genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  63  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17335848--17335956	51	2.1	52	93	1	184	33	5	24	35	1.79
17337434--17337486	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
17338926--17338959	15	2.3	15	89	0	50	5	11	2	79	1.02
17345294--17345380	39	2.2	39	87	0	120	26	50	3	19	1.63
17349040--17349108	30	2.3	30	100	0	138	14	20	44	20	1.86
17349659--17349695	6	6.2	6	93	0	65	35	18	16	29	1.93
17365364--17365473	33	3.3	34	73	16	88	21	45	12	20	1.84
17369890--17369971	27	3.0	27	96	0	146	18	39	23	19	1.93
17369981--17370040	24	2.5	24	89	2	86	16	6	11	65	1.46
17372662--17372812	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
17372699--17372828	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
17380655--17380805	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	2.00
17380692--17380821	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
17385905--17386118	47	4.6	46	76	12	174	27	19	30	22	1.98
17385905--17386106	94	2.2	91	82	11	234	28	18	29	23	1.98
17385907--17386191	141	2.0	141	80	9	323	28	19	28	22	1.98
17386514--17386545	11	2.9	11	95	0	55	0	40	0	59	0.97
17387216--17387267	26	2.0	26	96	0	95	34	11	21	32	1.89
17393676--17393876	40	5.1	40	83	3	235	26	26	20	25	1.99
17393676--17393872	79	2.5	80	80	6	211	27	25	20	25	1.99
17401719--17401922	40	5.1	40	84	2	248	26	26	21	25	1.99
17412126--17412186	30	2.0	30	90	0	95	29	24	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17416386--17416427	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
17418084--17418213	46	2.8	47	83	8	142	29	29	20	20	1.98
17420492--17420615	46	2.7	46	84	0	167	25	31	8	33	1.87
17420635--17420856	47	4.9	46	79	11	253	25	30	11	32	1.91
17420751--17420875	19	6.1	19	76	18	126	26	30	11	32	1.91
17420704--17420922	66	3.0	66	73	24	224	26	30	11	31	1.92
17420704--17420875	85	2.0	85	98	0	335	26	30	11	31	1.92
17420855--17420944	47	1.9	47	95	0	162	26	28	11	33	1.91
17428864--17429131	47	5.8	45	74	10	211	27	19	29	23	1.98
17428864--17429130	94	2.9	92	79	8	267	28	19	29	23	1.98
17429943--17430073	55	2.4	55	82	5	149	21	19	33	25	1.97
17431016--17431335	46	7.0	46	89	0	444	20	23	14	41	1.89
17433179--17433234	11	5.2	11	73	4	51	62	3	0	33	1.12
17437255--17437356	21	4.5	22	74	16	77	52	26	0	19	1.52
17437300--17437351	22	2.4	21	87	3	68	51	30	0	17	1.45
17437454--17437511	29	2.0	30	86	3	82	31	6	10	51	1.62
17437861--17437901	18	2.3	18	87	4	66	29	0	4	65	1.13
17438061--17438217	80	2.0	78	82	7	192	47	8	8	35	1.65
17444626--17444665	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
17454083--17454123	16	2.5	16	88	4	55	56	0	2	41	1.13
17457580--17457619	21	1.9	21	89	0	62	45	0	17	37	1.49
17458096--17458146	25	2.1	24	85	3	66	19	17	17	45	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17458109--17458158	23	2.1	25	81	7	59	16	18	20	46	1.85
17458979--17459067	18	4.9	18	75	5	81	33	10	12	43	1.76
17458951--17459054	54	1.9	53	84	5	138	32	13	12	41	1.82
17465085--17465180	18	5.3	18	80	0	84	35	13	11	39	1.81
17466763--17466799	15	2.5	15	84	16	51	54	2	0	43	1.14
17470338--17470385	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
17470424--17470480	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
17470422--17470492	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
17470433--17470487	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
17470538--17470634	24	4.0	24	87	11	135	29	20	21	27	1.98
17470538--17470634	49	1.9	51	89	8	155	29	20	21	27	1.98
17470827--17470890	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
17477987--17478013	13	2.1	13	100	0	54	22	37	25	14	1.93
17485994--17486064	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
17486048--17486171	27	4.6	27	85	2	169	41	20	7	30	1.79
17486032--17486171	54	2.6	53	85	6	138	40	21	7	30	1.80
17486048--17486200	81	1.9	81	86	5	220	40	19	9	30	1.83
17486154--17486215	27	2.3	27	88	0	88	40	17	16	25	1.90
17486048--17486198	54	2.8	54	85	4	162	41	19	9	29	1.83
17486836--17486894	28	2.1	28	100	0	118	45	25	11	16	1.82
17489892--17489937	23	2.0	23	100	0	92	34	30	0	34	1.58
17495024--17495184	43	3.7	43	74	10	132	26	15	26	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17496718--17496778	8	7.2	8	74	15	52	63	0	4	31	1.15
17496784--17496817	16	2.1	17	88	5	52	55	0	2	41	1.15
17496792--17496833	21	2.0	21	86	13	59	59	0	2	38	1.10
17498796--17499002	87	2.5	82	79	9	233	32	19	15	31	1.94
17498845--17499003	87	1.8	87	91	0	264	30	19	16	33	1.94
17498971--17499200	94	2.5	91	76	9	236	25	20	21	33	1.97
17513424--17513549	48	2.7	46	80	9	155	25	21	15	38	1.92
17515710--17515746	15	2.5	16	87	12	53	43	10	24	21	1.84
17519700--17519760	8	7.2	8	74	15	52	63	0	4	31	1.15
17519748--17519792	23	1.9	24	86	4	65	51	0	6	42	1.28
17519766--17519800	17	2.1	17	88	0	52	57	0	2	40	1.14
17519774--17519816	23	2.0	22	86	9	61	60	0	2	37	1.10
17526653--17526722	27	2.6	27	93	2	113	31	27	14	27	1.95
17534468--17534537	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
17538968--17539084	42	2.8	42	75	13	123	21	17	29	31	1.96
17550424--17550463	13	3.1	13	100	0	80	15	32	37	15	1.88
17552262--17552412	42	3.6	42	74	13	148	31	23	18	26	1.98
17552251--17552410	85	1.9	85	89	0	248	30	24	19	26	1.98
17559533--17559730	42	4.7	42	70	10	134	30	26	18	25	1.98
17561473--17561515	16	2.7	16	96	0	77	72	11	6	9	1.29
17563108--17563141	17	2.0	17	88	0	50	55	8	5	29	1.54
17565738--17565767	15	2.0	15	100	0	60	6	20	26	46	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17567623--17567692	27	2.5	28	97	2	133	31	27	12	28	1.93
17569495--17569577	28	2.9	29	89	3	132	27	31	13	27	1.94
17577505--17577641	29	4.7	29	79	8	127	27	29	14	28	1.95
17577506--17577640	60	2.3	58	82	5	155	27	30	14	27	1.95
17578971--17579004	12	2.9	12	91	4	52	0	14	0	85	0.60
17579496--17579521	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
17586937--17587006	27	2.5	28	97	2	133	31	27	12	28	1.93
17587485--17587528	2	22.0	2	95	0	79	47	0	2	50	1.13
17589620--17589956	41	8.2	41	87	2	435	33	20	25	21	1.97
17589620--17589955	123	2.7	123	87	0	485	33	20	25	21	1.97
17590013--17590058	23	2.0	22	84	16	58	47	28	0	23	1.52
17589968--17590081	53	2.1	55	81	3	133	47	29	0	21	1.57
17590209--17590259	15	3.5	15	75	2	50	23	1	27	47	1.63
17590837--17590915	7	11.3	7	76	15	65	77	2	0	20	0.89
17590854--17590925	7	10.0	7	85	8	83	75	1	0	23	0.89
17590854--17590928	8	10.1	8	85	9	81	74	1	0	24	0.89
17590854--17590925	28	2.5	29	86	6	110	75	1	0	23	0.89
17590837--17590922	35	2.4	36	84	3	113	75	3	0	20	0.95
17590999--17591036	18	2.2	16	90	9	58	73	0	2	23	0.95
17596098--17596138	19	2.2	19	86	4	57	21	2	4	70	1.18
17609421--17609508	27	3.3	27	86	0	122	25	13	19	42	1.88
17613188--17613267	36	2.2	36	97	0	151	16	38	2	42	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17619948--17619987	20	2.0	20	100	0	80	30	20	20	30	1.97
17621272--17621347	21	3.6	21	80	7	91	27	23	32	15	1.95
17622459--17622683	47	4.8	48	74	12	168	23	29	18	28	1.98
17628893--17628947	21	2.6	21	80	11	76	27	25	32	14	1.95
17630063--17630224	47	3.5	44	80	9	139	24	28	17	29	1.97
17630110--17630224	44	2.5	46	81	6	128	24	28	17	29	1.97
17633361--17633511	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
17633398--17633527	40	3.2	40	80	2	154	23	23	27	24	2.00
17646311--17646428	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
17646279--17646442	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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