genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78126128--78126167	21	1.9	21	89	0	62	47	17	5	30	1.69
78141491--78141650	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
78141491--78141650	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
78148704--78148863	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
78148704--78148863	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
78163814--78163988	51	3.4	51	79	4	149	26	17	27	28	1.98
78179384--78179565	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
78179384--78179565	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
78187416--78187596	77	2.3	79	82	9	210	23	24	28	23	2.00
78187469--78187606	40	3.5	40	77	14	128	23	25	28	21	1.99
78187468--78187631	79	2.1	77	78	8	172	25	23	27	23	2.00
78193688--78193748	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
78198116--78198176	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
78200935--78201103	46	3.7	46	75	14	186	30	29	17	23	1.97
78200943--78201113	92	1.8	93	91	1	281	28	29	18	23	1.97
78203477--78203509	15	2.3	15	89	5	50	63	6	15	15	1.49
78210297--78210480	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
78210337--78210525	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
78215849--78216133	119	2.4	119	90	1	437	35	17	17	29	1.93
78216058--78216408	83	4.2	83	96	0	630	32	19	20	27	1.97
78218309--78218345	17	2.1	18	90	5	58	32	8	0	59	1.27
78218445--78218493	19	2.5	20	81	15	59	24	0	6	69	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78225081--78225244	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
78225081--78225278	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
78232657--78232820	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
78232657--78232854	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
78238822--78238890	28	2.5	28	88	9	97	27	14	26	31	1.95
78247636--78248325	344	2.0	344	90	1	1098	32	14	22	30	1.94
78268386--78268422	14	2.7	14	91	4	58	51	10	8	29	1.65
78269931--78270025	37	2.5	38	84	6	122	36	40	10	12	1.78
78270776--78270825	20	2.6	18	79	17	55	54	2	0	44	1.11
78270791--78270826	18	1.9	18	88	5	54	55	0	0	44	0.99
78273901--78274351	53	8.5	52	80	6	442	39	19	10	30	1.85
78273901--78274398	80	6.2	81	75	9	272	38	19	10	31	1.85
78273901--78274398	27	18.6	27	78	7	462	38	19	10	31	1.85
78274390--78274738	107	3.3	107	88	2	495	36	18	20	24	1.94
78274390--78274734	27	12.9	27	85	1	471	37	17	20	24	1.94
78274718--78274781	27	2.4	27	76	10	76	18	18	25	37	1.94
78277102--78277191	27	3.3	27	89	3	119	40	16	10	33	1.82
78277102--78277208	54	2.0	54	83	7	137	38	19	10	31	1.85
78277197--78277515	27	11.8	27	85	0	314	28	21	8	41	1.82
78277097--78277217	54	2.2	54	78	7	129	38	19	9	32	1.84
78277197--78277515	54	5.9	54	89	1	435	28	21	8	41	1.82
78277197--78277515	81	3.9	80	87	3	390	28	21	8	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78277494--78277579	27	3.2	27	86	6	86	41	24	5	27	1.78
78277508--78277634	54	2.4	53	79	11	141	43	19	9	27	1.82
78277508--78277606	27	3.7	27	87	5	121	45	20	7	27	1.76
78277533--78277652	27	4.4	27	83	4	109	40	18	13	27	1.88
78278270--78278338	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
78279790--78279854	22	3.0	22	80	8	78	21	24	23	30	1.99
78280184--78280265	6	13.3	6	70	19	53	17	17	14	51	1.77
78280187--78280238	19	2.7	19	87	0	77	13	21	17	48	1.81
78281681--78281822	42	3.4	42	87	0	131	29	28	14	28	1.95
78281598--78281763	90	1.8	90	81	2	208	25	24	19	30	1.98
78281717--78281837	42	2.9	42	91	0	179	31	24	11	32	1.91
78283190--78283295	37	2.9	37	91	0	167	26	30	17	25	1.98
78283447--78283631	102	1.8	100	88	6	284	30	24	7	37	1.83
78283447--78283631	52	3.7	50	90	7	270	30	24	7	37	1.83
78283554--78283795	47	5.1	47	85	5	258	27	28	9	34	1.89
78283646--78283721	23	3.2	25	67	24	72	23	34	11	30	1.91
78283659--78283731	23	3.1	23	66	24	62	26	30	10	32	1.90
78283555--78283795	94	2.5	93	85	5	290	27	28	9	34	1.89
78289839--78289956	47	2.5	47	92	0	200	36	13	23	26	1.92
78289929--78290238	107	2.9	109	85	3	387	36	15	23	24	1.94
78289943--78290238	53	5.5	53	82	6	230	35	16	23	23	1.95
78289929--78290249	54	6.0	54	83	4	371	36	15	23	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78294824--78294891	32	2.1	33	94	2	120	41	4	19	35	1.71
78296357--78296383	12	2.2	12	100	0	54	25	0	7	66	1.17
78296533--78296706	45	3.8	45	78	11	201	34	20	24	20	1.97
78296531--78296735	47	4.4	46	75	10	179	33	20	23	22	1.97
78296531--78296735	92	2.2	93	91	4	326	33	20	23	22	1.97
78296767--78296975	47	4.4	47	90	0	319	33	13	25	27	1.94
78296948--78297269	54	6.0	54	87	1	403	36	15	24	24	1.94
78299855--78299969	29	4.0	28	79	8	99	29	29	13	26	1.95
78299846--78299932	29	3.0	28	80	8	95	29	33	12	24	1.92
78299855--78299943	29	3.1	29	83	1	108	31	29	13	25	1.94
78299855--78299956	29	3.6	29	83	1	107	29	30	14	25	1.95
78300180--78300222	16	2.7	16	88	0	59	6	18	20	53	1.67
78301485--78301516	16	2.0	16	93	0	55	15	6	28	50	1.68
78304430--78304533	29	3.7	29	82	7	115	27	26	15	29	1.96
78310535--78310595	30	2.0	31	83	3	79	36	8	19	36	1.82
78311341--78311462	47	2.6	47	88	5	192	35	13	24	26	1.93
78311441--78311608	54	3.1	53	79	9	189	36	14	24	24	1.93
78314257--78314419	70	2.3	71	95	2	301	19	28	17	34	1.95
78321559--78321740	39	4.6	39	91	0	256	22	31	22	23	1.99
78321589--78321740	39	3.9	39	95	0	259	23	31	21	23	1.98
78324008--78324035	13	2.2	13	100	0	56	42	7	14	35	1.73
78329055--78329206	39	3.9	39	93	0	250	22	31	22	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78331331--78331403	36	2.0	36	97	0	137	23	21	6	47	1.74
78333444--78333600	43	3.7	43	73	9	124	26	25	20	27	1.99
78333444--78333600	86	1.8	85	82	4	199	26	25	20	27	1.99
78338645--78338794	40	3.8	40	77	12	132	26	24	26	22	2.00
78338684--78338810	40	3.2	40	77	4	132	24	24	28	22	2.00
78346663--78346813	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
78346700--78346829	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
78358883--78358913	12	2.6	12	89	0	53	25	38	25	9	1.86
78363583--78363615	18	1.9	17	88	11	50	24	33	6	36	1.80
78363610--78363659	18	2.7	20	79	20	63	14	32	8	46	1.73
78366958--78367278	48	6.7	48	75	7	276	23	28	19	27	1.99
78366962--78367286	144	2.3	143	84	3	393	24	28	19	27	1.99
78369551--78369636	30	2.9	30	82	0	109	25	37	17	19	1.94
78370238--78370283	24	1.9	24	81	0	56	41	4	36	17	1.69
78372901--78373035	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
78372847--78373036	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
78380862--78380996	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
78380808--78380997	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
78382872--78383039	27	6.3	27	83	4	205	36	17	20	25	1.94
78382872--78383039	80	2.1	81	88	3	250	36	17	20	25	1.94
78383389--78383464	33	2.3	33	86	2	98	26	23	25	25	2.00
78391465--78391576	42	2.6	42	73	14	113	23	18	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78396716--78396900	40	4.6	40	91	2	268	21	21	28	28	1.98
78396716--78396933	80	2.7	80	86	6	275	22	21	28	27	1.99
78398476--78398505	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
78398477--78398512	10	3.6	10	88	0	54	47	0	5	47	1.25
78413179--78413214	18	2.0	18	94	0	63	11	19	22	47	1.80
78413629--78413653	13	1.9	13	100	0	50	0	48	28	24	1.52
78416460--78416490	15	2.1	15	93	0	53	77	6	0	16	0.97
78420854--78420946	43	2.2	43	86	0	132	34	26	15	23	1.94
78422280--78422308	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
78425552--78425681	48	2.7	48	83	2	163	26	20	24	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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