genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.316.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98132638--98132773	29	4.7	29	86	3	157	24	30	15	29	1.95
98132613--98132772	58	2.8	58	81	0	176	23	33	15	27	1.95
98142557--98142692	29	4.7	29	86	3	157	24	30	15	29	1.95
98142532--98142691	58	2.8	58	81	0	176	23	33	15	27	1.95
98144580--98144714	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
98144526--98144715	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
98152574--98152696	29	4.2	29	90	0	165	24	28	15	31	1.95
98156828--98156880	27	2.0	27	84	0	70	24	15	20	39	1.91
98156873--98157026	27	5.7	27	89	1	229	25	9	24	40	1.84
98156846--98157025	54	3.3	53	86	6	202	26	10	22	40	1.86
98156843--98157026	81	2.3	80	89	1	269	26	10	23	40	1.86
98157017--98157248	27	8.6	27	85	1	277	39	8	21	30	1.83
98156884--98157050	81	2.1	81	86	2	228	29	9	22	38	1.86
98157016--98157247	81	2.9	81	86	0	329	39	7	21	30	1.82
98157016--98157280	81	3.3	80	82	4	316	38	8	23	30	1.84
98167014--98167166	43	3.6	42	82	7	193	28	27	18	24	1.98
98169259--98169354	49	2.0	49	95	0	174	54	18	3	23	1.58
98174246--98174344	23	4.3	22	74	10	74	27	24	18	30	1.98
98187765--98187810	19	2.4	19	96	0	83	21	26	8	43	1.81
98189564--98189631	28	2.4	28	92	0	109	33	25	8	32	1.86
98189737--98189828	29	3.2	28	84	7	123	20	23	22	32	1.98
98202405--98202491	45	1.9	45	90	0	138	25	12	24	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98216034--98216200	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
98224041--98224183	40	3.6	40	82	4	130	27	22	27	22	1.99
98224078--98224206	40	3.2	40	82	3	163	23	21	28	26	1.99
98240043--98240485	101	4.4	99	76	6	415	27	17	25	29	1.97
98240047--98240483	151	2.9	151	92	1	696	27	17	25	30	1.97
98240043--98240472	50	8.5	50	79	4	427	27	17	25	29	1.97
98240687--98240716	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
98249048--98249253	48	4.4	48	77	10	237	28	24	20	26	1.99
98249048--98249253	91	2.2	93	85	7	267	28	24	20	26	1.99
98253985--98254198	43	4.9	43	73	5	151	31	27	17	23	1.97
98259860--98259894	17	2.1	17	100	0	70	42	11	17	28	1.83
98263334--98263363	16	1.9	16	93	6	53	33	0	3	63	1.11
98264933--98264982	3	16.7	3	100	0	100	66	0	34	0	0.92
98268087--98268150	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
98268356--98268502	23	6.4	23	87	10	194	27	21	20	29	1.98
98268550--98268616	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
98268550--98268605	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
98268653--98268700	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
98273091--98273153	31	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
98273366--98273507	23	6.1	23	94	3	232	28	21	22	28	1.99
98273345--98273508	24	7.0	24	90	6	239	27	21	22	28	1.99
98273344--98273508	47	3.5	46	90	6	244	27	21	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98273556--98273622	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
98273556--98273611	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
98273659--98273706	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
98278069--98278131	31	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
98278322--98278462	24	6.0	24	90	5	209	27	21	21	28	1.99
98278321--98278461	70	2.0	70	90	5	223	27	21	21	28	1.99
98278511--98278571	20	3.0	20	95	0	113	34	19	11	34	1.88
98278511--98278566	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
98278614--98278661	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
98281627--98281667	22	1.9	22	90	5	66	17	21	43	17	1.87
98283858--98284025	40	4.2	40	77	3	151	23	26	23	27	2.00
98291861--98292028	40	4.2	40	77	3	151	23	26	23	27	2.00
98298751--98298788	18	2.2	18	86	13	53	10	15	0	73	1.09
98299737--98299797	26	2.3	26	82	2	68	29	26	13	31	1.93
98299752--98299804	26	2.1	25	89	3	79	28	22	16	32	1.96
98300099--98300144	20	2.4	19	78	7	56	23	17	30	28	1.97
98304424--98304537	43	2.7	42	78	10	117	26	21	23	28	1.99
98314285--98314445	29	5.6	29	90	0	223	29	14	31	24	1.95
98314281--98314465	87	2.1	87	80	1	219	29	15	31	24	1.95
98318378--98319411	517	2.0	517	96	0	1917	31	25	16	26	1.97
98322064--98322190	49	2.6	50	82	3	141	25	31	16	26	1.96
98322009--98322234	48	4.7	48	75	8	206	24	30	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98334345--98334382	18	2.1	19	85	5	51	13	0	23	63	1.30
98335331--98335368	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
98336986--98337054	28	2.5	28	92	2	113	43	26	10	20	1.83
98343371--98343404	18	1.9	17	94	5	59	29	0	5	64	1.17
98343393--98343485	39	2.4	39	78	12	100	33	2	7	56	1.39
98343935--98343991	27	2.1	27	86	0	78	38	10	1	49	1.48
98343976--98344008	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
98344029--98344061	17	1.9	17	88	11	50	36	12	0	51	1.39
98344156--98344185	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
98356723--98356876	79	1.9	81	89	2	240	27	16	22	33	1.95
98356979--98357245	55	4.9	55	92	0	412	31	13	17	37	1.89
98359040--98359073	18	1.9	17	94	5	59	29	0	5	64	1.17
98359607--98359663	27	2.1	27	86	0	78	38	10	1	49	1.48
98359648--98359676	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
98369107--98369218	43	2.6	43	78	5	136	29	26	15	28	1.96
98381230--98381276	23	2.0	23	83	0	58	23	31	8	36	1.85
98391068--98391177	6	17.8	6	69	15	73	48	12	19	20	1.81
98391068--98391177	31	3.4	31	82	7	112	48	12	19	20	1.81
98391068--98391155	37	2.4	37	94	0	149	46	12	20	20	1.82
98391068--98391177	37	3.1	36	79	15	131	48	12	19	20	1.81
98391296--98391355	27	2.3	26	82	2	66	38	20	20	21	1.94
98391352--98391386	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98391355--98391384	15	2.0	15	100	0	60	46	0	0	53	1.00
98391353--98391386	17	2.0	17	100	0	68	47	0	0	52	1.00
98392139--98392265	27	4.7	27	88	3	193	29	7	22	40	1.82
98394366--98394430	25	2.6	25	85	0	85	49	9	16	24	1.75
98394357--98394461	31	3.6	31	71	15	87	50	10	16	22	1.75
98394705--98394732	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
98395371--98395434	27	2.4	27	83	0	83	28	23	14	34	1.93
98398989--98399289	39	7.7	39	90	2	367	19	21	28	30	1.98
98399027--98399289	39	6.7	39	92	0	427	19	21	28	30	1.97
98401189--98401288	27	3.5	28	86	5	121	32	27	13	28	1.93
98401675--98401730	28	2.0	30	83	16	75	8	12	1	76	1.08
98408098--98408246	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
98408139--98408246	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
98416165--98416313	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
98416206--98416313	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
98419737--98419806	27	2.6	27	93	2	113	30	30	12	27	1.93
98419737--98419836	28	3.5	28	87	5	121	31	29	13	27	1.93
98430331--98430395	32	2.0	32	96	0	121	32	9	27	30	1.88
98438965--98439058	24	3.9	24	80	10	102	23	21	19	36	1.95
98446677--98446836	41	3.9	41	84	4	189	26	17	27	28	1.98
98448021--98448114	42	2.2	42	86	0	134	17	21	36	25	1.94
98450449--98450551	37	2.8	37	93	0	170	23	33	21	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98450700--98451500	48	16.7	48	93	1	1333	30	26	6	36	1.81
98463946--98463983	18	2.1	18	85	9	51	36	0	5	57	1.21
98471463--98471506	17	2.6	17	81	0	52	20	6	2	70	1.21
98476172--98476214	19	2.3	19	95	0	77	37	13	2	46	1.57
98480314--98480369	27	2.1	27	100	0	112	33	26	17	21	1.96
98485474--98485517	7	5.6	8	89	8	56	25	0	9	65	1.21
98487156--98487202	23	2.0	23	91	0	76	31	4	8	55	1.49
98487884--98487922	18	2.2	17	86	4	51	28	0	2	69	1.02
98488380--98488421	21	2.0	21	100	0	84	52	14	9	23	1.71
98489266--98489307	17	2.4	17	92	4	66	45	2	0	52	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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