genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.313.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97168554--97168693	39	3.5	39	93	1	235	20	22	28	28	1.98
97170874--97170940	20	3.3	20	89	4	100	40	10	17	31	1.84
97170990--97171125	52	2.7	51	89	5	206	28	21	23	26	1.99
97170990--97171125	26	5.3	26	84	6	172	28	21	23	26	1.99
97171257--97171348	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
97171372--97171481	31	3.5	31	93	0	193	30	17	25	27	1.97
97173721--97173904	27	6.8	27	85	2	235	31	22	7	38	1.81
97173708--97173904	81	2.4	80	86	1	259	30	22	7	38	1.82
97173935--97174059	27	4.7	27	82	4	155	40	24	8	27	1.82
97173935--97174111	27	6.6	27	76	7	148	40	22	8	28	1.83
97173935--97174112	81	2.2	80	80	8	193	40	22	8	28	1.83
97174145--97174205	27	2.3	27	80	5	70	36	16	24	22	1.94
97174915--97175001	20	4.3	20	92	2	140	40	10	18	31	1.84
97175051--97175185	25	5.3	26	87	5	190	28	20	23	28	1.99
97175051--97175185	51	2.7	51	88	7	206	28	20	23	28	1.99
97175318--97175405	42	2.1	42	87	4	124	31	12	18	37	1.88
97175433--97175511	31	2.6	31	91	2	133	31	18	24	25	1.98
97177772--97177954	27	6.8	27	86	3	244	31	24	6	37	1.81
97177758--97177954	81	2.4	80	87	2	270	30	24	7	37	1.82
97177958--97178083	27	4.7	27	76	6	114	40	23	9	26	1.85
97177953--97178135	27	6.8	27	70	9	106	39	21	9	28	1.85
97178009--97178135	53	2.4	54	82	1	139	40	21	9	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97178940--97179026	20	4.3	20	89	2	131	39	10	19	31	1.85
97179076--97179198	26	4.8	26	93	1	196	25	26	24	24	2.00
97179344--97179435	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
97179459--97179562	31	3.4	31	95	0	190	29	15	26	27	1.96
97189544--97189601	30	1.9	30	82	6	73	17	22	36	24	1.95
97191397--97191447	18	2.8	18	90	3	75	76	7	3	11	1.13
97191404--97191447	6	7.3	6	81	0	52	77	6	2	13	1.07
97193135--97193298	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
97193135--97193332	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
97200711--97200874	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
97200711--97200908	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
97206590--97206796	24	8.6	24	93	0	324	34	24	18	21	1.96
97209624--97209829	24	8.6	24	93	1	324	34	24	18	21	1.96
97217369--97217575	24	8.6	24	94	0	333	34	25	18	21	1.96
97218025--97218050	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
97226717--97226834	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
97226685--97226848	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
97243409--97243437	11	2.6	11	100	0	58	68	0	6	24	1.13
97245257--97245417	43	3.8	42	75	14	125	23	16	26	33	1.95
97245949--97245994	23	2.0	24	82	4	58	17	2	26	54	1.54
97255088--97255117	15	2.0	15	100	0	60	26	13	20	40	1.89
97261928--97261952	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97264311--97264435	43	2.9	43	84	1	144	30	33	17	18	1.94
97264331--97264435	42	2.5	43	82	1	122	31	34	18	16	1.93
97267536--97267648	43	2.7	43	75	9	106	28	16	23	30	1.97
97271533--97271672	50	2.8	50	72	4	120	28	15	23	32	1.95
97271686--97271816	51	2.6	51	79	8	124	29	16	25	28	1.97
97275323--97275506	40	4.6	40	81	2	172	28	22	26	22	1.99
97275363--97275551	80	2.4	80	77	5	184	24	22	29	23	1.99
97283237--97283455	122	1.8	120	82	7	282	32	10	23	33	1.89
97283413--97283595	40	4.6	40	81	3	172	28	21	26	22	1.99
97283452--97283640	80	2.4	80	77	5	184	24	22	29	23	1.99
97286060--97286128	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
97287406--97287440	15	2.3	15	90	0	52	42	5	5	45	1.51
97292364--97292401	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
97294026--97294094	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
97301456--97301490	15	2.3	15	100	0	70	42	14	20	22	1.88
97327178--97327370	71	2.8	69	80	4	208	26	11	17	44	1.84
97328294--97328445	67	2.2	68	84	9	195	34	17	28	20	1.95
97338470--97338618	39	3.8	39	95	0	262	23	20	31	24	1.98
97338474--97338655	39	4.6	40	89	2	147	21	21	32	23	1.98
97343947--97344222	30	9.2	30	74	7	202	36	11	24	27	1.90
97355648--97355720	33	2.3	32	78	21	84	61	2	5	30	1.32
97355648--97355720	30	2.4	31	80	19	82	61	2	5	30	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97355733--97355782	17	3.1	17	75	19	61	64	0	0	36	0.94
97355734--97355782	10	4.6	10	80	19	55	65	0	0	34	0.93
97355733--97355800	7	9.0	7	75	15	64	60	0	0	39	0.97
97355825--97355871	24	2.0	24	83	8	60	59	0	2	38	1.09
97357315--97358105	206	3.8	206	92	0	1276	29	23	17	30	1.97
97360385--97360463	31	2.5	31	93	0	131	25	26	18	29	1.98
97360487--97360578	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
97360711--97360871	26	6.3	26	89	4	242	27	22	21	27	1.99
97360921--97361007	20	4.3	20	92	2	140	31	18	10	40	1.84
97361700--97361764	27	2.4	27	82	5	78	23	24	16	35	1.95
97361818--97361915	27	3.6	27	80	13	101	32	10	17	39	1.83
97361882--97362038	81	1.9	81	85	5	219	29	9	19	40	1.83
97361906--97362100	81	2.4	81	80	5	207	28	10	22	38	1.87
97361905--97362061	54	2.9	54	85	1	217	28	9	21	40	1.85
97361905--97362091	27	7.0	26	79	6	185	28	11	20	39	1.87
97361905--97362091	54	3.5	53	83	4	214	28	11	20	39	1.87
97362090--97362287	27	7.3	27	84	2	227	38	9	24	27	1.86
97362090--97362287	81	2.4	81	88	1	272	38	9	24	27	1.86
97362090--97362265	54	3.3	54	90	1	255	39	9	23	27	1.85
97362133--97362307	81	2.2	81	86	0	233	37	10	22	29	1.88
97369902--97369970	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
97371597--97371634	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97377831--97377899	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
97379522--97379559	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
97385893--97386076	40	4.6	40	81	2	172	28	22	26	22	1.99
97385933--97386121	80	2.4	80	77	5	184	24	22	29	23	1.99
97393984--97394167	40	4.6	40	81	2	172	28	22	26	22	1.99
97394024--97394212	80	2.4	80	77	5	184	24	22	29	23	1.99
97398831--97398870	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
97409269--97409408	37	3.8	37	93	0	226	25	31	19	23	1.98
97409534--97410124	48	12.3	48	91	0	930	31	25	5	36	1.80
97417449--97417552	40	2.6	40	81	4	113	23	29	22	25	1.99
97426988--97427059	28	2.5	29	91	6	112	30	13	26	29	1.94
97430910--97430988	3	26.3	3	96	0	140	64	0	1	34	1.02
97431439--97431466	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
97436684--97436790	28	3.8	28	92	0	160	29	25	10	34	1.89
97440143--97440249	55	1.9	55	82	0	133	17	28	27	26	1.98
97442575--97442821	55	4.7	53	76	11	206	37	17	24	20	1.94
97442582--97442782	108	1.8	110	85	4	282	35	16	25	21	1.95
97443021--97443051	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
97447631--97447791	24	6.6	24	71	11	103	32	30	11	25	1.92
97454435--97454498	25	2.6	25	87	2	85	32	31	12	23	1.92
97454338--97454498	24	6.6	24	69	9	83	32	29	13	24	1.93
97457262--97457410	42	3.5	43	75	9	117	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97458929--97459013	41	2.1	41	88	4	127	25	21	31	21	1.98
97464196--97464366	46	3.7	46	79	16	199	28	29	22	20	1.98
97464200--97464370	93	1.8	93	93	0	297	27	29	22	20	1.98
97464788--97464847	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
97474027--97474190	46	3.6	44	76	14	145	29	28	19	22	1.98
97474026--97474196	93	1.8	93	86	2	245	29	28	20	22	1.98
97474616--97474675	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
97477809--97477931	61	2.0	61	95	0	219	42	10	15	31	1.81
97479489--97479611	2	61.0	2	95	1	219	1	48	0	49	1.10
97479611--97479644	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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