42	15	11	1.82
37325637--37325807	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
37333575--37333745	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
37335221--37335259	20	2.0	20	85	10	53	43	7	12	35	1.72
37335768--37335805	17	2.2	18	85	4	51	44	0	0	55	0.99
37341415--37341544	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
37341415--37341578	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
37348694--37348823	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
37348694--37348857	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
37359589--37359764	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
37359586--37359757	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
37372534--37372594	26	2.3	26	88	0	86	42	18	16	22	1.89
37373684--37373742	30	2.0	29	83	3	73	18	18	0	62	1.33
37377636--37377694	29	2.0	29	100	0	118	30	13	25	30	1.94
37380741--37380879	27	5.1	27	84	7	151	37	22	23	17	1.94
37380745--37380879	54	2.5	55	85	4	168	37	21	22	17	1.94
37381216--37381249	17	2.0	17	100	0	68	35	17	5	41	1.74
37384497--37384541	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
37386566--37386599	13	2.6	14	90	9	54	29	8	0	61	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37386566--37386599	7	5.1	7	89	10	54	29	8	0	61	1.26
37386518--37386599	19	4.4	19	73	13	73	21	9	2	65	1.34
37386654--37386740	44	2.0	44	93	0	147	28	9	13	48	1.73
37388552--37388624	38	1.9	38	91	0	119	30	27	13	28	1.94
37388597--37388722	48	2.6	48	92	1	209	30	23	15	30	1.95
37394187--37394286	42	2.3	43	81	5	114	30	18	22	30	1.97
37396116--37396297	67	2.7	67	81	8	187	31	15	29	23	1.95
37400451--37400483	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
37401550--37401612	28	2.2	28	91	0	99	31	28	9	30	1.89
37401722--37401826	27	3.9	26	80	12	113	18	21	21	38	1.94
37401721--37401832	54	2.1	54	84	3	145	16	22	22	38	1.93
37402897--37402930	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
37405301--37405519	40	5.4	40	86	0	258	25	26	21	26	1.99
37413403--37413621	40	5.4	40	83	2	242	25	26	21	26	2.00
37419728--37419760	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
37420807--37420869	28	2.2	28	91	0	99	31	28	9	30	1.89
37420978--37421089	27	4.2	26	83	7	134	16	23	23	37	1.93
37420978--37421089	54	2.1	54	88	3	163	16	23	23	37	1.93
37430787--37430828	22	1.9	22	85	9	59	28	14	23	33	1.94
37432600--37432728	40	3.2	40	83	6	154	24	22	27	25	2.00
37440015--37440084	32	2.2	32	92	0	113	44	22	10	22	1.83
37441708--37441809	23	4.5	22	75	12	89	32	19	22	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37441705--37441830	22	5.5	22	75	14	96	33	19	21	25	1.97
37441704--37441830	46	2.8	46	83	9	145	33	19	21	25	1.97
37450895--37450959	20	3.3	20	85	8	98	35	12	20	32	1.89
37450902--37450963	18	3.3	18	82	8	88	35	11	19	33	1.87
37451012--37451140	24	5.2	25	85	10	167	31	17	23	27	1.97
37451324--37451386	31	2.0	31	90	0	99	34	15	25	23	1.95
37455139--37455213	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
37455197--37455270	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
37456414--37456445	16	2.1	16	88	11	50	9	12	0	78	0.97
37461593--37461628	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
37462927--37463056	59	2.2	58	97	1	242	36	14	23	24	1.93
37462927--37463056	29	4.4	29	97	1	242	36	14	23	24	1.93
37468977--37469059	29	2.9	29	96	0	148	26	30	14	28	1.95
37468928--37469059	58	2.3	58	79	0	147	25	32	15	26	1.96
37471999--37472052	19	2.9	19	72	22	51	18	12	1	66	1.33
37479480--37479517	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
37481145--37481213	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
37486099--37486172	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
37486156--37486231	29	2.6	29	77	4	82	22	21	35	21	1.96
37493967--37494040	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
37494024--37494099	29	2.6	29	77	4	82	22	21	35	21	1.96
37496847--37496970	38	3.2	38	86	2	149	27	27	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37502334--37502455	38	3.2	38	85	2	147	27	27	22	22	1.99
37503836--37503876	21	2.0	21	85	0	55	46	4	2	46	1.37
37511597--37511644	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
37511688--37511746	20	3.0	20	97	0	109	35	11	20	32	1.89
37511692--37511746	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
37511796--37511963	24	7.0	24	93	2	266	27	22	21	28	1.99
37519760--37519818	20	3.0	20	97	0	109	35	11	20	32	1.89
37519764--37519818	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
37519867--37520093	48	4.7	48	94	0	364	29	22	19	28	1.98
37519868--37520107	24	10.0	24	85	1	320	28	22	19	28	1.98
37522069--37522324	40	6.4	40	92	2	374	22	22	28	26	1.99
37533762--37534002	125	1.9	125	93	0	410	26	26	20	26	1.99
37533802--37534056	125	2.0	125	83	4	318	25	26	21	26	2.00
37541102--37541224	42	2.9	43	81	4	135	29	14	24	31	1.95
37544145--37544310	40	4.2	40	83	4	187	24	27	22	25	2.00
37547837--37547972	65	2.1	64	82	9	161	28	5	16	49	1.69
37553083--37553228	40	3.7	40	86	2	197	25	26	21	26	2.00
37554916--37555066	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
37554953--37555082	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
37554915--37555082	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
37562908--37563053	40	3.8	39	78	4	138	27	23	26	21	1.99
37562908--37563072	78	2.1	78	82	7	201	26	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37567140--37567177	17	2.2	18	85	4	51	55	0	0	44	0.99
37568117--37568183	33	2.0	33	94	0	116	43	7	14	34	1.74
37570541--37570569	15	1.9	15	100	0	58	27	27	13	31	1.94
37572843--37572887	24	2.0	22	82	8	54	53	2	2	42	1.25
37572902--37573018	37	3.2	36	75	17	107	54	4	1	39	1.30
37576368--37576569	40	5.1	39	83	5	219	27	26	21	24	1.99
37576656--37576848	64	3.1	64	60	15	150	34	26	10	28	1.90
37576538--37576876	123	2.8	123	96	0	606	33	25	10	30	1.90
37583966--37584209	40	6.1	40	87	2	303	27	26	21	24	1.99
37584296--37584488	64	3.1	64	60	15	150	34	26	10	28	1.90
37584178--37584516	123	2.8	123	96	0	606	33	25	10	30	1.90
37594450--37594563	45	2.6	45	84	5	135	24	25	24	25	2.00
37594879--37595076	43	4.6	43	93	2	344	30	33	25	10	1.90
37595069--37595152	38	2.2	38	82	0	105	32	27	19	21	1.97
37600589--37600627	5	7.8	5	100	0	78	20	0	0	79	0.73
37606821--37606858	19	2.0	19	100	0	58	36	10	15	36	1.82
37622585--37622653	25	2.8	26	78	8	72	23	24	20	31	1.98
37627270--37627486	40	5.5	39	85	4	242	23	23	27	24	2.00
37627270--37627486	79	2.7	78	84	6	251	23	23	27	24	2.00
37632961--37633091	65	2.0	65	96	0	244	41	17	16	24	1.90
37633094--37633150	26	2.2	26	81	9	62	28	19	17	35	1.94
37634376--37634458	31	2.7	30	88	7	87	63	1	30	4	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37634397--37634451	10	5.3	10	81	14	67	60	0	32	7	1.24
37634388--37634458	31	2.5	28	85	14	108	61	0	32	5	1.19
37634425--37634513	42	2.1	42	93	0	151	58	8	25	6	1.53
37635101--37635144	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
37637896--37638009	58	2.0	58	96	0	210	32	26	14	27	1.94
37637961--37638175	45	4.9	44	91	1	299	26	28	20	24	1.99
37637992--37638175	89	2.1	88	90	4	291	25	29	20	24	1.99
37642857--37643042	55	3.4	54	81	7	207	23	24	17	34	1.96
37644288--37644595	47	6.6	44	78	8	231	21	30	20	28	1.98
37644279--37644595	94	3.4	92	77	10	295	21	30	20	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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